Лідери бунтівників навіть визнали свою провину та вибачалися перед гетьманом, прохаючи відвернути збройний інцидент. Однак вимогу Виговського скласти зброю без жодних попередніх запитів і цілковито покластися на його волю – відхилили. 18 травня відбулася перша сутичка сторін за десять кілометрів від Полтави. Незважаючи на те, що пушкарівцям вдалося розгромити передовий татарський загін, загальний успіх був на боці гетьманських військ. Великі надії Мартин Пушкар покладав на допомогу миргородських козаків, однак їм вдалося пробитися лише до Зінькова, де їх блокували татари. Залишившись без підкріплення, полтавський полковник був змушений відійти під захист фортечних мурів Полтави. З кінця травня Виговський взяв місто в облогу.
Після цього Пушкар спробував ще раз налагодити контакти з українським гетьманом. Однак його оточення вимагало від полковника не пошуку компромісу, а переможного бою. Під тиском радикально налаштованої старшини та козацтва в ніч на 1 червня М. Пушкар несподівано атакував супротивника.
Незважаючи на чисельну перевагу гетьманських військ і татар, фактор несподіванки на перших порах відіграв свою роль. Пушкарівцям вдалося вибити своїх супротивників із табору та захопити артилерію. Зазнавши чисельних втрат, Виговський заледве сам вирвався з оточення. Втім, у бою під Полтавою він продемонстрував, що може не лише майстерно організовувати адміністративну службу, а й вправно керувати військами. Переформувавши власні сили та вдало скориставшись із резерву, гетьман зумів нанести пушкарівцям настільки потужний удар, що вони так і не змогли від нього оправитися.
На полтавському полі загинуло, за одними відомостями, 8 тис. повстанців, за іншими – 15, а ще за іншими – 30. Востаннє вивів козацькі полки і соратник Хмельницького – полковник Мартин Пушкар, який загинув у бою [43, 61].
Наступного дня гетьманці вступили в Полтаву й, зважаючи на намагання місцевих козаків і міщан організувати оборону міста, за наказом Виговського полтавських козаків було страчено, а міщан, селян, козацьких жінок і дітей віддано татарам в ясир. На пограбування останнім було віддано й інші полтавські землі, що простягалися аж до р. Сули. Загалом же демографічні втрати Полтавщини та суміжних з нею територій, на яких розгорівся перший акт збройного громадянського протистояння, становили близько 50 тис. осіб.
Крім справді вражаючих своїми трагічними масштабами розмірів цих втрат, значний суспільний резонанс дій гетьмана на Лівобережжі пояснювався ще й тим, що досі за всі роки Української революції Полтавщина, як і власне Лівобережна Україна загалом, були поза межею збройного протистояння, а тому не несли таких страшенних втрат як, скажімо, Брацлавщина чи Поділля.
Жорстокі розправи над населенням південного Лівобережжя, як довели М. Грушевський, Ю. Мицик, В. Смолій, не зламали спротив опозиції та не привели до внутрішньої стабілізації [20], [36], [39]. Навпаки, вони принесли протилежні від очікуваних результати – озлобили населення проти гетьмана та підживили москвофільські тенденції.
Після отриманої під Полтавою перемоги над опозицією Виговському не довелося спочивати на лаврах переможця. Невдовзі, в середині червня 1658 р., в Україну вступають російські війська на чолі з бєлгородським воєводою Григорієм Ромодановським. Яке ж завдання було поставлене перед відомим російським воєначальником і державним діячем?
Однозначно на це питання відповісти важко. Відданий Ромодановському царський наказ передбачав надзвичайно широку палітру його дій – від підтримки Виговського в його боротьбі з опозицією аж до збройного виступу проти нього спільно з Пушкарем і Барабашем. Усе залежало від розвтку подій в україні та його оцінки воєводою.
Зважаючи на отримані надзвичайно широкі повноваження, Ромодановський, котрий і раніше не відзначався надмірною делікатністю та дипломатичністю у зносинах з козацькою адміністрацією, повів справу таким чином, що в гетьмана не залишилось сумнівів у тому, що похід скерований саме проти нього. Уже на початку липня в обозі воєводи з’являється один з лідерів антигетьманського заколоту Я. Барабаш, котрому місяцем раніше на чолі декількох сотень кінноти вдалося вирватися з-під Полтави та уникнути сумної долі М. Пушкаря. Виговський звертається до Ромодановського з проханнями видати йому лідера заколотників. Однак воєвода не лише цього не робить, а й усіляко захищає Барабаша. По Україні поповзли чутки, що царський достойник обдарував колишнього кошового булавою і бунчуком, а також передав виділені з царської казни гроші, аби той мав змогу мобілізувати війська на боротьбу з урядом Виговського [30, 198].
Зрозуміло, що така інформація страхає тих, хто не волів бачити повторення Полтавської трагедії, і, водночас, зміцнює рішучість тих, хто був готовий продовжувати антигетьманські виступи.
До відвертої ворожнечі доходить і в стосунках українського гетьмана з російським воєводою в Києві В. Шеремєтьєвим. Якщо між його попередником, воєводою А. Бутурліним і вищою козацькою адміністрацією склалися сприятливі партнерські відносини, то Шеремєтьєв, прибувши в Україну, своє завдання вбачав у тому, аби контролювати діяльність гетьманського уряду та місцевої адміністрації, не вельми зважаючи на їхні права і вольності. Ігноруючи волю козацьких урядників, воєвода розсилає в українські міста своїх «менших» воєвод, чим провокує конфлікти як на місцевому, так і вищому рівні.
Такий, вельми небажаний для української сторони розвиток стосунків з російською владою і стає тим тлом, на якому інтенсифікуються переговори Павла Тетері з представником польського короля С. Беньовським, що з початком липня проходять на Волині, в Межиріччі.
Власне початок їм було покладено ще в березні 1658 р., коли уряд Виговського, схиляючи кримського хана до надання військової допомоги, був змушений демонструвати певні зусилля для налагодження стосунків з його союзником – польським королем. Але якщо на той час українсько-польські переговори могли носити тактичний характер, то тепер, в умовах подальшої ескалації напруги в стосунках з Москвою, вони набувають стратегічного значення.
Характерною особливістю цих українсько-польських переговорів було те, що до них сторони вперше у своїй історії приступили не за результатами воєнної кампанії, а демонструючи власну добру волю. Крім того, впадає у вічі обопільна зацікавленість сторін у налагодженні мирних стосунків. Для уряду І. Виговського об’єднання з польським королем породжувало сподівання на остаточне приборкання антигетьманської опозиції всередині держави та успішну протидію намаганням зовнішніх сил обмежити український суверенітет. Велику зацікавленість у політичному розв’язанні конфлікту в цей час демонструє й польське керівництво. Для нього пріоритетними виступають як намагання повернути втрачені землі на сході, так і прагнення залучити Військо Запорозьке як важливого союзника в боротьбі зі Швецією та Росією на зовнішньополітичній арені, а також використання його потенціалу під час задуманих оточенням короля реформ, спрямованих на зміцнення королівської влади та обмеження шляхетського всевладдя [30, 211].
За таких умов серед правлячої еліти Речі Посполитої утверджується думка, висловлена познанським воєводою Єжи Лещинським: «підгрунтям нашого благополуччя є примирення з козаками» [30, 212]. Аби досягти цього благополуччя, польське керівництво демонструє готовність іти на такі поступки українській стороні, які були неможливими ніколи раніше.
Важливою передумовою для посилення прагнення гетьманського уряду до налагодження стосунків з королем є те, що цього разу було знайдено таку модель організації співпраці з Річчю Посполитою Війська Запорозького, яка дозволяла зберегти максимальну автономію останнього. І в цьому, вочевидь, велика заслуга належалаЮ. Немиричу, котрий не лише замолоду вивчав політологічну теорію в університеті Сорбони (його докторська праця була присвячена порівняльному аналізу політичних систем Речі Посполитої та Московської держави), а й був добре обізнаний з практикою існування конфедеративних утворень на території Швейцарії та Голландії, де він також навчався.
Остаточно українське керівництво «дозріває» для кардинального повороту зовнішньополітичного курсу Гетьманату під впливом «агітації» князя Ромодановського. Під час його рейду Лівобережжям на початку серпня гетьман Виговський розсилає по Україні універсали з наказом козакам готуватися до походу, оскільки «їх вороги» закликали на допомогу царські війська, та одночасно відправляє лист Яну ІІ Казимиру, де говорить про свою готовність «усю Русь під ноги Вашої Королівської Милості віддати».
Результатом українсько-польського зближення стає угода, укладена між представником польського короля С. Беньовським і гетьманським урядом Виговського в таборі під Гадячем 6 (16) вересня 1658 р.
Головна концептуальна ідея так званої Гадяцької угоди полягала в тому, що замість Речі Посполитої Двох Народів (як офіційно називалася тогочасна Польсько-Литовська держава) мала постати Річ Посполита Трьох Народів, тобто відтепер федерацію мали складати не лише Корона Польська та Велике князівство Литовське, а й Велике князівство Руське. Усі три складові федерації мали об’єднуватися особою спільно обраного короля, спільним вальним сеймом і зобов’язаннями проведення спільної зовнішньої політики та справами організації оборони держави [10, 55].
Вищим органом законодавчої влади на території Великого князівства Руського, до складу якого входили Київське, Чернігівське та Брацлавське воєводства, мали бути виборні Національні Збори. Главою виконавчої влади – пожиттєво обраний гетьман Війська Запорозького, який одночасно виступав і в ролі київського воєводи та першого сенатора князівства. За зразком Польської Корони та Великого князівства Литовського формувалися місцеві органи влади та система судочинства. Князівству належала власна скарбниця та право карбування монети. На його території створювався вищий судовий трибунал. Автономні збройні сили князівства мали становити 30 тис. козаків-реєстровців і ще 10 тис. найманого війська.