В целом же ересь подрывала устои феодального строя. Вскоре начались преследования. На церковном соборе 1490 года Дионисий и другие новгородские еретики были отлучены от церкви и преданы анафеме (Алексей к этому времени умер). После заключения в тюрьму несостоявшегося престолонаследника Дмитрия церковный собор в 1504 году приговорил к сожжению Ивана Волка (брата умершего Федора Курицына) и других виднейших московских еретиков.
Несмотря на разгром ереси, передовые идеи вольнодумцев конца XV - начала XVI века оказали заметное влияние на развитие русской общественной мысли, способствовали ее высвобождению от пут церковных догм, развитию гуманистических тенденций. К передовым гуманистам более позднего поколения принадлежал, например, окольничий Федор Карпов, видный политический деятель времен Василия III. Широко образованный человек, хорошо знавший классиков античной литературы и философии, Федор Карпов в своих посланиях критиковал попытки реакционных церковников подчинить политическую деятельность русского правительства узко церковным интересам.
Идейная борьба конца XV - начала XVI века выразилась не только в ересях, она также затронула и официальную православную церковь, которая была вынуждена реагировать на указанные выше явления. Часть духовенства стала на путь ужесточения позиций по отношению к ересям и расширения церковной власти в противовес светской. Вокруг новгородского архиепископа Геннадия уже в конце XV века группировались воинствующие церковники, которые настроились на беспощадную борьбу с ересью по примеру "шпанского" (испанского) короля. В кружке Геннадия развивались идеи о превосходстве церковной власти над светской и о незыблемости монастырского землевладения. В "Повести о белом клобуке" говорилось, что белый клобук (символ власти новгородского архиепископа) попал в Новгород из Рима, а этот клобук "честнее" царского венца, т.е. царская власть должна подчиниться церковной.
Учеником и последователем Геннадия был игумен Волоколамского (Волоцкого) монастыря Иосиф Санин (Волоцкий). Его основной труд "Книга на еретиков", получившая в XVII веке название "Просветитель", и другие публицистические сочинения посвящены критике воззрений новгородских и московских еретиков, обоснованию положений воинствующих церковников (в особенности защите монастырского землевладения). В последние годы своей жизни волоцкий игумен попытался упрочить союз воинствующих церковников с великокняжеским правительством. Путем установления строжайшей дисциплины в монастырях, поднятия внешнего благочестия и подавления всякого вольнодумия Иосиф Волоцкий и его последователи (иосифляне) стремились поднять пошатнувшийся авторитет церкви.
К таким взглядам на царскую власть Иосиф пришел не сразу. Вначале иосифляне поддерживали удельно княжескую оппозицию и выступали против великокняжеской власти, стремившейся к секуляризации церковных земель. На соборе 1503 года они выступили против проекта ликвидации монастырского землевладения, который выдвигали нестяжатели (о них речь пойдет ниже), поддержанные Иваном III. Нуждаясь в помощи сильной церковной организации для борьбы с еретическими движениями, Иван III уступил в этом вопросе: "стяжательские" требования иосифлян были удовлетворены. Взамен Иван IIIзаручился поддержкой со стороны церкви.
На соборе 1504 года иосифляне добились осуждения еретиков и расправы над ними. С этого момента иосифляне поддержали идею о божественном происхождении царской власти, выдвинутой их идейным вождем Иосифом Волоцким.
Иосифлянин Филофей, старец одного из псковских монастырей, в годы правления Василия III развил идею об исторической преемственности власти московских государей от византийских императоров. Эта теория ("Москва - третий Рим") сыграла важную роль в формировании официальной идеологии русского самодержавия. Согласно этой теории, в мире существует вечное по своей духовной сущности государство - Рим; земные его очертания могут меняться и могут носить разные названия. Рим - это наиболее могущественное государство мира. Первый Рим - это древняя Римская империя, которая со временем закоснела в грехах и по Божьему помыслу была уничтожена варварами. Второй Рим - его преемница Византийская империя. Ее грех - заключение с католиками Флорентийской унии 1439 года, после чего Божьим наказанием стал захват ее турками. После этого третьим Римом как единственным крупным оплотом православия стала Москва, которая является столицей не только могущественного государства, но и оплотом духа и нравственности - "земной опорой небесных добродетелей", которая должна стоять вечно. Как писал Филофей, "два Рима падоша, а третий стоит, а четвертому не бывать". Теория "Москва - третий Рим", несмотря на ее определенную оригинальность и завершенность, не является уникальным явлением. Например, похожая теория была у захвативших Константинополь турок, они также называли свою страну Римом (Румом), а самих себя - румийцами. Это название использовали и их восточные соседи.
Из среды иосифлян вышли многие высшие церковные иерархи XVI века: митрополит Даниил, ростовский архиепископ Вассиан (брат Иосифа Волоцкого), епископы Савва Слепушкин, Вассиан Топорков (племянник Иосифа Волоцкого), Акакий, Савва Черный и др. Близко примыкал к иосифлянам митрополит Макарий. Как внутрицерковное движение иосифлянство просуществовало до XVII века.
Иные по сравнению с иосифлянами пути церковной реформы предлагал Нил Сорский, выходец из дьяческой семьи Майковых. Побывав в молодости на Афоне в Греции, Нил обосновался на реке Соре в Заволжье (отсюда его последователей иногда называют "заволжскими старцами"), где начал проповедовать свое учение. Взгляды Нила Сорского формировались под сильным влиянием средневековых мистиков, он отрицательно относился к внешнему благочестию и настаивал на необходимости аскетизма и нравственного самосовершенствования. В отличие от иосифлян, преданных каждой букве церковной литературы, Нил Сорский требовал критического подхода к церковным писаниям. Его последователи возражали против иосифлянских жестокостей по отношению к еретикам, а заволжские скиты часто становились очагами ересей. Учение Нила Сорского было использовано идеологами боярства и прежде всего Вассианом Патрикеевым, который отстаивал мысль о необходимости секуляризации недвижимого имущества церкви.
Открытое столкновение Иосифа Волоцкого и Нила Сорского произошло на церковном соборе 1503 года, на котором Нил Сорский, поддержанный Иваном III, поставил вопрос о секуляризации церковных владений (отсюда последователей Нила называют нестяжателями). Иосифлянское большинство собора решительно отвергло предложение о ликвидации монастырского землевладения. Иван III, как уже сказано, стал в этом споре на сторону иосифлян.
Борьба иосифлян и нестяжателей продолжалась. На церковном соборе 1531 года полемика завершилась осуждением учения нестяжателей.
Годы правления Василия III (1505 - 1533) были временем дальнейшего укрепления великокняжеской власти. Решительной борьбе с вельможным боярством предшествовал период, когда Василий III пытался в своей секуляризационной политике опереться на нестяжателей и увеличить свой домен. Он приблизил к себе Вассиана Патрикеева. Специальным уложением было запрещено жителям ряда районов Русского государства, а также потомкам ярославских, суздальских и стародубских князей продавать и давать на "помин души" свои вотчины в монастыри без ведома великого князя. В 1511 году митрополитом стал близкий к нестяжателям Вар-лаам, который для исправления богослужебных книг вызвал с Афона ученого монаха Максима Грека (гуманист-грек Михаил Триволис), в свое время находившегося под влиянием Савонаролы.
На Руси Максим Грек стал видным публицистом, воспринявшим нестяжательские идеи Вассиана Патрикеева. Однако сближение Василия III с нестяжателями оказалось кратковременным, ибо оказалось в противоречии с основной линией великокняжеской власти, направленной на ограничение боярского своеволия. Нестяжатели и их союзники - бояре - не склонны были поддерживать самодержавные устремления московских государей. В 1522 году вместо Варлаама, попавшего в опалу, митрополитом московским стал ученик Иосифа Волопкого, глава иосифлян Даниил, горячий сторонник укрепления великокняжеской самодержавной власти. В 1525 году правительство раскрыло заговор, во главе которого стоял один из придворных деятелей - Берсень-Беклемишев. Он выступал в защиту привилегий феодальной знати и возмущался тем, что "государь наш запершись самтрете у постели всякие дела делает", с боярами, как прежде, не советуясь. Берсень-Беклемишев был казнен, началось преследование нестяжателей. В 1525 и 1531 годах дважды подвергался осуждению Максим Грек, которого заточили в монастырь. В 1531 году после судебного разбирательства попал в заточение и Вассиан Патрикеев, вскоре после этого скончавшийся.