После падения Боснии (1463) хорваты реально оказались лицом к лицу с великой державой турецких султанов и вели героическую борьбу против их наступления, неослабевавшую до конца ХVI в. Хорватию называли форпостом христианского мира. Вся Европа была изумлена героической обороной венгерской крепости Сигет (1566), объединенным отрядом хорватов и венгров под командованием бана Николы Зринского. В течение месяца этот отряд, насчитывавший 600 человек, отражал атаки 100- тысячной армии султана. Не получив подкрепления, Никола Зринский попытался вырваться из окружения, но во время ожесточенного сражения погиб вместе со своим отрядом. В конце 70-х гг. ХVI в. туркам удалось захватить еще несколько хорватских крепостей.
Реальная угроза хорватским и венгерским землям, а также возможное продвижение османов в глубь австрийских владений вынудило Фердинанда перейти к реальной помощи Хорватии. В первой половине ХVI в. Габсбурги организовали специальные территориальные единицы «капетании» две в Хорватии и три в Славонии. С середины ХVI в. капетании в междуречье Савы и Дравы стали называться Славонской границей, а от Савы до моря — Хорватской. Таким образом, эти административно-территориальные единицы подчинялись непосредственно австрийским властям и отделяли владения Габсбургов от Османской империи. Хорвато-Славонская Крайна, или Военная Граница, не представляла собой компактной, обособленной территории. В распоряжении капетанов (командиров) находились лишь крепости, где были размещены военные гарнизоны. Земля, расположенная вокруг этих крепостей, принадлежала хорватским феодалам. Наемные войска в Военной Границе содержались главным образом на средства, собранные в соседних землях (Штирии, Крайне, и Каринтии), которые были особенно заинтересованы в создании защитной полосы вблизи своей восточной границы. Однако средств не хватало, жалование наемным солдатам выплачивалось нерегулярно. В середине ХVI в. в Военной Границе появилась такая категория войск, как военные поселенцы, беженцы из находившихся под властью Турции Сербии, Боснии и восточной части Хорватии. Их иногда называли ускоками, а в более поздний период, в ХVII—ХIХ вв., всех поселенцев стали называть граничарами. В отличие от наемных солдат, для большинства военных поселенцев основным источником средств существования было не жалование, а собственное хозяйство.
Военная помощь, которую оказывали Габсбурги, была явно недостаточной, хотя благодаря Военной Границе в ХVI в. продвижение турок было замедлено. Так, австро-турецкая война 1593—1606 гг. началась для турок крупным поражением у крепости Сисак, хорваты наголову разбили их 10-тысячный отряд. Это была первая значительная победа хорватов над турками, положившая начало освобождению хорватских земель от турецкой агрессии. Известная в истории как «Долгая война», она завершилась австро-турецким договором, который одновременно закрепил территориальные приобретения Габсбургов в Хорватии.
После 1606 г. Военная Граница была выделена в особую территорию, административно не связанную с «гражданской Хорватией», которая полностью исключалась из сферы влияния бана и собора. К этому же периоду относятся первые попытки Габсбургов централизовать управление подвластных им земель, которые существенно отличались как в экономическом плане, так и по своему внутреннему устройству.
Политика Габсбургов была направлена на ущемление сословных привилегий хорватской знати. Вопреки обещаниям сохранять ее прежние права и привилегии Фердинанд начал постепенно их урезать. Особенно явно этот процесс происходил в период правления императора Рудольфа II (1576—1612). В условиях борьбы с турками особо важное значение имело создание сильной армии с единым центром военного управления. В 1578 г. он передал верховное командование войсками в Хорвато-Славонской Крайне своему наместнику эрцгерцогу Карлу. В непосредственном ведении бана оставались лишь военные силы так называемой Банской Крайны. Венское правительство мечтало о превращении Венгрии и Хорватии в обычные провинции империи, подобные наследственным землям.
Абсолютистские и централизаторские тенденции Габсбургов заставили венгерское и хорватское дворянство задуматься о своей политической самостоятельности, что в итоге привело к антигабсбургскому заговору. Заговорщики составили план отделения венгерских и хорватских земель от габсбургской монархии и восстановления в них прежних «свобод» местной знати. Свою идею воссоздания венгеро-хорватского государства они связывали с помощью других государств. В Хорватии во главе оппозиции находились бан Никола Зринский и его брат Петр (позднее присоединился Франкопан). Они обратились за поддержкой к Франции, Польше, Венеции, наконец, отправили посланца в Турцию. Однако все их усилия были напрасны, заговор был раскрыт, Петр и Франкопан были казнены. Их громадные земельные владения, составлявшие около половины Банской Хорватии, стали собственностью Австрийского государства. Экономике Хорватии был нанесен удар, от которого она долго не могла оправиться, а власть Габсбургов в хорватских землях еще больше укрепилась.
После расправы с оппозицией австрийский император Леопольд I в течение 10 лет оставлял незамещенной должность хорватского бана, а вскоре уничтожил одну из главных привилегий венгерских и хорватских феодалов — право избрания короля. В 1687 г. он добился от Пожунского государственного собрания (сейма) признания наследственных прав Габсбургов на венгерский и тем самым на хорватский престол.
Хорватские земли в австро-турецких войнах конца ХVII — начала ХVIII в. В 1683 г. турецкий султан Мехмед IV объявил войну императору — королю Леопольду I. Великий визирь Кара-Мустафа во главе 250 тыс. войска с 30 пушками появился под Веной. После длительной осады столицу спас польский король Ян Собесский и герцог Карл Лотаринский, которые вовремя подоспели к оборонявшейся столице и разгромили турецкую армию. В этой битве погиб знаменитый хорватский историк — иезуит Юрий Крижанич, возвращавшийся из России.
События под Веной активизировали создание в 1684 г. по инициативе папы союза Австрии, Польши и Венеции — «Священной лиги» - с целью изгнания османов из Европы. Хорватское войско в Хорватии, венецианские — в Далмации, австрийская армия в Венгрии развернули наступление против турок. К 1687 г. была освобождена большая часть Венгрии, Славонии, а к 1699 г. - вся территория Хорватии. В этом же году был подписан Карловацкий мир, который положил начало освобождению балканских народов от османского ига.
В первой половине ХVIII в. войны коалиции с Турцией продолжались. Действия европейских держав, к которым еще в 1686 г. присоединилась Россия, в борьбе против турок достигли больших успехов. Так, в результате австро-турецких войн и дипломатических маневров территория монархии Габсбургов значительно выросла. Государство представляло собой пестрое в этническом отношении объединение народов и земель, разнившихся между собой по хозяйственной и социальной структуре и политическому управлению, не имевших единого закона о порядке наследования престола. В связи с этим усилилась централизаторская политика Габсбургов, направленная на слияние разнородных владений династии в целостное, неделимое дворянское государство. Проводя такую политику, Габсбурги могли почти не считаться со слабым хорватским дворянством, которое продолжало отстаивать право на самостоятельное положение хорватских земель в составе Австрийской монархии и на их воссоединение в единое политическое целое. В то же время они должны были учитывать интересы более мощных экономически и политически венгерских феодалов, которые требовали не только особого положения Венгрии в составе Австрийской монархии, но и претендовали на политическое верховенство в хорватских землях. В этой сложной обстановке хорватская знать должна была постоянно лавировать между Габсбургами и венгерским дворянством. Так, в начале ХVIII в. (1703—1711) в Венгрии развернулось антигабсбургское восстание под руководством Ференца Ракоци, однако хорваты отказались поддержать венгров и выступили на стороне австрийского правительства в борьбе против повстанцев.
В первой половине ХVIII в. при Карле VI были проведены некоторые реформы в военной, судебной и аграрной областях. Но главные усилия не имевшего сыновей монарха были направлены на закрепление наследственных прав Габсбургов по женской линии на престолы входивших в их владения королевств, в том числе Венгрии и Хорватии. В 1713 г. была издана утверждавшая эти права «Прагматическая санкция». Хорватский собор признал право наследования по женской линии Габсбургов в своих землях и тем самым продемонстрировал свое право самостоятельно решать политические вопросы независимо от Венгрии. Подчеркивалась добровольность унии Хорватии с Венгрией, а следовательно, возможность ее расторжения. Таким образом, хорватский собор стремился подчеркнуть особые отношения Хорватского королевства с династией Габсбургов. Хорватское дворянство получило поддержку Карла VI, однако в 1723 г. венгерский сейм принял закон, который подтверждал неделимость земель всего Венгерского королевства в составе габсбургской монархии, и Карл VI согласился с решением венгерского сейма. Это означало уничтожение политического смысла решений хорватского собора, которые не имели силы.
Правление Марии Терезии (1740—1780). В 1740 г. императрицей стала Мария Терезия, права которой на престолы в Венгерском и Триедином королевстве гарантировались «Прагматической санкцией». Чтобы укрепить свою власть в таких отдаленных землях, как Хорватия, она объявила в 1741 г. о воссоединении Банской Хорватии и Славонии, находившихся с момента освобождения от турок под властью венского военного совета и венгерской финансовой палаты. В то же время в положении Славонии оставалась известная противоречивость. В административном и налоговом отношении она была устроена как венгерские области и в отдельных вопросах подчинялась непосредственно венгерским властям. Славония отличалась и по национальному составу. После освобождения от турок ее господствующий класс состоял в основном из немцев и венгров. Среди крестьянства наряду с хорватами значительную часть составляли сербы.