Інший, авангардний, загін Болотникова зайняв в цей час село Загір'я біля річки Данилівки, перетворивши її на укріплений табір. Кілька сот саней були поставлені в три ряди, один ряд на другий, набиті щільно сіном і соломою, тісно пов'язані один з одним і облиті водою. Вода замерзла, і вийшло крижане зміцнення. Надовго його, звичайно, не вистачило. Проте завдяки цьому прикриттю протягом деякого часу 10-тисячний загін повстанців з успіхом відбивав напад стотисячним царського війська. Врешті-решт, табір був оточений і узятий військами Шуйського в першій половині листопада [10, c.90].
Незабаром після взяття Загір'я царськими військами, 15 листопада 1606, поміщицьке ополчення на чолі з Ляпуновим і Сумбуловим зрадило повсталим і перейшла на бік царя Шуйського. Ляпунов в нагороду за зраду отримав сан думного дворянина. Болотников продовжував зміцнювати село Коломенське і 26 листопада перейшов у наступ.
Цілі повсталих.
Головним завданням повстання було знищення кріпосницьких відносин, ліквідація феодальної експлуатації і гніту. У цьому полягав зміст тих закликів, з якими Болотников звертався у своїх "листах" (прокламаціях) до "боярських холопів" і бідноти Москви та інших міст. Заклики Болотникова зводилися до того, щоб повсталі городяни "побивали бояр. гостей і всіх торгових людей", а селяни розправлялися б з феодалами в селі, захоплювали їхні землі і ліквідували кріпосницьку залежність. Політичним гаслом повстання Болотникова було проголошення царем "царя Дмитра". Віра в нього була властива не тільки рядовим учасникам повстання, але й самому Болотникову, який називав себе лише "великим воєводою" "царя Дмитра". Цей ідеальний "цар Дмитро" не мав нічого спільного з польським ставлеником Лжедмітрія I. Гасло "хорошого" царя представляв собою своєрідну селянську утопію [4, c.69].
Розширення території повстання.
У період походу на Москву до повсталих приєднувалися нові міста і області. Спочатку примкнули до повсталих сіверські, польські і українські міста (розташовані на південно-західному кордоні Російської держави), а потім рязанські і берегові міста (прикривали Москву з півдня); пізніше повстанням були охоплені міста, що лежали у литовської кордону, - Дорогобуж, Вязьма, Рославль, тверські передмістя, Калуга та ін., низові міста - Муром, Арзамас та ін. До моменту приходу війська Болотникова до Москви повстанням було охоплено понад 70 міст.
Одночасно з повстанням Болотникова розгортається боротьба на північному сході в містах В'ятсько-Пермського району, на північно-заході - у Пскові й на південно-сході - в Астрахані. Спільною рисою подій у містах всіх трьох районів була боротьба між вищими і нижчими шарами посаду, що явилася результатом класових протиріч всередині міського населення. У містах В'ятсько-Пермського району в 1606 р. населення міст розправлявся з представниками царської адміністрації, що посилаються сюди для збору "даточних" людей і грошових податків. Одночасно відбулися виступи городян проти верхівки посаду, зокрема старост, що обиралися з числа "кращих людей" [25, c.58].
Найбільш гострою і яскравою була боротьба у Пскові. Тут вона розгорнулася між "великими" і "меншими" людьми. Боротьба псковських "менших" людей носила яскраво виражений патріотичний характер. "Менші" люди вельми рішуче протидіяли планам зрадників - "великих" людей, які мали намір віддати Псков шведам. Відкрита боротьба "великих" і "менших" людей почалася в другій половині 1606 р., закінчилася ж вона значно пізніше придушення повстання Болотникова.
Одним з найбільших центрів боротьби під час повстання Болотникова була Астрахань. Астраханські події далеко виходили за хронологічні рамки повстання Болотникова. Уряду вдалося придушити цей рух лише в 1614 р., початок ж відкритої боротьби в Астрахані відноситься ще до останнього року царювання Годунова. Астрахань була одним з найбільш стійких центрів боротьби. Повстання в місті було спрямовано не тільки проти дворян, а й проти торгових людей. Рушійною силою астраханського повстання була найбідніша частина міського населення (холопи, Ярижка, робітні люди), крім того, у повстанні активну роль відігравали стрільці і козаки. Висунуті астраханським низами "принци" (один хлоп, а інший селянин Пашенний) докорінно відрізнялися від таких самозванців, як Лжедмітрій I і згодом Лжедмітрій II, що були ставлениками іноземних інтервентів [35, c.63].
Відсутність зв'язку між повсталим населенням окремих міст зайвий раз підкреслює стихійний характер повстання Болотникова.
Облога Москви.
Переправившись через Москву-ріку, він попрямував до Рогожской, або Гонной, слободі. Частина ополчення залишилася на іншій стороні Москви-річки для загородження шляху резервів із Смоленська. Знемога Пашков став у Червоному селі з тим, щоб перервати повідомлення Москви з Ярославлем.
Просуваючись від Калуги, повсталі здобули перемогу над військами Василя Шуйського біля села Троїцького (під Коломною) і в жовтні підійшли до Москви. Приблизно до цього часу до Москви підійшли головні резерви царської армії: нові ратні сили, мобілізовані Шуйським, загони воєводи Количева, придушував повстання селян у Волоколамському окрузі, воєводи Полтева, що воював в Дорогобужі і Вязьмі, і загони поміщиків з Твері, Стариці і Ржева. Облога Болотникова викликала в Москві брак хліба та сильну дорожнечу. Жителі Москви готові були передатися Болотникову.1 - 2 грудня Шуйський вивів всі свої сили проти Болотникова. Бій відбувався у села Котли. У розпал бою, у вирішальний момент, Пашков з 500 бійців зрадив повсталим селянам і перейшов на бік Шуйського [17, c.50].
Облога Москви з'явилася кульмінаційним пунктом повстання. Положення в обложеній столиці було вкрай напруженим внаслідок загострення класових протиріч серед населення Москви. Ще до приходу Болотникова уряд, боячись народних мас, замкнули в Кремлі. Облога ще більше загострила обстановку. У Москві з'явилися прокламації ("листи") Івана Болотникова, в яких він закликав населення до здачі міста. Болотников посилав у Москву своїх вірних людей, перед якими ставив завдання піднімати народні маси на боротьбу. Проте вже в цей період позначилися слабкі сторони повстання, що призвели потім до його спаду і придушення.
Загони Болотникова не були ні однорідні за своїм класовим складом, ні єдині за своєю організацією. Їх основне ядро складали селяни, холопи і козаки, які й надалі залишилися вірними Болотникову і боролися до кінця. Що приєднуються ж до Болотникову у міру його просування до Москви дворяни змінили на певному етапі повстання і перейшли на бік уряду Василя Шуйського [19, c.66].
Облягавши Москву армія Болотникова налічувала в своїх лавах близько 100 тис. чоловік. Вона розпадалася на напівсамостійних загони, які мали на чолі своїх воєвод (Сумбулов, Ляпунов, Пашков, Беззубцев). Іван Болотников був "великим воєводою", який здійснював верховне командування [13, c.77].
Уряд Шуйського вжив ряд заходів з метою розкладання армії Болотникова. У результаті цього зрадили Болотникову випадкові попутники і дворянсько-поміщицькі елементи - Рязанцев на чолі з Ляпуновим і Сумбуловим. Пізніше зрадив Болотникову знемога Пашков. Це був великий успіх Василя Шуйського в боротьбі з Болотникова.
Поразка Болотникова під Москвою була швидкою.27 листопада Василь Шуйський вдалося завдати поразки Болотникову, а 2 грудня виграти вирішальну битву біля села Котли. Поразка Болотникова під Москвою відбулося в результаті зміни співвідношення сил борються сторін. Наприкінці листопада Шуйський отримав велике підкріплення: на допомогу йому підійшли смоленські, Ржевського та інші полки. В армії Болотникова також відбулися зміни, послабили її: до цього часу відноситься зрада знемоги Пашкова, який перейшов 27 листопада на бік Шуйського разом зі своїм загоном. Поразка Болотникова 2 грудня докорінно змінило обстановку в країні: воно означало зняття облоги Москви, перехід ініціативи в руки воєвод Шуйського. Цар жорстоко розправився із захопленими учасниками повстання. Проте боротьба повсталих селян і холопів не припинилася.
"Різанина тут була незвичайна і в полон захопили до 6000 чоловік". У Москві всі тюрми були переповнені полоненими. Багато полонені були розподілені серед населення і замкнені в підвали під палатами та наказами. З полоненими жорстоко розправлялися. "Щоночі в Москві їх водили сотнями, як ягнят на забій, ставили в ряд і вбивали, як биків, б'ючи палицею по голові, а тіла спускали в лід, у річку Яузу" [20, c.73].
Дійшовши до Калуги, Болотников зміцнився тут і тримався всю зиму. Царські війська таборували під Калугою, і в їхньому таборі йшла весела, розгульна життя. Болотников виробляв неодноразові вилазки, які завдавали великої шкоди царським військам. Маса говорить, що царська армія втрачала щоденно 40 - 50 осіб, тоді як повстанці - 1 - 2. Одночасно з облогою Калуги Шуйський направив в головні осередки селянських повстань п'ять великих загонів. Двома цими загонами був розбитий при річці Вирка загін повстанців під командуванням Мосальськ, що йшов у Калугу на виручку Болотникова. У цей час військами Шуйського були взяті Арзамас і Алексин, звільнений від облоги Нижній. Але під Тулою і Веньова урядові загони зазнали невдачі.
Після поразки під Москвою головними базами повстання стають Калуга і Тула. Район, охоплений повстанням, не тільки не зменшився, а, навпаки, розширився, включивши в себе міста Поволжя. У Поволжі проти кріпосників виступили татари, мордва, марі і інші народи. Таким чином, боротьба йшла на великій території. Особливо гострим було становище в районі Рязані - Брянська і в Середньому Поволжі, не загасав боротьба і в Новгородській-Псковської області, на півночі та в Астрахані. Крім того, що виникло на Тереку руху, очолюваного самозванцем "царевичем" Петром, уявним сином Федора Івановича (це ім'я взяв Ілля Горчаков, походив з посадських людей міста Мурома), до початку 1607 переріс рамки суто козацького виступу і злилося з повстанням Болотникова. Уряд Шуйського прагнуло придушити всі центри та осередки повстання. Болотников був обложений у Калузі військами Шуйського. Безуспішна облога Калуги тривала з грудня 1606 р. по початок травня 1607 р. У другому найважливішому центрі повстання - Тулі знаходився "царевич" Петро [28, c.54].