Оттоді-то припало йому (Хмельницькому) з правої руки чотири полковники: Перший полковниче - Максим Ольшанський, А другий полковниче - Мартин Полтавський, Третій полковниче - Іван Богуне, А четвертий - Матвій Борохович.
Далі, як свідчать джерела, І. Богун бере активну участь в боротьбі проти поляків з перших битв 1648 р. В. Замлинський вказує: "уже ті перші битви (під Жовтими Водами і Корсунем) дарували Богданові на все життя побратимів - Максима Кривоноса, Данила Нечая, Івана Богуна, Івана Ганжу, Михайла Кричевського... З ними були виграні всі наступні битви Визвольної війни."[21] Ось ще один доказ того, що один (мається на увазі І. Богун) із найвидатніших полковників Хмельницького бере діяльну участь в операціях під Львовом. Згадка про активну роль полковника Богуна у військах Хмельницького, що наступали на Львів, є й у Кушевича. Кушевич називає спеціально «Богуна як речника такої боротьби до кінця: він, мовляв, раз у раз доказував Хмельницькому потребу йти „до Висли”, роспалюючи огонь внутрішньої війни. І се в тім часї здавалося таким не трудним, що для Кушевича се стає доказом незручности Хмельницького в використовуванні своїх побід, коли він не розвалив тоді Польщі до останку. „Всі тоді сподівалися, що Хмельницький пройде в саму середину Польщі, розвалить її й знищить саме імя — але богато було таких що вміли побіждати, але не вміли користати з побіди”» .[22] Безперечно одне: Богун з початку 1648 р. виступає активним прихильником Богдана Хмельницького.
Іван Богун зайняв найвищий ранг у полку в період між складанням «Реєстру Війська Запорозького», яке здійснювалось восени 1649 року й початком серпня наступного року. Для України то був дуже складний і тривожний час. Тоді Іван Богун часто-густо перебував поряд з Хмельницьким і мав уже певний вплив не лише на нього, а й деякою мірою визначав політику в країні. Про це, зокрема, йдеться в листі сенатора і київського воєводи Адама Киселя польському королю з приводу переговорів його з Хмельницьким. У ньому зазначалося: «Уже казалось все шло на лад, вдруг в одно мгновенье что-то новое; разные перемены, тяжелые и вредные случайности и вмешательства, которых разум не может предотвратить и постичь. Потому письмо к вам я должен начать с того, что там и высланный ко мне староста черкаський, мой родной брат, застал все в спокойствии; все испортил потом один бунтовщик, какой-то полковник Богун, и моей близости к запорожскому гетману так поме шал, что я едва смог снова ее возобновить».[23]
В лютому 1649 р. ми бачимо Івана Богуна вже полковником подільським. Саме з цим прикордонним районом була пов'язана певний час його подальша військова доля. На Поділля Іван Богун прибув за наказом Богдана Хмельницького "для наведення порядку і заспокоєння бідних людей, щоби вже більше крові пролито не було".[24] Тон листа, з яким він звертався до всього населення, був досить категоричний: "Наказую, щоб ніхто надалі не смів на Поділля до Кам'янця війська приводити,... що він має намір карати будь-яких порушників кордонів, але все таки вважає, що краще буде, щоб ми в довірі жили, як предки наші, волею Божею". [25]
У козацькому реєстрі, укладеному за Зборовським договором 1649р., ім'я Івана Богуна зустрічаємо в полковій сотні Чигиринського полку. За виняткову хоробрість, непримиренність до ворогів і військові здібності Богдан Хмельницький у 1650 р. призначає Івана Богуна полковником Вінницького полку, який повинен був обороняти західні кордони визволеної території України. Полк Богуна мав прийняти на себе один з перших ударів ворога, який наступав, і затримати, таким чином, просування польсько-шляхетських військ по Україні. Це завдання козаки Вінницького полку під проводом Івана Богуна блискуче виконали, незважаючи на те, що ворожі сили набагато переважали їх своєю кількістю.
Вже на початку 1651р. полк Івана Богуна жорстоко відплатив загонам Калиновського за віроломний напад на Україну, за смерть Данила Нечая, що загинув смертю героя в жорсткому бою з польською шляхтою.
Польсько-шляхетське військо вогнем і мечем намагалося придушити визвольну боротьбу українського народу.
Полк козаків на чолі з Іваном Богуном на початку воєнних дій 1651р. перебував у Вінниці, яку збиралася раптовим нападом захопити польська шляхта на чолі з Калиновським. Але Іван Богун, який чекав наступу ворога, вже підготував йому належну зустріч.
Чисельний перевазі польсько-шляхетського війська Іван Богун протиставив воєнну майстерність і хоробрість козаків.
Калиновський, нишком підходячи до Вінниці, зупинився в місті Сутиски. Звідси він висилав проти козаків шляхетську кінноту на чолі з магнатом Лянцкоронським.
28 лютого польсько-шляхетське військо, кероване Калиновським, підійшло до Вінниці, яка навесні 1651. р. була на кордоні з польськими військами. Тут були незначні, порівняно з польсько-шляхетським військом, козацькі сили. Богун вирішив затримати польське військо до приходу допомоги від Богдана Хмельницького. У цей же день відбувся перший бій під Вінницею. Залишивши частину козаків свого полку в місті, Богун з кінним загоном виступив проти ворожих сил - кінних авангардних частин на чолі з Лянцкоронським. При зближенні з козаками польські кіннотники, що розташувались півмісяцем, намагались оточити козаків. Козаки, прорвавши ліве крило, почали поспішно відходити, щоб перейти Буг по кризі і вийти до монастиря, що був на протилежному березі. Польські кіннотники кинулись їм напереріз і вийшли на кригу. Але тут їх чекала загибель. Відступ Богуна був маневром, військовою хитрістю. Іван Богун заманював ворога в пастку: на річці Буг заздалегідь були прорубані ополонки, які вкрилися тонким шаром льоду і були притрушені соломою та снігом.
У результаті цього маневру було знищено багато ворожої кінноти. «Тогдажъ под Винницкимъ монастиремъ, какъ Богунъ на рЂкЂ Богу проломи подЂлалъ и потрусилъ соломою. такъ полское войско, его добиваючое, тамъ нечаянно обломилося и потонуло. Да тогдажъ еще Глухъ полковникъ, идучи на помощъ козакамъ, в’Винницкомъ замкЂ будучимъ, такъ устрашилъ ляховъ въ полЂ, что всЂ утЂкать безъ бою начали, помЂшавшись межъ собою, и одни другихъ вози грабили, а наконецъ обозъ оставили ввесь, подобіемъ ПЂлявецкой войни, на жакъ и разграбленіе козакамъ».[26] З великими труднощами вдалося врятуватися самому Лянцкоронському. Тяжко побитий прикладами самопалів, він ледве вибрався з ополонки. Так ганебно для шляхетського війська закінчилася перша спроба захопити Вінницю. Одержавши звістку про поразку цього загону польсько-шляхетського війська, Калиновський поспішив на виручку Лянцкоронському. На другий день надвечір головні сили польсько-шляхетського війська вже оточили Вінницю.
Облога тривала до 11 березня. Козаки і мешканці стійко трималися, мужньо відбиваючи атаки. Богун був у перших рядах захисників.
Іван Богун, враховуючи труднощі в захисті міста невеликим гарнізоном козаків, наказав перейти до монастиря, що був добре підготовлений до оборони, і звідти завдавати ударів ворогові.
Кілька днів польсько-шляхетське військо безуспішно намагалось зломити опір козаків.
Оборона Вінниці багата прикладами виняткового героїзму козаків. Однієї ночі Іван Богун, виїхавши на розвідку, натрапив на загін жовнірів. Незнання пароля ледве не коштувало йому та іншим розвідникам життя. Шляхтичі впізнали полковника і кинулися на нього. «Особлива небезпека загрожувала Богунові, - писав В.Коховський, - його впізнали по блиску кольчуги, яка висвічувала при місячному світлі, і кожен палкий поляк намагався захопити його в полон.[27] Відбулася жорстока сутичка. Один ударив Богуна древком прапора по голові, інші схопили його за руки й ноги. Відзначаючись надзвичайною фізичною силою, Богун одним рухом скинув повислих на ньому ворогів, вирвався і, відбиваючись шаблею, погнав коня через річку. Кінь Богуна потрапив в oполонку, його закрутив вир, били уламки льоду, він задубів, але вискочив з води і щасливо доніс вершника до монастиря. Наче сама доля вирвала із рук шляхти здобич - Іван Богун вийшов з цієї сутички неушкодженим. Наступного дня він продовжував хоробро битися із шляхтою, яка штурмувала козацькі укріплення.
Для об'єктивності, так би мовити, наводимо уривок з польського літопису «Краткая история о бунтах Хмельницкого и войне с татарами, шведами и уграми, в царствование Владислава и Казимира, в продолжении двенадцати лет, начиная с 1647 г. »:
«…ПослЂ чего пошелъ Горнецкій съ 12 т. бракованнаго коннаго войска, который разрушалъ на пути взбунтовавшіеся города, никому не давалъ пощады, и мечемъ и огнемъ опустошалъ такъ, что отъ Согребыщъ (Sohrebyszcz), Беашады (Beaszada) и Умани (Chumen) почти вся Браславщина опустЂла ; въ УманЂ же, заставъ множество гультайства, собравшагося на ярмарку, быстро ворвался въ городъ съ войскомъ, и, не давая Козакамъ развернуться, приказалъ всЂхъ рЂзать, не спуская никому; даже женщинъ, тирански рЂзалъ для острастки другимъ городамъ. Хмельницкій, бывъ объ этомъ нев Ђрно ув Ђдомленъ, ибо ему кто-то сказалъ, что такія опустошенія /46/ производитъ своевольная и небольшая толпа Поляковъ, послалъ съ полкомъ Богуна, который, завидЂвъ наше огромное войско, противъ него идущее, возвратился назадъ и заперся въ Монастыришкахъ, а между тЂмъ послалъ къ Хмельницкому, увЂдомляя его обо всемъ. Тогда наши атаковали его въ Монастыришкахъ, но и сами понесли значительный уронъ, ибо Богунъ сильно защищался; однако, когда крЂпкій сдЂлали приступъ и зажгли замокъ, тогда Богунъ усомнился въ своихъ силахъ и какимъ-то чуднымъ образомъ ускользнулъ изъ рукъ нашихъ Поляковъ. На этомъ-то приступЂ самъ Чарнецкій былъ не опасно раненъ въ лице стрЂлою. ЗдЂсь совершился дивный Божій судъ, не допустившій нашимъ взять Богуна; а что еще хуже, когда замокъ горЂлъ, какой-то негодяй закричалъ: „Орда идетъ!“ На этотъ крикъ наши, тотчасъ потерявъ совершенно глаза, опрометью бросились и покинули, уже добытый, замокъ, оставили возы свои и больныхъ на лагерномъ мЂстЂ и за 7 миль убЂжали. Хмельницкій же, медленно, въ нЂсколько дней, прибылъ въ Монастыришки, но уже дЂло было кончено (po harapie) дивился и смЂялся, что наши безъ стыда, сами не зная для чего, ушли».[28]