Богдан Хмельницький з Іваном Виговським виробили проект умов майбутнього міждержавного договору з Московською державою, який обговорили на старшинських нарадах у Корсуні й Чигирині. 17 лютого 1654 р. до Москви виїхало українське посольство для укладання міждержавного договору. Докладну інструкцію, яку вони одержали від гетьмана, доповнив окремо своїми увагами та рекомендаціями генеральний писар.
Майже зразу після укладання договору Москва, як уже зазначалося, зробила спробу, порушуючи його умови, домогтися введення воєвод в українські міста, крім того, вона прагнула забрати у свої руки фінанси України. Богдан Хмельницький та Іван Виговський для протидії цьому повідомили царський уряд, що з боку Польщі, Литви, Криму й Туреччини робляться спроби, спрямовані на те, щоб розірвати спілку козаків із Москвою. Це мало необхідні наслідки. Царський уряд обмежився утриманням воєводи з військом лише в Києві й до часу відмовився від попереднього свого наміру збирати податки з українського населення.
У дипломатичних переговорах Виговський услід за Богданом Хмельницьким демонстрував високого рівня державну свідомість, що виявлялася, зокрема, в широкому використанні історичних даних для аргументації своєї позиції. Ставлячи завдання — здобути Україні повну самостійність, Богдан Хмельницький і Виговський на переговорах посилалися на те, що в князівські часи кордон Української держави доходив до самої Вісли. Від Речі Посполитої вимагали, щоб вона відмовилася від володіння містами Володимиром, Львовом, Ярославом, Перемишлем. Українські керівники надавали великої ваги поверненню Українській державі правобережних земель. Генеральна рада постановила перервати переговори зі Швецією про встановлення союзних відносин, доки шведський король «не визнає за ними прав на всю стару Україну, або Роксоланію, де грецька віра була і мова їх ще існує — до Вісли».
Отже, Хмельницький мав на меті, й у цьому його цілком підтримував Виговський, об'єднати в гетьманській державі всі етнічні українські землі, на яких розселився український народ. Більше того, коли відповідно до україно-російського договору 1654 р. у результаті спільних дій українських і московських військових сил проти Речі Посполитої була звільнена значна територія Білорусії, на її сусідніх з Україною землях створили Білоруський козацький полк, куди входили Могилів, Чауси, Новий Бихів, Гомель. Білоруський народ охоче приймав козацький устрій. Приєднання частини Білорусії до Української держави мало для останньої не тільки стратегічне значення (йдеться про її захист із півночі), а й економічне. У переговорах зі Швецією Хмельницький з Виговським розглядали ці білоруські землі як торговий шлях до Балтійського моря, куди надходив український експорт. У Старому Бихові Хмельницький установив навіть «вільний порт».
Москва постійно прагнула скасування Білоруського полку, але Богдан Хмельницький, а згодом і Виговський не зважали на вимоги царського уряду. Білоруський полк протримався і в роки гетьманування Виговського. Він був скасований після позбавлення його гетьманської булави.
Іван Виговський був невідлучно поруч із Богданом Хмельницьким майже в усіх битвах Визвольної війни 1648—1657 років: і на полі бою, й у переговорах із польськими комісарами та послами інших держав. Ретельно порядкував і в похідній військовій канцелярії. У 1651 р. Виговський, можна сказати, врятував Хмельницького, коли вони вдвох потрапили в надзвичайно скрутне становище. У Берестецькій битві настав момент, коли поляки спрямували концентрований гарматний вогонь на союзників козаків — татар. Хан утік, а за ним у великій паніці й уся ханська орда. Богдан Хмельницький, (передавши тимчасово командування кропив'янському полковнику Філону Джалалію, кинувся разом з Іваном Виговським та чотирма козаками слідом за ханом, аби вмовити його повернутися на поле бою. Вони наздогнали хана за милю від табору. Але розлючений хан захопив Хмельницького та Виговського в полон і забрав їх із собою.
Під Костянтиновом хан зупинився, маючи намір віддати полякам українського гетьмана і його генерального писаря в обмін на своїх мурз, що потрапили в полон до польського війська. Виговський зумів переконати хана, що не слід ламати союзницьку присягу. Бог покарає, а Військо Запорозьке помститься за них і «не буде вам добра з нашої крові».
Хан відпустив Виговського, давши йому 20 тисяч татар, яким було наказано повернутися під Берестечко. Хмельницького ж затримав, зажадавши за нього викуп. Татари пройшли з Виговським верст із двадцять, а потім розбіглися. Генеральний писар їхав по Україні й бачив, що ханська орда, повертаючись у Крим, забирає в неволю людей. Оповістивши козаків, щоб ішли відбивати у тартар бранців, Виговський добув грошей, через місяць прибув до зрадливого хана й викупив у нього Хмельницького.
Будучи правою рукою, дорадником і заступником гетьмана, розважливий, стриманий, далекоглядний Іван Виговський мав сильний вплив на імпульсивного Хмельницького, неодноразово гамував його спонтанні вибухи справедливого, однак гострого й бурхливого гніву. Коли в 1657 р., після смерті Богдана Хмельницького, Іван Виговський став його наступником і дістав гетьманську булаву, він із перших кроків гетьманування в головних напрямах зовнішньої та внутрішньої політики йшов слідами свого попередника, великих планів якого значною мірою й сам був співтворцем.
Виговський прагнув зберегти авторитет і престиж гетьманської влади, які Богдан Хмельницький підніс до надзвичайно високого рівня. Влада гетьмана досягла вершини могутності, безмежно розширилися компетенції та повноваження гетьмана. Він сам вирішував законодавчі справи, очолював військові сили, призначав старшин і суддів, орудував скарбом, — усі державні функції зосереджував у своїх руках. Після 1654 р. гетьман обходився зовсім без загальновійськової ради, а старшину зробив цілком залежною від себе.
Хоча після смерті Богдана Хмельницького розпочалася боротьба за владу, все ж таки, ніби за інерцією, діяв високий авторитет гетьманської влади. Виговський, приймаючи булаву, у своїй «тронній» промові сказав: «Ця булава буде доброму на ласку, а злому на кару. Коли мене гетьманом обрали, потурати я в війську нікому не буду, бо Військо Запорозьке не може бути без страху».
Іван Виговський умів репрезентувати гетьманську владу з гідністю й державним розумом, твердо й чітко ставив і відстоював справу української державності в переговорах і з Москвою, і з Польщею, не дозволяючи їм зверхньо ставитися до України. Іван Виговський, ряд інших вищих старшин високої національної свідомості були державниками зі школи Богдана Хмельницького. Вони розуміли значення держави й захищали її існування.
Іван Виговський, продовжуючи й розвиваючи починання та звершення Богдана Хмельницького, виявився талановитим організатором державності в різних сферах життя: в адміністрації, війську тощо. Зберігав провід над усіма козацькими збройними силами України, кількість яких — 60 тисяч чоловік — визначена була договором 1654 р., хоча насправді досягала майже 100 тисяч. За гетьмана Виговського, як і його попередника, керівне становище у війську займали генеральний обозний та два генеральних осавули. Ще Богдан Хмельницький виношував план піднесення боєздатності своєї армії шляхом створення найманих частин із німців, сербів, татар, котрі могли внести до козацького війська зразки чужоземної організації. Виговський зробив спробу організувати регулярне наймане військо. На українську службу вступали цілі сотні й тисячі сербів. Крім того, він вживав заходів, щоб залучити до армії шведських військових інструкторів і техніків.
Гетьманською резиденцією й за Виговського залишався Чигирин. Спочатку туди приїхала жінка Виговського Олена з маленьким сином Остапом. Вона була дочкою сенатора й новоградського каштеляна Статкевича, який родичався з князями. Тому її не хотіли віддавати «за козака». Виговський викрав дівчину з рідного дому й повінчався з нею в Києві.
Обрання Івана Виговського гетьманом відбулося за складних і важких, суперечливих обставин, в умовах зіткнення різних протидіючих сил. Як тільки дійшла до Москви звістка про кончину Богдана Хмельницького, звідти поквапилися послати на Україну агента Василя Кікіна. Йому доручалося використати вибухонебезпечну ситуацію, що склалася в Україні (заворушення у війську, вбивство деяких старшин), виявити суперечності й підготувати грунт для конкретних засобів обмеження української державності.
Проте місія Кікіна не мала великого успіху. Старшинський уряд оволодів ситуацією. 23—26 серпня 1657 р. у Чигирині старшинська рада обрала гетьманом генерального військового писаря Івана Виговського. На цій раді Юрась (Юрій) Хмельницький, син Богдана Хмельницького, відмовився від гетьманської влади. 16-літній хворобливий юнак, який іще вчився в Києво-Могилянській колегії, був не дуже великих здібностей. Гетьманом його обрали за п'ять місяців перед тим, коли хворий Богдан Хмельницький скликав старшинську раду й порушив питання про свого наступника. Всі одностайно заявили, що бажають мати гетьманом його сина, «щоб слава була, що в нас Хмельницький гетьманом».
Оскільки Чигиринська рада відбулася на гетьманському дворі за зачиненими ворітьми, з обмеженою кількістю учасників, це викликало нарікання серед козаків. Виговський, бажаючи додержати козацького права, призначив нову раду.