Сёгуны Асикага. Важный вклад в победу Го-Дайго внес Асикага Такаудзи, воин из рода Минамото. Его амбиции вскоре привели к разрыву с союзником-императором, а в 1336 он захватил Киото и назначил императором своего выдвиженца. Однако Го-Дайго сумел скрыться и основал свой двор в Ёсино, в горах к югу от Нары. До тех пор пока в 1392 не был достигнут компромисс между двумя ветвями императорской семьи, в стране шла непрерывная гражданская война.
Асикага Такаудзи принял титул сёгуна и основал свою резиденцию в Муромати, одном из районов Киото. Гражданские войны во многом способствовали укреплению позиций и независимости самураев, которые отняли часть земель у буддийских общин и у семей из придворного круга. Многие создали на местах крупные поместья, и к концу века некоторые правители провинций (сюго-даймё) могли уже безбоязненно игнорировать приказы сёгуна.
В середине 15 в. группа крупных семейств, в том числе и находившиеся в родстве с Асикага, контролировали большинство важнейших учреждений в администрации сёгуна. В 1467 спор о престолонаследии ускорил начало схватки за власть, продолжавшейся с небольшими перерывами вплоть до 1573, когда был изгнан последний из Асикага.
Гражданская война не помешала вызреванию предпосылок для экономического и культурного развития. В сельском хозяйстве постоянное увеличение площади обрабатываемых земель, улучшение качества семенного фонда и распространение ирригации привели к расширению производства, что способствовало прогрессу сельских ремесел и торговли. К 15 в. были созданы постоянные рынки, часто возникавшие вблизи монастырей и храмов. В дальнейшем ремесленники и купцы все более специализировались в своих занятиях и часто объединялись в гильдии (дза). Внутренняя торговля испытывала подъем, в значительной мере благодаря каботажному судоходству.
Экономические связи с Китаем так и не были восстановлены после нашествий монголов. Даже приход к власти династии Мин в 1368 не принес в этом плане реальных улучшений из-за недовольства, вызванного набегами японцев на побережье Китая и Кореи. Тем не менее в 1401 третий сёгун Асикага по имени Ёсимицу направил послания с выражением почтения китайскому императору, которые привели к обмену представительствами. Последние стали посредниками в торговле, которая приобрела важное экономическое значение. Такие японские товары, как мечи и медная руда, обменивались на китайский шелк, фарфор и монеты. Торговые отношения были прерваны лишь в 1549, когда появились португальцы, предложившие альтернативу прямым китайско-японским связям.
Среди тех, кто настаивал на продолжении торговли с Китаем, были буддийские монахи из секты дзэн, стремившиеся восстановить контакты с дзэнскими (чаньскими) монастырями в Китае. Некоторые из этих священнослужителей сопровождали миссии за границу, выступая в качестве посланников и переводчиков. Японцы заимствовали в Китае стиль пейзажной живописи времен сунской династии, одним из ярких представителей которого является художник Сэссю (1420–1506). Дзэнские идеи использовались и в чайной церемонии, и в ландшафтном садоводстве. В тот период были созданы многие наиболее знаменитые сады Киото. С того же времени ведут отсчет замечательные архитектурные сооружения: Кинкакудзи, или Золотой храм (1394, восстановлен в 1955), и Гинкакудзи, или Серебряный храм (1479). Эта эпоха стала свидетелем развития классической драмы в жанре ноо благодаря таланту Сэами (1363–1443).
Гражданская война и объединение. К 1560-м годам старые семьи сюго-даймё лишились власти, перешедшей к новым сеньорам. Некоторые из них контролировали целые провинции и могли самостоятельно бросить вызов Асикага. Первым это сделал Ода Нобунага, правитель части провинции Овари (в окрестностях современной Нагои). В 1568 он захватил Киото и назначил своего кандидата сёгуном. На смену Нобунага пришел военачальник Тоётоми Хидэёси, принявший в конечном счете титул кампаку. Упрочив свое положение на землях, захваченных ранее Нобунага, Хидэёси в дальнейшем распространил свою власть на всю страну. В 1586–1587 удачная кампания против правителя Сацума на юге привела к установлению его господства над всем Кюсю, а в 1590 в результате нападения на Ходзё в Одавара к его владениям был присоединен северо-восток.
Правление Хидэёси было недолгим, частично из-за увлечения планами заморских завоеваний. В 1590, намереваясь вторгнуться в Китай, Хидэёси потребовал от Кореи разрешения провести свою армию через корейскую территорию, однако получил отказ и в 1592 бросил против нее 200-тысячное войско. Развернувшаяся партизанская война и атаки на японские корабли замедлили продвижение вперед. Это дало китайской стороне возможность для встречной интервенции, вынудившей японцев отступить. Вторая военная экспедиция 1597 не слишком преуспела, и после смерти Хидэёси в 1598 войска с Корейского п-ова были выведены.
Наследником Хидэёси оставил своего сына Хидэёри, однако в стране не было общепризнанного преемника. Это открыло путь к власти Токугава Иэясу, сподвижнику Хидэёси. Победив сторонников Хидэёри в битве при Сэкигахара в 1600, Иэясу занялся созданием долговременных институтов управления. Земли были перераспределены, значительная их часть попала в руки рода Токугава и их вассалов. Крупнейшие феодалы были вынуждены согласиться с новыми порядками. В 1603 Иэясу принял титул сёгуна, создав новое бакуфу в своем городе-замке Эдо (современный Токио). Наконец, в 1614–1615 он атаковал и разбил силы Хидэёри в замке Осака. Режим Токугава оставался у власти на протяжении 250 лет.
«Христианский век». Приход к власти Токугава означал также окончание контактов с Западом, которые начались в 1540-х годах с прибытием португальских купцов, которые на целое десятилетие фактически монополизировали торговлю между Китаем и Японией. Корабли португальцев привозили шелк и золото на Кюсю и доставляли серебро обратным рейсом в Аомынь (Макао). К 1600 миссионеры заявляли, что на их счету не менее 300 тыс. новообращенных японцев. География, астрономия, европейская военная наука, техника печати – все это изучалось японцами. За португальцами последовали испанские священники и купцы из Манилы, первая миссия которых появилась в Японии в 1592. В 1600 прибыла малочисленная группа голландцев и один англичанин. В 1609 была основана голландская фактория, а через четыре года – английская.
Нобунага, Хидэёси и Иэясу первоначально считали выгодным доброжелательное отношение к иностранцам, однако вскоре вероисповедание стало казаться потенциальным орудием подрывных действий. Хидэёси издал в 1587 эдикт антихристианской направленности, а в 1597 казнил несколько иностранных священников. Иэясу реагировал сходным образом и, постепенно усиливая свою власть (с 1606), спустя 8 лет объявил о намерении удалить всех миссионеров из страны. Преследования еще более ужесточились при втором и третьем сёгунах дома Токугава.
Настроения, вызванные гонениями на христиан, распространились и на сферу торговли. В результате английская фактория была заброшена в 1623, испанцы прекратили дела в 1624. Португальцам, постоянно обвинявшимся в предоставлении убежищ священникам и неофитам, было приказано покинуть страну по подозрению в причастности к мятежу, поднятому под руководством местных христиан в Симабара на о. Кюсю в 1637–1638. К этому времени были изданы эдикты, запрещавшие японцам заниматься коммерцией или совершать путешествия за рубеж. Таким образом, примерно с 1640, менее чем через 100 лет после прибытия первых европейцев, начался период добровольной изоляции (сакоку). Нескольким голландским купцам было разрешено остаться в Дэсима в бухте Нагасаки, где их деятельность жестко контролировалась. Китайские торговцы также прибывали в Нагасаки, пользуясь там несколько большей свободой, нежели голландцы. Кроме того, контакты поддерживались с Китаем через о-ва Рюкю и с Кореей через о-ва Цусима. В остальном же Япония оставалась отрезанной от остального мира в политическом, экономическом и культурном отношениях вплоть до 19 в.
Общество Токугава. Административная система Токугава, как и политика национальной изоляции, были разработаны для увековечения власти семьи Иэясу. Высшие должности занимали лишь наследные вассалы Токугава, феодалы фудай, часть из которых всегда назначалась советниками (родзю). Множество нижестоящих чиновников помогали управлять землями сёгуна, с которых, главным образом, и поступали доходы в казну. Столь же важной была задача обеспечения контроля над остальной территорией страны. Это зависело в основном от распределения земель: 40% земель принадлежало сёгуну, его родственникам и приближенным, 20% – фудай и 40% – прочим феодалам, не считавшимся вассалами Токугава (тодзама). Кроме того, назначались губернаторы в ключевые города, включая Киото. Все крупные феодалы должны были проводить по полгода в Эдо, где их жены и дети оставались в заложниках остальную часть времени; права знатных семей на строительство замков и свободу заключения брачных союзов были существенно урезаны.
Эта схема повторялась в каждом из крупных поместий (хан). Феодал (даймё) осуществлял всю полноту власти, действуя через чиновников, которые были также и его вассалами. Меньшинство, которому было позволено иметь лены (в основном члены семьи даймё), также подвергалось ограничениям, сходным с теми, которые налагал сёгун на сюзерена. Остальные самураи получали вознаграждение, выплачивавшееся из казны соответствующего поместья. Они постоянно жили в городе-замке, за исключением периодов пребывания со своим сеньором в Эдо.
Большинство деталей этой системы было разработано ко времени кончины третьего сёгуна Токугава Иэмицу в 1651. На ее вершине были император и придворные, еще долго пользовавшиеся авторитетом после потери реальной власти. За ними следовали сёгун и крупные феодалы, причем последние ранжировались по размерам владений и характеру взаимоотношений с Токугава. Далее шли самураи, разделенные на все растущее со временем число рангов, – начиная с высших самураев, выдвигавшихся на почетные должности, и до пеших солдат (асигару). Однако все они формально принадлежали к правящему классу, составлявшему примерно 6% населения страны. Остальное население делилось на крестьян и группу ремесленников и купцов.