Вихід номера “Киевских откликов” від 15 січня 1906 р. спричинив ув’язнення Миколи Прокоповича. У цьому номері було вміщено статтю про каральну експедицію Білонова в містечку Сорочинці Полтавської губернії. Взагалі подіям в Сорочинцях “Киевськие отклики” приділили багато уваги і протягом кількох днів друкували матеріали про побиття в Сорочинцях, помістили відкритий лист відомого громадського діяча та письменника В.Короленка до Білонова і т. ін. Слідство довело, що факти, які наводились в газеті “Полтавщина”, звідки в значній мірі черпали свої дані “Киевские отклики”, були правильними, але М.Василенко за них отримав рік ув’язнення. На другий день в газеті було надруковано звіт про засідання з’їзду кадетської партії, і знову Микола Прокопович як редактор був притягнутий до судової відповідальності, засуджений Київською Судовою Палатою на два тижні ув’язнення.19
20 січня 1906 р. газета була закрита за розпорядженням міністра внутрішніх справ П.Дурнова. На наступний же день вона вийшла під назвою “Київські отголоски”. Назва газети була набрана шрифтом “Киевских откликов”, і рознесли її попередні розповсюджувачі.20
Зі всього ходу подій було зрозуміло, що О.Сидоров і Б.Юзефович, не маючи можливості закрити “Киевские Отклики” адміністративною владою в Києві, почали діяти через Петербург.21
Подейкували, що сам генерал-губернатор, одержавши газету, сказав: “От молодці, й жодного дня не почекали”. Він був дуже незадоволений тим, що міністр внутрішніх справ П.Дурнов закрив газету в його генерал-губернаторстві, не спитавши перед тим його думки.22
В першому номері “Киевских отголосков” було повідомлено, що за поданням міністра внутрішніх справ Київському, Подільському і Волинському генерал-губернатору видання газети “Киевские отклики” призупинено на час військового стану в Києві.23
Нова газета проіснувала лише один день. Під час випуску другого номера було допущено недогляд: в одній зі статей промайнула фраза “як у нас було повідомлено на днях”. Оскільки ця фраза могла стосуватись тільки “Киевских откликов”, то цензор встановив безпосередній зв’язок між газетами, доповів про це генерал-губернатору, і той змушений був закрити й “Киевские отголоски”.24
Редакція і працівники газети почали готуватись до випуску третьої газети під назвою “Киевский голос”. 25 січня, коли все було уже підготовлене до друку, до редакції прийшли селяни, яких визвали в жандармське управління, і розповіли, що там їх багато розпитували про селянський союз і згадували “Киевские отклики” явно вороже. М.Василенко вирішив, що в редакції буде обшук, і порадив співробітникам знищити усі компрометуючі матеріали в редакції і вдома. В редакції почалася поспішна ревізія столів, шаф, паперів і т.д. В цей час завідуючий бухгалтерією Кранц показав Миколі Прокоповичу книгу, в яку записував пожертви на різні цілі, в тому числі і заборонені.25
М.Василенко наказав Кранцу негайно знищити книгу, але той стверджував, що вона потрібна йому для звітності, і дав слово, що забере її. Проте свого слова Кранц не дотримав.
Того ж вечора були проведені обшуки в редакції, а також на квартирі у М.Василенка і деяких співробітників газети. Вранці Миколу Прокоповича було заарештовано. Виявилось, що Кранц не забрав книги, і її виявили жандарми, а той з переляку звинуватив у всьому М.Василенка.26 Його було ув’язнено в Лук’янівську в’язницю Києва.
Під час перебування у в’язниці були заборонені побачення, не дозволяли передавати також і газети. Таким чином Миколу Прокоповича було повністю відрізано від зовнішнього світу.
Тим часом розпочались клопотання про звільнення М.Василенка. Видавець “Киевских откликов” та один з найближчих його друзів М.Требінська ходила до начальника жандармського управління полковника Домбровського і просила якнайшвидше звільнити Миколу Прокоповича, як редактора, за відсутності якого вона несе великі збитки. Цей аргумент не подіяв на Домбровського.27 В цілому М.Василенко просидів у в’язниці біля двох тижнів.
На початку лютого 1906 р. видання “Киевских отголосков” було припинено. 4 лютого 1906 р. замість цієї газети почала виходити інша - “Отголоски жизни”28. Її редакція обіцяла виконати взяті на себе редакцією “Киевских откликов” зобов’язання перед передплатниками як у Києві, так і провінції, друкувати усі оголошення, прийняті “Киевскими откликами”.29
“Отголоски жизни” спочатку видавались як вечірня газета в невеликому форматі, а з 5 березня виходила вже як денна газета великого формату. В цій газеті працювали співробітники “Киевских откликов”, в тому числі і М.Василенко.
Протягом лютого і березня газета особливу увагу приділяла питанню виборів до Державної Думи як в Києві, так і в інших містах. 26 березня було надруковано фельєтон М.Василенка (без підпису), присвячений виборам. У тому ж номері в передовій статті (теж без підпису) обговорювалась проблема представництва міста Києва в Думі: ходили чутки, що Партія народної свободи висувала кандидатуру барона Ф.Штейгеля. В дуже коректній формі стаття вказувала на те, що ця кандидатура є невдалою, що для першої Державної Думи потрібно висунути активнішу особу. “Барон Ф.Р.Штейгель без сумніву дуже корисний член партії, але для члена I російської Думи, для діяча дійсного бойового моменту російського політичного життя він - величина занадто не визначена, дотепер він не виявив себе в суспільній діяльності і не має за собою політичного досвіду. У київській групі кадетів є особи з більш яскравою індивідуальністю, є люди із широким кругозором, із широкою теоретичною підготовкою і належним суспільним темпераментом”.30
Ця стаття викликала хвилю незадоволення серед кадетів. У їхньому друкованому органі газеті “Свободная мысль”, яка замінила “Свободу и право”, з’явилася різка стаття у відповідь. 29 березня в передовій (без підпису) “Отголоски життя” знову повторювали, що барон Штейгель не найкраща кандидатура до Державної Думи. У цій же статті вказувалось на більш “достойних” членів кадетської партії - С.Іванова, І.Лучицького, С.Булгакова. Ця полеміка тривала аж до обрання барона Ф.Штейгеля членом Думи.31
11 вересня 1906 р. вихід газети було призупинено.32 Замість неї уже на наступний день став виходити “Киевский голос”. Перший номер газети вийшов 12 вересня за підписом редактора С.Дрелінга.33
Хоча М.Василенко і був співробітником “Киевского голоса” (15 травня 1907 р. він отримав посвідчення про роботу в газеті),34 проте його участь у виданні була набагато меншою, ніж у двох попередніх виданнях.
Після закриття газети “Київський голос” 2 червня вийшов перший номер нової газети, редактором-видавцем її вважався М.Калишевич. Газета відновила стару назву “Киевские отклики”. У цьому варіанті вона проіснувала тиждень.35 З 10 червня газета почала виходити під іншою назвою - “Киевские вести”. Серед співробітників газети зустрічались майже всі старі співробітники “Киевских откликов”, крім М.Василенка. Можливо, він продовжував писати передові статті без підпису, як це він робив у всіх попередніх статтях.
З літа 1907 р. Микола Прокопович фактично відійшов від співробітництва у цій газеті. Судове засідання, яке відбулося 15 січня 1907 р., засудило його до року ув’язнення. Підготовка до державного іспиту екстерном за юридичний факультет, і врешті саме відбування покарання в “Крестах” відірвало його від праці в газеті. Ось що писав до нього з цього приводу В.Модзалевський: “Перспектива річного ув’язнення, як позбавлення волі, для вас є дуже важкою, проте я радий, що ви залишили газету і звернулись до науки, мені завжди було сумно дивитись на вас, як на людину зі здібностями саме до науки, але яка займається не тим, в чому ви могли б проявити себе найкращим чином”.36
Звичайно, на думку людини, яка цінувала наукову роботу вище громадської, В.Модзалевський був абсолютно правий. Микола Прокопович за час керівництва газетою з 1904 по 1908 р. не надрукував жодного слова поза межами газети.
Про те, як важко було відмовитись М.Василенку від суспільної діяльності, наскільки глибоко він був захоплений суспільними і політичними інтересами, свідчить його лист до І.Лучицького, написаний саме в розпал виборів до ІІІ Державної Думи 22 жовтня 1907 р. В цей час М.Василенко був в Одесі, де здавав екстерном іспити на юридичний факультет. І ось під час напруженої роботи йому потрібно було здати всі предмети юридичного факультету, причому готувався він до них лише п’ять місяців. Не зважаючи на це, його думки були в Києві: “Якщо б ви знали, як я, сидячи в Одесі, і зайнятий повністю конкретною справою, хвилююсь результатом виборів у Києві. Починаючи з 17 жовтня, я, можна сказати, сам не свій [...] і мучусь результатами виборів у Києві”.37
Після здачі іспитів і повернення до Києва, М.Василенко знову брав участь у виданні газети. Проте тепер він уже менше віддавався цій справі, ніж раніше. У січні і лютому 1908 р. він помістив декілька своїх статей під псевдонімами і під вигаданим прізвищем, в тому числі і яскравий фейлетон “Доносительных дел людишки”.38
У переліку співробітників газети “Киевские вести” на другу половину 1908 р. є також і прізвище М.Василенка. В цей період Микола Прокопович писав в основному статті, присвячені українському життю. Проте поступово “Киевские вести” йшли до свого занепаду. Восени 1908 р. в конторі газети було виявлено розтрату. Касир сам зізнався, що приховував гроші, які отримував на передплату.39 Популярність газети поступово падала.
Після повернення з “Крестів” М.Василенко залишився співробітником “Киевских вестей”, не беручи ніякої участі у редакційних справах. Він тепер повністю занурився у наукову діяльність. Можливо, що особисті зв’язки Миколи Прокоповича з членами редакції все ще зберігали силу, але формально він відійшов від неї. Ось що М.Василенко пише про це у листі до В.Модзалевського: “В даний час я ніде не працюю, зв'язок з газетним світом у мене скоріше випадковий, завдяки друзям, але в редакційних організаціях не беру участі, пишу переважно з питань наукового характеру, так зрідка в “Киевских вестях””.40