С этим поражением минское превосходство над монголами кончилось. Император был взят в плен, а евнух Ван Цзинь и все опытные полководцы убиты. Сам Инцзун, по крайней мере, проявил в безвыходной ситуации подобающее его положению мужество. Предводитель монголов нашел его сидящим в безмятежном спокойствии на ковре посреди убитых телохранителей. Его увезли в Монголию, но с ним хорошо обращались и позже освободили. Однако победа монголов была случайностью, произошедшей вследствие глупости командующего. У них недоставало сил воспользоваться преимуществом. Они дошли до ворот Пекина, но быстро были выбиты обратно спешно набранными в соседних провинциях китайскими войсками. Несколько лет спустя, когда на трон взошел другой император, монголы освободили Инцзуна, который перестал быть ценным пленником. Судьба благоволила к нему, и когда новый император заболел, он вновь взошел на трон благодаря заговору министров и генералов. Похоже он обладал даром завоевывать людей, ибо и среди своих монгольских пленителей он приобрел преданных и близких друзей. Его правление продолжалось до 1465 г.
Хотя непосредственные итоги поражения при Хуайлай оказались не столь плачевными, как можно было бы ожидать, это событие стало поворотной точкой в истории Мин. Эпоха китайского военного превосходства закончилась, и впредь минская империя лишь защищала северные границы, причем оборона все слабела и слабела. В течение последней трети XV века при императорах Сяньцзуне и Сяоцзуне империя еще сохраняла способность успешно защищать границы, но уже к началу XVI века стало ясно, что двор теряет и престиж, и власть.
При двух долгих правлениях Шицзуна (1520—1566) и Шэньцзуна (1572—1620) в империи в целом царил порядок, в первую очередь благодаря способным министрам Ян Динхэ и Чжан Гуцзину. Восстания на западе, беспокоившие страну при Уцзуне, были подавлены, однако границы и побережье подвергались набегам новых врагов. Северные кочевники постоянно нарушали спокойствие и однажды даже появились под стенами Пекина (1550), а японские пираты грабили юго-восточное побережье, захватывая пленников с целью получения выкупа. Эти экспедиции превратились в целую индустрию, в которую знать Южной Японии вкладывала деньги и получала огромные барыши.
Столкновение с Японией произошло и в Корее, куда сегун Хидэеси вторгся в 1592 году. Корея обратилась к Китаю, как своему сюзерену, за помощью, и минский двор послал армию с приказом сбросить японцев в море. Началась шестилетняя война, в которой китайцев, после первых успехов, преследовали неудачи. На полуостров отправлялись войска из всех районов империи, огромные средства тратились на борьбу, от которой Китай так ничего и не получил. Когда, наконец, смерть Хидэеси заставила японцев покинуть Корею, минский двор мог поздравить себя с пирровой победой, ибо война настолько истощила силы империи, что сделала ее беззащитной перед внешними и внутренними врагами.
В 1618 году маньчжурские племена основали свое государство в провинции Гирин (Цзилинь) и начали опустошать китайскую провинцию Ляодун. Все последующие годы силы и средства минской династии были сосредоточены на противостоянии маньчжурам, что отвлекало внимание двора от внутренних беспорядков. Едва ли маньчжуры смогли когда-нибудь завоевать сколько-нибудь значительную часть Китая, если бы минская династия не была уничтожена крестьянской войной, что, в свою очередь, в немалой степени стало возможным вследствие удаленности столицы.
Постепенно маньчжуры завоевали весь Ляодун, однако их дальнейшее продвижение сдерживала Великая стена. Минская династия погибла в пламени восстания, начавшегося из-за произвола евнухов и, как следствие, ужесточения гнета в провинциях. Вождем этого восстания стал Ли Цзы-чэн, выходец из Шэньси. После нескольких лет борьбы он в 1640 году завладел Хэнанью, а затем, быстро захватив Шэньси и Шаньси, обрушился на Пекин с северо-запада. В 1644 году его армия появилась под стенами столицы. Защита города, недальновидно порученная евнухам, провалилась, и последний минский император Сыцзун повесился в Императорском парке.
Однако маньчжуры пришли в Китай лишь после падения Пекина. Китайский генерал У Саньгуй, охранявший северные проходы, отказался признать Ли Цзычэна императором и попросил маньчжуров помочь ему отбить Пекин. Однако маньчжуры сами остались в Китае, пока У Саньгуй гнал распавшуюся и разбитую армию повстанцев на запад, откуда они и пришли.
Ли Цзычэн потерпел поражение от объединенной армии и вынужден был оставить Пекин. Преследуемый У Саньгуем, он бежал в западные провинции, но в конечном счете был окончательно разбит. Маньчжуры, тем временем позволив У Саньгую удовлетворить свою жажду мести, спокойно заняли Пекин и провозгласили своего правителя императором Китая.
Система минского управления на севере уже рухнула, поэтому маньчжуры заняли север и северо-запад Китая, практически не встречая сопротивления. На юге же, напротив, минский наследный принц тоже провозгласил себя императором в Нанкине, другие члены минского дома организовали сопротивление в Фучжоу и Кантоне. Дело подавления китайских претендентов на престол маньчжуры оставили У Саньгую и другим покорившимся им китайским военачальникам. В борьбе с ними и остатками армии Ли Цзычэна участвовали лишь небольшие отряды маньчжуров. Первое завоевание юга закончилось после продолжительной войны восемнадцать лет спустя. Последний минский претендент бежал в Бирму. Юг был поделен между тремя китайскими князьями: У Саньгуй обосновался на юго-западе, двое других, менее могущественных князя — на восточном побережье. Непосредственная власть маньчжуров не простиралась южнее Янцзы, но и на северо-западе их позиции были слабы.
В первые тридцать лет новой династии империя лишь формально подчинялась маньчжурскому двору, который при императоре Шуньчжи (1644—1662) был слабым и недееспособным. Сам император попал под опекунство евнухов Запретного города. Большую часть времени он посвящал буддийским духовным упражнениям. Когда в 1662 году он умер, власть новой династии была далека от стабильности. На трон взошел восьмилетний мальчик. Казалось бы, регентство должно было еще больше ослабить позиции династии. Немногие могли предвидеть, что этому мальчику суждено будет стать спасителем династии — великим Канси.
Если бы У Саньгуй, как номинальный вассал правивший на юго-западе, выбрал этот момент, чтобы сокрушить маньчжурскую династию, ему это наверняка удалось бы. Однако он ждал еще десять лет. Лишь в 1673 году на юге началось восстание. К этому времени Канси уже избавился от опеки регентов и взял бразды правления в свои руки, с самого начала показав себя твердым и решительным властителем. Тем не менее, мятеж У Саньгуя почти уничтожил власть маньчжуров. Весь Южный Китай сразу же был потерян. У Саньгуй призвал на помощь монгольские племена и пошел на северо-запад, чтобы соединиться с ними.
Однако планам его не суждено было осуществиться, и в первую очередь из-за предательства других князей, поначалу поддерживавших У Саньгуя, а затем покорившихся маньчжурам и лишившихся за свои труды власти. Но даже завоевание побережья и поражение монголов не спасло бы династию, не будь У Саньгуй слишком стар для тягот долгой войны. После пяти лет сопротивления он умер, так и не потерпев поражения и оставаясь властителем всего юго-западного Китая. Сыновья его не обладали ни способностями, ни авторитетом отца, да вдобавок перессорились между собой. В 1682 году Канси захватил Юннаньфу, их столицу, уничтожил семью У и тем самым смог наконец подавить восстание и завершить завоевание юга. Таким образом, юг полностью покорился маньчжурам лишь спустя сорок лет после мирного взятия Пекина.
Это определило и дальнейшее отношение маньчжуров к китайским подданным севера и юга. Север покорился, и ему доверяли, до определенной степени, конечно. Непокорный юг внушал опасения и страх, ему не доверяли и безжалостно подавляли. Столицей маньчжуров стал Пекин, расположенный близко к их родине и союзникам — монголам. Преимущества новой власти ощущались только в северных провинциях и столице, а основные поступления в казну шли с юга. Маньчжуров была горстка по сравнению с китайским населением империи. К концу правления династии маньчжуров было 10 млн., а китайцев — 350 млн. Конечно, тремя столетиями ранее населения было намного меньше, но едва ли при этом доля маньчжуров в процентном отношении была больше.
Очевидно, что новая власть не могла управлять огромной империей, не опираясь на китайцев. Также ясно, что если бы маньчжуры и китайцы пользовались равными правами, первые вскоре просто исчезли бы. Поэтому половина всех гражданских постов была зарезервирована за маньчжурами, другая половина — за китайцами. А это означало неадекватное распределение между северными и южными провинциями, соревновавшимися в Пекине и Нанкине соответственно.
Согласно легенде, Шуньчжи не умер в 1662 году, он тайно оставил трон, чтобы стать монахом одного из монастырей недалеко от Пекина; юго-западные ворота Северной столицы долго назывались Вратами Шуньчжи, ибо, по преданию, именно через эти ворота император бежал из Пекина.