Как человек умный, Борис сознавал отсталость русского народа в образовании сравнительно с народами Западной Европы, понимал пользу науки для государства. Есть известие, что Борис хотел завести в Москве высшую школу, где бы учили иностранцы, но встретил препятствие со стороны духовенства. Он имел намерение завести в стране даже университеты. В Священную Римскую империю в 1600 году был послан Иоанн Крамер, который должен был подобрать там и привезти в Москву профессоров и докторов, но и это русское духовенство не позволило. Борис первый решился послать нескольких юношей учиться в Западную Европу: в Любек, Англию, Францию и Австрию. Эта первая отправка русских учеников заграницу была неудачна: все они там и остались. Борис посылал в Любек приглашать в царскую службу врачей, рудознатцев, суконников и разных мастеров. Приезжавших в Москву немцев из Ливонии и Германии царь принимал весьма ласково, назначал им хорошее жалованье и награждал поместьями с крестьянами. Иностранные купцы пользовались покровительством Бориса. Из иноземцев, преимущественно из ливонских немцев, составился особый отряд царской гвардии. При Борисе состояло шесть иностранных медиков, получавших огромное вознаграждение. Немцам разрешено было построить в Москве лютеранскую церковь. Есть известие, что некоторые из русских, желая подражать по внешности иностранцам, стали брить бороды. Признательность иностранцев к милостям царя не осталась незамеченной. В 1602 году учёный муж Фидлер сочинил о Борисе похвальное слово, которое читала вся Европа. Развернулось небывалое строительство городов, крепостных сооружений. При нем власти проявляли заботу о распространении книгопечатания, вследствие чего во многих городах были открыты типографии. При царе Борисе в жизнь Москвы вошли неслыханные новшества, например, в Кремле был сооружен водопровод, по которому вода поднималась мощными насосами из Москвы-реки по подземелью на Конюшенный двор. Заимствовав псковский опыт, Борис устроил первые в столице богадельни. В Кремле, подле Архангельского собора, он приказал выстроить обширные палаты для военных приказных ведомств, в Китай-городе, на месте сгоревших торговых рядов, - Каменные лавки. Мастера заменили старый, обветшавший мост через Неглинную новым, широким, по краям которого расположились торговые помещения. На Красной площади выросло каменное Лобное место с резными украшениями и решетчатой дверью. Строительство превратилось в подлинную страсть Годунова. По его приказу была достроена колокольня "Иван Великий", Архангельский собор, Успенский собор. Борис Годунов покровительствовал талантливым строителям и архитекторам. Благодаря его поддержке раскрылся талант Федора Коня, под руководством которого строители опоясали Белый город в Москве мощными каменными стенами с 27 башнями . Федор Конь руководил возведением грандиозных крепостных сооружений в Смоленске в 1595-1602 годах. Борис сам участвовал в закладке смоленской крепости. Искусные мастера отлили для колокольни Ивана Великого огромный колокол. Из-за неслыханной тяжести его так и не смогли поднять наверх и сложили для него особую - деревянную «колокольницу». Подле Архангельского собора были выстроены обширные палаты для военных приказных ведомств. С размахом осуществлялось и церковное строительство.
Первые два года правления Бориса Годунова казались лучшими временами России XV века. Борис исполнял обет царского венчания и справедливо хотел именоваться отцом народа. Но он чувствовал нелюбовь народа и своего окружения. Постепенно он становился подозрительным, перестал доверять приближённым, ввёл систему доносов. Первым пострадал Богдан Бельский, который лучше всех знал Бориса. Этого знатного князя послали строить отдалённую крепость Борисов на берегу Северского Донца. Затем Бельского заточили в темницу. В опалу попал род Захарьина – Романова. Боярина Никиту Романова выслали из Москвы. Он оставил пятерых сыновей - Фёдора, Александра, Михаила, Иоанна и Василия. Борис опасался влиятельных братьев Романовых, и, воспользовавшись слухом о том, что они якобы хотят отравить царя постарался расправиться с ними. Состоялся обыск. У одного у братьев обнаружили несколько мешков каких-то корений. Романовых и их родственников взяли под стражу, пытали, выслали по приговору из Москвы в отдалённые места и постригли в монахи. Это было одно из гнуснейших дел Бориса. Без всяких на то оснований, схватили так же Черкасских, Репниных, Карповых, Сицких и других. Всех пытали, мучили и терзали из слуг. В июне 1601 года по приказу Бориса Годунова, постригли в монахи и сослали в Сийскую Антониеву обитель Фёдора Никитича Романова, в монашестве названного Филаретом. Его жену Ксению Иоанновну, также постриженную и названную Марфой, отправили в один из Заонежских погостов. Братьев Романовых – сослали в разные места. Родственников Романова князя Бориса Черкасского с женой и детьми Фёдора Романова – шестилетнего Михаила (будущего царя) и юную дочь отправили в Белоозеро. Князей Сицких, Карповых, Репниных разлучили с жёнами и заточили в разные монастыри по всей России. Не одних Захарьиных–Романовых опасался Борис Годунов. Запретили жениться князю Илье Милославскому и Василию Шуйскому, опасаясь, что их дети могли бы состязаться в знатности с сыном Бориса Годунова. Не было шумных казней, но тысячи несчастных томились в темницах, пытали по доносам. Ненависть к Годунову усиливалась.