К. КОНРАД (1908 - 1941) виступав проти концепції та культу Масарика. Вважав, що в історії гусизму не слід шукати "суть національної історії", а досліджувати "в дусі Маркса" реальне життя людей, класову боротьбу в минулому. Вважав гуситський рух проявом кризи феодалізму.
На близьких до марксистського напрямку ідейних позиціях знаходилися члени Історичної групи, що складалася з істориків молодого покоління - Я. Ваври, В. Гуси (1906-1965), О. Ржиги (1911-1974), Я. Хорвата та інших. Вони видали три збірники "Історія та сучасність". Заперечували позитивістську методологію школи Я. Голла, критикували погляди Й. Пекаржа. Зосередили зусилля на проблемах методології, зокрема марксистського розуміння історичного процесу, а також соціальній психології, психоаналізу, соціологічного позитивізму тощо. Знаходилися під впливом французької наукової школи "Анналів", яка вважала що вивчення соціально - економічного аспекту історичного процесу має таке ж важливе значення як і вивчення політичного, культурного, морально-психологічного аспектів. Відкинули погляд на класову боротьбу як на негативний чинник в історії, а також погляд про те, що в основі чеського історичного процесу знаходиться національний чинник.
Після другої світової війни члени групи перейшли на позиції марксистської методології і одними з перших почали впроваджувати її концептуальні засади стосовно чеської історії. В. Гуса в праці "Епохи чеської Історії" (1946) виступив проти Пекаржевої періодизації національної історії і запропонував в якості головного принципу періодизації зміну суспільно-економічних формацій. О. Ржига в праці "Економічний та соціально-політичний розвиток Чехословаччини, 1790-1945" (1946) зробив спробу на основі марксистської методології виявити закономірності економічного та суспільно-політичного розвитку країни, висвітлювати проблему генези капіталізму в Чехії. З подібних позицій, як зазначалося вище, в 1946 р. виступив З. Неєдли.
Проте до початку 50-х років в історичній науці панував плюралізм в сфері методології, переважали традиційні наукові школи. Під гаслом захисту традиційних трактовок національного Історичного процесу в 1947 р. відбувся ІІ з'їзд істориків. Перехід на позиції марксизму в сталінській інтерпретації відбувся на початку 50-х років. Створена на цій основі концепція національної історії, що панувала до кінця 80-х років, перекреслювала позитивне значення діяльності Т. Масарика, негативно оцінювала національний рух, період 1918-1938 рр. В 1966-1968 рр. було зроблено спробу її перегляду. В ці роки посилився вплив поглядів західноєвропейських національних шкіл в чеській історичній науці. Дослідники позакласово оцінювали діяльність Ф. Палацького. Т. Макарика, посилили вивчення національного руху в XIX ст. - на початку XX ст., почали переглядати значення робітничого руху та Жовтневої революції 1917 р. в Росії, яке в офіційній концепції набрало гіпертрофованого вигляду. Ці підходи до вивчення національної історії відобразилися в роботі ІV з'їзду істориків в 1966 р. Проте радянська окупація країни в 1968 р. припинила ці дослідження. Найбільш впливовою установою в сфері історичних досліджень в часи комуністичного правління був інститут історії партії при центральному Комітеті Комуністичної партії Чехословаччини. Саме тут створювалися наукові схеми, що не підлягали обговоренню. Центрами історичної науки була система науково-дослідних інститутів Академії наук, кафедри вищих навчальних центрів. Видавалася значна кількість спеціалізованих наукових часописів та щорічні збірники наукових статей. Було реорганізовано діяльність архівів та музеїв.
В 50-80-ті роки здійснювалися наукові дослідження різних періодів чеської історії. Інтенсивно вивчалася стародавня історія слов'ян VІ-ІХ ст. на чеських землях. Проблемам розвитку Великої Моравії присвячена монографія Й. Поуліка "З глибини століть" та цикл статей Я. Бйом, Б. Гавранек, Л. Гавлік, В. Груби, Я. Декан, П. Раткош, Б. Хроповський та інші досліджували проблеми генези перших державних об'єднань, місце Великої Моравії в європейській історії. Тип державності та народності цього утворення відображено в збірнику "Велика Моравія: початок чехословацької державності" (1985). В ньому узагальнено дослідження істориків, археологів, лінгвістів, етнологів, висвітлено проблеми політичної організації, суспільної структури, функції влади, відносин з Візантією, розвитку культури, діяльність Кирила та Мефодія. Дослідження проблеми утворення та розвитку чеської феодальної держави 3. ФІАЛА (1922-1975) виклав у монографіях "Чехія періоду Пржемисловичів. Чеська держава та суспільство в 995-1310 р.р. ", "Догуситська Чехія 1310-1419 рр. Чеська держава під владою Люксембургів". Вчений підкреслював високий рівень розвитку ремесла, значення економічного чинника в генезі держави. Цій же тематиці присвячено праці Д. ТРЖЕШТИКА "Початок Пржемисловичів", яка охоплює період ІХ-Х ст., Р. НОВОГО "Держава Пржемисловичів у ХІ-ХП століттях". Всі три автори обстоюють тезу про існування в Чехії своєрідної середньоєвропейської моделі феодальної держави.
Продовжувалося дослідження проблем гуситського руху. В 50-60-х рр. створено його періодизацію, велика увага приділялася його проявам в різних регіонах. Рух розглядався з класових позицій, доводили, що це була незавершена буржуазна революція. Було опубліковано монографії Ф. ШМАГЕЛА про Іероніма Празького та Яна Жижку, Й. КЕЙРЖА про Яна з Ясениць, А. Міки про Петра Хельчицького, двотомник Ф. БАРТОША "Гуситська революція". В 70-80-х рр. дослідники внесли зміни в концепцію гуситського руху, уточнили його періодизацію. Відмовилися від тези про його характеристику як буржуазної революції, зосередилися на вивченні ідеологічних процесів. Це відображено в працях Ф. ШМАГЕЛА "Національна ідея в гуситській Чехії", збірнику наукових праць "Гуситський Табор", М. ПОЛІВКИ "Микулаш з Гуси та дрібна шляхта на початку гуситської революції", Й. КЕЙРЖА "Гусити".
Велику увагу було приділено дослідженню проблем соціально-економічного розвитку. Вивчалися тенденції розвитку економіки, соціальна структура феодального суспільства, що знайшло відображення в монографіях Й. ЯНАЧЕКА "Ремісниче виробництво в чеських землях в ХVІ ст. ", Й. ВАЛКА про фільваркове господарство в Моравії, Й. ПЕТРАНЯ "Залежне населення Чехії на початок Тридцятирічної війни".
Аналіз опозиційного руху в чеському суспільстві, боротьби станів проти Габсбургів, політичної боротьби в суспільстві в цілому, міжнародне значення цих процесів висвітлено в дослідженнях групи істориків. Вони підкреслювали обмежений становий характер опозиції, політичну активність середньої шляхти. До них належать Й. ПОЛІШЕНСЬКИЙ: "Тридцятирічна війна та чеський народ", "Тридцятирічна війна та європейська криза ХVП ст. ", Ф. КАВКА "Біла Гора та чеська історія"; А. Міка: "Сто років боротьби за характер Чеської держави.1526 - 1627"; Й. ЯНАЧЕК "Падіння Рудольфа ІІ", "Вальдштейн та його час".
Теоретичний аспект проблеми кризи феодального суспільства розглядали М. ГРОХ, Й. ПЕТРАНЬ в праці "ХVШ століття - криза феодального суспільства".
Питання економічної історії, зокрема розвитку промисловості, селянських рухів відбито в працях А. КЛІМИ "Мануфактурний період в Чехії", "На порозі нового суспільства.1781-1848 "; Я. ПУРША "Промислова революція в чеських землях", колективних монографіях "Короткий нарис економічного розвитку Чехії до 1955 р. ", "Економічна історія Чехословаччини в XIX і XX ст."
Й. КОЧА стверджував, що період національного відродження був специфічною формою переходу від феодалізму до капіталізму у східноєвропейському регіоні. Він подав широку панораму епохи, своєрідність процесу Формування чеської нації, узагальнив результати досліджень з дискусійних проблем у працях "Наше національне відродження", "Чеське національне відродження".
Питання національно-визвольної боротьби в середині - ІІ половині XIX ст. в контексті європейських подій розглядав В. ЖАЧЕК в монографіях "Йозеф Вацлав Фріч", "Йозеф Барак".
Розвиток робітничого руху знаходився в центрі уваги в часи комуністичного керівництва і висвітлювався дещо однобічно лише з позитивними оцінками. Ще в 1949 р.А. КЛІМА видав працю "Початок чеського робітничого руху", згодом в 50-60-х рр.Б. ШІНДЕЛЯРЖ - "З історії робітничого руху в Брненській області", М. МІШКА - "Острова на порозі промислової революції".
Проблеми діяльності політичних партій в чеському суспільстві наприкінці XIX - І третині XX ст. з упереджених позицій висвітлював Ю. КРЖИЖЕК в монографіях "Т. Масарик і наш робітничий клас", "Т. Масарик і чеська політика" та інших працях.
Роль та місце чеської буржуазії в національній боротьбі в XIX - на початку XX ст. відбита в статтях, вміщених в періодичних виданнях "Збірник до історії XIX та XX століть", "Збірник до проблематики чеського імперіалізму”. О.УРБАН видав узагальнюючу працю "Чеське суспільство.1848-1918".
Досліджуючи процеси утворення та розвиток Чехословацької держави в міжвоєнний період та становище чеських земель в часи нацистської окупації, вчені підкреслювали неминучість розпаду імперії Габсбургів, вплив революційних подій в Росії в 1917 р. на цей процес, витоки колабораціонізму частини верхів чеського суспільства, ця тематика розроблялася Ю. КРЖИЖЕКОМ: "Виникнення Чехословаччини", Й. ГАЛАНДАУЕРОМ:
"Відгуки Великої Жовтневої соціалістичної революції в чеському суспільстві", В. КРАЛОМ: "Виникнення Чехословаччини", "Питання економічного та соціального розвитку чеських земель. 1928-1945" в трьох томах, В. ПЛЕВЗОЮ "За нову державу чехів та словаків", В. ЛЕЩІНОЮ: "Економічна криза в Чехословаччині. 1928-1934", В. ПРУХОЮ: "Соціальна структура чехословацького суспільства в домюнхенській республіці": А. ХИБОЮ "Становище робітничого класу в капіталістичній Чехославаччині", В. КРАЛ в монографії "Визволення Чехословаччини" та інших працях проблеми втрати незалежності в 1938 р., етапи руху Опору, його соціальну роль, провідну роль компартії в створенні Національного Фронту, внесок СРСР у визволення від німецьких окупантів.