У 1687 р. унаслідок старшинської змови І. Самойлович був зміщений з гетьманської посади і засланий до Сибіру.25 липня 1687 р. у козацькому таборі під м. Коломаком гетьманом був обраний генеральний осавул Іван Мазепа (1687-1708 рр). Новообраний гетьман підписав з представниками російського уряду Коломацькі статті, в основі яких лежали Глухівські статті 1669 р. з додатками. Коломацькі статті передбачали подальше посилення в Гетьманщині влади царя і ще більше обмеження прав гетьмана та гетьманського уряду. Згідно із статтями:
– гетьман не мав права зміщувати генеральну старшину без царського дозволу, а старшина – переобирати гетьмана;
– козацькій старшині надавалися різні привілеї: свобода від будь-яких податків і натуральних повинностей, повне володіння своїми землями, лісами, млинами тощо;
– найбільш заслуженим із числа старшин обіцяно було надавати дворянські звання;
– на гетьмана накладалося зобов’язання суворо заборонити українським купцям торгівлю тютюном і горілкою в Росії (це порушувало царську монополію), а також усяку торгівлю з Кримом;
– гетьману заборонялося мати зносини з іноземними державами;
– старшина і козаки повинні були стежити за гетьманом, і доносити цареві про спроби зради з його боку;
– російські воєводи з царським військом залишалися в Києві, Чернігові, Переяславі, Ніжині й Острі;
– заохочувалися шлюби між українцями і росіянами тощо.
Тобто, Коломацькі статті визначали гетьманський уряд як слухняне знаряддя для здійснення в Україні царської політики.
Зовнішня політика І. Мазепи. На початку гетьманування І. Мазепа вважав, що може втілити свої задуми щодо України тільки в спілці з Москвою. Пов’язаний угодою з царем, він брав активну участь у зовнішньополітичній діяльності Петра І. Козацькі загони надавали допомогу царській армії у походах проти Криму.
На початку весни 1689 р. більше ніж 100-тисячна російська армія під командуванням Голіцина та 40 тисяч українських козаків на чолі з Мазепою знову вирушили в похід на Крим (другий кримський похід). Здобувши перемогу в кількох битвах війська підійшли до Перекопу, але не змогли його взяти, і повернули назад. Невдале завершення другого кримського походу було зумовлено несприятливими обставинами: погана підготовка війська; повільне просування армії; бездоріжжя; нестача корму для коней, води й продовольства; відверте небажання союзників допомагати тощо.
Внутрішня політика. Ставши гетьманом, І. Мазепа проводив політику, спрямовану на об’єднання під своєю владою Лівобережжя, Правобережжя, Запорожжя і Слобожанщини. Основною метою було прагнення зберегти автономію гетьманської влади, створити віддані гетьманові верстви української аристократії, пожвавити господарське життя і відродити національну культуру.
Гетьман при зміцненні своєї влади спирався на старшину, шляхту, духовенство, активно роздаючи їм військові і селянські землі. При покровительстві Мазепи була відновлена панщина, власники одержали право бити своїх селян нагайками, заковувати їх в ланцюги і саджати до в’язниць. Почастішали випадки прямого насильницького захоплення старшиною і шляхтою селянських наділів. Тисячі селян вільних сіл гетьман передав у володіння своїм прихильникам. Податок на земельну власність рядових козаків за роки правління Мазепи збільшився в 2 рази.
Усе більш виразною ставала тенденція перетворення тимчасових дарування (на час заняття даної посади) маєтків на постійні. Генеральні і полкові старшини ставали власниками великих латифундій. Сам Мазепа володів більш ніж 120 тис. селян, які знаходилися у його маєтках. У 1698 р. майнова нерівність серед козацтва була узаконена: відповідно до майнового стану, всіх козаків розділили на виборних (які несли військову службу) і підпомічників (які господарювали, забезпечуючи виборних спорядженням і коштами для несення служби).
За 20 років перебування на посаді гетьмана Мазепа зосередив у своїх руках величезну особисту владу, жорстко придушуючи конкурентів із числа старшин, незадоволених його авторитарним правлінням, та виступи запорожців, котрі називали його „вітчимом України”. Свою владу він захищав усіма засобами, у тому числі і за допомогою каральних експедицій, провокацій і страт.
Посилення експлуатації низів розширювало прірву між старшиною і рядовими козаками, що у 1692 р. послужило причиною повстання в південних полках під проводом канцеляриста Петра Іваненка. Але армія Мазепи за допомогою російських військ розбила його нечисленні загони, котрі складалися в основному із запорозької голоти.
Одним із найважливіших напрямків загальної державної політики Мазепи була культурно-освітня діяльність. У розвиток української освіти, науки, мистецтва гетьман вкладав великі кошті. Завдяки пожертвуванням гетьмана змінилися архітектурні обриси багатьох міст, зокрема, Києва, Чернігова, Переяслава, Глухова, Бахмача та ін. У 1690 р. завдяки його підтримці було зведено нове приміщення Києво-Могилянської колегії, а в 1701 р. вона одержала статус академії. Мазепа заклав більше десятка нових храмів, сприяв відновленню багатьох стародавніх церков.
Козацтво Правобережної України. Наприкінці XVII ст. більшість земель Правобережжя була спустошена, люди масово переселялися на Лівобережжя і Слобожанщину. У зв’язку з цим польський король Ян III Собеській знову звернувся до козацтва. Заохочуючи заселення пустищ польський уряд рішенням 1685 р. надав козакам „давні привілеї і вільності”. Козацька старшина одержала привілеї, що узаконили її військово-адміністративні права на території Київщині і Брацлавщини.
Заохочувані польським урядом, козаки заселяли спустошені землі, відтворюючи тим власний полково-сотенний уклад. Так відродилися чотири полки: Богуславський, Корсунський, Брацлавський і Фастівський (Білоцерківський). Відновлені полки були не тільки військовими, а й адміністративно-територіальними одиницями.
Національно-визвольне повстання 1702-1704 рр. У 1699 р. Польща уклала мирну угоду з Османською імперією і тому не відчувала більше потреби в козацтві. Сейм ухвалив ліквідувати правобережне козацтво, а відтак коронний гетьман наказав полковникам розпустити їхні полки. Після захоплення польськими військами взимку 1702 р. кількох козацьких міст на Правобережжі України у відповідь почалося повстання, очолене Семеном Палієм. Цей визвольний рух мав на меті визволення Правобережної України від польського панування та об’єднання з Лівобережною Гетьманщиною. У липні 1702 р. рух охопив Київщину, а на початку 1703 р. повстанці вже контролювали значну частину Правобережної України. Повстання поширилося на Волинь і Поділля, дійшло до Галичини.15-тисячне польське військо, кинуте на його придушення, не змогло розбити повсталих.
Повстанці Палія об’єктивно ставали союзниками шведів, які у той час були у стані війни з поляками (у 1700 р. розпочалася шведсько-російська (Північна) війна). Тому цар відгукнувся на прохання польського короля допомогти розгромити повстанців. Для цього були використані війська Мазепи. Навесні 1704 р. вони перейшли Дніпро і зайняли Київщину і Волинь. Семена Палія було заарештовано і ув’язнено (через рік його було відправлено до Москви, а потім заслано до Сибіру). Ослаблена Польща, значну частину якої окупували шведські війська, не могла реально претендувати на Правобережну Україну. За таких обставин Правобережжя опинилося під владою І. Мазепи і фактично ввійшло до складу Гетьманщини. Об’єднання Правобережної та Лівобережної України за Мазепи тривало від 1704 р. до 1708-1709 р.р.
У 1700 р. розпочалася шведсько-російська війна, що одержала назву Північної війни. Хоча ця війна не відповідала інтересам України, Мазепа постійно на вимогу Петра І надавав козацькі війська для ведення воєнних дій на територіях Північної Росії, Прибалтики, Польщі. Козаки брали участь у походах за свій рахунок, вони підкорялися офіцерам царської армії. Козаків часто використовували як безкоштовну робочу силу на будівництві нових доріг, фортець та інших укріплень.
Можливо сподіваючись вивести Гетьманщину з-під влади царя, Мазепа удався до таємної дипломатії з противниками Москви. Так, зокрема, восени 1705 р. він налагодив зв’язки з польським королем Станіславом Лещинським, через якого сподівався встановити стосунки з Швецією. У 1706 р. Мазепа й справді розпочав таємні зносини зі шведським королем Карлом ХІІ.
У 1708 р. Карл ХІІ почав вторгнення в Росію. Похід мав відбутися в напрямку на Смоленськ і Москву через Литву і Білорусь. На початку похід складався вдало. Але після кількох невдач у серпні-вересні Карл ХІІ відмовився від попереднього плану. Він вирішив повернути на Україну сподіваючись зміцнити свою армію козацькими полками та військом Лещинського. Покладав також надії на допомогу кримського хана і турецького султана.
Українсько-шведський союз. Похід Карла ХІІ на Москву через Україну виявився несподіванкою для Мазепи. Перебування шведської армії на території України означало, що саме тут розгорнуться воєнні дії шведсько-російської війни. З іншого боку – Мазепі треба було робити вибір. Мазепа вирішив об’єднатися із шведами для війни проти Росії.24 жовтня 1708 р. Мазепа виїхав на зустріч із Карлом ХІІ. З ним вирушили 4-тисячне військо, генеральна старшина та 7 із 12 полковників. Згодом до них приєдналися більше тисячі молодих запорожців на чолі з кошовим Костем Гордієнком. Однак основна частина козацтва не підтримала виступу Мазепи. До того ж напередодні свого переходу на бік Карла ХІІ гетьман відправив кілька десятків тисяч реєстрових козаків в Прибалтику в розпорядження російського командування.
29-30 жовтня 1708р. між гетьманом Мазепою і Карлом ХІІ було укладено договір. Сам документ не зберігся, однак його скорочений виклад містився у „виводі прав України” – політичному документі, з яким у 1712 р. Пилип Орлик, відстоюючи права України, звертався до європейських монархів.