Формула «в двух естествах» (έν δύο φύσεσιν) у св. Кирилла не встречалась, но она употреблялась в Антиохийской школе и в Томосе св. Льва. Включение этой формулы, а не кирилловой «из двух естеств» (έκ δύο φύσεων) вызвало протест монофизитов, и они отказались её принять. Восточный массовый мир воспринял Халкидонский орос как скрытое несторианство, считая, что Кириллова формула православия более верна и привычна. Но, как говорилось выше, на Халкидонском соборе выражение "из двух естеств" было заменено, μία φύσις вычеркнуто из православного употребления, были замолчены и 12 анафематизмов св. Кирилла. По выражению Карташева, в Халкидоне «Кирилл был принесен в жертву Льву»[11]. Сопротивление "кириллистов" и создало тяжелый монофизитский кризис.
Однако, слегка углубясь в исторический аспект монофизитства, отметим, что борьба против халкидона была вызвана не только богословскими разногласиями, но также и религиозно-политическими причинами. Халкидонский собор явился не только торжеством объективной истины, но и веры Империи, Константинополя. Но, увы, Империя в то время не являлась тем, чем провозглашала себя – вселенским, сверхнациональным государством, на её территории не наблюдалось ни культурного, ни психологического единства.
Торжество Константинополя не было оправданным. Об этом пишет А. Шмеман. Он указывает, что коптская и сирийская масса воспринимала власть Империи как «ненавистное иго». «Под тонким слоем эллинизма, элленистической культуры, утвердившейся в городах и среди «интеллигенции», продолжали бурлить старые национальные страсти, жили древние традиции. … В монофизитстве нашли выход разгоравшиеся под спудом этнические страсти. Борьба против «двух природ» грозила превратиться в борьбу против самой Империи».[12]
Главной питательной средой антихалкидонской реакции и монофизитства было монашество. В рассматриваемый период монашество Сирии и Египта состояло в основном из местных национальных элементов: коптов и сирийцев, и поэтому меньше всего было связано с эллинизмом.[13] Отстаивая Кирилла, бушуя на «разбойничьем» соборе, монахи уже очевидно защищали «свою» Церковь от поползновения чужого «имперского» центра. Ситуация осложнялась ещё и тем, что основная часть монахов жила тогда свободно, бродя и меняя места жительства. Это делало массу монашества довольно анархичной, с трудом признающей церковную власть.
Вначале в оппозицию Халкидону встали и почтенные монахи— о. Иоанн Мейендорф указывает на св. Герасима и св. Геронтия, бывшего собеседником св. Мелании-младшей. Они изменили свое отношение лишь позже. «В 451г. единственным действительно стойким приверженцем Халкидона был великий святой Евфимий в своей лавре»[14] - пишет Мейендорф.
Хронологически первый массовый протест против собора произошел в Палестине. Толпы монахов под предводительством Феодосия, вдохновляемые вдовой Феодосия II Евдокией (противницей политики императора Маркиана), восстали против Ювеналия Иерусалимского. Когда он вернулся с собора, ему не дали занять свою кафедру. Вместо него епископом Иерусалима монофизиты провозгласили монаха Феодосия. Начались беспорядки, город подвергся грабежам и пожарам. Был убит епископ-халкидонит Севириан Скифопольский. Ювеналий бежал в Константинополь. Только через 2 года, ценой вмешательства римских войск и кровопролитных столкновений с толпами монахов, Ювеналий был восстановлен на своей кафедре.
В Антиохийском патриархате господствовали подобные неустройства. Монах Петр Гнафевс, усердный монофизит, прибавивший к трисвятой песне выражение "распныйся за ны", явился в 467 г. искателем Антиохийской кафедры, при живом православном патриархе Мартирии. Последний, опасаясь расправы, добровольно оставил кафедру в 471 г. Но и Петр Гнафевс недолго занимал Антиохийскую кафедру: он бежал, боясь царского гнева.
Наиболее разросся и укрепился монофизитский бунт в Египте. Диоскор был сослан в Гангры, а на его место избрали Протерия, сторонника Халкидона. Однако монахи посчитали выборы при живом Диоскоре незаконными, а признание им собора сделало его неугодным большинству египетских христиан. Лидерами оппозиции стали приверженцы Диоскора, пресвитер Тимофей Элур и диакон Петр Монг.
После смерти Диоскора (454г.) монофизиты, не признававшие Протерия, считали александрийскую кафедру вдовствующей. В 457 г., в Страстной Четверг, произошло народное восстание, в ходе которого Протерий был убит прямо во время совершения им Евхаристии. На освободившуюся кафедру монофизиты поставили «своего» патриарха – Тимофея Элура. Также монофизитские епископы были поставлены по всему Египту.
Император Маркиан умер в 457 г. Новый император Лев 1 также воспринял халкидонские суждения, но не хотел сразу же прибегать к силе для поставления в Египте халкидонского епископа, как это сделал Маркиан в Иерусалиме. Лев предпринял необычный шаг: он обратился ко всему епископату Империи, а так же к авторитетам монашества (в том чисте к Симеону Столпнику) с просьбой выразить мнение о законности хиротонии Тимофея Элура. Почти все признали его незаконным. После этого Лев обратился к Тимофею с призывом покинуть кафедру либо принять Халкидон. Тимофей ответил отказом, после чего он был арестован и сослан в Гангру, а на его место императором был поставлен Тимофей Салофакиол.
Первая попытка компромисса с монофизитством была сделана в 475г, когда власть в империи захватил узурпатор Василиск. Он издал Окружное послание (εγκυκλιον), в котором осуждался Халкидонский собор. Тимофей Элур и Петр Гнафевс вернулись на свои бывшие кафедры. Однако в столице благоволение Василиска к монофизитам встретило противодействие в лице патриарха Акакия, на стороне которого был и верующий народ. При таких обстоятельствах Василиск круто повернул в сторону православия. Он издал новый указ, отменяющий предыдущий – αντιεγκυκλιον. Но народ не поверил ему, и он был низвержен.
После недолгого правления Василиска, к власти пришёл император Зенон. Он решил действовать дипломатическими и пытался найти вероисповедный компромисс. В 482 году был опубликован вероисповедный указ, который назывался "Энотикон" ("объединительное послание"). Вероопределительная часть "Энотикона" была очень расплывчатой, однако в нем бросалась некая тень на Халкидонский Собор. Поскольку Халкидонский Собор явно не осуждался, то многие православные представители смогли подписаться под этим документом. Однако документ не был признан ни теми, кто твердо держался Православия, ни теми, кто твердо стоял на позициях монофизитства. Таким образом, вместо двух противоборствующих сторон образовались три. В связи с "Энотиконом" произошел и разрыв Константинополя с Римом (так называемая акакианская схизма, по имени константинопольского патриарха Акакия, который принимал деятельное участие в церковной политике императора Зенона).
В период царствования Юстиниана Великого, твердо стоявшего на халкидонской позиции, христологические споры были далеки от разрешения. Сущность разногласий того периода сосредоточилась вокруг проблемы теопасхизма (богострадания). Виновниками теопасхистского спора стали скифские монахи. В противовес прибавлению в Трисвятому «Распныйся за ны», введенной сирийскими монофизитами, эти монахи ввели другую: «Один из Троицы плотью пострадал», и требовали присоединения этой формулы к Халкидонскому вероопределению. Важнейшим понятием для сторонников теопасхизма, среди которых самым выдающимся богословом являлся Леонтий Византийский, было понятие одной ипостаси: человеческая природа во Христе не есть ипостасна либо неипостасна, она воипостасна, т.е. имеет свою ипостась в Логосе. В 533 г. Юстиниан I издал эдикт, узаконявший формулу скифских монахов, также император провозгласил ее своим догматическим гимном "Единородный Сыне и Слове Божий... Един сын Святыя Троицы…».
Император Юстиниан стремился объединить всю империю и сделал это стремление краеугольным камнем своей религиозной политики. Его главной установкой было добиться примирения православных с монофизитами. Он был к тому же крупнейшим богословом своего века. Сознавая бесцельность гонений на монофизитов, он разрешил изгнанным вернуться в их церкви и монастыри. Император надеялся достигнуть единства путем выяснения пунктов разногласия в личных собеседованиях. Однако никаких практических последствий собеседования не имели. Тогда Юстиниан, вникая в богословие минувших полутора столетий, пытается осмыслить православную христологию как единое целое, дать богословский синтез учений III и IV Вселенских Соборов. Доказывая свою верность Халкидонскому вероопределению, Юстиниан, однако, рассматривает его в свете учения св. Кирилла Александрийского. В 551 г. он составляет свое исповедание веры (Ομολογία), которое являлось попыткой примирить халкидонское и монофизитское богословие.
В «Омологии» Император упорно отстаивает ортодоксальность теопасхистских формул, но делает он это не в ущерб Халкидонскому вероопределению; решительно отвергая идею слияния Божества и человечества во Христе, Юстиниан твердо настаивает на необходимости признания двух природ. Оставаясь убежденным приверженцем Халкидона, Юстиниан вполне осознает различие между природой и ипостасью Единство Христа выражается понятием ипостаси, а не природы. Если бы Христос обладал сложной природой (как утверждал один из виднейших монофизитских богословов Севир Антиохийский), Он не был бы ни Богом, ни человеком, но некой новой природой; тогда как в действительности Он есть и Бог, и человек в Своей сложной Ипостаси. Юстиниан открыто противостоял монофизитству, отстаивая единичное понимание ипостаси. Он полемизировал с Севиром по вопросу о количестве природ, осуждал нежелание монофизитов «подсчитывать число природ». Тем не менее, он сделал ряд существенных терминологических уступок Севиру. В частности, Юстиниан полагал, что две природы во Христе возможно различать только «словесно или созерцательно, а не как две различные вещи». Именно в таком смысле понимал две природы и Севир. Кроме того, императорское исповедание веры провозглашало истинно православной формулу св. Кирилла «Единая природа Бога Слова воплощенная», признавая, что Кирилл использовал слово «природа» в значении «ипостаси»[15].