Тимошенко помогал заместитель наркома обороны Борис Михайлович Шапошников. Этот бывший офицер царской армии, хорошо известный своим талантом военного теоретика и независимостью, сыграл первейшую роль в создании после Гражданской войны Красной Армии и вступил в конфликт с Тухачевским по поводу интерпретации неудачной кампании последнего на Висле в 1920 году. Это, вкупе с его репутацией «военачальника высшей марки... не знающего равных по части эрудиции, профессионального мастерства и интеллектуального развития», да еще его любовь к кавалерии обеспечил его выживание в разгар чисток и назначение весной 1937 года на высокую должность начальника Генерального штаба Красной Армии — пост который он с короткими перерывами занимал вплоть до августа 1940 года. В 1930 году Шапошников был принят в коммунистическую партию, и XVII съезд партии избрал его кандидатом в члены ЦК КПСС. Фундаментальный научный труд Шапошникова «Мозг Армии» подтолкнул к созданию в 1935 году Генерального штаба Красной Армии. Всегда далекий от идеологии (в партию его приняли в 1939 году)*, Шапошников часто не соглашался со Сталиным в отношении советской оборонной стратегии, в том числе и по вопросам предвоенного планирования советской обороны. Тем не менее он все же уцелел — вероятно, потому, что Сталин не боялся этого эрудированного штабного офицера и даже уважал его за подобную неугрожающую прямоту. У Шапошникова сложились странные отношения со Сталиным: он был одним из немногих, к кому Сталин обращался по имени и отчеству.
Шапошников вернулся на пост начальника Генштаба в июле 1941 года, и после этого, вплоть до своей замены по болезни в мае 1942 года, служил архитектором заново организованного Генштаба, который обеспечил победу в войне. Во время войны он оказывал умеренное влияние на Сталина, и хотя его имя связывалось с катастрофой под Киевом в сентябре 1941 года, именно влияние Шапошникова в конечном итоге побудило Сталина считаться в руководстве войной с мнением Генерального штаба.
В июне 1941 года начальником Генштаба Красной Армии был генерал армии Георгий Константинович Жуков — кавалерийский офицер, ветеран Мировой и Гражданской войн, бывший командующий Киевским особым военным округом, где у него служил начальником штаба Ватутин, и герой сражения с японцами на Халхин-Голе в августе 1939 года. После 1937 года Жуков резко поднялся в высший командный состав, несмотря на контакты с такими попавшими под чистку командирами, как Уборевич и Егоров, под началом которых он служил. В июне 1940 года Жуков стал командующим Киевским особым военным округом и в январе 1941 года сыграл значительную роль в московских военных играх. Благодаря энергичным и умелым действиям в ходе этих игр по их завершении он сменил К. А. Мерецкова на посту начальника Генштаба. После этого назначения Жуков, под внимательным присмотром Шапошникова и в тесном сотрудничестве со своими заместителями Н. Ф. Ватутиным, Г. К. Маландиным и А. М. Василевским, первым заместителем начальника оперативного управления, работал над созданием более согласованных военных и мобилизационных планов. Несмотря на угрожающий пример чисток, Жуков обращался к Сталину с максимально возможной настойчивостью, и именно благодаря его побуждениям Сталин провел перед войной тайную частичную мобилизацию. Очевидно, Жуков призывал и к более активным мерам — но их Сталин отверг.
Командующим Жуков был энергичным, но упрямым. Он под ходил к войне с упрямой решительностью. Его сила воли, иной раз с примесью безжалостности и полнейшего нежелания считаться с потерями, провела советские войска через тяжелые испытания в начальный период войны и в конечном итоге привел их к победе. Подобно американскому генералу Гранту, он пони мал страшную природу современной войны и был психологи чески готов вести ее. Он требовал и добивался абсолютного повиновения приказам, распознавал и защищал военные таланты среди своих подчиненных и временами даже противостоял Сталину, навлекая на себя его гнев. Его операции не отличались особым хитроумием, но он умело пользовался Красной Армии как дубиной. Его характер идеально подходил к природе войн! на советско-германском фронте, и Сталин это знал — ведь лишь поэтому он и вся Красная Армия, несмотря на громадные потери, вышли из войны победителями.
Первым заместителем Жукова был Н. Ф. Ватутин — предводитель из ускоренного выпуска Академии Генштаба в 1937 год; бывший начальник штаба Киевского особого военного округа бывший начальник оперативного управления Генерального штаба. Описываемый своими современниками как человек, являющийся квинтэссенцией штабного офицера, Ватутин втайне горячо желал командовать войсками. Именно энергичный Ватутин составил в сентябре 1939 года план вторжения в Польшу, а июне 1940 года — в румынскую Бессарабию: Благодаря свое блестящей службе он был затем переведен в Генштаб, где сыграл видную роль в составлении под руководством Жукова, Тимошенко и Шапошникова военных и мобилизационных плана и переработке уставов Красной Армии. Сталин, невзирая на протесты Ватутина, использовал его качестве своего личного представителя на тех ключевых участках фронта, где положение становилось угрожающим.
Жуков описывал Ватутина «как человека исключительно талантливого и обладателя большого стратегического ума». Когда Ватутин поднялся наконец до командующего фронтом, Василей отметил его огромное мастерство по части проведения комбинированных операций. Ватутин, показавший себя одним из самых компетентных и смелых командиров Красной Армии, был смертельно ранен весной 1944 года.
Начальником оперативного управления Генштаба был выпускник Академии Генштаба 1938 года генерал-лейтенант Герман Капитонович Маландин, профессиональный штабной офицер, занимавший посты начальника штаба в пехотных частях на всех командных уровнях, а под конец прослуживший четыре года начальником штаба корпуса на Дальнем Востоке с 1930 по 1935 год. После окончания Академии Генерального штаба он в 1938-1939 годах занимался в ней преподавательской работой, а затем был назначен к Жукову заместителем начальника штаба Киевского Особого Военного округа (под начало Ватутина). Здесь в 1939 и 1940 годах он помогал составить планы военных операций в Польше и Бессарабии. После этого в феврале 1941 года Маландин перешел вместе с Жуковым в Генеральный штаб, где работал в тесном сотрудничестве с Ватутиным и Василевским над составлением предвоенных оперативных планов Красной Армии. Когда началась война, Тимошенко взял Маландина с собой в качестве начальника штаба Западного направления. Позже, во время обороны Москвы, Маландин служил начальником штаба у Жукова.
О работе этого профессионально компетентного штабного офицера нам лучше всего известно из уцелевших донесений, подготовленных им в период службы начальником штаба Западного направления и Западного фронта во время тяжелых боев 1941 года. Будущий начальник Генерального штаба С. М. Штеменко так описывал Маландина:
«Очень уравновешенный, всегда корректный человек, необычайно скромный и душевный. До самозабвения отдавался работе и умел ее выполнять, какой бы сложной она ни была. Герман Капитонович пользовался в Генштабе большим уважением за свою пунктуальность и глубину анализа обстановки. Он тоже вырос в крупного военного ученого и руководил Академией Генштаба».
Однако, хотя все эти качества требовались Маландину для выживания, они не обеспечили ему длительной славы.
Заместителем Маландина в оперативном управлении был Александр Михайлович Василевский — вероятно, наиболее способный офицер, какого произвела Красная Армия за время войны. Пехотинец, не пользующийся выгодами принадлежности к «кавалерийскому лобби», Василевский поднялся лишь благодаря своим достоинствам и пришел в Генеральный штаб после ускоренного выпуска учащихся Академии Генштаба в 1937 году. В предвоенные месяцы он тоже работал над оборонительными и мобилизационными планами. Поднявшись за четыре года в чинах от полковника до генерал-полковника, Василевский был любимцем Шапошникова и фактически стал его прямым наследником в Генштабе. Ровный характер и интеллектуальная острота Василевского уравновешивали голую силу и грубость Жукова, и за время войны из этой пары вышла превосходная «пожарная команда» эффективных представителей и командиров Ставки. В конце войны Василевский дорос до командующего театром военных действий, он спланировал и провел Манчжурскую операцию против японцев. Из штабных офицеров никто не внес большего вклада в разгром нацистской Германии, чем Василевский, Ватутин и их протеже А. И. Антонов.
В то время как Ватутин, Маландин и Василевский начинали войну на ключевых штабных постах, Алексей Иннокентьевич Антонов, будущая ведущая фигура в Генштабе Красной Армии, начал войну в относительной безвестности. Ветеран Мировой и Гражданской войн, Антонов оставался относительно незаметным до своего поступления в начале 1930-х годов на курсы академии имени Фрунзе, где в нем распознали «блестящего оперативного штабного работника». Превосходно проявив себя на посту начальника оперативного отдела Харьковского военного округа во время киевских маневров 1935 года, Антонов заслужил похвалу наркома обороны Ворошилова и принятие в Академию Генштаба — где он тоже попал в ускоренный выпуск 1937 года. После выпуска Антонов ненадолго сделался начальником штаба Московского военного округа под началом сталинского фаворита Буденного, а затем был назначен в академию имени Фрунзе на замену попавших под чистку преподавателей.