Реформы армии и флота. При вступлении на царство Пётр получил в распоряжение постоянное стрелецкое войско, склонное к анархии и мятежам, не способное сражаться с западными армиями. Преображенский и Семёновский полки, выросшие из детских потех юного царя, стали первыми полками новой российской армии, построенной с помощью иностранцев по европейскому образцу. Реформирование армии и создание флота стали необходимыми условиями победы в Северной войне 1700—1721 годов.
Готовясь к войне со Швецией, Пётр велел в 1699 году произвести общий рекрутский набор и начать обучение солдат по образцу, заведённому у преображенцев и семёновцев. Этот первый рекрутский набор дал 27 пехотных полков и два драгунских. В 1705 году каждые 20 дворов должны были выставлять на пожизненную службу одного рекрута, холостого парня в возрасте от 15 до 20 лет. Впоследствии рекрутов стали брать с определённого числа душ мужского пола среди крестьян. Набор во флот, как и в армию, осуществлялся из рекрутов.
Если поначалу среди офицеров были преимущественно иностранные специалисты, то после начала работы навигационной, артиллерийской, инженерной школ рост армии удовлетворялся русскими офицерами из дворянского сословия. В 1715 году в Петербурге была открыта Морская академия. В 1716 году был издан Воинский Устав, строго определявший службу, права и обязанности военных.
В результате преобразований была создана сильная регулярная армия и мощный военно-морской флот, которого ранее у России просто не было.
Церковная реформа. Одним из преобразований Петра I была осуществлённая им реформа церковного управления, направленная на ликвидацию автономной от государства церковной юрисдикции и подчинение российской иерархии Императору. В 1700 году, после смерти патриарха Адриана, Пётр I вместо созыва собора для выборов нового патриарха временно поставил во главе духовенства митрополита Рязанского Стефана Яворского, получившего новый титул Блюстителя патриаршего престола или «Экзарха».
Для управления имуществом патриаршего и архиерейских домов, а также монастырей, в том числе и принадлежащими им крестьянам (примерно 795 тыс.) был восстановлен Монастырский приказ во главе с И. А. Мусиным-Пушкиным, который вновь стал ведать судом над монастырскими крестьянами и контролировать доходы от церковно-монастырских землевладений.
В 1701 вышла серия указов для реформирования управления церковно-монастырскими владениями и устройства монашеского быта. Наиболее важными были указы 24 и 31 января 1701 г.
В 1721 году Пётр утвердил Духовный регламент, составление которого было поручено псковскому епископу, приближённому царя малороссу Феофану Прокоповичу. В результате произошла коренная реформа церкви, ликвидировавшая автономию духовенства и полностью подчинившая его государству.
В России было упразднено патриаршество и учреждена Духовная коллегия, вскоре переименованная в Святейший Синод, который был признан восточными патриархами равночестным патриарху. Все члены Синода назначались Императором и приносили ему верноподданническую присягу при вступлении в должность.
Вероисповедная политика. Эпоха Петра была отмечена тенденцией к большей религиозной терпимости. Петр прекратил действие принятых Софьей «12 статей», согласно которым старообрядцы, отказавшиеся отречься от «раскола», подлежали сожжению на костре. «Раскольникам» было позволено исповедовать свою веру, при условии признания существующего государственного порядка и уплаты налогов в двойном размере. Полная свобода веры была предоставлена приезжавшим в Россию иностранцам, сняты ограничения на общение православных с христианами иных концессий (в частности разрешены межконфессиональные браки).
Финансовая реформа. Азовские походы, а затем и Северная война 1700—1721 годов требовали огромных средств, на сбор которых и были направлены финансовые реформы.
На первом этапе всё сводилось к поиску новых источников средств. К традиционным таможенным и кабацким поборам добавлялись сборы и выгоды от монополизации продажи отдельных товаров (соли, алкоголя, дёгтя, щетины и т. д.), косвенных налогов (банные, рыбные, конские налоги, налог на дубовые гробы и т. д.), обязательное использование гербовой бумаги, чеканка монет меньшего веса (порча).
В 1704 году Петром была проведена денежная реформа, в результате которой основной денежной единицей стала не деньга, а копейка. Тогда же был отменен и неразменный рубль, бывший с XV века условной денежной единицей, приравненной к 68 граммам чистого серебра и использовавшейся в качестве эталона при обменных операциях. Важнейшей мерой в ходе финансовой реформы стало введение подушной подати вместо существовавшего до этого подворного обложения. В 1710 году была проведена «подворная» перепись, показавшая уменьшение количества дворов. Одной из причин такого уменьшения было то, что с целью уменьшения налогов несколько дворов обносили одним плетнем, и делали одни ворота (это считалось при переписи одним двором). В силу указанных недостатков было принято решение о переходе к подушной подати. В 1718—1724 годах была проведена повторная перепись населения параллельно с ревизией населения (пересмотром переписи), начавшейся в 1722 году. По этой ревизии лиц податного состояния оказалось 5 967 313 человек.
На основе полученных данных правительство разделило на численность населения количество денег, необходимых для содержания армии и флота.
В результате был определён размер подушной подати. Облагались податью только мужчины, независимо от возраста. Дворянство, духовенство, а также солдаты и казаки от подушной подати освобождались. Душа была счётной — между ревизиями умершие не исключались из податных списков, новорождённые не включались, в результате налоговая нагрузка распределялась неравномерно.
В результате податной реформы был значительно увеличен размер казны за счёт распространения налогового бремени не только на крестьянство, но и на их помещиков.
Преобразования в промышленности и торговле. Осознав во время Великого посольства техническое отставание России, Пётр не мог обойти стороной проблему реформирования российской промышленности. Одной из главных проблем было отсутствие квалифицированных мастеров. Царь решал эту проблему путём привлечения на русскую службу иностранцев на выгодных условиях, посылкой русских дворян на обучение в Западную Европу. Фабриканты получали большие привилегии: освобождались с детьми и мастерами от военной службы, были подсудны только суду Мануфактур-коллегии, избавлялись от податей и внутренних пошлин, могли беспошлинно привозить из-за границы нужные им инструменты и материалы, их дома освобождались от военного постоя.
Около Нерчинска в Сибири в 1704 был построен первый в России сереброплавильный завод. В следующем году он дал первое серебро.
Существенные меры были предприняты по геологоразведке полезных ископаемых России. Ранее российское государство в сырьевом отношении полностью зависело от иностранных государств, прежде всего, Швеции (оттуда везли железо), однако после открытия залежей железной руды и других полезных ископаемых на Урале надобность в закупках железа отпала. На Урале в 1723 заложен крупнейший железоделательный завод в России, из которого развился город Екатеринбург. При Петре были основаны Невьянск, Каменск-Уральский, Нижний Тагил. Появляются оружейные заводы (пушечные дворы, арсеналы) в Олонецком крае, Сестрорецке и Туле, пороховые заводы — в Петербурге и под Москвой, развивается кожевенная и текстильная промышленность — в Москве, Ярославле, Казани и на Левобережной Украине, что обуславливалось необходимостью производства экипировки и обмундирования для русских войск, появляется шелкопрядение, производство бумаги, цемента, сахарный завод и шпалерная фабрика.
В 1719 году была издана «Берг-привилегия», по которой всякому давалось право всюду искать, плавить, варить и чистить металлы и минералы при условии платежа «горной подати» в 1/10 стоимости добычи и 32-х долей в пользу владельца той земли, где найдены залежи руды. За утайку руды и попытку препятствовать добыче собственнику грозила конфискация земли, телесное наказание и даже смертная казнь «по вине смотря».
Основной проблемой на русских мануфактурах того времени была нехватка рабочей силы. Проблема решалась насильственными мерами: к мануфактурам приписывали целые деревни и сёла, крестьяне которых отрабатывали свои подати государству на мануфактурах (такие крестьяне получат название приписных), на фабрики посылали преступников и нищих. В 1721 году последовал указ, в котором разрешалось «купецким людям» покупать деревни, крестьян которых можно было переселять на мануфактуры (такие крестьяне получат название посессионных).
Дальнейшее развитие получила торговля. Со строительством Петербурга роль главного порта страны перешла от Архангельска к будущей столице. Сооружались речные каналы.
В целом политику Петра в торговле можно охарактеризовать как политику протекционизма, заключающуюся в поддержке отечественного производства и установление повышенных пошлин на импортную продукцию (это соответствовало идее меркантилизма). В 1724 году был введён защитный таможенный тариф — высокие пошлины на иностранные товары, которые могли изготовлять или уже выпускали отечественные предприятия.
Таким образом, при Петре было положено основание русской промышленности, в результате чего в середине XVIII века Россия вышла на первое место в мире по производству металла. Число фабрик и заводов в конце царствования Петра простиралось до 233.