В IX и X вв. епископы достигают высокой степени могущества; в XI в., во время преследования патаренов в Италии, деятельность их отличается большою энергией. Уже в эту эпоху церковь охотнее обращается к насильственным мерам против еретиков, чем к средствам увещания. Наиболее строгими наказаниями еретиков уже в ту пору были конфискация имущества и сожжение на костре.
В конце XII и начале XIII в. литературно-художественное движение в Южной Франции и связанное с ним учение альбигойцев угрожали серьезной опасностью католической ортодоксии и папскому авторитету. Для подавления этого движения вызывается к жизни новый монашеский орден - доминиканцев (Х, 862). Слово инквизиция, в техническом смысле, употреблено впервые на Турском соборе, в 1163 г., а на Тулузском соборе, в 1229 г., апостольский легат.
Еще на Веронском синоде, в 1185 г., изданы были точные правила касательно преследования еретиков, обязывавшие епископов возможно чаще ревизовать свои епархии и выбирать зажиточных мирян, которые оказывали бы им содействие в розыске еретиков и предании их епископскому суду; светским властям предписывалось оказывать поддержку епископам, под страхом отлучения и других наказаний.
Дальнейшим своим развитием инквизиция обязана деятельности Иннокентия III (1198-1216), Григория IX (1227-1241) и Иннокентия IV (1243-1254). Около 1199 г. Иннокентий III уполномочил двух цистерцианских монахов, Гюи и Ренье, объездить, в качестве папских легатов, диоцезы южной Франции и Испании, для искоренения ереси вальденсов и катаров. Этим создавалась как бы новая духовная власть, имевшая свои специальные функции и почти независимая от епископов. В 1203 г. Иннокентий III отправил туда же двух других цистерианцев, из монастыря Fontevrault - Петра Кастельно и Ральфа; вскоре к ним был присоединен и аббат этого монастыря, Арнольд, и все трое возведены были в звание апостольских легатов. Предписание возможно строже обходиться с еретиками привело, в 1209 г., к убийству Петра Кастельно, что послужило сигналом к кровавой и опустошительной борьбе, известной под именем альбигойских войн.
Несмотря на крестовый поход Симона Монфора, ересь продолжала упорно держаться, пока против ее не выступил Доминик Гусман (X, 959), основатель ордена доминиканцев. В заведование этого ордена всюду перешли инквизиционные суды, после того как последние изъяты были Григорием IX из епископской юрисдикции. На Тулузском соборе 1229 г. было постановлено, чтобы каждый епископ назначал одного священника и одно или более светских лиц для тайного розыска еретиков в пределах данной епархии. Несколько лет спустя инквизиторские обязанности были изъяты из компетенции епископов и специально вверены доминиканцам, представлявшим то преимущество перед епископами, что они не были связаны ни личными, ни общественными узами с населением данной местности, и потому могли действовать, безусловно, в папских интересах и не давать пощады еретикам.
Установленные в 1233 г. инквизиционные суды вызвали в 1234 г. народное восстаниe в Нарбонне, а в 1242 г. - в Авиньоне. Несмотря на это, они продолжали действовать в Провансе и распространены были даже и на сев. Францию. По настоянию Людовика IX, папа Александр IV назначил в 1255 г. в Париже одного доминиканского и одного францисканского монахов на должность генеральных инквизиторов Франции. Ультрамонтанское вмешательство в дела галликанской церкви встречало, однако, беспрестанное противодействие со стороны ее представителей; начиная с XIV в., французская инквизиция подвергается ограничениям со стороны государственной власти и постепенно приходить в упадок, которого не могли удержать даже усилия королей XVI века, боровшихся против реформации.
Тем же Григорием IX инквизиция введена была в Каталонии, в Ломбардии и в Германии, причем повсюду инквизиторами назначались доминиканцы. Из Каталонии инквизиция быстро распространилась по всему Пиренейскому полуострову, из Ломбардии - в различных частях Италии, не везде, впрочем, отличаясь одинаковою силой и характером. Так, например, в Неаполе она никогда не пользовалась большим значением, вследствие беспрестанных раздоров между неаполитанскими государями и римскою курией. В Венеции инквизиция (совет десяти) возникла в XIV в. для розыска соучастников заговора Тьеполо и являлась политическим трибуналом. Наибольшего развития и силы инквизиция достигла в Риме. О степени влияния инквизиции в Италии и о впечатлении, произведенном ею на умы, свидетельствует сохранившаяся во флорентийской церкви S. Maria Novella знаменитая фреска Симона Мемми, под названием «Domini canes» (каламбур, основанный на созвучии этих слов со словом dominicani), изображающая черно-белых собак, отгоняющих волков от стада. Наибольшего развития итальянская инквизиция достигает в XVI в., при папах Пии V и Сиксте V.
В Германии инквизиция первоначально направлена была против племени стедингов, отстаивавших свою независимость от бременского архиепископа, Здесь она встретила всеобщий протест. Первым инквизитором Германии был Конрад Марбургский; в 1233 г. он был убит во время народного восстания, а в следующем году той же участи подверглись и два главные его помощника. По этому поводу в Вормской летописи говорится: «таким образом, при Божьей помощи, Германия освободилась от гнусного и неслыханного суда». Позже папа Урбан V, опираясь на поддержку императора Карла IV, снова назначил в Германию двух доминиканцев, в качестве инквизиторов; однако, и после этого инквизиция не получила здесь развития. Последние следы ее были уничтожены реформацией. Инквизиция проникла даже в Англию, для борьбы против учения Виклефа и его последователей; но здесь значение ее было ничтожно.
Из славянских государств только в Польше существовала инквизиция, и то очень недолго. Вообще, учреждение это пустило более или менее глубокие корни только в странах, населенных романским племенем, где католицизм оказывал глубокое влияние на умы и образование характера.
Испанская инквизиция, возникшая в XIII в., как отголосок современных событий в южной Франции, возрождается с новой силой в конце XV в., получает новую организацию и приобретает огромное политическое значение. Испания представляла наиболее благоприятные условия для развития инквизиции. Многовековая борьба с маврами способствовала развитию в народе религиозного фанатизма, которым с успехом воспользовались водворившиеся здесь доминиканцы. Нехристиан, именно евреев и мавров, было много в местностях, отвоеванных от мавров христианскими королями Пиренейского полуострова. Мавры и усвоившие их образованность евреи являлись наиболее просвещенными, производительными и зажиточными элементами населения. Богатство их внушало зависть народу и представляло соблазн для правительства. Уже в конце XIV в. масса евреев и мавров силою вынуждены были принять христианство, но многие и после того продолжали тайно исповедовать религию отцов.
Систематическое преследование этих подозрительных христиан инквизицией начинается со времени соединения Кастилии и Арагонии в одну монархию, при Изабелле Кастильской и Фердинанде Католике, реорганизовавших инквизиционную систему. Мотивом реорганизации являлся не столько религиозный фанатизм, сколько желание воспользоваться инквизицией для упрочения государственного единства Испании и увеличения государственных доходов, путем конфискации имущества осужденных. Душою новой инквизиции в Испании был духовник Изабеллы, доминиканец Торквемада. В 1478 году была получена булла от Сикста IV, разрешавшая «католическим королям» установление новой инквизиции, а в 1480 г. был учрежден в Севилье первый трибунал ее; деятельность свою он открыл в начале следующего года, а к концу его уже мог похвалиться преданием казни 298 еретиков. Результатом этого была всеобщая паника и целый ряд жалоб на действия трибунала, обращенных к папе, главным образом, со стороны епископов. В ответ на эти жалобы Сикст IV в 1483 г. предписал инквизиторам придерживаться той же строгости по отношению к еретикам, а рассмотрение апелляций на действия инквизиции поручил севильскому apxиeпископу Иньиго Манрикесу. Несколько месяцев спустя, он назначил великим ген. инквизитором Кастилии и Арагонии Торквемаду, который и завершил дело преобразования испанской инквизиции.
Инквизиционный трибунал сперва состоял из председателя, 2 юристов-ассесоров и 3 королевских советников. Эта организация скоро оказалась недостаточной и взамен ее создана была целая система инквизиционных учреждений: центральный инквизиционный совет и 4 местных трибунала, число которых потом было увеличено до 10. Имущества, конфискованные у еретиков, составляли фонд, из которого черпались средства для содержания инквизиционных трибуналов и который, вместе с тем, служил источником обогащения папской и королевской казны. В 1484 г. Торквемада назначил в Севилье общий съезд всех членов испанских инквизиционных трибуналов, и здесь был выработан кодекс (сперва 28 постановлений; 11 были добавлены поздние), регулировавший инквизиционный процесс.
С тех пор дело очищения Испании от еретиков и нехристиан стало быстро подвигаться вперед, особенно после 1492 г., когда Торквемаде удалось добиться у «католических королей» изгнания из Испании всех евреев. Результаты истребительной деятельности испанской инквизиции при Торквемаде, в период от 1481 г. до 1498 г., выражаются следующими цифрами: около 8 800 человек было сожжено на костре; 90 000 человек подверглось конфискации имущества и церковным наказаниям; кроме того были сожжены изображения, в виде чучел или портретов; 6 500 человек, спасшихся от казни посредством бегства или смерти. В Кастилии инквизиция пользовалась популярностью среди фанатичной толпы, с удовольствием сбегавшейся на аутодафе, а Торквемада до самой смерти встречал всеобщий почет. Но в Арагонии действия инквизиции неоднократно вызывала взрывы народного негодования; во время одного из них Педро Арбуэс, председатель инквизиционного суда в Сарагоссе, не уступавший в жестокости Торквемаде, был убит в церкви, в 1485 г. Преемники Торквемады, Диего-Деса и особенно Хименес, apxиeп. толедский и духовник Изабеллы, закончили дело религиозного объединения Испании.