З кінцем 1629 р. прийшло до гострої боротьби між запорожцями й реєстровими. Запорожці вбили гетьмана реєстрових Григорія Савича-Чорного. Це дало почин до нової війни з поляками, бо польська влада стала по стороні реєстрових. Запорозький гетьман Тарас Федорович виступив зі своїми полками на волость і укріпився в Переяславі 1630 р. На Дніпрі він понищив усі перевози, порозставляв сторожі здовж ріки. В Переяславі зібралося до 37.000 козаків, в інших місцевостях повстали міщани й селяни. Польські війська з трудом перейшли Дніпро й почали боротьбу з козаками. Війна тривала три тижні. Поляки не змогли добути козацького табору, — зате козаки зручним випадом дібралися до польських шанців і захопили кілька гармат та інші воєнні засоби. Потім почалися переговори: прийшло до нової т. зв. переяславської умови. Польський уряд погодився на те, щоб реєстр підвищити до 8000. Доповнення реєстру мала перевести мішана комісія, складена з реєстрових і випищиків. Правда, поляки жадали, щоб їм видати Тараса Федоровича, але військо рішуче відкинуло цю вимогу. Всі повстанці дістали амністію.
Тепер знову прийшли до впливу провідники реєстрових. Вони старались утримати добрі відносини з Польщею, добути матеріальні користі для війська. Гетьман Іван Кулага-Петражицький (1631-1632 р.), товариш Михайла Дорошенка, придумав сміливий план добути для козаків голос при виборі польського короля; досі короля вибирала тільки шляхта і, коли б і козаки були дістали таке право, то їх значіння, як військового стану, дуже піднеслося б. Але поляки відкинули ці жадання. Цю невдачу на політичному полі козаки приписували Петражицькому: його скинули з гетьманства й покарали на горло. Його наслідник Тиміш Орендаренко 1633 р. водив 20000 козаків під Смоленськ на підмогу полякам проти Москви.
Але Запорожжя незабаром знову підняло голову. В 1635 р. Іван Сулима, славний зі своїх походів на море, зруйнував Кодак, польський замок над Дніпровими порогами, що мав заступати козакам шлях на Запорожжя. Але реєстрові зрадою його спіймали і він віддав голову під сокиру ката.
В 1637 р. запорожці знову захопили артилерію й рушили на волость під проводом Паша Михновича Бута, якого звали Павлюком.
В грудні 1637 р. натягнули з Запорожжя головні сили під проводом Павлюка. Це військо налічувало 23000 людей, було вміло поділене на полки й сотні, але ж не мало доброї зброї; частина була зі самопалами, інші ж мали тільки рогатини, коси, сокири. Артилерія складалася з 10 пушок. Дух між козаками був добрий, військо йшло з охотою, сміливо, з веселими окликами. До першого бою прийшло 16 грудня під Кумейками над р. Россю. Козаки привітали ворога з гармат і бігцем пустилися до наступу.
Але поляки вислали на них кінну драгунію й за нею піші полки. Павлюк необережно відслонив лівий бік табору; туди вдарили поляки, розірвали лінію возів, підпалили порох, що лежав на них, у козацьких рядах прийшло до сполоху і в метушні полягло багато війська.
Павлюк уважав битву за програну. Залишив оборону табору Дмитрові Гуні та сам з артилерією повернувся назад, щоб підготовитися зустріти поляків. Він спинився під Боровицею й заклав табір та укріплення до оборони. Але вести дальшу боротьбу й йому не судилося. Козацьке військо, прибите невдачею, завело переговори з поляками й видало їм старшину. Павлюка й давнішого гетьмана Томиленка постигла смерть.
Але козацьке повстання ще не вщухло. Частина старшини врятувалася від польської неволі й на Лівобережжі почала організувати наново боротьбу.
Гетьманом був спершу Яцко Острянин. Він укріпився в Голтві, тут 5-6 травня 1638 р. видержав наступ польських сил, погромив їх і присилував до втечі. Але друга битва, під Лубнами, не повелася; Острянин пробував ще боротися, але не мав щастя, знеохочений уступив з гетьманства й переселився за московську границю, у Слобідщину.
Новим гетьманом вибрало Дмитра Гуню. Він почав відворот до Дніпра, щоб бути ближче Запорожжя, і укріпився на урочищі Старець при усті Сули до Дніпра. Місце для оборони було дуже добре, високе й недоступне: з двох сторін річка, з третьої болота й луги; доволі було дерева, паші для коней і води. Тут було здавна якесь городище, вали й рови. Гуня скріпив цю позицію ще всякими шанцями, заслонами з землі та дерева. Козацьке військо видержало тут 6-тижневу облогу, від 22 червня до 7 вересня 1638 р. Всі наступи поляків були безуспішні, козаки відбивали їх, а то й часто робили випади на польський табір. їх завзяття піддержували все надії, що прийде поміч Дніпром з Запорожжя. Але полковник Філоненко, що йшов із підмогою, попав у польську засідку і прорвався до Старця лише з невеликим відділом і частиною харчів. Козаки були приневолені завести переговори з поляками ї Прийняти нову, важку ординацію.
Польський уряд порішив відібрати козацькому війську всі його дотеперішні вольності і привілеї. Козаки мусіли передати полякам артилерію, корогви, булави й усі військові відзнаки. Реєстрове військо утратило свою самоуправу. На його чолі мав стояти не виборний гетьман, а комісар, назначений королем. Полковниками мали бути не козаки, а польські офіцери. Реєстр зменшено знову до 6000 і до війська допущено тільки тих, що не брали участи в повстанні. Це був такий тяжкий погром, Що козаки не могли прочуняти з нього цілих десять років.