Вторая попытка штурма была предпринята 17 июня в 23.45, которая закончилась аналогично первой. На следующий день, приняв условие террористов, Правительство РФ объявило о том, что с 20.00 18 июня 1995 года прекращаются боевые действия в Чечне. После сложных переговоров между Ш. Басаевым и Председателем Правительства РФ В. С. Черномырдиным, бандитам была предоставлена возможность, прикрываясь заложниками вернуться в Чечню.
Приостановление боевых действий и вывод некоторых частей и подразделений федеральных войск из Чечни, не привели к ослаблению противостояния.
Уже в январе 1996 года страну потрясло новое известие о захвате бандой С. Радуева родильного дома и больницы в городе Кизляр (Дагестан). После окружения объектов, захваченных террористами, власти Дагестана пошли на переговоры. Никаких силовых акций со стороны федерального правительства по освобождению заложников не предпринималось, и после продолжительных переговоров, террористам под прикрытием заложников разрешили уйти в Чечню.
Колонна боевиков около 7.00 10 января 1996 года выехала на автобусах из г. Кизляра. Спецподразделения ФСБ, ВВ, МО РФ следовали за ними. В районе н. п. Первомайское боевики захватили без оказания сопротивления сотрудников Новосибирской милиции, которые несли службу на блок-посту возле Первомайского.
В Первомайском боевики сумели создать хорошо оборудованные опорные пункты. Окружив террористов в населенном пункте, федеральные войска предприняли несколько попыток штурма села. Лишь около 15.00 18 января подразделения МО, внутренних войск, ФСБ РФ при поддержке РСЗО «Град», самоходных реактивных огнеметов «Буратино», армейской авиации и артиллерии, овладели селом Первомайское, но боевики таинственным образом ушли из села.
Миролюбивые инициативы Правительства РФ разворачивались на фоне новых кровопролитных боев в г. Грозном, часть которого захватили боевики. Военнослужащим внутренних войск, практически в период 6-9 марта, с боями приходилось вновь отвоевывать чеченскую столицу.
В марте при Президенте РФ была создана группа по урегулированию ситуации в Чечне, которая возобновила переговорный процесс в г. Грозном, и уже в апреле начался вывод войск к границам Чеченской республики.
С мая по июнь 1996 года между делегацией чеченских сепаратистов и Правительством РФ шли сложные переговоры, которые в итоге завершились в июне 1996 года подписанием мирного договора. Однако, несмотря на достигнутые договоренности, руководство НВФ не собиралось складывать оружие. Примером этого может служить события в г. Грозном в августе 1996 года.
31 августа 1996 года в Хасав-Юрте, секретарь Совета Безопасности РФ А. Лебедь и начальник штаба дудаевских войск А. Масхадов, подписали мирный договор, в результате которого федеральные войска стали отводится за пределы Чеченской республики и из г. Грозного.
Так закончилась первая попытка России восстановить конституционный порядок в субъекте федерации - Чеченской республике. Спецоперация, проведенная федеральными войсками в период с декабря 1994 по август 1996 годов, по большому счету основной цели не достигла. Торжество российских законов в Чечне не произошло. Чеченская республика так и осталась рассадником терроризма и бандитизма на территории РФ, но это не в коем случае не умаляет стойкость и мужество солдат, сержантов, прапорщиков и офицеров российской армии, внутренних войск, сотрудников ФСБ и МВД РФ и военнослужащих других силовых ведомств России которые в тяжелейших условиях войны и информационного прессинга, часто с риском для жизни, сумели перемолоть военную машину сепаратистов.
В результате боевых действий в Чеченской республике в период 1994-1996 гг. внутренние войска МВД России потеряли убитыми, ранеными и пропавшими без вести - 1551 человек и попавшими в плен - 187 человек. Из них: офицеров 197/11; прапорщиков 55/11; сержантов 266/23; солдат 1033/142.
По окончанию первой чеченкой компании российских войск, Чечня по прежнему оставалась одним из регионов, где сталкивались геополитические интересы крупнейших держав мира. Дестабилизация обстановки на юге России, в частности в Каспийском бассейне и на Северном Кавказе была выгодна многим. Для арабских нефтяных шейхов и финансовых олигархов стран Персидского залива эта выгода объяснялась крайнем нежеланием перекачки запасов нефти из Каспия через Новороссийск и многое другое. Чечня по прежнему была международным криминальным отстойником, наводненная террористами и уголовниками, скрывающихся от правосудия. К лету 1999 года на территории Чеченской республики действовало около 160 вооруженных банд, в том числе иностранного происхождения, терроризировавшее местное население и соседние районы России. Так, в ноябре 1996 года террористами был взорван жилой дом в Каспийске, в декабре 1996 года в чеченском селе Новые Атоги расстреляли шесть сотрудников госпиталя Международного комитета Красного Креста, в апреле 1997 года произошли взрывы на железнодорожных вокзалах Армавира и Пятигорска, в декабре 1998 года зверски убили четверых сотрудников британской компании «Грейнджер телеком», в 1999 году прогремел взрыв на Центральном рынке Владикавказа, унесший жизни 50 человек.
В республике процветала наркоторговля и работорговля. Прибыль от продаж наркотиков составляла ежегодно около 0,8 млрд. долларов. Немалый доход приносила и работорговля. Только в 1997-1998 гг. более чем 60 чеченскими группировками было похищено 1094 человека, в 1999 г. - 270 человек. В заложниках содержалось более 500 человек, в числе которых российские военнослужащие, милиционеры, журналисты, просто граждане России и других республик, а так же высокопоставленные чиновники как гражданские, так и военные, представители различных международных организаций и т. д.
Поскольку Чечня не имеет выхода к морю и непосредственно не граничит со странами исламского мира, местные чеченские политики под руководством западных коллег разработали план, который предусматривал выход Чечни к Каспийскому морю. Это было возможно только дестабилизацией обстановки в Дагестане. Подтверждением тому стало вторжение чеченских боевиков на территорию горного Дагестана.
1 августа 1999 года началось вторжение чеченских боевиков, через Снеговой перевал (примерно 350-500) человек. Одним из первых в боевое соприкосновение с ними вступил Дагестанский СОБР. После четырех часового боя боевики были оттеснены из районного центра, и на 5-ти грузовиках и направились в сторону райцентра Агвали. Большинство жителей населенных пунктов Дагестана подвергшихся нападению боевиков не поддержали их и оказывали всяческое сопротивление и оказывали помощь подразделениям российских войск.
Силовые структуры России в район вторжения немедленно выдвинули подразделения 136-й бригады РА и 101-й бригады ВВ МВД, милицейские формирования местного и центрального подчинения. Командование ОГВ было возложено на командующего СКВО генерал-полковника В. Казанцева.
Операция по ликвидации боевиков началась 8 августа 1999 года, с применения федеральными войсками авиации, артиллерии и тяжелой техники. Уже 15-16 августа войска начали решающий этап операции, и к 17 августа представители МВД РФ сообщили, что внутренними войсками и подразделениями милиции заняли все важные ключевые высоты и освободили перевал Харами, через который произошло вторжение. Бои в Ботхлиском и Цумандинском районах продолжались до 24 августа и завершились полным выдворением бандформирований за пределы республики Дагестан.
В конце августа ожесточенные бои переместились в Новолакский район, сосредоточились вокруг сел Тухчар, Дучи, Гамиях, Чапаево, а так же вокруг высот 321,1 и 715.
10 сентября войска РА и ВВ МВД предприняли первый штурм Новолакского, но были вынуждены отступить неся большие потери. На горе Чабан в засаду попала разведгруппа спецназа внутренних войск (четыре человека погибли, шестнадцать было ранено). Новая операция была предпринята федеральными войсками с широким применением авиации и артиллерии, что позволило к 16 сентября захватить высоту 715, после чего боевики, неся потери, оставили село Новолакское.
Потерпев поражение, чеченские боевики, высказали ряд угроз в адрес ряда высших должностных лиц российского руководства и в отместку за поражения в Дагестане провели ряд террористических актов в Москве и Волгодонске, которые потрясли весь мир.
8 сентября 1999 года ровно в полночь в Москве на ул. Гурьянова в жилом 9-ти этажном доме прогремел взрыв. Ударной волной было разрушено два подъезда. Погибло 102 и травмировано и искалечено 214 человек. Позвонивший в Центральный офис агентства «Интерфакс», неизвестный, говоривший с кавказским акцентом, заявил: «То, что произошло в Москве и Буйнакске, - это наш ответ на бомбардировки мирных сел в Чечне и Дагестане».
13 сентября 1999 года террористы взорвали жилой дом № 6, корпус 3 по каширскому шоссе. Под развалинами дома погибло 124 человека, из них 12 детей.
16 сентября в 5.00 утра в центре города Волгодонск Ростовской области был подорван 9-ти этажный дом. Погибло 17 жителей, 480 человек получили увечья из них 75 детей.
Разгромом бандформирований, и их изгнание за пределы Дагестана была закончена антитеррористическая операция федеральных войск на территории республики Дагестан.
В ходе проведения антитеррористической операции внутренние войска МВД России потеряли убитыми- 109 человек, из них офицеров - 17 чел., прапорщиков - 4 чел., сержантов - 22 чел., солдат - 66 чел., ранеными около 400 человек.
С 1 октября 1999 года ОГВ после перегруппировки, приступили к первому этапу контртеррористической операции в Чеченской республике. Суть и задача этого этапа было в создании вокруг Чечни так называемого «санитарного» кордона, исключающего распространение терроризма на сопредельные территории, в дальнейшем уничтожении преступного режима в республике.