В Академії організовувались семінари на різні теми. Одним з перших був семінар з історії Церкви, який очолював професор М. Чубатий. Були ще семінари біблійні, правничі, соціологічні, гомілетичні, психологічні, семінар слов’янської філології (керівник - професор К. Чехович), семінар "Досліди над історією греко-католицьких парохій" (професор Крип’якевич), семінар історії мистецтва.О. ректор намагався для кожного семінару знайти окрему кімнату з бібліотекою, бо з розумінням ставився до наукової праці. При Академії було вже перед війною відкрито додатковий читальний зал, де студенти могли науково працювати, користаючи не лише з творів, які були в бібліотеці в Академії, а й з інших бібліотек Львова.
О. ректор Сліпий цікавився музейною справою, під час канікул сам їздив і збирав старі ікони, іконостаси, заохочуючи до цього студентів. Це робилося для того, щоб прищепити в душах молоді любов до своєї рідної історичної минувшини, виховати почуття прекрасного.
Так з дня в день проходила праця в Академії. Долаючи нелегкі зовнішні перепони, Академія на чолі з ректором о. Сліпим працювала на майбутнє свого народу. Вона, як сказав о. Іван Музичка на Ювілейному концерті з нагоди 50-річчя Богословської Академії, "як висока богословська школа, стала на таких традиціях:
а) дати нашій Церкві богословську науку;
б) дати нашій Церкві нових вчених, святих і активних священиків на службу Христові і народу;
в) стати на сторожі своєї традиції, щоби не відривати себе від життя і душі народу;
г) не позичати, не кривити душі народу нововведеннями, а з його минулого і його сучасного творити правдивий напрям для глибокої віри і любові Бога". [67]
З плином часу завжди настають якісь зміни. Одні на краще, а інші - на гірше. Мабуть до цього другого ряду можна назвати зміни, які приніс рік 1939 на теренах Європи. Її ділили між собою дві системи - нацистська і більшовицька. На підставі договорів між урядами СРСР і Німеччини в серпні 1939 року більшовики зайняли Галичину і Волинь, а разом з тим три найбільші єпархії - Львів, Перемишль і Станіславівську єпархії, а крім того Волинь - територію апостольського візитатора.
Почалися переслідування і тортури. Радянська система наводила "порядок" звичними для неї методами. Як згадує свідок тих часів М. Гор у своїх споминах:". кожного дня приходили вісті про постійні арешти серед студентів, про засади НКВД (КГБ) в домах студентів чи гуртожитках, де заарештовували всіх, хто з’являвся там протягом кількох днів. Нам було відомо, що увесь український політичний національний провід був уже заарештований, як також арештовано культурних діячів". [68] Проводилася насильна перебудова господарської і соціальної структури захопленої території, проводили націоналізацію, колективізацію.
Дещо відкриває масштаби звірств сталінського режиму на західноукраїнських землях невеличка книжечка під назвою "Злочини комуністичної Москви в Україні в літі 1941 року", видана в 1960 році видавництвом "Пролог" (в 1991 році в Дрогобичі, в видавництві "Відродження" було перевидано цю брошуру). Кров стигне в жилах, коли читаєш про те, що робило НКВД з тими, хто чимось "завинив" проти влади Рад. Масові розстріли - ще виглядало як "гуманне" покарання, бо над в’язнями надзвичайно жорстоко знущалися: відрізали їм різні частини тіла, відрубували руки і ноги, здирали шкіру разом з волоссям, запихали у вуха розбите шкло, обпікали окропом, а деяких просто варили. Воістину, як говориться в одному з свідчень:". Там у тюрмі діються дантейські сцени. "[69] Таке можна побачити лише в пеклі. Мимоволі постає запитання - чи людина могла таке зробити? Чи могла людина так жорстоко і немилосердно поводитися з іншою людиною? А найчастіше ті нещасні, що попали в руки органів безпеки були невинні (бо чим завинили діти-немовлята, які народилися в тюрмі, які були замордовані в нелюдський спосіб). Наведено свідчення однієї монахині, Олени Вітер. [70] З цього свідчення видно, наскільки брутальними були кати, незважаючи на те, що перед ними була посвячена Богу особа. При арешті агенти не дозволяли с. Олені взяти з собою ніяких речей, кажучи: "Ми тебе перевдягнемо і пересвятимо". Комуністи, не маючи нічого святого, кпили над тим, що у кожного християнина викликає трепет: агент Зіна, що прибула з іншими для арешту с. Олени зайшла в каплицю, збезчестила її і вкрала з престолу золоту ложечку, а в тюрмі". коло другої години ночі казали мені скинути верхню одежу, - я залишилася лише в білизні. Тягнули мене за волосся, били головою об мур, кулаками в лице. Згодом один енкаведист вхопив мене за руки, другий за волосся, третій за ніс і влили мені в уста дві склянки урини. - "Маєш, це твоє святе Причастя," - казали. "[71]
І ще одне свідчення, яке наведено в брошурці - це уривок з газети "Краківські вісті" за 7 серпня 1941 року, в якому говориться, як більшовики чинили злочини на Волині - в м. Кременці, де було замучено 8 священиків (один з них - о. Олексій Дубицький) і владику Симона:". найстрашеннішу смерть мав владика Симон. Провівши його голого, під удари крісових прикладів, через вулиці Кременця до тюрми, замасакровано його в цій тюрмі в жорстокий спосіб. Звироднілі енкаведисти обсмалили єпископові бороду, відрізали п’яти, ніс та язик і викололи очі. Триденні пошуки, після приходу німців до Кременця, за тілом владики не мали успіхів". [72]
З цих свідчень видно, як немилосердно комуністи нищили людей. Не була винятком Церква, проти якої під гаслом войовничого атеїзму почалися репресії проти духовенства і вірних.
Безпосередній свідок тих часів, о. Йосип Сліпий, так згадує про атмосферу, в якій перебували люди: "Тоді (по приході більшовиків) клався я ввечері спати і не був певний, чи рано встану на волі. Тоді приходили мені на думку слова пророка Ісаї: Прийде час, коли зранку будуть вони з тугою вижидати вечора, а ввечері тужитимуть за ранком. "[73]
Виходячи з таких складних обставин глава Української Церкви Митрополит Андрей, вже похилого віку і паралізований, на самому початку радянської окупації передав лист до Риму і просив у ньому назначення о. д-ра Йосипа Сліпого, ректора Богословської Академії, своїм єпископом-помічником з правом наслідства.
З листом від Шептицького до Риму, в якому йшлося про висвяту свого наступника, о. Йосипа Сліпого їздив о. Йосиф Кладочний. Він часто виконував складні завдання митрополита Андрея. В листопаді 1939 року він нелегально пробрався з окупованого більшовиками Львова за кордон і мав аудієнцію у папи Пія XII. [74]
Через небезпеку від більшовиків хіротонія Кир Йосипа відбулась майже таємно, в приватній каплиці митрополита Андрея при участі єпископів Микити Будки і Миколи Чарнецького в присутності крилошан митрополичої капітули. Хіротонія відбулась в свято Непорочного зачаття Пречистої Діви Марії, 22 грудня 1939 року, а Рим потвердив це рішення, яке було публічно оголошено для вірних вже аж після відходу більшовиків - 31 грудня 1941 року.
Через три роки після свячення архиєпископ писав: "Я був висвячений тайно. Опісля мої єпископські свячення проголошено урядово. Я не міг ставити перешкоди своїм свяченням, бо в час гоніння свячення не є честю, а в певній мірі тягарем". [75]
В часах лихоліття II-ої Світової війни архиєпископ Йосип Сліпий продовжував спокійно працювати біля митрополита Андрея, стан здоров’я якого постійно погіршувався і через це коад’ютор все частіше заступав його у виконанні пастирських обов’язків.
По чотирьох роках Червона Армія, відкинувши німецькі війська, здобула знову Західну Україну, встановлюючи радянську владу на окупованих територіях.
Для того, щоб якось надати стабільності і запевнити Церкві можливість її існування, яке описувало радянське законодавство, митрополит Сліпий вислав до Москви делегацію священиків (Г. Костельника, К. Шептицького, І. Котова і о. Будзинського) для вияснення відносин між Церквою і державою, виходячи з того, що Церква дотримується нейтральної, аполітичної позиції щодо державної влади. Делегація мала також передати дар Української Католицької Церкви (1 млн. крб), призначений на допомогу інвалідам війни. Але делегацію не допустили до відповідних посадових осіб, а замість того їй поставили вимогу, щоб Церква включилась в активну боротьбу проти українських повстанців, які воювали проти більшовицького режиму. Нічого не допомогли пояснення митрополита, що Церква не може приймати участі у збройній боротьбі, що вона повинна шанувати людське життя, дотримуватись Божої заповіді "не вбий".
О. Гриньох пише: "Делегація вернулась з Москви з переконанням, що російський і більшовицький уряд має вже готовий, раніше вироблений план поведінки супроти Української Католицької Церкви. Цей до кінця продуманий і рафінований план знищення Української Католицької Церкви почав негайно виявлятися і набирати конкретних форм. У цьому плані паралельно (але заздалегідь продумано і узгіднено) було поділено головні ролі між такими чинниками (подаємо їх за їхньою важливістю): а) більшовицький уряд зі своїм адміністративним, партійним і поліційним апаратом; б) Російська Православна Церква на чолі з патріархом Алексієм і своїм апаратом на місцях; в) відповідно намовлені, застрашені чи стероризовані одиниці з Української Католицької Церкви.