В 1921 году эмигрантам разрешили вернуться в Россию. Поверив в искренность российских властей, из Туниса отбыла значительная группа моряков. «Возвращенцы» в Советской России попадали под так называемые фильтрационные комиссии, в которых «изымали» (то есть арестовывали) в чем-либо провинившихся офицеров из дворян, высшей интеллигенции, а также из состава Морской академии. Так, в течение нескольких дней были составлены списки чинов, служивших в Морском ведомстве до 1917 года — всего 977 человек. Из них были «изъяты» более 300. «Чистки» продолжались и в последующие годы.
12 января 1922 года на кораблях бизертской эскадры был объявлен приказ Врангеля о предоставлении права ношения вновь учрежденного нагрудного знака в виде черного креста с надписью «Бизерта» лицам, в течение года не покинувшим свои корабли и части.
Летом 1922 года изменилось к худшему и отношение к Русской эскадре французских властей. Содержание ее являлось серьезным бременем для прежних союзников. На кораблях значительно сократили экипажи. К концу года по требованию французов были упразднены гардемаринские роты в Морском корпусе, который переходил отныне на положение гимназии. Большинство кадетов после завершения общеобразовательного курса по гимназической программе занимали на эскадре матросские должности. Некоторые уезжали продолжать учебу в высших учебных заведениях других стран. Впоследствии питомцев Бизерты можно было увидеть во флотах Франции, Югославии, США и даже Австралии. Всего Морской корпус до своего окончательного закрытия 6 мая 1925 года дал аттестаты почти 400 воспитанникам.
Происходили изменения и в самой русской колонии. Хотя русские моряки и члены их семей всячески стремились сохранить уклад жизни, наладить свой быт, сделать это было нелегко. Беженцы, устроившиеся на работу и получившие паспорт, навсегда исключались из списков лиц, находящихся на иждивении французского правительства. В случае если человек терял работу, возвратиться в лагерь беженцев он уже не мог. Постепенно колония стала уменьшаться — русские рассеивались по всему миру. Надежда на возвращение в родные порты у русских моряков стала таять, как утренний туман над затерявшимся в тунисских песках бизертским озером. К тому же летом 1924 года начались дипломатические переговоры о признании Францией СССР, которые успешно завершились 28 октября того же года, при этом правительство Франции согласилось на возврат кораблей.
Решение всех вопросов, связанных с их возвращением, было возложено на одного из создателей Рабоче-Крестьянского Красного Флота, бывшего начальника Морского Генерального штаба и командующего всеми Морскими силами Республики, особого порученца при председателе РВС, военно-морского атташе в Великобритании и Франции Евгения Андреевича Беренса. Руководство технической комиссией поручалось академику — кораблестроителю А. Н. Крылову. Известие о планируемой передаче кораблей СССР, конечно, вызвало у большинства бизертских моряков негативную реакцию.
Как писал летописец русской колонии морской офицер А. Лукин, «не только у моряков, но и у всех русских людей дрогнуло сердце, когда 29 октября 1924 года в 17 часов 25 минут раздалась команда: «На флаг и гюйс», а спустя минуту — «Флаг и гюйс спустить». Так перестала существовать Черноморская военная эскадра, которая после знаменитой крымской эвакуации 1920 года оказалась в тунисском порту Бизерта. Однако история эскадры на этом не закончилась, хотя 30 октября военно-морской префект Франции объявил, что его страна больше не оказывает русским никакой поддержки, а на кораблях были выставлены французские караулы.
20 декабря 1924 года «начальником отряда судов Черноморского флота, находящихся в Бизерте», с советской стороны был назначен М. Викторов, комиссаром отряда — А. Мартынов. 28 декабря в Бизерту прибыла техническая комиссия во главе с Крыловым, которая стала решать судьбу кораблей. В ходе осмотра наиболее ценных кораблей особый интерес вызвал линкор, который существенно усилил бы возрождающиеся Морские силы Черного моря, оставшиеся, по существу, без крупных боевых единиц. Работы по осмотру кораблей и определению их пригодности к дальнейшей службе продолжались до 6 января 1925 года. Список кораблей, годных к возвращению в СССР, включал в себя линкор «Генерал Алексеев», шесть эсминцев и четыре подводные лодки. Остальные суда без эксплуатации и надлежащего ухода под палящими лучами африканского солнца пришли в неудовлетворительное техническое состояние, их было предложено продать на слом. Для буксировки кораблей в Одессе сформировали отряд в составе ледокола «С. Макаров» и ледореза «Федор Литке».
Однако начавшиеся переговоры о передаче кораблей эскадры и нескольких транспортных судов не поддержал сенат Франции. Условием возвращения эскадры сенаторы выдвинули требование о признании Советским правительством царских долгов. Москва отказалась, и эскадра была расформирована и передана в ведение командира военно-морской базы.
В судьбе большинства кораблей этим была поставлена точка. Небольшая часть из них была продана: канонерские лодки «Всадник» и «Грозный», тральщик «Китобой», буксир «Голланд», транспорт «Добыча» — Италии, посыльное судно «Якут» — Мальте, транспорт «Форос» — Греции, спасательное судно «Черномор» — французскому судовладельцу. Оставшиеся корабли и суда в конце концов были заполучены французской судоразделочной компанией «Клягун», которая с 1930 года начала их разборку на металл.
Во Франции их в ожидании разборки продержали еще много лет. На корпусе каждого из них в носовой части белой краской был нанесен номер, означавший очередность разборки. В Бизерте разбирали корабли русские специалисты, фирма инженера Е. Клягина. Последним через шесть лет был разрезан флагман — успевший затонуть «Генерал Алексеев».
Незавидна и судьба русской колонии. Многие русские уехали в другие страны. Оставшиеся же были вынуждены думать о средствах к существованию. Офицеров французы охотно брали на «госслужбу» — в Морское ведомство, в различные конторы, через которые управляли протекторатом Тунис. Те, кто сошел на берег, устраивались работать на фермы, подавались в земледельцы, землемеры, рабочие, рыболовы. Интересно, что уроки музыки давали только русские. Работали они и таперами в синематографе, и даже сторожами. Оставшиеся в Бизерте колонисты старались жить сплоченно. Важную роль в этом играла церковь, которую было решено построить. Так на африканском берегу появился храм Александра Невского, роспись сводов которого была закончена в 1939 году. Предполагалось, что церковь, в которой хранились реликвии эскадры, будет служить местом поклонения будущих поколений русских. Но прошли годы, храм опустел, ушли из жизни почти все, кто ступил на землю Туниса в начале 20-х годов, а их потомки выехали в другие страны.
Постепенно о печальной судьбе остатков Черноморского флота России, покинувшего родные берега осенью 1920 года, забылось. В официальной советской истории, летописи Военно-Морского Флота страны эта трагическая страница, как правило, отсутствовала. Вспоминать о том, что в Бизерте когда-то была Русская эскадра, было не принято. И даже моряки экипажей боевых кораблей и вспомогательных судов ВМФ СССР, заходивших в этот порт с деловыми визитами и даже ремонтировавшихся здесь, об этом не информировались. Естественно, храм и русское кладбище не посещались.
В самом Тунисе от русской колонии, в конце концов, остался лишь храм Александра Невского да могильные плиты на двух православных кладбищах, многие из которых были разрушены временем и вандалами. Об этом же напоминал русский знак отличия, сохранившийся в семьях эмигрантов и у коллекционеров, — крест для моряков, ушедших в Бизерту, учрежденный приказом Врангеля от 15 января 1921 года. Изготавливался он из железа, покрывался черной краской и имел по всему периметру белую кайму. Надпись «Бизерта» и дата «1920-1921» заливались белой краской. В самом же городе, приютившем русских беженцев, историю, традиции и реликвии эскадры продолжала хранить дочь командира эсминца «Жаркий» Анастасия Александровна Ман-штейн-Ширинская, здравствующая и поныне. Она, несмотря ни на что, надеялась, что когда-то вновь сможет увидеть русские корабли с Андреевскими флагами на мачтах...
О Бизерте и истории ушедшей из Крыма эскадры на официальном и общественном уровнях вспомнили в связи с 300-летием Российского флота. По инициативе президента севастопольской правозащитной ассоциации «Морское собрание» («Моряки и корабли») капитана 2 ранга запаса В. Стефановского был организован Поход памяти. С почетной миссией из Севастополя в Тунис в октябре 1996 года отправилась крейсерская яхта «Петр Великий». 29 октября, спустя 72 года после спуска Андреевского флага, в Бизерте свершился символический акт — здесь вновь был поднят исторический стяг Военно-Морского Флота России. Этот момент можно считать началом общественной реабилитации тех, кто покинул Отечество в конце Гражданской войны. Официальная реабилитация состоялась чуть позже.
По инициативе общественных организаций и при поддержке Посольства Российской Федерации в Тунисе была реализована программа «Миссия Памяти в Бизерте», в соответствии с которой в конце 90-х годов в порядок была приведена часть русского кладбища. По решению Святейшего патриарха Московского и всея Руси Алексия II в Тунис были направлены священники, в храме возобновилась служба. А в сентябре 2001 года под флагом начальника штаба ЧФ вице-адмирала А. Татаринова с визитом в Бизерту прибыл флагман Черноморского флота России гвардейский ракетный крейсер «Москва».
Моряки-черноморцы посетили исторические места, связанные с пребыванием русских моряков на этой земле, побывали в гостях у А. А. Манштейн-Ширинской. В столице государства, в городе Тунис, на кладбище Боржель состоялась церемония открытия мемориальной плиты на могиле контр-адмирала М. А. Беренса. Одним из инициаторов этого акта увековечения памяти последнего командующего Русской эскадрой стал бывший командующий Черноморским флотом, лидер Российского Морского собрания, директор благотворительного фонда «Москва — Севастополь» адмирал И. В. Касатонов, а изготовил мемориальную плиту известный севастопольский скульптор С. А. Чиж.
Церемония отдания воинских почестей, мероприятия с участием моряков-черноморцев считаются акцией примирения, возвращения из исторического небытия поколению моряков начала XXI века имен их предшественников.