Тим, хто скінчив навчання, видавався атестат за підписом ректора та префекта. В атестаті зазначалося: скільки вчився студент, в яких класах, які науки вивчав і які мав успіхи, давалася оцінка його моральним якостям, його ставленню до товаришів-студентів, іноді — й рекомендація щодо використання його здібностей на тій чи іншій посаді.
Освіта в Академії розглядалась не лише як набуття певної сум знань, власне, для себе, а й як засіб формування національної свідомості, патріотичних почуттів, громадянської відповідальності, власної гідності. Молодь виховувалася на таких полемічно-публіцистичних працях, як «Палінодія» Захарії Копистенського, «Тренос» Мелетія Смотрицького, «Протестація» Йова Борецького, «Хроніка» Теодосія Софоновича та історико-біографічних і панегіричних творах, присвячені Петру Конашевичу-Сагайдачному, Петру Могилі, Богдану Хмельницькому, Лазарю Барановичу, Іванові Підкові, Іванові Мазепі, на козацьких літописах, історичних працях Петра Симоновського, Стефая Лукомського, Семена Дівовича. В них звеличувалося козацтво, оспівувалися гетьмани й козаки-лицарі, які здобували Україні волю й виборювали свою державу. Академічні вчителі рівняли молодь на ідеал козацтва — воля, хоробрість, відданість вітчизні. Твори, про які ця мова, були написані своєю, українською мовою. Вона вивчалася в Академії, панувала у сфері культурного життя, у богослужінні. Це був вагомим виховним і націотворчим фактором. Та й сама історія, її творилася на теренах України на очах української молоді, сприяла її патріотичним настроям, відданості справі народу, вітчизні. Тож недаремно, здобувши освіту, а то й полишивши її, студенти часто йшли на Січ, вступали до лав козацького війська, міняючи, як казали в той час каламарі на шаблі.
Неабияке значення у справі виховання національної свідомості мало відновлення українських святинь, розпочате при Петрові Могили Софійського собору, церков: Десятинної, Спаса на Берестові (де до речі, залишився фресковий портрет Петра Могили, виконаний за його життя), Трьохсвятительської, Михайлівської у Видубичах, храмів Луцька, Кременця, Куп'яничів та в інших містах і селах України; реставрація ікон, церковних розписів, канонізація і поклоніння святим.
Виховні засади в Академії ґрунтувалися на давніх українські традиціях, християнській моралі, на досвіді вітчизняної педагогічної думки й новітніх її досягненнях в західних країнах, які з'являються епоху Відродження та Нового часу. Деякі моральні принципи виховання були викладені вже в Статутах братських шкіл. Багато працював над питаннями виховання молоді Петро Могила. Його роздуми з цього приводу викладені насамперед у праці під назвою «Антологія, сиріч молитви і поученія душеполезная. В душевну ползу спудеов всіх благочестивих любомолитвених» (К., 1636). Як бачимо, праця присвячувалася вихованцям його Колегіуму. Питання моралі й виховання молоді піднімалися Могилою і в таких творах, як «Євангеліє учительне» (3 благословення Петра Могили, К., 1637), «Літос» (К., 1644) «Требник» (К., 1646) та інших.
Розробляючи морально-соціальні постулати поведінки людини зокрема студентів, Могила брав за основу звичаї, обряди й традиції українців. У ті часи, коли не було української держави, це мало особливе значення для усвідомлення людьми своєї етнічної належності, збереження генетичного зв'язку поколінь.
Визначаючи мету створеної ним Лаврської школи, Могила записав: «...Аби молодь у справжній побожності, в звичаях добрих і науках вільних навчена була». Ці три поняття Могила розвинув у «Антології» у цілісну гармонійну систему виховання. Закликаючи молодь засвоювати науку, він застерігав, що при цьому треба міцно триматися православної віри: «щоб в тих школах не тільки зверхні науки, але й, тим бардзей і понад усе, побожність в серцях ваших, молоді, впаяна була». Говорячи про набуття наук, Могила підкреслює значення праці, працелюбства. Бо це не лише тягар — «труд», але й засіб до задоволення потреб людини й роду (суспільства). Це — спосіб життя, який стане радісним, коли праця для людини буде творчістю. І що саме праця, особистий доробок людини приносить їй, попри «знатність і старожитність роду», визнання й гідне становище в суспільстві. А «з лінощів народжується лежня, а з лежні розпуста, а з розпусти сваволя і вшеляке зло».
Працелюбність Могила відносить до моральних категорій, як і волю й совість (сумління), які треба удосконалювати через самопізнання. І радить вихованцям прискіпливо ставитись до себе, аналізувати свої думки, вчинки, огріхи вільні й невільні, як і все життя. При цьому митрополит вдається до цілком конкретних настанов: лягати спати і вставати завжди треба в певний час, спати не більше семи годин, а перед сном прозвітувати перед собою у справах пройденого дня, проаналізувати їх, щоб більше не повторювати негідних вчинків чи думок і просити в Бога за них прощення. Могила попереджає і наставників, що формувати бажані риси у молодих потрібно через їх розум і серце, а не насильно, бо це може призвести до протилежних наслідків.
Вболіваючи за своїх вихованців, Могила вперше вводить до «Требника» особливий чин богослужіння — «благословення отроков в училищі», в якому є прохання до Бога «низпослати на отроча сіє духа премудрості й разума й отверсти ум й уста его й просвітитьі серце его к принятію наказанія добрьіх ученій». Могила склав також кілька молитв для спудеїв свого Колегіуму: «Молитва перед зачинанієм учитися», «Молитва входячому до школи» й інші, які помістив до «Антології».
Багато думок і повчань Петра Могили знайшли відображення й розробку в працях могилянців, його послідовників, таких як «Мир з богом людині» (1669) Інокентія Ґізеля, «Похвальне слово землеробству» Данила Туптала, у творі «Іфіка ієрополітика» (моральна філософія) (1712) невідомого автора, «Христові о блаженствах проповіді толкованіє» Теофана Прокоповича, «Арістотелівська філософія» (1743) Михайла Козачинського, «Об умной или внутренней молитве” (бл. 1760-го р.) Паїсія Величковського, численних працях Григорія Сковороди — «Наркіс», «Алфавіт», «Кільце» й ін.
Наставники студентів використовували як посібники такі праці як «Первое учение отроком» Теофана Прокоповича, праці відомою педагога Я на Амоса Коменського, «Юности честное зерцало», укладне Гавриїлом Бужинським 1717 р. як посібник світської поведінки для російської молоді. 1783 р. зроблено опис бібліотеки професора Іоїля Самойловича, який працював в Академії 24 роки — 1147 книг. Серед них багато присвячених вихованню молоді1: «Путешествия к премудрости», «О полезном с юношеством чтении», «Наставление младенцев», «Друг детей», «Способи учить й обуй чать господина Роллена», «Театр для пользы юношества» (М., «Опыт народного воспитания» і т. ін.
Відродження Церкви, становлення державності, розвиток її структур, дипломатичні контакти, загальноєвропейські цивілізаційні процеси потребували людей раціоналістичного, а не емоційного поводження, вироблення певних манер спілкування. Наставники розробляли правила поведінки студентів у самій Академії, в товаристві, у церкві, гостях, за столом, у взаєминах зі старшими, наставниками, товаришами-спудеями тощо, дають рекомендації щодо уміння приховував почуття, а не виплескувати їх через крик, грубість, вираз обличчя тощ Інструкцією 1734 р. вимагалося від викладачів бути у всьому взірцем для студентів, а студентам: дотримуватися «в одязі, обличчі, волос чистоти, одягатися просто й скромно, а якщо хтось і одягається по моді, то це не дає йому права порушувати академічні звичаї і сміятися над одягом інших», притримуватися правил «людськості й учтивості виказувати професорам і наставникам, чесним людям «повагу й пристойність у вітаннях, поставі, виразові обличчя». Заборонялося «бродити по ночам», брати участь у бійках і «справах безчесних», носити в Академію зброю, знущатися над меншими й слабшими.
Виходячи з того, що до Академії йшли діти з різних соціальних прошарків населення, Могила в «Антології” знайомив учнів з правилами пристойної поведінки на прикладі рекомендації ченцям: поступатися місцем на дорозі старшому, чекати товариша з яким ідеш, не перебивати його, коли він з кимось розмовляє, не дорікати за затримку, за трапезою ніколи не брати собі їжі першим «перед дружиною твоєю», або перед гостем чи подорожнім. Коли, «кашляніє прийдет» або «прозіаваніє», то треба відвернутися від столу. Якщо змушений будеш сміятися, «да не явят ти ся зуби», а при розмові з жінками опустити очі додолу. Говорити з усіма треба лагідно й цнотливо.
Вимагаючи від студентів «людськості й учтивості», виказування професорам, наставникам і «чесним людям поваги й пристойності», академічні правила в той же час прищеплювали своїм вихованцям почуття власної гідності, захищали їх від зневажливого ставлення сторонніх. Так, посилаючи студентів на прохання обер-коменданта Києва Вігеля до військового суду для перекладу скарг польською мовою, ректор Самуїл Миславський застерігав: «Однако, покорно прошу, чтобы оный суд поступал с ними не повелительным образом, но с благопристойностью, которую заслуживают благопристойные люди».
Випадки побиття міщанами й особливо покарання студентів виконавцями магістрату (що було порушенням прав Академії на самоврядування і власний суд) призводили іноді до бурхливих виступів студентів, які таким чином захищали свою гідність. Так, у січні 1700 р. три дні під калатання на сполох із дзвіниці Братського монастиря студенти воювали з міщанами, бурмистрами, які виконували поліцейські функції, і стрільцями, викликаними магістратом для оборони його від студентів, які збунтувались не на жарт.