Из отдельных мероприятий Кочубея в качестве министра внутренних дел отметим разделение губернии Новороссийской на три – Таврическую, Херсонскую и Екатеринославскую (указ 8 октября 1802 г.) и Тобольской – на две Тобольскую и Томскую (указ 26 февраля 1803 г.); затем обращено было большое внимание на устройство Одессы. 27 января 1803 г. был назначен генерал-губернатором города герцог Ришелье и энергично принялся за его устройство, а Кочубей со своей стороны весьма сочувственно и внимательно относился к его представлениям; город и весь край так заметно прогрессировали, что вскоре Кочубей мог высказать надежду, что в ближайшем будущем Одесса сделается важнейшим экспортным пунктом империи. – Обращено было, наконец, внимание на положение евреев и крещеных инородцев. 9 ноября 1802 г. Кочубей был назначен членом «комитета о благоустроении евреев», в состав которого входили кроме него: гр. В.А. Зубов, Г.Р. Державин, кн. А.А. Чарторижский и гр. С.О. Потоцкий; 9 декабря 1804 г. утверждено выработанное этим комитетом положение о евреях; но положение это не было осуществлено, потому что, ввиду внимания, которое начал с 1806 г. обнаруживать к евреям Наполеон, и император Александр счел нужным пересмотреть этот вопрос снова и он затянулся чуть не на десять лет. 5 сентября 1805 г., перед самым отправлением Государя к армии, был учрежден «комитет для совещания по делам сохранения всеобщего спокойствия и тишины граждан и облегчения народного продовольствия»; в состав его вошли: главнокомандующий в Петербурге С.К. Вязмитинов, министр юстиции кн. П.В. Лопухин и гр. Кочубей.
Кочубей управлял министерством внутренних дел до осени 1807 года. Тильзитский мир внес резкую перемену в политику императора Александра и вызвал резкую перемену в его характере. По всему, что мы знаем о Кочубее, мы не удивимся, что и он со своей стороны изменил отношение к императору Александру; отзывы его об императоре в письмах совершенно изменились; они стали не только холодными, а прямо недружелюбными; Кочубей не скрывал теперь, что совершенно не сочувствует направлению, какому следует в политике император; кроме того, он действительно страдал в Петербургском климате от подагры; он просился в отставку и 24 ноября 1807 г. уволен по болезни в отпуск. С этого времени до 1810 г. он оставался вдали от дел. Впрочем, отношения его с императором мало-помалу восстановлялись; в 1809 г. он принимал участие в комитете, которому было поручено изыскать средства к восстановлению равновесия в бюджете; со Сперанским он сохранил близкие и хорошие отношения и в эпоху высшего влияния Сперанского выработанный им проект нового устройства Государственного Совета был сообщен до обнародования лишь четырем лицам – кн. Лопухину, гр. Салтыкову, гр. Завадовскому и гр. Кочубею; 1-го января 1810 г. при самом учреждении Государственного Совета по новому положению, Кочубей назначен был его членом по департаменту государственной экономии и в этом званий энергично содействовал проведению плана финансовых реформ, который был выработан также Сперанским, и в предварительных обсуждениях которого Кочубей принимал деятельное участие; манифестом 2 февраля 1810 г. было объявлено об утверждении этого плана. В то же время, в течение 1810–1811 гг. Кочубей, тоже вместе только с двумя лицами – кн. Лопухиным и гр. Завадовским, – рассматривал и обсуждал выработанный Сперанским же проект преобразования Сената, согласно которому Сенат должен был разделяться на правительственный и судебный. После жарких споров и эта реформа прошла через Государственный Совет, и была утверждена Государем; но в исполнение она не была приведена: немедленное ее осуществление было задержано необходимыми подготовительными работами, а затем настала опала Сперанского и великая борьба с Наполеоном, настроение же правительства в последние годы царствования Александра I такой реформе было вовсе не благоприятно.
Причины опалы и ссылки Сперанского остались неизвестны Кочубею, но эта перемена в судьбе Сперанского прервала на время отношения к нему Кочубея; вот как говорит сам он об этом в письме своем к Сперанскому, писанном в сентябре 1818 г. и с которого отношения их возобновились: «Если с 1812 г. оставался я в молчании, то легко вы себе представить можете, что оно было для меня столь же прискорбно, сколько и самое положение ваше. Никогда не мог вообразить, чтобы могло иметь какое-либо основание взведенное что-то на вас неприятелями вашими, ибо и доселе я ничего о сем не знаю; но как скоро гласное удаление вас знаменовало гнев Высочайший, то я, почитая оный как должно, ожидал в молчании, чтоб вера Его Величества была просвещена и всегдашняя его склонность к благотворению обратилась на вас». На это письмо Сперанский отвечал самым сердечным письмом и переписка между ними уже не прекращалась во все время до возвращения Сперанского с сибирского генерал-губернаторства. С обеих сторон письма отличались полнейшей сердечностью; Сперанский несомненно вполне верил искренности Кочубея, который со своей стороны писал ему очень откровенно, не стесняясь довольно сурово порицать ход дела в Петербурге. В одном письме Кочубей говорит: «Знаете ли вы: история ваша открыла мне новый свет в сем мире, но свет самый убийственный для чувств, сколько-нибудь нас возвышающих. Я до ссылки вашей жил как монастырка. Мне более или менее казалось, что люди говорят то, что чувствуют и думают; но тут увидел я, что они говорят сегодня одно, а завтра другое, и говорят не краснея и смотря тебе в глаза, как бы ничего не бывало». Нельзя находить ни малейшего недоброжелательства к Сперанскому и в одной записке Кочубея, приводимой, по черновику, Корфом в его биографии Сперанского; там видно лишь, что Кочубей, после периода войн, убедился, что предположенные по плану Сперанского финансовые меры частью не могли быть осуществлены, частью оказались недостаточными; в этой же самой записке видно полное сочувствие общим идеям, руководившим ее составителем и нет никаких оснований думать, чтобы Кочубей был в данном случае не искренен.
20 января 1812 г. Кочубей был назначен председателем департамента экономии Государственного Совета; при начале войны он находился в свите Государя. После Бородинской битвы ему предложено было место посла в Англии, с которой предстояло установить тесное сближение, причем Кочубею подавали надежду, что вскоре он будет сделан канцлером и министром иностранных дел; но Кочубей заявил, что не желает покидать отечества в момент когда положение так необыкновенно важно и когда еще не ясно, чем кончится великая борьба; вообще Кочубей не любил покидать Россию надолго и в одном письме прямо говорит, что долгое пребывание вне отечества против его правил. Когда возникли серьезные разногласия между Барклаем-де-Толли и Багратионом, решение вопроса об организации главного командования армией было поручено особому совещанию, в котором призваны были участвовать гр. Салтыков, ген. Вязмитинов, гр. Аракчеев, ген.-адъют. Балашев, кн. Лопухин и гр. Кочубей; по единогласному решению этих лиц, состоявшемуся 5 августа. и поручена была главная команда Кутузову. Кочубей последовал за императором и в Германию и находился при нем все время заграничного похода; когда объявлено было уничтожение Рейнского Союза, он был в марте 1813 г. назначен президентом учрежденного тогда, но не долго действовавшего, Центрального Совета, в котором были членами от России он и барон Штейн, а от Пруссии Шен и Ридигер. 30 августа 1814 г. Кочубей был пожалован орденом св. Владимира I степени.