Решение о введении блокады было принято окончательно. На итоговом голосовании вечером 20 октября за блокаду проголосовали сам президент Кеннеди, госсекретарь Дин Раск, министр обороны Роберт Макнамара и специально вызванный для этого из Нью-Йорка посол США в ООН Эдлай Стивенсон. Кеннеди предпринял хитрый ход: избегая слова «блокада», он назвал акцию «карантином». Было решено ввести карантин 24 октября с 10 утра по местному времени.
Карантин
С военно-морской блокадой было много проблем. Был вопрос законности - как отметил Фидель Кастро, в установке ракет не было ничего незаконного. Они, разумеется, являлись угрозой для США, но в Европе были размещены аналогичные ракеты, нацеленные на СССР: шестьдесят ракет «Тор» в четырёх эскадронах около Ноттингема в Великобритании; тридцать ракет «Юпитер» среднего радиуса в двух эскадронах около Джоя дель Колле в Италии; и пятнадцать ракет «Юпитер» в одном эскадроне около Измира в Турции. Затем была проблема советской реакции на блокаду - не начнётся ли вооружённый конфликт с эскалацией ответных действий?
Президент Кеннеди обратился к американской публике (и советскому правительству) в телевизионном выступлении 22 октября. Он подтвердил присутствие ракет на Кубе и объявил военно-морскую блокаду в виде карантинной зоны в 500 морских миль (926 км) вокруг берегов Кубы, предупредив, что вооружённые силы были «готовы к любому развитию событий», и осудив Советский Союз за «секретность и введение в заблуждение». Кеннеди отметил, что любой ракетный запуск с территории Кубы в сторону любого из американских союзников в западном полушарии будет расценен как акт войны против США (текст представлен в приложении).
Американцы были удивлены твёрдой поддержкой со стороны своих европейских союзников, хотя премьер-министр ВеликобританииГарольд Макмиллан, выражая мнение большей части международного сообщества, высказал недоумение по поводу того, что не было предпринято попытки дипломатического разрешения конфликта. Организация американских государств также единогласно проголосовала за резолюцию в поддержку карантина. Никита Хрущёв заявил, что блокада незаконна и что любой корабль под советским флагом будет её игнорировать. Он пригрозил, что если советские корабли будут атакованы американскими, ответный удар последует немедленно.
Тем не менее, блокада вступила в силу 24 октября в 10:00. 180 кораблей ВМС США окружили Кубу с четким приказом ни в коем случае не открывать огонь по советским судам без личного приказа президента. К этому времени на Кубу шли 30 кораблей, в том числе «Александровск» с грузом ядерных боеголовок и 4 корабля, везущие ракеты для двух дивизионов БРСД. Кроме того, к Острову свободы приближались 4 дизельные подводные лодки, сопровождавшие корабли. На борту «Александровска» находились 24 боеголовки для БРСД и 44 для крылатых ракет. Хрущёв решил, что подводным лодкам и четырём кораблям с ракетами Р-14 - «Артемьевску», «Николаеву», «Дубне» и «Дивногорску» - следует продолжать идти прежним курсом. Стремясь свести к минимуму возможность столкновения советских кораблей с американскими, советское руководство решило развернуть остальные не успевшие добраться до Кубы корабли домой.
Одновременно с этим Президиум ЦК КПСС решил привести вооружённые силы СССР и стран Варшавского договора в состояние повышенной боеготовности. Отменили все увольнения. Срочникам, готовящимся к демобилизации, предписано оставаться на местах несения службы до дальнейших распоряжений. Хрущёв отправил Кастро ободряющее письмо, заверив в непоколебимости позиции СССР при любых обстоятельствах. Впрочем, он не упомянул о том, что существенная часть советского оружия уже не доберётся до Кубы.
Обострение кризиса
Вечером 23 октябряРоберт Кеннеди отправился в советское посольство в Вашингтоне. На встрече с Добрыниным Кеннеди выяснил, что тот понятия не имеет о военных приготовлениях СССР на Кубе. Однако Добрынин сообщил ему, что знает об инструкциях, полученных капитанами советских кораблей - не выполнять незаконные требования в открытом море. Перед уходом Кеннеди сказал: «Не знаю, чем все это кончится, но мы намерены остановить ваши суда».
24 октября Хрущёв узнал, что «Александровск» благополучно добрался до Кубы. Одновременно с этим ему пришла короткая телеграмма от Кеннеди, в которой тот призвал Хрущёва «проявить благоразумие» и «соблюдать условия блокады». Президиум ЦК КПСС собрался на заседание, чтобы обсудить официальный ответ на введение блокады. В тот же день Хрущёв направил президенту США письмо, в котором обвинил его в том, что тот ставит «ультимативные условия». Хрущёв назвал блокаду «актом агрессии, толкающим человечество к пучине мировой ракетно-ядерной войны». В письме Первый секретарь предупредил Кеннеди, что «капитаны советских кораблей не станут соблюдать предписания американских ВМС», а также что «если США не прекратят своих пиратских действий, правительство СССР примет любые меры для обеспечения безопасности судов».
25 октября на экстренном заседании Совета Безопасности ООН разыгралась одна из самых памятных сцен в истории ООН. Посол США Адлай Стивенсон попытался заставить советского посла Валериана Зорина (который, как и большинство советских дипломатов, не подозревал об операции «Анадырь») дать ответ относительно присутствия ракет на Кубе, высказывая известное требование: «Не ждите, пока Вам переведут!» Получив от Зорина отказ, Стивенсон продемонстрировал фотографии, сделанные разведывательными самолётами США и показывающие ракетные позиции на Кубе.
Одновременно с этим, Кеннеди отдал приказ повысить боевую готовность вооружённых сил США до уровня DEFCON-2 (первый и единственный раз в истории США).
Тем временем, в отвёт на послание Хрущёва, в Кремль пришло письмо Кеннеди, в котором он указал, что «советская сторона нарушила свои обещания в отношении Кубы и ввела его в заблуждение». На сей раз, Хрущёв решил не идти на конфронтацию и начал искать возможные выходы из сложившейся ситуации. Он объявил членам Президиума, что «невозможно хранить на Кубе ракеты, не вступая в войну с США». На заседании было решено предложить американцам демонтировать ракеты в обмен на гарантии США оставить попытки сменить государственный режим на Кубе. Брежнев, Косыгин, Козлов, Микоян, Пономарёв и Суслов поддержали Хрущёва. Громыко и Малиновский при голосовании воздержались. После заседания Хрущёв неожиданно обратился к членам Президиума: «Товарищи, давайте вечером пойдем в Большой театр. Наши люди и иностранцы увидят нас, может, и это успокоит их».
Второе письмо Хрущёва
26 октября утром Никита Хрущёв принялся за составление нового, менее воинственного послания Кеннеди. В письме он предложил американцам вариант демонтажа установленных ракет и возвращения их в СССР. В обмен он требовал гарантий того, что «Соединенные Штаты не вторгнутся своими войсками на Кубу и не будут поддерживать никакие другие силы, которые намеревались бы совершить вторжение на Кубу». Закончил он письмо знаменитой фразой «Нам с вами не следует сейчас тянуть за концы верёвки, на которой вы завязали узел войны».
Хрущёв составил это письмо в одиночку, не собирая Президиум. Позднее, в Вашингтоне была версия, что второе письмо писал не Хрущёв, и что в СССР, возможно, произошёл государственный переворот. Другие считали, что Хрущёв, наоборот, ищет помощи в борьбе против сторонников жёсткой линии в рядах руководства Вооружённых сил СССР. Письмо пришло в Белый дом в 10 часов утра. Ещё одно условие было передано в открытом обращении по радио утром 27 октября, призвавшем вывести американские ракеты из Турции в дополнение к требованиям, указанным в письме.
Чёрная суббота
Тем временем, в Гаване политическая обстановка накалилась до предела. Кастро стало известно о новой позиции Советского Союза, и он сразу же направился в советское посольство. Команданте решил написать Хрущёву письмо, чтобы подтолкнуть его к более решительным действиям. Ещё до того, как Кастро закончил письмо и отправил его в Кремль, глава резидентуры КГБ в Гаване известил Первого секретаря о сути послания Команданте: «По мнению Фиделя Кастро, интервенция почти неминуема и произойдёт в ближайшие 24-72 часа». Одновременно, Малиновский получил донесение от командующего войсками на Кубе Иссы Плиева об усилившейся активности американской стратегической авиации в районе Карибского бассейна. Оба сообщения доставили в кабинет Хрущёва в Кремль в 12 дня, в субботу, 27 октября.
В Москве было 5 часов вечера, когда на Кубе разбушевался тропический шторм. В одно из подразделений ПВО пришло сообщение, что на подлёте к Гуантанамо замечен американский самолёт-развёдчик U-2. Начальник штаба зенитного ракетного дивизиона С-75 капитан Антонец позвонил в штаб Плиеву за инструкциями, но того на месте не оказалось. Заместитель командующего ГСВК по боевой подготовке генерал-майор Леонид Гарбуз приказал капитану ждать появления Плиева. Через несколько минут Антонец вновь позвонил в штаб - никто не взял трубку. Когда U-2 был уже над Кубой, Гарбуз сам прибежал в штаб и, не дождавшись Плиева, отдал приказ уничтожить самолёт. По другим сведениям, приказ об уничтожении самолёта-разведчика мог быть отдан заместителем Плиева по ПВО генерал-лейтенантом авиации Степаном Гречко или командиром 27-й дивизии ПВО полковником Георгием Воронковым. Пуск был осуществлён в 10:22 по местному времени. Пилот U-2 майор Рудольф Андерсон погиб, став единственной жертвой противостояния. Примерно в это же время другой U-2 был почти перехвачен над Сибирью, так как генерал ЛеМэй, начальник штаба ВВС США, пренебрёг приказом президента США прекратить все полёты над советской территорией. Ещё через несколько часов два самолёта фоторазведки ВМС США RF-8A «Крусейдер» были обстреляны зенитными орудиями во время облёта Кубы на малой высоте. Один из них был повреждён, однако пара благополучно вернулась на базу.