В 1847 году возник в Петербурге под председательством герцога Лейхтенбергского кружок нумизматов и антиквариев, превратившийся вскоре в Археологическое общество. Спасский, барон Кене, Савельев, Григорьев разрабатывали материалы по нумизматике нашего юга. С самого своего основания это общество обратило, таким образом, свои интересы на юг. По его инициативе граф А. С. Уваров, начинавший тогда свое ученое поприще, предпринял в 1848 году археологическое путешествие на низовья Днепра и западную часть черноморского побережья от устья Днепра до устьев Дуная. Свои археологические изыскания, раскопки и добытые предметы древности граф Уваров описал в издании: "Исследования о древностях южной России и берегов Черного моря".
Что касается раскопок в Ольвии то сначала по неизвестным причинам работа шла медленными темпами, но далее район раскопок постепенно увеличивался. Граф Уваров начал исследование Ольвии,а князь Сибирский раскапывал курганы близ Феодосии. В 1853 году, по инициативе графа Перовского снаряжена была экспедиция в устье Дона на место древнего Танасиса. Туда отправился профессор Московского университета Леонтьев с художником Авдеевым. Раскопки дали обильные результаты, и Леонтьев представил их научную оценку с всесторонним исследованием исторических судеб той местности с древнейших времен и до гибели итальянской Таны в своем труде, озаглавленном "Археоологические изыскания на месте древнего Танаиса и в его окрестностях" ("Пропилей, IV. 1854). В том же 1853 году граф Уваров, по поручению графа Перовского, произвел большие раскопки на городище Херсонеса. Местность Херсонеса была с 1852 года передана в ведение духовного ведомства, которое, по инициативе архиепископ Херсонского и Таврического Иннокентия, стало интересоваться древними христианскими святынями Крыма. 4 мая 1850 года издан был указ Синода, по которому архиепископу Херсонскому было разрешено заняться восстановлением древних святынь. В силу этого указа архиепископ Иннокентий устроил на городище Херсонеса общежительную келию, и 28 февраля 1853 года освящена была первая церковь этого монастыря имени св. Ольги.
В данной работе А.М.Маркевич отмечет, что тяжкая для России Севастопольская война прервала мирное течение жизни на всем черноморском побережье. Городище Херсонеса оказалось в черте осадных работ нашего неприятеля, и французы покрыли его своими батареями и траншеями. Храм св. Ольги были разрушен. Союзные войска захватили 12 мая 1855 года Керчь и оставались там до конца войны. В ожидании нашествия тогдашний директор Керченского музея Люценко постарался отослать заранее в Петербург более ценные вещи, но много ваз, громоздких предметов и камней с надписями осталось на месте. Вступившие в город отряды союзных войск, в числе которых были и турки, перебили и переломали все в музее, а камни с надписями англичане увезли впоследствии в свои музеи. На горе Митридата англичане сами принялись за раскопки, и сделанные тогда ими находки были опубликованы в издании Macpherson’a: "Antiquities of Kertsch" (London. 1859). Когда по окончании войны вновь налаживалась прежняя жизнь и Люценко опять начал раскопки; прежнее здание музея, сооруженное специально для него на горе Митридата, было оставлено, как слишком удаленное от центра города и не соответствующее более потребностям, и с тех пор музей ютится в наемном помещении. В Херсонесе отстроена была киновия, а в 1858 году вновь возбужден вопрос, который поднимал преосв. Иннокентий в 1852 году, о сооружении храма на месте, где якобы крестился великий князь Владимир. Закладка его совершилась в присутствии Императора Александра II 23 августа 1861 года. При сооружении этой церкви шли, по необходимости, раскопки, и находимые при этом предметы древности хранились в монастыре. Позднее, с 1876 по 1885 год, раскопки на городище Херсонеса велись Одесским Обществом Истории и Древностей, которое получало на это дело особый кредит.
А.И.Маркевич указывает на то, что в 1859 году возникла и начала свою деятельность Императорская Археологическая Комиссия, первым председателем которой был граф Строганов. Это учреждение стало ведать правительственными раскопками на юге России, которые велись тогда исключительно в районе Керчи и Тамани. Получавшиеся оттуда древности поступали в Эрмитаж и консерватор античного отдела акад. Стефани был привлечен к изданию ежегодных отчетов. Члены Комиссии каждое лето отправлялись сами на раскопки, расширяя их район на всю территорию, которая принадлежала некогда Скифам. Раскопки велись с большей или меньшей интенсивностью непрерывно из года в год на территории Крыма. В 1888 г. к комиссии, по инициативе ее председателя графа А.А. Бобинского (с 1886 г.), перешло руководство раскопками на городище Херсонеса. Дело было возложено на г. Косцюшко-Валюжнича, и Херсонес стал постепенно выходить на свет из-под куч мусора, покрывающих городище. Раскопки ведутся систематически и дают ежегодно богатые результата.
Со времени своего существования Комиссия издает ежегодные "Отчеты" о своей деятельности. В "Отчет" помещались сведения о раскопках и находках, а в "Приложении" к отчету каждого года акад. Стефани давал обширное археологическое и художественно-историческое исследование и изъяснение находок, изображавшихся на таблицах in folio. В таком виде велось дело до самой смерти Стефани (1887 г.). К тому времени был им издан 21 том отчетов, с 1859 по 1881 год, с таким же числом атласов в шесть таблиц каждый. По смерти Стефани Отчет за годы с 1882 по 1888 был издан в одном томе, а затем стали опять выходить отчеты по годам. Общее руководство изданиями Комиссии взял на себя барон В. Г. Тизенгаузен (ум. 1902), участвовавший в трудах Комиссии почти с самого ее основания и до 1900 года. В соответствии с расширением задач археологической науки, расширился и район раскопок, изменился тем самым и характер Отчетов. Издание памятников древности Комиссия ведет теперь под заглавием: "Материалы по археологии России, издаваемые Императорскою Археологическою Комиссией", которые выходят в свет в виде отдельных выпусков. Древностям Крыма и юга России посвящены выпуски: 6, 7, 8, 9, 12, 13, 17, 19, 23, 24 (с 1891 по 1901 г.), составленные как членами Комиссии, так и другими учеными, которых Комиссия привлекает к обработке поступающего к ней материала из раскопок.
А.И.Маркевич в данной работе пишет о том, что с 1901 г. Археологическая Комиссия расширила свою издательскую деятельность и кроме "Отчетов" и "Материалов" ведет периодическое издание под заглавием: "Известия Императорской Археологической Комиссии". До конца 1905 года вышло 16 выпусков этого издания. В нем появляются подробные отчеты о раскопках, исследования об отдельных памятниках и новых находках как эпиграфических, так и вещественных. Надписи, являющиеся таким важным непосредственным источником нашего знания о древних судьбах культурной жизни нашего юга, входили в обиход научного исследования по мере своей публикации в разных изданиях русских и иностранных. В 1881 году Императорское Русское Археологическое Общество имело мысль сделать цельное издание этого богатого материала по образцу изданий этого рода берлинской Академии Наук. Данная задача нашла себе исполнителя в лице В. В. Латышева, под заглавием: "Inscriptiones antiquae orae septentrionalis Ponti Euxini graecae et latinae" в 1885 годупоявился первый том этого собрания, за которым последовали II- IV . Здесь собраны эпиграфические тексты, проверенные, по возможности, по подлинникам, с переводом на русский язык, и обширным ученым комментарием. Научно разработанные указатели, приложенные к отдельным томам, облегчают возможность пользования этим богатым материалом и делают его общедоступным. В 1896 году к празднованию 50-ти-летнего юбилея Императорского Русского Археологического Общества академик Латышев собрал в одно издание все ставшие до того времени известные христианские надписи юга России под заглавием: "Сборник греческих надписей христианских времен из южной России".
А.М.Маркевич указывает на то, что наряду с материалом эпиграфическим с самого начала научной разработки древних судеб Крыма огромное значение имели монеты. Помимо интереса чисто антикварного, монеты послужили самым важным и во многих случаях единственным источником для восстановления исторической канвы с точными датами для эпох, когда исторические свидетельства крайне скудны или даже вовсе отсутствуют. Так, хронология царей Боспора установлена на основании монет, которые они чеканили. Много почтенных имен ученых можно назвать в области разработки нумизматики греческих городов нашего края. А.И.Маркевич называет Спасского, Кене, Григорьева, Юргевича. Всю свою долгую жизнь трудился над монетами М.А. Бурачков, составивший огромную коллекцию и издавший на ее основании капитальный труд под заглавием: "Общий каталог монет принадлежавших эллинским колониям, существовавшим в древности на северном берегу Черного моря, в пределах нынешней Южной России". Частные поправки и дополнения давали и продолжают давать в этой области ; Орешников, Подшивалов, Гиль, Бертье-Делпагард и др. В области изучения генуэзско-татарских монет много потрудился г. Ретвоский.
Императорское Московское Археологическое Общество и руководимые им Археологические Съезды всегда удерживали Крым в кругозоре своих ученых работ . Арсений Иванович Маркевич с полным признанием отмечает в этой связи деятельность крымского туземного ученого учреждения, а именно Таврической Ученой Архивной Комиссии. В ее составе с самого начала были члены, интересовавшиеся местными древностями и обладавшие научной подготовкой для участия в обработке материала. При комиссии возник небольшой музей, рост которого стеснен недостатком помещения, каким он пользуется при Губернской Земской Управе. "Известия", издаваемые Комиссией с 1887 года, заключают в себе много ценных исследований по истории края как древней, так и позднейших времен. Остается помянуть об одном популярном издании, авторы которого сделали попытку представить общий обзор древностей России, начиная с классических времен: "гр. И. Толстой и Н. Кондаков, Русские Древности в памятниках искусства". Первые два выпуска (1889) и начало (1898) посвящены древностям нашего юга. Издание богато украшено снимками, воспроизводящими важные вещественные находки разных типичных предметов, а также монет, медалей, печатей и видов отдельных местностей. В самое последнее время графиня П. С. Уварова предприняла ученое издание, под заглавием: "Памятники христианского Херсонеса". В конце истекшего 1905 года появился первый выпуск, обработанный професором Айналовым. Он заключает в себе исследование о развалинах херсонесских храмов. Дальнейшие выпуски будут иметь своим предметом историю города и исследование всех вещественных памятников, найденных на территории городища.