Неудачи на фронтах и неприятные вести окончательно подточили слабое здоровье Бориса. 13 апреля он скоропостижно скончался. Для его семьи это стало огромным горем. Тут же выяснилось, что ни царевич Федор, ни Мария Григорьевна не способны твердой рукой взять власть в свои руки. Вместо того чтобы разобраться с ситуацией в войске и на полях сражения, они долго оплакивали умершего царя, устраивали поминальные застолья, раздавали щедрую милостыню, требовали от подданных клятвы верности и готовились к венчанию Федора Борисовича на царство. Они даже отозвали из войска видных воевод.
Этими ошибками воспользовался самозванец со своими уже многочисленными сторонниками. Они провели умелую агитацию в стоящем под Кромами царском войске, и оно присягнуло Лжедмитрию I. В Москву были отправлены два дворянина, которые сумели поднять горожан против Годуновых. I июня 1605 года стало последним днем их правления.
В течение этих тревожных дней Ксения могла только молиться и оплакивать горячо любимого отца. Выросшая в атмосфере родительской любви и материального богатства, она не знала, как бороться с противниками, как защищать свою жизнь. Поэтому, когда в царский дворец ворвались москвичи, она со смирением позволила отвезти себя на старый боярский двор. Аналогично вели себя и Федор с матерью. Даже многочисленные родственники, жившие в Кремле, не стали их защищать. Они тут же отправились в ставку Лжедмитрия в Туле, чтобы покаяться и дать клятву верности.
Ксения с матерью и братом также были готовы признать права на престол «прирожденного царевича». Ведь все убеждали их, что он — подлинный сын Ивана Грозного. Им даже пришлось забыть, что в ходе расследования патриарха Иова выяснилось, что «царевичем» назвался беглый чудовский монах Гришка Отрепьев.
Однако Лжелмитрию не нужны были возможные соперники. По его приказу в Москву были отправлены князья В.В. Голицын и В.М. Мосальский, которые должны были окончательно решить судьбу свергнутых правителей.
Тем временем в столице происходило невероятное. Восставшие москвичи начали с остервенением грабить опустевший царский дворец. В одном из подвалов они обнаружили восковую фигуру ангела, служившую моделью для отливки золотой скульптуры, которую царь Борис хотел использовать для украшения храма «Святая Святых» (он начал его строительство в Кремле, но закончить не успел). Никогда не виданная фигура так поразила горожан, что они решили, что аналогичная была похоронена вместо царя Бориса в Архангельском соборе. А сам царь, по их предположению, бежал в Англию.
Чтобы выяснить правду, народ бросился в собор и выволок царскую гробницу. Естественно, в ней оказались настоящие останки умершего государя. Тогда толпа решила, что цареубийце не место в Архангельском соборе, и с улюлюканием оттащила его за город в убогий Варсонофиевский монастырь. Такова была сила ненависти простых людей к первому выборному царю в истории Российского государства. Они были уверены, что на троне мог быть только «прирожденный государь», то есть царевич Дмитрий.
Вполне вероятно, что у Марии Григорьевны, Федора и Ксении была возможность спастись. Ведь не могли же все их приближенные сразу стать врагами? Кто-то мог достать им простую одежду и тайно вывезти из Кремля. Далее им следовало бежать за границу, где у Бориса Годунова было много друзей. Но пленники ничего не стали предпринимать, надеясь на помощь Бога, а тот их оставил.
7 июня в покои бывшей царицы, царевича и царевны ворвались князья Голицын и Мосальский со стрельцами. Марию Григорьевну задушили первой. Федор, будучи от природы сильным, долго сопротивлялся, отбиваясь сразу от нескольких убийц. Но силы были неравными, и он пал, сраженный подло нанесенным ударом. От всего увиденного Ксения потеряла сознание, и ее, полумертвую, отвезли в дом Мосальского, поскольку, как потом оказалось, самозванец хотел насладиться ее красотой.
Москвичам убийцы сказали, что царица и царевич отравились, зная о неправдах царя Бориса. Поэтому, как самоубийц, их следовало похоронить без всяких почестей. Местом упокоения их бренных останков стал тот же Варсонофиевский монастырь, хотя, по сложившейся традиции, их гробницы должны были находиться в царской усыпальнице в Архангельском соборе.
После всего пережитого Ксения долго не могла прийти в себя. Вскоре она поняла, что было бы лучше погибнуть вместе с матерью и братом. Ведь ее ожидала позорная участь царской наложницы, а господином должен был стать убийца матери и брата.
20 июня царевна узнала, что ее будущий мучитель прибыл в столицу, радостно приветствуемый жителями. Через несколько дней после пиров по случаю победы Лжедмитрий I повелел привезти к себе Ксению. Прекрасная пленница произвела на него неизгладимое впечатление. От слез огромные карие глаза блистали небесным светом, бедное лицо было словно облито молоком, длинные черные волосы струились по плечам и спине.
Девушка упала к его ногам и стала умолять отправить ее в монастырь, где бы она могла оплакать родных. Однако самозванец заверил пленницу в том, что будет ее защитником и добрым покровителем, что жить она будет по-прежнему в своем царском тереме на полном казенном обеспечении. Более того, он постарался убедить ее в том, что не отдавал приказа убить ее мать и брата. Все это якобы сделали нерадивые слуги по своей инициативе, и за это будут наказаны.
С тяжелым сердцем вернулась Ксения в свои покои, где все ценные веши были разворованы москвичами. Тихая келья в отдаленном монастыре казалась ей много милее.
Несколько месяцев царская дочь находилась во власти самозванца. Он навещал ее довольно часто, делал подарки, старался быть ласковым и внимательным. Но девушка прекрасно знала, что в Польше у него есть невеста Марина Мнишек, что по ночам в его покоях устраиваются попойки, на которые насильно доставляют красивых девушек со всей округи, втом числе и из монастырей. Поэтому, когда в январе 1606 года Лжедмитрии объявил ей, что вынужден с ней расстаться и наконец-то выполнит просьбу о пострижении, она очень обрадовалась. С легким сердцем отправилась она на север — в один из небольших вологодских монастырей. Там она из царевны превратилась в монахиню Ольгу. Местные постриженицы встретили ее с большим сочувствием. К этому времени многие уже разочаровались в «царе Дмитрии». Оказалось, что он не слишком хорошо исполнял православные обряды: редко постился, любил телятину, не хотел мыться в бане, прелюбодействовал не только с девушками, но и с юношами.
Ксения — Ольга решила, что наконец-то успокоит душу. Она много молилась, читала душеспасительные книги, пела в церковном хоре и занималась рукоделием, вышивая пелены и «воздухи» для местной церкви. Известия из Москвы ее совсем не интересовали, и прошлое стало казаться чем-то далеким и чужим.
Однако в мае пришла весть, что Дмитрий Иванович женился на полячке Марине Юрьевне и теперь необходимо молиться и за ее здравие и многолетие. Не успели монахини обсудить это важное событие, как пришла еще более важная правительственная грамота, но не от Дмитрия, а от царя Василия Ивановича. Из нее все узнали, что «царевич Дмитрий» был подлым обманщиком и авантюристом Гришкой Отрепьевым, поэтому москвичи его свергли и избрали новым государем В.И. Шуйского, исключительно благочестивого князя из древнего рода.
Для Ксении — Ольги это известие было радостным: наконец-то ее ближайшие родственники были отомщены, правда восторжествовала и она может вернуться в Москву. Поэтому монахиня тут же написала письмо своей тетке Екатерине Григорьевне, жене царского брата Д.И. Шуйского. Та пообещала похлопотать об изменении печальной участи племянницы.
Уже летом 1606 года Ксении — Ольге было позволено вернуться в столицу. Новый царь хотел быть ко всем добрым, но реабилитировать царя Бориса Годунова он не собирался. Ему было необходимо всячески разоблачить самозванца Гришку Отрепьева, и сделать это можно было, по его мнению, только с помощью настоящего царевича Дмитрия, в случае если тот станет новым святым. Когда-то В.И. Шуйский выяснил, что царевич погиб от собственной руки во время припадка эпилепсии. Но версия самоубийства не позволяла Дмитрию быть святым — самоубийство резко осуждалось церковью. Напротив, версия о том, что он был убит по приказу Б.Ф. Годунова автоматически превращала его в мученика.
Поэтому Ксении — Ольге лишь позволили перезахоронить останки родственников в более богатый и всеми почитаемый Троице-Сергиев монастырь. Эту акцию царь Василий Иванович решил сделать публичной, чтобы все увидели, каким жестоким человеком был Лжедмитрии. Когда траурная процессия с гробами Годуновых двинулась из Варсонофи-евского монастыря в Троице-Сергиев, Ксения — Ольга громко рыда!а, вызывая у всех слезы жалости и сочувствие. Царевна поняла, что вновь стала заложницей политических интриг сильных мира сего. Успокаивало лишь то, что ей позволили поселиться рядом с дорогими могилами в Троице-Сер-гиевом монастыре и даже выделили на содержание приличную сумму денег. На них она смогла построить келью, нанять служанку, сшить необходимую одежду, купить иконы и книги.
После этого несчастной девушке показалось, что ее жизнь наладилась, стала тихой и размеренной. Но надежды на покой оказались преждевременными. Смута в стране только разгоралась.
Летом 1607 года в Стародубе появился Лжедмитрии II и начал собирать войско для похода на Москву. Через год он уже оказался у стен столицы и обосновался в Тушине. Желая занять все окрестности, он приказал захватить богатый Троице-Сергиев монастырь. Так началась 16-месячная осада, принесшая обитателям монастыря множество бед и страданий. Ситуацию осложнило то, что под защиту крепких монастырских стен собрались все местные крестьяне с женами, детьми и имуществом. Стало так тесно, что буквально яблоку некуда было упасть.