Учреждённая в феврале 1718 года в Петербурге и существовавшая до 1726 года Тайная канцелярия имела те же предметы ведомства, как и Преображенский приказ в Москве, и также управлялась И. Ф. Ромодановским. Ведомство создавалось для следствия по делу царевича Алексея Петровича, затем ему были переданы другие политические дела чрезвычайной важности; впоследствии оба учреждения слились в одно. Руководство Тайной канцелярией, также как и Преображенским приказом, осуществлялось Петром I, который нередко присутствовал при допросах и пытках политических преступников. Располагалась Тайная канцелярия в Петропавловской крепости.
В начале царствования Екатерины I Преображенский приказ, сохраняя тот же круг действий, получил название Преображенской канцелярии; последняя существовала до 1729 года, когда была упразднена Петром II при увольнении в отставку князя Ромодановского; из подведомственных канцелярии дел более важные были переданы в Верховный тайный совет, менее важные — в Сенат.
Центральное государственное учреждение. После роспуска Тайной канцелярии в 1727 году она возобновила работу уже как Канцелярия тайных и розыскных дел в 1731г. под руководством А.И. Ушакова. К компетенции канцелярии отнесено следствие по преступлению "первых двух пунктов" Государственных преступлений (они означали "Слово и дело государево". 1-ый пункт определял, "ежели кто каким измышлениям учнет мыслить на императорское здоровье злое дело или персону и честь злыми и вредительными словами поносить", а 2-ой говорил "о бунте и измене"). Главным орудием следствия были пытки и допросы с "пристрастием". Упразднена манифестом императора Петра III (1762), одновременно запрещено "Слово и дело государево".
Тайная экспедиция при Сенате, центральное государственное учреждение в России, орган политического розыска (1762—1801). Учреждена по указу императрицы Екатерины II, заменила Тайную канцелярию. Находилась в Петербурге; имела отделение в Москве. Руководил генерал-прокурор Сената, его помощником и непосредственным распорядителем дел был обер-секретарь (свыше 30 лет эту должность занимал С. И. Шешковский). Тайная экпедиция производила следствие и суд по важнейшим политическим делам. Екатерина II утверждала некоторые приговоры (по делам В. Я. Мировича, Е. И. Пугачева, А. Н. Радищева и др.). В ходе следствия в Тайной экспедиции часто применялись пытки. В 1774 секретные комиссии Тайной экспедиции производили расправу над пугачёвцами в Казани, Оренбурге и других городах. После ликвидации Тайной экспедиции её функции были возложены на 1-й и 5-й департаменты Сената.
Священный Синод (греч. Σύνοδος— «собрание», «собор») — высший «орган управления Русской Православной Церкви в период между Архиерейскими Соборами».
Священному Синоду подотчётны следующие Синодальные отделы:
1. Отдел внешних церковных связей;
2. Издательский Совет;
3. Учебный комитет;
4. Отдел катехизации и религиозного образования;
5. Отдел благотворительности и социального служения;
6. Миссионерский отдел;
7. Отдел по взаимодействию с Вооруженными Силами и правоохранительными учреждениями;
8. Отдел по делам молодежи;
9. Отдел по взаимоотношениям Церкви и общества;
10.Информационный отдел.
Также при Синоде существуют следующие учреждения:
1. Патриаршая Синодальная Библейская комиссия;
2. Синодальная Богословская комиссия;
3. Синодальная комиссия по канонизации святых;
4. Синодальная богослужебная комиссия;
5. Синодальная комиссия по делам монастырей;
6. Синодальная комиссия по экономическим и гуманитарным вопросам;
7. Синодальная библиотека имени Святейшего Патриарха Алексия II.
По упразднении Петром I патриаршего управления Церковью, с 1721 вплоть до августа 1917 года учреждённый им Святейший Правительствующий Синод был высшим государственным органом церковно-административной власти Российской империи, заменявшим собой патриарха в части общецерковных функций и внешних сношений.
Согласно Основным Законам Российской империи, Синод определялся как «соборное, обладающее в русской православной церкви всеми видами высшей власти и состоящее в сношениях с заграничными православными церквами правительство, чрез которое действует в церковном управлении верховная самодержавная власть, его учредившая».
В таковом качестве был признан Восточными Патриархами и прочими автокефальными Церквами. Члены Святейшего Синода назначались императором; представителем императора в Святейшем Синоде был Обер-прокурор Святейшего Синода.
16 октября 1700 скончался Патриарх Адриан. Царь Петр I назначил образованного малороссийского митрополита Рязанского Стефана (Яворского) Экзархом, то есть Блюстителем Патриаршего престола. Из его компетенции Петр изъял кадровые и административные вопросы. В 1701 был восстановлен упраздненный в 1667 Монастырский приказ, в ведение которого перешло управление всеми церковными вотчинами.
В 1718 Петр I высказал мнение, что «для лучшего впредь управления мнится быть удобно духовной коллегии»; Петр поручил Псковскому епископу Феофану Прокоповичу составить для будущей Коллегии устав, получивший название Духовный Регламент.
В течение 1720 проходило подписание Регламента архиереями и архимандритами степенных монастырей; последним, нехотя, поставил подпись Экзарх митрополит Стефан (Яворский).
25 января 1721 был издан Манифест об учреждении Духовной Коллегии. Президентом Синода стал Стефан Яворский. В том же году Петр I обратился Константинопольскому Патриарху Иеремии III с ходатайством о признании Восточными патриархами Святейшего Синода. В сентябре 1723 Константинопольский и Антиохийский патриархи особой Грамотой признали Святейший Синод своим «во Христе братом», обладающим равнопатриаршим достоинством.
14 февраля 1721 Духовная Коллегия, получившая название Святейшего Правительствующего Синода, была официально открыта.
До 1901 члены Синода и присутствующие в Синоде при вступлении в должность должны были приносить присягу.
До 1 сентября 1742 Синод также был и епархиальной властью для бывшей Патриаршей области, переименованной в Синодальную.
В ведение Синода были переданы Патриаршие приказы: Духовный, Казённый и Дворцовый, переименованные в синодальные, Монастырский приказ, приказ церковных дел, канцелярия раскольнических дел и типографская контора. В Санкт-Петербурге была учреждена тиунская контора (Тиунская Изба); в Москве — духовная дикастерия, канцелярия синодального правления, синодальная контора, приказ инквизиторских дел, канцелярия раскольнических дел.
Все учреждения Синода были закрыты в течение первых двух десятилетий его существования, кроме Синодальной канцелярии, московских Синодальной конторы и типографской конторы, которые просуществовали до 1917.
Обер-прокурор Святейшего Правительствующего Синода — светский чиновник, назначавшийся Российским Императором (в 1917 году назначались Временным правительством) и являвшийся его представителем в Святейшем Синоде.
Первоначально, по «Духовному регламенту», Святейший Синод состоял из 11-и членов: президента, 2-х вице-президентов, 4-х советников и 4 ассессоров; в его состав входили архиереи, настоятели монастырей и лица белого духовенства.
С 1726 года президент Синода стал называться первенствующим членом, а прочие — членами Святейшего Синода и просто присутствующими.
В позднейшее время номенклатурный состав Святейшего Синода многократно изменялся. В начале XX века член Синода было жалованным званием, удерживавшимся пожизненно даже в случае, если лицо не призывалось никогда для заседания в Синоде.
Дворцовые перевороты не влекли за собой изменений политической, а тем более социальной системы общества и сводились к борьбе за власть различных дворянских группировок, преследовавших свои, чаще всего корыстные интересы. В то же время, конкретная политика каждого из шести монархов имела свои особенности, иногда важные для страны. В целом социально-экономическая стабилизация и внешнеполитические успехи, достигнутые в эпоху правления Елизаветы, создавали условия для более ускоренного развития и новым прорывам во внешней политике, которые произошли при Екатерине II.