Только с середины III века с приходом к власти императора Деция начинаются организованные гонения на христиан. К этому времени христианская религия широко распространилась в римском обществе, проникнув в армию, органы управления и даже сенат. Христианская церковь превратилась в довольно могущественную разветвленную организацию, спаянную строгой дисциплиной. Епископы, образовавшие клир, то есть касту священнослужителей, и накопившие достаточно большие богатства и владевшие значительным личным имуществом, занимались торговыми и финансовыми операциями. Причем зачастую они не делали различия между своими личными деньгами и средствами общины. Также в их распоряжения поступали наследства, завещанные общине и средства от опекунства над сиротами. Епископы периодически собирались на соборы, где решали накопившиеся проблемы и боролись с раздорами внутри церкви. Именно в таком состоянии христианскую церковь застал эдикт императора Деция, изданный в 250 году: все население империи обязывалось явиться перед специальной комиссией, принести жертву и вкусить жертвенного мяса. Те, кто отказывался сделать это, подлежали казни как неблагонадежные элементы и государственные изменники.
Эдикт вызвал раскол среди христиан: одни («исповедники») публично отказались приносить жертвы и многие из них приняли мученическую смерть, другие («падшие») отреклись от христианства, а третьи бежали, чтобы сохранить жизни и не отрекаться от Иисуса Христа. Подавляющее большинство христиан отказалось от своей веры,
поспешило принести жертвы и заверить императора в своей лояльности. Гонения Деция длились недолго и прекратились сразу же после смерти императора в 251 году. Однако в результате преследований церковь поглотили смуты и споры, центральной фигурой в которых стал карфагенский епископ Расций Цецилий Киприан. Как и многие другие клирики, во время гонений Киприан бежал, скрывшись от римских властей. Когда же Деций умер и общины вышли из подполья, христиане начали принимать своих членов обратно. Для этого «падшим» требовалось только поручительство «исповедника», получить которое не составляло большого труда. Фактически оставшиеся без управления общины начали сами принимать весьма важные решения, что вызвало недовольство епископов. Главным противником возвращения «падших» стал Киприан. Теперь «исповедники», принявшие на себя главный удар во время репрессий, считали себя равными апостолам и претендовали на руководство общинами. Ни Киприан, ни другие успешно пережившие гонения в подполье клирики смириться с этим не желали и не могли. Они требовали предварительного церковного суда и публичного покаяния «павших», которые могли быть обратно приняты в общину только с разрешения епископа.Всем этим спорам положили конец новые гонения, которые начал император Валериан через два года после смерти Деция. Новый эдикт был специально направлен против церковной организации и богатых христиан, в числе которых были и сенаторы: «Чтобы немедленно были подвергнуты наказанию епископы, пресвитеры и дьяконы, чтобы сенаторы и всадники были лишены звания, а их имущество конфисковано, а если после этого они будут упорствовать в христианстве, они должны быть казнены». Репрессии Валериана были направлены, прежде всего, против церкви, которая все больше превращалась в государство в государстве, и, по мнению императора, стали опасны для Рима. Проникая на административные должности и в армию, христиане считали себя более связанными церковной дисциплиной, чем долгом перед императором. Если официально в империи еще признавались привилегии давно несуществующего «римского народа и сената», то христиане в своем кругу отвергали мертвую традицию и постепенно превращались в новый народ. Принадлежность к этому народу определялась не по национальности, а по вероисповеданию. Валериан даже не пытался уничтожить христианство, прекрасно понимая, что это невозможно. Император желал сломить растущее могущество церкви, но и.это ему не удалось. В 260 году он попал в плен к парфянскому царю, где нашел свою смерть.
Христианская церковь не только не замышляла государственного переворота, но и готова была стать мощной опорой императорской власти. Христиане были добросовестными и честными чиновниками, храбрыми солдатами. Но пока императоры не желали использовать христианство в своих целях, организовывая новые гонения. После более чем 40-летнего перерыва в феврале 304 года императоры Диоклетиан и Максимиан издали эдикт, согласно которому надлежало: «Срыть до основания церкви, предать уничтожению огнем писания, занимающих государственные должности уволить, находящихся в услужении лишить свободы, если они будут продолжать оставаться христианами». Начался период, который получил название «эра мучеников» и длился до 311 года. Эти гонения оказались особенно жестокими и чувствительными для церкви. К тому времени христиане перестали скрывать свое вероисповедание, а власти проводили репрессии намного планомернее и систематичные, чем при прежних императорах. Особенно жестоко расправлялись с христианами на Востоке, на Западе же к ним относились более милосердно. Однако уже в 311 году в ходе междоусобной войны император Константин Великий привлек на свою сторону христианскую церковь, что обеспечило ему победу. Будучи дальновидным политиком, Константин первым понял, что союз с мощной церковной организацией, которая проповедует единую мировую религию, может стать опорой Для его планов создания единой монархии.
Изданный в 313 году Константином Медиоланский эдикт прекратил преследование христиан. Христианская Церковь получала назад конфискованные у нее храмы и имущество. Духовенство освобождалось от всех общественных обязанностей, в том числе и от уплаты налогов. Церковь получила право принимать по завещанию землю, что стало быстро увеличивать ее богатства.