Поэтому, каким бы Борис Годунов не был царём, в глазах людей он был убийцей. «Природный» царь, то есть настоящий, имел право убивать и при этом не быть убийцей – ведь он был Богом. Наказание царя - это Божье наказание, даже если он убивает собственного сына. Казнимые ужасными способами и умирая в тяжёлых мучениях, жертвы славили своего мучителя – царя, ведь они принимали Божье наказание. А Борис Годунов был самым грешным из убийц, ведь его руки были в крови «природных» царевичей. Люди верили, что его приход к власти неминуемо навлечёт гнев Божий на Московское царство. Не прибавляла Борису Годунову популярности и его жена. Мария Григорьевна, дочь Григория Лукьяновича Бельского, известного Москве под именем Малюты Скуратова, самого любимого опричника царя Ивана Грозного. Одно его имя наводило ужас на людей. И хотя многие источники сообщают, что его дочь не имела ничего от характера отца, была добропорядочна, сердечна, много занималась благотворительностью, народ не верил в её искренность. Так имя Бориса Годунова было связано со страшным Малютой Скуратовым, и хотя последнего давно не было в живых, он являлся родным дедом детям Бориса, а главное новому наследнику – Фёдору Борисовичу Годунову. Неудивительно, что в летописях и других письменных источниках периода после Смуты правление Бориса Годунова описывается следующим образом: «После смерти Ивана Грозного, Борис Годунов сослал царевича Дмитрия и Нагих в Углич, Богдана Бельского подговорил устроить покушение на Феодора Ивановича, потом сослал его в Нижний, а И.Ф. Мстиславского в заточение, где повелел его удушить; призвал жену Магнуса, «короля Ливонского», дочь Старицкого князя Владимира Андреевича — Марью Владимировну, чтоб насильно постричь ее в монастырь и убить дочь ее Евдокию. Далее он велел перебить бояр и удушить всех князей Шуйских, оставив почему-то Василия да Дмитрия Ивановичей; затем учредил патриаршество, чтобы на патриаршем престоле сидел «доброхот» его Иов; убил Дмитрия, подделал извещение об убийстве, подтасовал следствие и постановление собора об этом деле, поджег Москву, призвал Крымского хана, чтобы отвлечь внимание народа от убийства царевича Дмитрия и пожара Москвы; далее он убил племянницу свою Феодосию, отравил Феодора Ивановича, чуть ли не силой заставил посадить себя на царский трон, подтасовав земский собор, и плетьми сбивая народ кричать, что желают именно его на царство; ослепил Симеона Бекбулатовича, после этого создал дело о заговоре «Никитичей», Черкасских и других, чтобы «извести царский корень», всех их перебил и заточил; наконец, убил сестру свою царицу Ирину за то, что она не хотела признать его царем; был ненавистен боярам за то, что грабил, разорял и избивал их; народу — за то, что ввел крепостное право, духовенству — за то, что отменил тарханы и потворствовал чужеземцам, лаская их, приглашая на службу в Россию и предоставляя свободно исповедовать свою религию; московским купцам и черни — за то, что обижал любимых ими Шуйских и Романовых и пр. Затем он отравил жениха своей дочери, не смог вынести самозванца и отравился сам. Вот и все”. Подкрепленный точными ссылками, этот перечень обвинений на Годунова не измышлен и даже не преувеличен. Он только собирает вместе все то, чему верили и чему не верили историки, что они излагали, как факт, и что опускали по несообразности и невероятности. Несчастье Бориса состояло в том, что в старые времена писавшие о нем не выходили из круга преданий и клевет, внесенных в летописи и мемуары.
Таким образом, судьба царя Бориса связана с удивительным парадоксом – правитель, стремившийся оказать реальную помощь народу, повысить его благосостояние, укрепить военную мощь и внешнеполитическое положение державы – в народе не только не был популярен, но и наоборот ненавидим. Бориса обвиняли во всех грехах и бедах – смерть царя Ивана, царевича Дмитрия, царя Федора, и даже сестры-царицы Ирины Годуновой – приписывалась злодействам Годунова. Не говоря уже об обвинениях в поджоге Москвы, сговоре с крымским ханом, и ропоте на царя за опалы на бояр, масштаб которых, не мог идти ни в какое сравнение с террором Грозного. Причина подобного отношения к правителю в том, что общество все-таки не могло простить ему стремительное возвышение до царского престола. В русских исторических повестях начала XVII века Годунов часто называется «рабоцарем». Восхождение Годунова на престол венчало процесс разрушения облика незыблемости и недосягаемости царской власти.
Суждения дворянского историографа о Годунове не отличались глубиной. А.С. Пушкин понимал историческое прошлое несравненно лучше. Истоки трагедии Годунова он усматривал в отношении народа к власти. Борис погиб потому, что от него отвернулся собственный народ. Крестьяне не простили ему отмены старинного Юрьева дня, ограждавшего их свободу. Начиная с В.Н. Татищева немало историков считали Годунова творцом крепостного режима. В.О. Ключевский придерживался иного взгляда: “...Мнение об установлении крепостной неволи крестьян принадлежит к числу наших исторических сказок”. Обвинения Годунова во многих кровавых преступлениях Ключевский отмёл как клевету. Яркими красками нарисовал он портрет человека, наделённого умом и талантом, но всегда подозреваемого в двуличии, коварстве и бессердечии. Загадочная смесь добра и зла - таким виделся ему Борис. С.Ф. Платонов посвятил Годунову книгу, не утратившую значения для наших дней. Он также не считал Бориса инициатором закрепощения крестьян. В своей политике, утверждал Платонов, Годунов выступал как поборник общегосударственной пользы, связавший свою судьбу с интересами среднего класса. Многочисленные обвинения против Бориса никем не доказаны. Но они запятнали правителя в глазах потомков.
IV. Завершение династии Годуновых
После событий в Кромах положение быстро ухудшалось. В Москве – всеобщее смятение. Люди открыто говорят о скором приходе «природного» царя: Фёдор для них – самозванец и сын Ирода. Только жестокость смогла бы удержать толпу. Но 16-летний царь, оставшийся без поддержки не знает, что делать. Он предпринимал отчаянные усилия, чтобы удержать контроль за положением в столице. Казна раздала населению огромные суммы на помин души Бориса, на самом же деле — чтобы успокоить народ. Но щедрая милостыня не достигла цели. Грозный мятеж осложнялся паникой. Прошёл слух, что атаман Корела, стоит уже под стенами столицы. Богатые люди прятали свои сокровища; они одинаково боялись и казаков и черни. Начальство всё-таки пыталось организовать оборону, вооружая стрельцов, устанавливая батареи по стенам. Но приказания плохо исполнялись, а толпа смеялась над ними.
10 июня 1605 года два гонца Лжедмитрия, Наум Плещеев и Гаврила Пушкин, появились в Красном Селе, предместье столицы, населённым давними врагами Годуновых – купцами и ремесленниками. Гонцам тотчас же предложили провести их в город. Отряд стрельцов явился было загородить им путь, но быстро рассеялся, и оба беспрепятственно прибыли на Лобное место. Народ тотчас собрался и выслушал содержание письма претендента к боярам. Этим всё кончилось: судьба Годуновых была решена. Патриарх умолял бояр вступиться и помочь, но Василий Иванович Шуйский отрёкся от своих слов и объявил, что царевич Дмитрий жив, он спасся от смерти. Позднейшие события указывают только на быстро установившееся соглашение между мятежниками и теми, кому поручали их успокоить. Толпа хлынула в Кремль; захваченные народными толпами бояре явились туда же, и даже руководили арестом Фёдора. Вместе с матерью и сестрой его заключили в доме Бориса, где они жили до его воцарения.