1886 року М.Драгоманов остаточно пориває зі “Старою громадою”, члени якої були незадоволені його надто радикальними поглядами і відмовились від подальшого фінансування його діяльності. Побоюючись переслідувань у роки посилення реакції за Олександра ІІІ, “Стара громада” поступово згортала свою діяльність. За цих досить несприятливих умов, коли царський уряд, запровадивши в дію “ємський” указ, ополчився проти будь-яких маніфестацій культурної, не кажучи вже про державну, політичну, самостійності українського народу, Драгоманов створює українську позацензурну пресу. Оптимальне волевиявлення інтересів кожної громади і кожної особистості з огляду не на якісь вузь партійні, а на загальнолюдські інтереси – такою була загальна, справді демократична платформа цього вченого, блискучого публіциста і політичного діяча. Цей принцип він послідовно обстоював у своїх товариських взаєминах із російськими революціонерами А.Желябовим, М.Бакуніним.
Якщо стисло окреслити віденсько-женевський період діяльності М.Драгоманова, то можна визначити в ній кілька принципово важливих проблем: спроба популяризувати соціалізм, який був би прийнятий для української громади й не гнітив свободу індивіда, – громадівський соціалізм; послідовна пропаганда конституційних гарантій – федералістського принципу державотворення, принципу великого поширення місцевого самоврядування і принципу свободи особистості; критика унітарно-централізаційного принципу в побудові держави, партії, тощо; пропаганда ідей соціального і духовного розвитку української нації, виведення її на європейський спосіб буття; критика репресивно-диктаторської ролі російського царизму як всередині країни, так і поза її межами. Зрештою, всі вони підпорядковані ідеї вільного розвитку української нації та ідеї людської свободи.
Останні роки М.Драгоманов прожив в Болгарії. Восени 1889 року він прибув до Софії на запрошення Міністерства освіти, щоб розпочати читання лекції з курсу загальної історії, він був тут тепло прийнятий. В цей час Болгарія робила свої перші кроки щодо організації свого власного університету. Перебування Михайла Петровича в Софії збігається із знаменними подіями в житті країни, яка після довгих років боротьби, ціною великих жертв домоглась своєї свободи, відкинувши п’ятивікове ярко, і щойно ступила на шлях національного освітнього та духовного відродження. І Драгоманов з натхненням віддається сміливій творчій роботі тут, в інший слов’янській країні, не маючи можливості працювати на батьківщині, але глибоко впевнений, що робить корисну загальнослов’янську справу залишаючись при цьому “українцем душею і серцем”. Не без підстав акад. М.Арнаутов підкреслює, що “ми, богари, маємо підстави більш ніж всі інші слов’яни, крім українців, бути вдячними цьому чоловікові, який являє собою щось набагато більше, ніж звичайний вчений. О, це людина, яка ніколи не зневажала життя. Драгоманов не лише пише історію, але творить її. На суху книжкову мудрість, а знання, пов’язане з волею до діла, проповідує він. Це ставить його нам в приклад, яким має бути справжній борець за свободу думки, справжній вчитель правди [24; с. 42].
Драгоманов піклувався про Вище училище (так тоді називався щойно відкритий 1888 р. Перший університет) ще до свого приїзду до Софії. В одному листі до Івана Шишманова з Женеви (21 липня 1889 р.) він радить, яких авторів та які книжки мають придбати болгарські бібліотеки. Про це турбується і пізніше, коли разом з ректором Вищого училища і директором бібліотеки професорами Д.Агуром та Л.Мілетичем робить все можливе, щоб поповнити її фонди необхідними книжками різних європейських авторів. Завдяки своєму багатому досвіду він міг давати поради щодо вдосконалення болгарського університетського навчання. В статті, яка була надрукована в газеті “Свободно слово”, він пропонує, щоб викладачів вибирали не з учителів гімназії, а щоб це були доценти, які вже до того змогли захистити свою діяльність у Вищому училищі. В іншій публікації М. П. Драгоманов радить, щоб призначення позачергових професорів відбувалось тільки після того, як вони прочитають публічні лекції, а регулярних професорів – на основі їхніх наукових праць. У зв’язку з цим він рекомендує залучити таких болгарських вчених, як Марина Дринова, Георгій Златарський, які вже здобули широку популярність в наукових колах поза Болгарією. Що ж стосується підготовки молодих фахівців для Вищого училища, то він пропонує надавати перевагу в доборі тим молодим людям, які добре себе проявили у наукових відрядженнях за кордоном, вносить пропозицію збільшити строк навчання з 3 до 4 років. Багато з пропозицій Драгоманова щодо вдосконалення вищої освіти в Болгарії знайшли розуміння особливо при підготовці Закону для Вищого училища 1890 року. Коли влітку 1890 року Драгоманов поїхав забрати свою сім’ю на Заході, то мав чимало консультацій у Женеві, Відні, Парижі стосовно навчальних програм, а також щодо архітектурного плану побудови зручного приміщення для університету в Софії.
Драгоманов прагнув виховувати своїх студентів у дусі свободи і нетерпимості до всякої тиранії, в дусі загальнослов’янської солідарності. Він не раз підкреслював, що основне їхнє завдання після одержання вищої освіти поїхати в усі куточки країни до свого народу і працювати, щоб підготувати чесних людей, які б допомогли перетворити Болгарію на добре освічену і впорядковану державу. На лекціях студенти бачили, як він простежує історичний розвиток суспільства, підкреслюючи необхідність у виявленні і розвитку передових гуманних ідей. Його лекції були “політичною школою” в найкращому розмінні цього слова.
Його діяльність в Софіївському університеті стала однією з найяскравіших сторінок цього закладу. Як підкреслює М.Арнаудов, “редко хто з вчених сягав такого авторитету серед університетської молоді. Небагато хто з викладачів умів робити собі таку новелу і таку любов, як цей незабутній українець” [24; с. 43].
Драгоманов впевнено залучав студентів до науково-дослідницької діяльності, з особливою увагою ставився до тих, хто виявив хоча б нахил до такої роботи. Від щирого серця він намагався допомагати, надаючи кожному можливість працювати навіть у свої власній бібліотеці. “Зайдеш до нього – пише його вихованець Х.В. – зустріне тебе люб’язно, тепло, веде бесіду з тобою з різних наукових питань і розповідає про своїх приятелів. Виходиш з дому і тобі здається, що огорнув весь світ”. Ось чому зовсім не дивно, що багато років пізніше у різних галузях науки виявляють тривку присутність його студенти [24; с. 44]. Це відомі болгарські вчені та діячі освіти, як наприклад: Іван Пастухов, Йордан Попгеорієв, акад. Юрдан Трифонов, літературознавець Божан Ангелов, фольклорист та історик літератури Йордан Іванов, директори гімназії Никола Димитров, Петр Скопаков, географ Атанас Іширков та багато інших. А немало з них продовжували його справу навчаючи молодих людей за його методикою. Таким чином дедалі зростає число послідовників Драгоманова.
Незважаючи на прогресуючу хворобу, Михайло Драгоманов, окрім читання лекцій, постійно був зайнятий дослідженням болгарського фольклору, підтримував зв’язки зі своїми українськими кореспондентами.
На сторінках нових українських видань “Народ”, “Житє і слово” та інших неодноразово з’являються статті і рецензії М.П. Драгоманова. він відкидає думки скептиків про інтерес народу лише до хліба, мріє скласти історію української літератури в дусі статті “Шевченко, українофіли і соціалізм”.
Попередні фольклористичні студії поруч із плановою працею є ланками його єдиного задуму – “зложити нари історії цивілізації на Україні”.
Тут у Софії, народжується одна з найкращих праць ученого – “Дивацькі думки про українську національну справу”, пройнята гострою критикою перелицьованої “московської” нетерпимості українських національників. Як позитивну програму вчений висуває ідею спільної боротьби українців і росіян проти політично-адміністративної системи, за свободу і децентралізацію.
Мабуть, ювілей М.Драгоманова (1895 р.) був чи не першою великою відзнакою українського вченого і громадського діяча, всеукраїнською і всеслов’янською маніфестацією його заслуг. Сам ювіляр скромно стверджував, що вся його праця – це політичне втілення в життя думок, висловлених кирило-мефодіївцями, і народолюбних ідеалів української інтелігенції 60–70-х років [12; с. 618].
Михайло Петрович образно порівняв своє подальше життя з вибухом світла в лампочці перед тим, як їх згаснути і на жаль, ці слова виявилися пророчими. Виснажлива робота, постійні матеріальні нестатки, розбіжності в поглядах зі старими друзями остаточно підірвали й без того слабке здоров’я вченого. 20 червня 1895 року Михайла Драгоманова не стало. Його поховали в Софії. По смерті чоловіка Людмила Драгоманова повернулася до Києва, де й дожила до початку громадянської війни.
Болгарія з теплотою зберігає пам’ять про Михайла Драгоманова. В 1932 році ініціативний комітет організував встановлення пам’ятника на його могилі. Деякі науковці опублікували свої дослідження про його внесок у розвиток болгарської фольклористики. Періодично з’являються спеціальні розробки про нього. У 1991 році відбулась спеціальна наукова конференція в Софіївському університеті, присвячена його 150 роковинам від дня народження. 1998 р. було встановлено меморіальну дошку на будинку в Софії, де жив разом з родиною незабутній Михайло Петрович Драгоманов.