Он пробыл там два дня возможно, дожидаясь, что царь, по крайней мере, позовет его и захочет с ним объясниться, но царь не позвал. Никон отправился в Воскресенский монастырь на двух плетеных повозках, которые тогда назывались киевскими, написав царю письмо следующего смысла: «По отшествии боярина вашего Алексея Никитича с товарищами ждал я от вас, великого государя, милостивого указа по моему прошению; не дождался — и многих ради болезней велел отвезти себя в Воскресенский монастырь».
Вслед за Никоном приехал в Воскресенский монастырь боярин Трубецкой, но не с мировой и не с просьбой о возвращении в столицу. Боярин велел ему дать благословление царской семье, а также отречься от патриаршего сана и утвердить Крутицкого митрополита временно ведать делами церкви. Никон был на всё согласен, а также просил простить его за всё.
Казалось, дело было совершенно окончено. Правитель церкви сам отрекся от управления ей - случай не редкий в церковной истории; оставалось избрать на его место другого законным порядком. Но Алексей Михайлович начал колебаться; с одной стороны, в нем говорило прежнее дружеское чувство к Никону, а с другой — бояре настраивали его против бывшего патриарха, представляя ему, что Никон умалял самодержавную власть государя. Царь боялся раздражить бояр, не принимал явно стороны невидимого ими патриарха, но отправил через Афанасия Матюшкина Никону свое прощение, затем посылал к нему князя Юрия, приказывал передать, что все бояре на него злобствуют — один только царь и посланный князь к нему добры. Между тем царь не посмел тогда просить его о возвращении в Москву в прежнем сане. Никон, как будто забыв о патриаршестве, деятельно занимался каменными постройками в Воскресенском монастыре, копал возле монастыря пруды, разводил рыбу, строил мельницы, благоустраивал сады, расчищал леса, всегда показывал пример рабочим, трудясь наравне с ними. Царь не раз жаловал ему щедрую милостыню на создание монастыря, на прокормление нищих и, в знак особого внимания, в большие праздники и свои семейные торжества посылал ему лакомства, которые он отдавал на трапезу всей братии.
3.2 Окончательный разрыв отношений
Смиренная жизнь Никона продолжалась недолго, вскоре он вновь начинает вмешиваться в дела церкви, это обстоятельство опять вооружило против него царя, и государь, по наговору бояр, запретил общаться и всячески контактировать с Никоном, он также приказал сделать обыск в его бумагах и перестал оказывать ему прежние знаки внимания.
В июле 1659 года Никон, узнав о том, что делается в Москве с его бумагами, написал царю довольно резкое письмо. В нём патриарх укорял царя за обыск в бумагах, за немилость по отношению к духовному лицу, также был вновь поднят вопрос об употреблении термина государь по отношению к Никону. «Если тебе, великий государь, чего нужно было от нас, то мы бы для тебя сделали все, что тебе подобает. Все это делается, как мы слышали, лишь для того, чтобы у нас не осталось писания руки твоей, где ты называл нас великим государем. От тебя, великий государь, положено было этому начало. Так писал ты во всех твоих государевых грамотах; так писано было и в отписках всех полков к тебе и во всяких делах. Этого невозможно уничтожить. Пусть истребится оное злое, горделивое, проклятое проименование, происшедшее не по моей воле», - так писал Никон, далее в письме он просил царя прекратить на него гонения, всячески просил прощения, в заключение уверял государя, что он не забирал с собой патриаршей казны и ризницы, как на него говорили.
Это письмо крайне не понравилось Алексею Михайловичу, а бояре намеренно усиливали в нём досаду против бывшего друга и соратника. Под предлогом небезопасности от нашествия врагов его хотели удалить от Москвы и от имени царя предлагают переехать. Вскоре Никон отправляется в Крестный монастырь, построенный им на Белом море, в память своего избавления от кораблекрушения, когда он был ещё иеромонахом.
Никона удалили с тем, чтобы во время его отлучки решить судьбу бывшего патриарха. В феврале 1660 года, в Москве, был созван собор, который постановил не только избрать другого патриарха, но и лишить Никона чести архиерейства и священства. Государь не решился утвердить такой приговор и поручил пересмотреть его греческим архиереям, случайно в это время прибывавшим в Москве. Греки, сообразив, что против Никона вооружены сильные мира сего, не только одобрили приговор русских духовных, но еще нашли, в подтверждение справедливости этого приговора, какое-то сомнительного свойства объяснение правил Номоканона. Тогда за Никона заступился ученый киевский старец Епифаний Славинецкий. Он в поданной царю записке на основании церковного права ясно доказал несостоятельность применения указанных греками фактов к приговору над Никоном. Епифаний признавал, что собор имел полное право избрать другого патриарха, но не должен был лишать Никона чести патриаршего сана и архиерейского служения, так как добровольно отрекающиеся архиереи не могут, без вины и суда, лишаться права носить сан и служить по архиерейскому чину. Доказательства Славинецкого показались такими убедительными, что Алексей Михайлович остался в недоумении. Он решил снова обратиться к Никону с просьбой, чтобы он дал свое благословение на избрание нового патриарха. Никон отвечал, что если его позовут в Москву, то он даст свое благословение новоизбранному патриарху, а сам удалится в монастырь, но призвать в Москву на собор его не решались; ему только дозволили вернуться в Воскресенский монастырь. Там Никона ожидала другая неприятность: окольничий Роман Боборыкин завладел угодьями, принадлежащими Воскресенскому монастырю. Монастырский приказ утвердил за ним эту землю. Между крестьянами Боборыкина и монастырскими происходили неоднократные споры и драки. Окольничий подал жалобу в монастырский приказ, а приказ притянул к ответу монастырских крестьян. Тогда Никон написал царю длинное и резкое письмо, называл церковь гонимою, сравнивал ее с апокалипсическою женою, преследуемою змием. «Откуда, — спрашивал он царя в своем письме, — взял ты такую дерзость, чтобы делать сыски о нас и судить нас? Какие законы Божий повелели тебе обладать нами, Божиими рабами? Не довольно ли тебе судить правильно людей царствия мира сего? Но ты и об этом не стараешься... Мало ли тебе нашего бегства?» Никон в том же письме рассказывал, что ему было видение во время дремоты в церкви на заутрени: являлся ему митрополит Петр и повелел сказать царю, что за обиды, нанесенные церкви, был два раза мор в стране, и царское войско терпело поражение. Вслед за тем Никону, как он уверял, представился царский дворец, и некий седой муж сказал: «Псы будут в этом дворе щенят своих родить, и радость настанет бесам от погибели многих людей».
Само собой разумеется, после этого письма примирение царя с патриархом стало невозможным. Между тем монастырский приказ, назло Никону, особенно ненавидевшему этот приказ, решил спорное дело в пользу Боборыкина. Никон, раздраженный этим до крайности, отслужил в Воскресенском монастыре молебен и вслед за этим велел прочитать жалованную грамоту царя на землю Воскресенского монастыря, в доказательство того, что монастырский приказ решил дело неправильно, а потом произнес проклятие, выбирая пригодные слова. («Молитва его да будет грехом, да будут дни его кратки, достоинство его да получит другой; дети его да будут сиротами, жена его вдовою; пусть заимодавец захватит все, что у него есть, и чужие люди разграбят труды его; пусть дети его скитаются и ищут хлеба вне своих опустошенных жилищ... Пусть облечется проклятием, как одеждою, и оно проникнет, как вода, во внутренности его и, яко елей, в кости его», и пр.) Боборыкин донес, что эти проклятия относились к государю. Набожный царь пришел в ужас, собрал у себя архиереев, жаловался и говорил:
«Пусть я грешен; но чем виновата жена моя, и любезные дети мои, и весь двор мой, чтобы подвергаться такой клятве?»
В это время приближённым Алексея Михайловича становится грек - митрополит газский, Паисий Лигарид, ученый человек, получивший образование в Италии; впоследствии в Палестине он был посвящен в архиерейский сан, но подвергся гонениям иерусалимского патриарха Нектария за латиномудрствование. Никон, еще до своего отречения, по ходатайству грека Арсения, пригласил его в Москву. Паисий приехал уже в 1662 году, когда патриарх находился в Воскресенском монастыре. Никон надеялся найти себе защитника в этом греке. Своей Первостепенной задачей Паисий считал примирение патриарха с царем, он письменно убеждал Никона смириться и простить старые обиды, но увидел, что его выходки до такой степени раздражили царя и бояр, что на примирение надежды не было, тогда он открыто становится на сторону врагов патриарха. Паисий Лигарид подал царю совет обратиться к вселенским патриархам. Царь Алексей Михайлович, по своей натуре, всегда готов был прибегнуть к полумерам именно тогда, когда нужно было действовать прямо и решительно, в этом случае он именно так и поступил. Государь с боярами составили и решили отправить ко всем вселенским патриархам двадцать пять вопросов, относящихся к делу Никона, но не упоминая его имени, были представлены на обсуждение патриархов случаи, имевшие место в России, но они были описаны так, будто неизвестно когда и с кем они происходили; казалось даже, что их совсем не было, а приводились они только для того, чтобы знать, как следует поступить, если бы они совершились. Доставить вопросы патриархам царь доверил греку, по имени Мелетий.
В июле 1663 года, в ожидании ответов от вселенских патриархов на посланные вопросы, царь отправил в Воскресенский монастырь к Никону Паисия Лигарида с астраханским архиепископом Иосифом, также вместе с ними поехали давние недоброжелатели патриарха: боярин князь Никита Иванович Одоевский, окольничий Родион Стрешнев и думный дьяк Алмаз Иванов.