Натомість Литовсько–Руська держава започаткувала на українських землях західну систему адміністративного устрою, військову організацію.
Великі землевласники використали включення східнослов'янських земель до складу литовського князівства насамперед для розширення свого землеволодіння. Литовські князі роздавали завойовані землі литовським та українським удільним князям та боярам за військову службу. Маєтки надавалися в тимчасове володіння, до смерті, або з правом передачі в спадщину.
Українські князівства на початку були на становищі автономних удільних князівств, на чолі яких стояли члени литовського великокнязівського роду, що були одружені з українськими князівнами, або місцеві українські князі. Ці князі були у васальній залежності від великого литовського князя. Вони сплачували йому данину і надавали військову допомогу. З таких удільних князів складалася великокнязівська рада.
Отже, Велике князівство Литовське і Руське було багатонаціональною литовсько–українсько–білоруською державою. У ній литовцям належала провідна політична роль, а українцям і білорусам — культурна й економічна.
Запорізька Січ як особлива військово–територіальна політична організація українського козацтва виникла в середині XVI ст. за Дніпровими порогами. На думку вчених, перша Запорізька Січ була заснована в 1550 р. на острові Хортиця відомим українським князем Дмитром Байдою–Вишневецьким.
Запорізька Січ стала зародком майбутньої української держави, продовженням традиції українського народу, яка перервалася після сходження з політичної арени Галицько–Волинського і Київського князівств. Безперечно, Запорізька Січ не була державою в повному розумінні слова, але мала стільки виразних ознак державності, що її не раз справедливо називали «козацькою республікою». Територія цієї держави називалася Землями Війська Запорозького, або Вольностями Війська Запорозького, і простягалася від Південного Бугу на заході до Кальміуса в Надазов'ї на сході. На півночі її межа проходила по річках Орелі (на Лівобережжі) та верхів'ях Інгулу й Інгульця (на Правобережжі). Столицею була Січ — місто–фортеця.
У військовому відношенні Січ поділялася на 38 куренів, а в територіальному — на 5–10 паланок. Центри паланок мали невеликі фортечні укріплення, в яких розміщувалась козацька залога. Основними населеними пунктами у паланках були слободи, зимівники, хутори. Тут жили і займалися сільським господарством жонаті козаки й селяни. Козаки були приписані до одного з куренів Коша і відбували військову службу; селяни платили податки і виконували різні повинності для війська. Усе військо поділялося на січових і волосних козаків, перші, власне, й були цвітом козацтва, вони були неодруженими; тих, хто відзначився в бою, мав інші заслуги, звали лицарством, або товариством. Вони із свого середовища обирали старшину, одержували грошове і хлібне забезпечення, брали участь у розподілі здобичі і розв'язували всі справи війська. Частину козацтва, яка залишалась на Січі по куренях, поділяли на старших і молодших. Вони становили козацьке військо. Запорожців наприкінці XVI ст. налічувалось 5–6 тис., з них десята частина, постійно змінюючись, була січовою залогою, у той час як інші брали участь у походах або і займалися промислами.
На Січі склався своєрідний суспільний устрій. Верховна влада на Січі належала Січовій (Військовій) раді, право голосу в якій мав кожний запорожець (саме тому козацьку державу визначають як республіку). Рада відбувалася двічі–тричі на рік. Рада керувала всіма важливими справами Січі, провадила внутрішню і зовнішню політику, укладала мир чи оголошувала війну, приймала чи надсилала посольства, чинила суд. На раді обирали січову старшину — кошового отамана, писаря, суддю, осавула, які становили козацький уряд. Кошовому отаману належала вища військово–адміністративна влада на січі. Суддя чинив суд, а за відсутності отамана він ставав наказним отаманом та головним скарбником Січі. Писар відав канцелярією Січі, забезпечував здійснення зв'язків Січі з сусідніми державами, а осавул відповідав за внутрішній порядок на Запорожжі.
Право, закон на Січі ґрунтувалися виключно на традиціях козацького життя. Писаних законів у Січі не було. А ті, що були відомі на той час (Литовські статути, польське право), козаками не визнавалися. Охоронцем права та норм закону на Січі був кошовий суддя. Покарання за провини були досить суворі, особливо за вбивство. На Січі існувало досить багато звичаєвих правових норм: суворо заборонялось вводити жінку на Січ, страшенним злочином вважалась крадіжка (каралася смертю) тощо.
Умовами прийому на Січ були: знання тогочасної української мови, православна віра, вміння володіти зброєю. Січовий козак повинен був дотримуватися традицій товариства і клятви на вірність йому, бути неодруженим. Сімейні козаки могли мати своє господарство та сім'ю і проживати в містах та містечках, у селах за межами Січі.
Запорізька Січ відіграла надзвичайно важливу роль в історії українського народу, насамперед у його національно–визвольній боротьбі, у розвитку збройних сил та військового мистецтва, в освоєнні степових просторів Центральної та Південної України. Протягом багатьох десятиліть Запорізька Січ захищала український народ від спустошливих наскоків турецько–татарських орд. Запорізька Січ як козацька держава стала однією з перших республік у тогочасній Європі.
Шлях до об'єднання Польського королівства і Великого князівства литовського, започаткований Кревською унією 1385 р., був завершений на початку XVI ст. Люблінською унією. На прийняття цієї унії вплинув цілий ряд чинників, як внутрішньополітичних, так і зовнішньополітичних.
Внутрішньополітичними чинниками підтримки польсько–литовської унії були протести населення українських земель. Воно потерпало від наскоків кримських татар і не спроможне було самотужки захистити свої південні кордони. Шляхта Литовського князівства прагнула мати рівні привілеї з польською шляхтою та обмежити сваволю магнатів–князів.
Найважливішим зовнішньополітичним чинником прийняття унії була виснажлива війна Литовського князівства із Московією, в результаті якої втрачалося все більше територій, руйнувалося господарство і гинуло безліч людей. Особливо погіршилося становище Литви під час війни Росії і Лівонського ордену. Будучи союзником лівонських лицарів. Литва опинилася на межі катастрофи.
За таких несприятливих обставин Литва мусила шукати собі надійного союзника, і найпридатнішим кандидатом для цього було Польське королівство.
Але не тільки Литва, а й Польща була зацікавлена у прийнятті нової унії. Польська шляхта зазіхала на українські землі, адже на території Польщі вільних земель уже не було.
Унію було проголошено на спільному сеймі представників обох держав у місті Любліні 1 липня 1569 р. За її умовами Велике князівство Литовське і Польське королівство об'єднувалися в єдину державу — Річ Посполиту. Ця держава повинна була мати виборного короля, спільний сейм, спільну казну і монету, єдину зовнішню політику. Своїми в Литві залишались лише місцеве самоуправління і судочинство. Українські землі майже в повному складі (крім Берестейщини та Пінщини) увійшли до Польщі і утворили шість воєводств: Руське (з центром у Львові), Белзьке, Волинське (з центром у Луцьку), Київське, Подільське (з центром у Кам'янці), та Брацлавське (з центром у Брацлаві).
З укладенням Люблінської унії закінчується литовсько–руська доба в історії України. Найдраматичнішим наслідком Люблінської унії для України була остаточна втрата нею своєї державності. Після прийняття унії доля українських земель залежала виключно від зовнішніх обставин. На карту була поставлена також і доля українського народу як етносу, адже йому загрожувало повне національне знищення. Українських селян жорстоко визискувала польська шляхта. Феодалам за польським законом навіть дозволялось карати селян на смерть. На теренах України набувала поширення фільваркова система господарювання, яка спричинила панщину і закріпачення селянства. Обмежувались у правах і українські міщани. Значні зміни відбуваються в релігійній сфері. Католицька церква прагнула збільшити кількість своїх прихильників. Тому на Україні створювалися єзуїтські школи і колегіуми. Платою за освіту часто ставало зречення рідної мови і віри. Ополячення та покатоличення української шляхти означало для України втрату сили, здатної очолити боротьбу за відновлення державності. Однак незаперечним є й те, що після прийняття Люблінської унії Україна повернулася до Заходу, на її землях поширювалась освіта, адже тепер багато українців отримали змогу навчатися в західноєвропейських університетах.
Люблінська унія стала подією величезної політичної ваги, але для долі України мала суперечливі наслідки: з одного боку, вона сприяла посиленню польської експансії на етнічні українські землі, руйнівному наступу католицизму, наростанню соціальної напруги, ополяченню тогочасної української еліти. З Іншого боку, безумовно позитивним наслідком унії було возз'єднання українських земель, вихід їх на орбіту західноєвропейської культури, могутній спалах культурно–освітнього руху, який вперше об'єднав представників усіх станів і започаткував народження українського народу як усвідомленої спільноти.
Наприкінці XVI — на початку XVII ст. в Україні відбулися важливі зрушення, що зачепили всі верстви населення. Та найчутливішим до змін виявилося козацтво. Не випадково саме на той час припадали численні козацькі повстання. І хоча, починаючи з виступу Косинського, кожне подальше повстання козаків відзначалося вищим рівнем організованості, охоплювало дедалі більшу територію, засвідчувало вдосконалення військової вправності й вищий ступінь усвідомлення козаками мети боротьби, проте всі вони були незавершеними. Тим часом гніт Речі Посполитої щодо України зростав.