Во время войны между Псковом и Ливонским орденом в 1406-1409 гг. торговые отношения с Ганзой были прерваны, но вскоре возобновлены. Инициатива в восстановлении псковско-ганзейских отношений принадлежала Дерпту, который первым заключил с Псковом соглашение о безопасности проезда и ведения торговли (1411 г) Тесные торговые отношения способствовали и заключению союзного договора Пскова с Орденом в 1417 г.
Наиболее детально обоюдные условия торговли псковских и дерптских купцов были оговорены в соглашении 1474 г. На купцов обеих сторон распространялись гарантии "чистого пути", т.е. свободной торговли как в городах, заключивших договор, так и проезда с товарами в другие пункты. По обоюдному договору были отменены таможенные пошлины: "колоды" (шлагбаумы) было решено ликвидировать, а "гостинец" (пошлины) не брать. Договор был необычайно выгоден для Пскова, потому что предоставлял псковским купцам право розничной и гостевой торговли в Дерпте и других городах, принадлежавших дерптскому епископу. Теперь псковичи могли торговать в Дерпте не только с его жителями, но и с рижанами, ревельцами, и "со всяким гостем", под которыми подразумевались не только ганзейские купцы. Купцам, находившимся на чужбине, был гарантирован равный суд с подданными страны, где находился купец.
В прибалтийских городах не было русских купеческих подворий, и роль объединяющих центров для русского купечества в Ливонии играли православные церкви. В Дерпте имелись две русских церкви - святого Николая и святого Георгия, принадлежавшие новгородским и псковским купцам. При церквах находились помещения, где жили священнослужители и хранились товары. Здесь же происходили празднества и собрания. Дома немецких бюргеров, располагавшиеся вокруг православных церквей, издавна арендовали русские купцы, поэтому городской район Дерпта в окрестностях церквей стал именоваться Русским концом, по аналогии с наименованиями городских районов в Новгороде и Пскове.
В Пскове немецкие купцы размещались на так называемом "немецком берегу" в арендованных дворах русских купцов. "Немецкий берег" - это прибрежная полоса Запсковья, находившаяся на противоположном Кремлю берегу реки Псковы. В отличие от Пскова, в Новгороде Великом издавна существовала немецкая фактория - двор святого Петра. Ганзейским двором в Новгороде управляли выборные должностные лица - олдерманы - на правах полной автономии. Немецкий двор имел свой устав - скру, регулировавшую внутреннюю жизнь немецкого двора, а также условия торговли немцев с русскими. Подворье на "немецком берегу" действовало до начала Ливонской войны, а в 1562 г. было уничтожено пожаром. Немецкий двор в Пскове был восстановлен только после окончания Ливонской войны, в 1580-х гг. за рекой Великой, напротив Кремля. Там же в 1588 г. возникло подворье главного города Ганзы - Любека. Но это уже другая эпоха, когда Ганза уступила господство на Балтике Швеции [5].
Ганзейская контора в Новгороде состояла из Готского и Немецкого дворов. Руководство конторой осуществляли непосредственно ганзейские города: сначала Висбю и Любек, в дальнейшем к ним присоединились ливонские города Рига, Дерпт, Ревель. Устройство ганзейской конторы в Великом Новгороде, организация быта и торговли во дворах, взаимоотношения с новгородцами строго регламентировались специальными постановлениями, записанными в скру, которая была своеобразным уставом конторы. С изменением условий торговли, политической обстановки, торговых взаимоотношений между Великим Новгородом и его западными партнерами менялась искра.
Основным местом торговли был Немецкий двор, куда приходили новгородские купцы, чтобы договориться о сделках и забрать товар. Ганзейские купцы также приобретали новгородские товары непосредственно на усадьбах русских партнеров. Торговля носила оптовый и меновый характер. Ткани продавались поставами, запечатанными специальными пломбами, соль - мешками, мед, вино, сельдь, цветные металлы - бочками. Даже мелкие штучные товары продавались большими партиями: перчатки, нитки, иголки - дюжинами, сотнями, тысячами штук. Русские товары также закупались оптом: воск - кругами, мех - сотнями шкурок. Строго соблюдался и меновый характер торговли, т.е. наличный товар за наличный товар. Категорически запрещалась торговля в кредит под угрозой конфискации товара, приобретенного незаконным способом. Приезжать в Великий Новгород и жить во дворах имели право только купцы ганзейских городов, всегда стремившихся к монопольной торговле. Во всех редакциях скры и в переписке городов настойчиво повторялся запрет вступать в компанию с неганзейцами (особенно с главными конкурентами Ганзы - голландцами и фламандцами) и привозить их товары в Великий Новгород. Общее число купцов, находившихся одновременно в обоих дворах, достигало 150-200 человек в самые благоприятные времена. Однако, в связи с упадком новгородско-ганзейской торговли в XV в., количество купцов, приезжавших в Великий Новгород заметно сократилось. Сохранился список купцов, составленный при закрытии конторы в 1494 г., который включал 49 купцов из 18 городов Германии и Ливонии. Поначалу при недостатке мест во дворах ганзейские купцы могли останавливаться для проживания в новгородских усадьбах, что было зафиксировано при археологических раскопках одной из таких усадеб на соседнем с Немецким двором участке. Здесь в слоях XIV-XV вв. были найдены западноевропейские бытовые предметы, подтверждающие пребывание на усадьбе ганзейских купцов.
Приезжавшие в Великий Новгород из разных городов ганзейские купцы представляли собой единое немецкое (ганзейское) купечество, которое во всех действиях руководствовалось статьями искры и общими постановлениями и возглавлялось выбранными из его среды старостами. Старосты были главными судьями во дворах, они строго следили за исполнением всех постановлений скры, назначали штрафы и другие виды наказания, улаживали все возникающие между ганзейскими купцами конфликты. В обязанности старост входило также ведение переговоров с русскими, проверка товаров, получение налогов с купцов, назначение досмотрщиков, т.е. контролеров различных товаров. Наряду со старостами дворов выбирались старосты церкви св. Петра, главной обязанностью которых было сохранение прав церкви, всех привилегий и посланий городов. Старосты церкви св. Петра принимали от купцов клятву соблюдать все постановления скры. Кроме того выбирались старосты жилых помещений, фогты. В конторе, кроме административных, были и другие должностные лица. Главной фигурой среди них был священник, проводивший богослужения, а кроме того писавший официальные и частные письма. В конторе имелись также переводчик, ливцы серебра, досмотрщики (т.е. контролеры) сукон, воска и вина; портной, пекарь, пивовар. До XV в. пиво варили по очереди сами купцы. Главным законодательным органом конторы было общее собрание купцов под председательством старост двора и церкви св. Петра или заменявшего их управляющего. Собрание обсуждало все важнейшие дела конторы. Здесь зачитывались письма городов, сообщения послов, происходил суд по торговым и уголовным делам. Некоторые важные решения вывешивались для всеобщего ознакомления, здесь же вывешивались имена новгородских купцов, с которыми запрещалось торговать.
История ганзейской конторы в Великом Новгороде свидетельствует о том, что она была изолированным, замкнутым поселением немецких купцов в отличие от ганзейских контор в Брюгге и Лондоне. По признанию исследователей, новгородская контора - явление уникальное в ганзейской торговле. В некотором смысле она являлась образцом для других контор Ганзы в организации замкнутых во всех отношениях (церковном, правовом, хозяйственном и социальном) поселений внутри чужого города. Однако этот идеал был недостижим и подобные меры изолированности лишь частично были применены в ганзейских конторах в Лондоне и Брюгге.
История новгородско-ганзейских отношений изобилует торговыми конфликтами, запретами на торговлю, частыми столкновениями между иноземными купцами и жителями города. Чаще всего конфликты возникали из-за несоблюдения той или иной стороной правил торговли. Одним из основных правил было следующее: в случае нарушения одним из купцов правил торговли предъявлять иск следовало только виновному лицу. Тем не менее, судя по источникам, подобные нарушения влекли за собой арест всех новгородских купцов в ганзейских городах и арест немецких купцов в Великом Новгороде. Ограбление новгородцев где-нибудь в Балтийском море или в Ливонии влекло за собой задержание всех немецких купцов в Великом Новгороде. Особенно участились взаимные аресты купцов и товаров во второй половине XIV в., закончившиеся торговой войной 1385-1391 гг., после которой в 1392 г. был заключен Нибуров мир. Однако мирные отношения продолжались недолго, спустя несколько лет вновь начались взаимные претензии к качеству товаров и обвинения в несоблюдении правил торговли. Частой причиной разрывов торговых отношений были войны и политические конфликты между Великим Новгородом и его противниками (чаще всего Ливонским орденом и Швецией). Хотя в торговых договорах оговаривалось, что во время войны купцам гарантировался "чистый путь", т.е. свободное движение по торговым путям, тем не менее на практике всякий раз с началом войны объявлялась торговая блокада. Иногда конфликты возникали непосредственно между жителями Великого Новгорода и иноземными купцами, что нередко вело к приостановлению торговли. В периоды особенно острых конфликтов ганзейские купцы закрывали церковь и дворы, забирали свое имущество, все ценности, казну и архив конторы и покидали Великий Новгород. Ключи от дворов они передавали на хранение архиепископу Великого Новгорода и архимандриту Юрьева монастыря как высшим церковным иерархам Великого Новгорода, т.е. особо доверенным лицам. Новгородцы в свою очередь стремились задержать ганзейцев в городе до удовлетворения своих требований. Точка в новгородско-ганзейских отношениях была поставлена Иваном III в 1494 г., когда ганзейская контора в Великом Новгороде была по его указу закрыта, 49 ганзейских купцов были арестованы, а их товары на сумму 96 тыс. марок конфискованы и отправлены в Москву.