Чтобы пресечь бегство народа за пороги, гетман Конецпольский заложил на Днепре перед самыми порогами крепость Кодак. Но в августе 1635 года предводитель самовольных казаков Сулима разорил эту крепость, перебил гарнизон и стал призывать народ к восстанию. Ему не удалось предприятие. Подосланные Конецпольским реестровые казаки схватили Сулиму, еще не успевшего собрать большого ополчения.
Вслед за тем объявлено строгое приказание самовольным казакам повиноваться своим панам, а чтобы привести эту меру в исполнение, расставили в Украине польские войска. Это вынудило реестровых казаков в 1636 году обратиться с жалобою к королю; они избрали своими послами двух сотников: Ивана Барабаша и Зиновия-Богдана Хмельницкого.
Для рассмотрения казацких жалоб назначен был воевода Адам Кисель. Он начал хитрить с казаками, стараясь успокоить реестровых обещаниями денег, а главное добиваясь исключения из реестра лишних казаков и возвращения их под власть своих панов. Старшим над реестровыми казаками был тогда Василий Томиленко, нерешительный, но тем не менее преданный казацкому делу. В то время, новый предводитель самовольных казаков Павлюк ворвался из Сичи в Украину с 200 человек, захватил в Черкассах всю казацкую артиллерию и ушел обратно в Сичу, а оттуда призвал к реестровым казакам соединиться с "выписчиками" и дружно защищаться против поляков. Томиленко колебался, а Кисель, подобрал кружок реестровых казаков и составил из них раду на реке Русаве.
Эта рада низложила Томиленка и выбрала в гетманы полковника Савву Кононовича. Павлюк, узнав о таком перевороте, послал своего полковника Карпа Скидана с отрядом в Переяславль, а сам стал с войском у Крылова. Скидан вошел ночью в Переяславль, схватил Кононовича и новопоставленных старшин и привез в Крылов. Казаки осудили их и расстреляли. Гетманом выбрали Павлюка, который призвал русский народ к восстанию. Все реестровые полки, один за другим перешли на сторону восстания. Конецпольский послал против казаков Потоцкого.
6 декабря 1637 года произошла битва у деревни Кумейки. Русские бились отчаянно, но были разбиты, ушли к Днепру в местечко Боровицы. Кисель, находившийся с Потоцким, уговорил казаков выдать Павлюка с товарищами, поручившись, что король радует им прощение. Реестровые казаки низложили Павлюка с гетманства, и привели к Потоцкому. Заключен был с польским военачальником договор: казаки обещали повиноваться польскому правительству. Договор этот был подписан Богданом Хмельницким, носившим звание генерального писаря. Павлюка, Томиленка привезли в Варшаву. Напрасно Кисель перед сеймом умолял даровать им жизнь, ссылаясь на свое поручительство. Его протеста не уважили. Казацким предводителям отрубили головы.
В 1648 г. началось восстание. Его возглавил Богдан Михайлович Хмельницкий. У Хмельницкого были личные счеты с поляками: польский шляхтич Чаплинский разграбил фамильный хутор Субботов и засек насмерть малолетнего сына будущего вождя освободительной войны. По некоторым известиям, кроме того, Чаплинский обвенчался по уставу римско-католической церкви со второй женой Хмельницкого, которую Хмельницкий взял после смерти первой своей супруги, Анны Сомко, матери сыновей Хмельницкого, Тимофея и Юрия, и дочерей: Стефаниды и Екатерины.
Отчаявшись бороться за свои права легальными средствами, Хмельницкий бежит в низовья Днепра. Здесь он организовал отряд казаков и, опираясь на него, изгнал поляков из Запорожской Сечи. Богдан сразу зарекомендовал себя опытным дипломатом: в сложившейся ситуации он нашел единственно правильное решение - заключил союз с крымским ханом, который дал ему в помощь орду перекопского мурзы Тугай-бея. Но Богдан, как оказалось, был не только талантливым дипломатом, но и полководцем.
В мае 1648 г. в двух битвах (у урочища Желтые воды и у Корсуни) восставшие наголову разгромили армию гетмана Потоцкого. Летом 1648 г. восстание переросло в освободительную войну. Этим же летом казацкая старшина обращается за помощью к Москве. Однако ни в этом, ни в следующем, ни даже в 1650 г. Россия не могла откликнуться на просьбу казачества. Сложной была обстановка в самой России и российское правительство боялось новой войны с Польшей; не было веры в силы восставших, убежденности в том, что это не обычное казацкое восстание, каких много было и прежде, а всенародная освободительная война.
Очередное поражение повстанческая армия нанесла поляком под Пилявцами и двинулась ко Львову. Взяв большую контрибуцию с этого города, народная армия двинулись к крепости Замостье и осадила ее. Отсюда открывалась дорога на Варшаву. Но из-за неблагоприятных природных условий и изменения политической ситуации осада была снята. Хмельницкого торжественно встречали в Киеве.
Летом 1649 г. произошла Зборовская битва, складывавшаяся благоприятно для восставших. Однако из-за измены крымского хана Хмельницкий был вынужден заключить так называемый Зборовскнй трактат. В черте, где будут жить казаки, не позволяется квартировать коронному войску и проживать иудеям; все должности и чины в означенных воеводствах будут даваться только православным: иезуитам не дозволяется жить в Киеве и других местах, где будут русские школы; киевский митрополит будет заседать на сенате; а относительно уничтожения унии, как в королевстве польском так и в великом княжестве литовском, будет сделано сеймовое постановление. Обещана всем полная амнистия за все прошлое.
Вместе с этим и король издал универсал ко всем жителям Украины, в котором извещал, что в случае бунтов холопов против владельцев, коронное войско вместе с запорожским будет укрощать их.
Оказалось, что Хмельницкий не так-то благодетельно для народа устроил его дело, и что Зборовский договор, по своему содержанию, представлял решительную невозможность, как для русских, так и для поляков, соблюдать его: обе стороны должны были его нарушить.
Естественно такой мир не мог продержаться долго. Жители Южной Руси, не желая быть в порабощении у панов, во множестве бежали в московское государство на слободы. Первый пример показали волынцы. Казаки возникшего было острожского полка, под предводительством Ивана Дзинковского, основали, с царского дозволения, на берегу реки Тихой Сосны, Острогожск и перенесли с собою все казацкое устройство. За ними - малоруссы начали переселяться в огромном количестве в привольные южные степи московского государства с берегов Днестра, Буга и других мест.
Предвидя, что война неизбежна, Хмельницкий начал подготавливать себе союзников: сноситься с Турцией, с седмиградским князем Ракочи, убеждал их действовать вместе против Польши, наконец, завел сношения и со Швецией. Эти сношения сделались известны в Варшаве. Король в конце 1650 года издал универсал для предварительных сеймиков: король извещал в нем все польское шляхетство, что Хмельницкий строит козни против Речи Посполитой; что в Украине чернь неистовствует против шляхетства; что на будущую весну надобно ожидать войны с казаками. Неприязненные действия начались в феврале 1651г. В июне 1651 г. в сражении под Берестечком казакам изменил татарский хан, который к тому же еще и увел самого Хмельницкого с поля боя, что привело к поражению восставших.
Положение Украины укрепила победа в битве под Батогом весной 1652г., однако изменнический договор между поляками и крымским ханом привел к поражению повстанцев в окрестностях Жванца.
Весной 1653 года польский военачальник Чарнецкий, ворвавшись в Брацлавщину по берегу Буга, истреблял села и местечки; поляки резали жителей без разбора.
Гетман Хмельницкий обратился опять к царю Алексею Михайловичу, умолял принять его с казаками под свою руку.
Оставаться зрителями того, что делалось по соседству, далее было невозможно; предстояла опасность, что казаки отдадутся Турции, и вместе с крымскими татарами начнут делать опустошения в пределах московского государства. Дело было первой важности и царь Алексей Михайлович 1 октября 1653 года созвал земский собор всех чинов московского государства.
Думный дьяк изложил о том, как гетман Богдан Хмельницкий много лет просил государя принять его под державную руку, о том, как царь предлагал полякам прощение виновных в оскорблении царской чести, с тем, чтоб поляки уничтожили унию и перестали преследовать православную веру, и как поляки отвергли это предложение. Извещалось, наконец, что турецкий царь зовет казаков под свою власть. Потом отбирался ответ на вопрос: принимать ли гетмана Богдана Хмельницкого со всем войском запорожским под царскую руку?
Бояре дали такое мнение: король Ян-Казимир присяги своей не сдержал: восстал на православную христианскую веру, разорил многие церкви, и обратил в унитские. Стало быть, гетман Хмельницкий и все войско запорожское, после нарушения королевской присяги - вольные люди: от своей присяги свободны. А потому, чтобы не допустить их отдаться в подданство турецкому султану или крымскому хану, следует принять гетмана Богдана Хмельницкого, со всем войском Запорожским, со всеми городами и землями, под высокую государеву руку.
После такого земского приговора, царь послал на Украину посольство во главе с боярином Бутурлиным, чтобы принять Украину под высокую руку государя.
8 января Хмельницкий вышел на площадь, где была собрана генеральная рада, с речью, прочитаны были условия нового договора. Смысл его был таков: вся Украина, казацкая земля (приблизительно в границах Зборовского договора, занимавшая нынешние губернии, полтавскую, киевскую, черниговскую, большую часть волынской и подольской) присоединялась под именем Малой России к московскому государству, с правом сохранять особый свой суд, управление, выбор гетмана вольными людьми, право последнего принимать послов и сноситься с иноземными государствами, неприкосновенность прав шляхетского, духовного и мещанского сословий. Дань государю должна платиться без вмешательства московских сборщиков.