Немирич бажав утілити в Україні свій політичний ідеал — союз трьох федеративних вільних республік, об'єднаних між собою лише особою короля, який обирався всіма членами союзу. Немирич сподівався, що на підставі Гадяцької угоди утвориться новий державно-федеративний союз — Польща, Велике князівство Литовське, Велике князівство Руське, тобто Україна. Велике князівство Руське мало б свій найвищий судовий трибунал із діловодством українською мовою, своїх урядовців, свою власну державну скарбницю, свою монету (для її карбування передбачалося відкрити монетний двір у Києві), свою армію — 30 тисяч козаків і 10 тисяч найманого війська.
Києво-Могилянська колегія діставала такі ж само права, які мала Краківська. Другу академію планували заснувати в іншому місті України й теж з університетськими правами. Дозволялося засновувати колегії, гімназії з латинською або грецькою мовами навчання, взагалі всякі українські школи — «скільки їх буде треба», передбачалося цілком вільне книгодрукування. Законодавча влада належала Раді, своєрідним національним зборам депутатів від усіх земель Великого князівства Руського й від усіх станів — козаків, шляхти, духовенства, міщан. Селяни, зрозуміло, не бралися до уваги. Козакам забезпечувалися давні соціальні права, а на пропозицію гетьмана, з кожного полку по сто козаків діставали шляхетство.
Вища виконавча влада надавалася гетьманові, що обирався на Раді пожиттєво із затвердженням цього рішення королем. Водночас гетьман вважався київським воєводою й сенатором. Брестська церковна унія цілковито скасовувалася в усіх трьох державах — Україні, Литві, Польщі. Православній церкві поверталися храми, землі, майно. У спільному сенаті мали дістати місця православний митрополит і єпископи. Католицькій церкві та іншим релігійним конфесіям забезпечувалася повна толерантність.
У першому розділі Гадяцького договору визначалася також спільна міжнародна політика. Всі три республіки мусили об'єднати зусилля для здобуття берегів Чорного моря й відкриття на ньому вільної навігації, взаємно допомагати одна одній у війні, зокрема проти Москви, якщо вона не поверне тих литовських і білоруських земель, які вона приєднала до себе. На випадок угоди Московської держави з Річчю Посполитою вона може бути прийнята як четвертий незалежний член федерації.
У Гадяцькому договорі робилася спроба дати нові назви і визначення Українській державі — «Велике князівство Руське», яке об'єднувало воєводства Київське, Брацлавське та Чернігівське. На переговорах українці домагалися, щоб до складу Великого князівства Руського входили й західні українські землі — воєводства Волинське, Подільське, Руське та Белзьке, а також Пінський ,та Мстиславський повіти. Однак польські посли виявили щодо цього непоступливість.
Принагідне слід зазначити, що виникнення нової назви певною мірою викликане тим, що назва створеної в ході Визвольної війни 1648—1657 рр. Української держави не була офіційно і юридичне визначена. Фігурувала назва — «Військо Запорозьке». Іноді на переговорах держава іменувалась як «Гетьман з Військом Запорозьким». Саме так Богдан Хмельницький і підписував державні документи, тобто ця формула репрезентувала Українську Гетьманську державу. Фігурувала зазначена формула й у договорі 1654 р. як визначення Української самостійної незалежної держави, що уклала договір з іншою стороною — Московською державою.
Щоправда, царський уряд майже відразу почав упроваджувати для приєднаної України назву «Малоросія», котра остаточно утвердилася в Російській імперії. Український народ ніколи не іменував себе малоросами, а українські землі не називав «Малоросією», тільки «Україною». Це засвідчують козацькі думи й народні пісні.
З другої половини XVII ст. до 1764 р. побутувала назва «Гетьманщина» для визначення української державності та окреслення території Лівобережної України, що підлягала гетьманській владі й належала Росії. Правобережна Україна за Андрусівською угодою 1667 р. і Вічним миром 1686 р. знову була віддана Московією під владу Польщі й називалася тільки роздрібнено як територія кількох польських йоєводств. Іноді в офіційному листуванні траплявся термін «Польська Україна».
У офіційних документах XVIII ст. зустрічалися рудименти використання щодо Гетьманщини терміна — «землі Війська Запорозького». Це викликало заперечення Запорозької Січі, володіння якої за Дніпровими порогами називалися «Вольності Війська Запорозького». У 1734 р. Запорозька Січ висловила царському уряду свій протест проти вживання подібної назви для Гетьманщини.
Після укладення Гадяцької угоди в середині серпня 1658 р. розпочалася війна України проти Москви. Спочатку царський уряд, дізнавшися про Гадяцьку угоду Виговського з Польщею, налякався й готовий був дечим Я поступитися. Воєводам доручалося піти на переговори з Виговським, навіть обіцяти йому виведення воєводи з військом із Києва та визнання умов Гадяцького договору. Виговському були готові дати звання й посаду київського воєводи, а старшині забезпечити землі та всякі свободи. Царський уряд не знав повного тексту Гадяцького договору. Виговський, повідомляючи царя про угоду з Польщею, заявляв, нібито він зберігає союз із Москвою. Водночас цар вирядив в Україну велике військо під проводом князя Трубецького.
Виговський уже не йняв віри Москві. Він спробував вибити воєводу Шереметьєва та його ратників із Києва, послав проти нього військо на чолі зі своїм братом Данилом Виговським, який мусив з'єднатися з київським полковником Павлом Хмельницьким. Але воєвода Шереметьєв, дізнавшися про наступ, вийшов із київської фортеці проти козаків і погромив їх під Києвом. Пізніше Данило Виговський потрапив у полон і був закатований у російському місті Калузі.
Гетьман Іван Виговський із головними силами вирушив проти воєводи Ромодановського, що спочатку стояв на кордоні. Однак воєвода встиг об'єднатися з Трубецьким і ранньою весною 1659 р. більш як стотисячна московська армія під проводом князів Трубецького, Ромодановського, Пожарського та Львова вирушила в Україну, руйнуючи й нищачи все на своєму шляху. У складі московського війська був Іван Безпалий з козаками.
Під містечком Срібним Петро Дорошенко з козацьким загоном зробив спробу затримати це величезне військо, але безуспішно. Сам він ледве врятувався. Князь Пожарський звелів вирізати всіх до одного людей у містечку. Протягом 70 днів з 21 квітня 1659 р. ніжинський полковник Григорій Гуляницький із п'ятьма тисячами козаків свого та чернігівського полків витримували облогу в Конотопі стотисячного московського війська. Не мали успіху ні запеклі штурми, ні підкопи з мінами, ні жорстокий безперервний гарматний обстріл. Московські командуючі наказали засипати рів навколо фортеці. Козаки робили вилазки, розганяли московських вояків, виносили з рову насипану землю й переносили її на вал, який ставав чимраз вищим.
Розлючений Трубецькой послав частину свого війська до міста Борзни. Місто спалили, побили багато людей, козацьких жінок і дітей, а вцілілих відправили до Москви. Така ж трагічна доля спіткала й Ніжин. Виговський нарешті зміг зібрати всі свої сили: козацькі полки (16 тисяч), наймані війська—сербів, поляків, німців, волохів (кілька тисяч), а також орди кримського хана Махмет-Гірея та польські корогви під проводом Андрія Висоцького. 24 червня це об'єднане військо вирушило до Конотопа. По дорозі розбили загін московського війська й підійшли до багнистої річки Соснівки, що за 15 верстов від Конотопа.
Оглянувши місцевість, гетьман вирішив, що вона підходить для поля битви. Сюди він мав намір виманити московське військо й дати йому бій. Верстов за десять праворуч Виговський поставив татарські орди. Козаків під командуванням Степана Гуляницького розмістив на широкій луці в закритому місці. Сам гетьман, узявши невеликий козацький загін і частину орди на чолі з салтаном-нурадином, перейшов бродом Соснівку й 27 червня з тилу вдарив на військо, що обложило Конотоп. Він мав намір після атаки нібито вдатися до втечі й таким чином примусити московське військо погнатися за козацько-татарським загоном, а отже потрапити до місця, де сховалися основні козацькі сили.
Однак після удару Виговського серед ворожих військ виникла паніка, вони почали тікати, а козаки — переслідувати їх. Проте згодом воєводи, побачивши, що у Виговського війська вдесятеро менше, ніж у них, самі повели атаку на козаків, котрі, як і наказував гетьман, втекли й перебралися через річку Соснівку.
На другий день вранці Пожарський із 30-тисячним військом перейшов річку. Решта московських військових сил залишилася під Конотопом. Пожарський почав лагодити своїх вояків до бою, наказав установлювати гармати. У цей час козацький п'ятитисячний загін на чолі зі Степаном Гуляницьким викопав непомітно для ворога рів, просуваючися до того моста, який щойно перейшло московське військо. Пожарського атакував зі своїм загоном Виговський і під ворожим обстрілом зразу подався назад, знову використавши маневр удаваної втечі. Московські війська кинулися за ним і таким чином опинилися далеко від моста. Козаки Гуляницького, які тепер опинилися в тилу московського війська, порубали міст і загатили ним річку, додавши ще скошеної трави й очерету, нарубаної лози та шелюги. Річка розлилася на всю луку.