В 1792 Кутузов, командуя корпусом, принял участие в русско-польской войне, и в следующем году он был направлен чрезвычайным послом в Турцию, где разрешил в пользу России ряд важных вопросов и значительно улучшил взаимоотношения с ней. Находясь в Константинополе, посетил султанский сад, посещение которого для мужчин каралось смертной казнью. Султан Селим III предпочел не заметить дерзости посла могущественной Екатерины II.
В 1795 был назначен главнокомандующим над всеми сухопутными войсками, флотилией и крепостями в Финляндии, и одновременно директором Сухопутного кадетского корпуса. Многое сделал для улучшения подготовки офицерских кадров: преподавал тактику, военную историю и другие дисциплины. Екатерина II ежедневно приглашала его в своё общество, он провел с ней и последний вечер перед её кончиной.
В отличие от многих других фаворитов императрицы, Кутузов сумел удержаться и при новом царе Павле I. В 1798 произведён в генералы от инфантерии. Успешно выполнил дипломатическую миссию в Пруссии: за 2 месяца пребывания в Берлине сумел привлечь её на сторону России в борьбе против Франции. Был литовским (1799—1801) и по воцарении Александра I назначен петербургским (1801-02) военным губернатором.
В 1802, попав в опалу к царю Александру I, Кутузов был снят с должности и жил в своём поместье, продолжая числиться на действительной военной службе как шеф Псковского мушкетёрского полка.
В 1804 г. Россия вошла в коалицию для борьбы с Наполеоном, и в 1805 русское правительство послало в Австрию две армии; главнокомандующим одной из них был назначен Кутузов. В августе 1805 года 50-тысячная русская армия под его командованием двинулась в Австрию. Не успевшая соединиться с русскими войсками австрийская армия была разгромлена Наполеоном в октябре 1805 под Ульмом. Армия Кутузова оказалась один на один с противником, обладавшим значительным превосходством в силах.
Сохраняя войска, Кутузов в октябре 1805 совершил отступательный марш-манёвр протяжённостью в 425 км от Браунау к Ольмюцу и, нанеся поражение И. Мюрату под Амштеттеном и Э. Мортье под Дюренштеином, вывел свои войска из-под нависшей угрозы окружения. Этот марш вошёл в историю военного искусства как замечательный образец стратегического манёвра. От Ольмюца (ныне Оломоуц) Кутузов предлагал отвести армию к русской границе, чтобы, после подхода русского подкрепления и австрийской армии из Северной Италии, перейти в контрнаступление.
Вопреки мнению Кутузова и по настоянию императоров Александра I и австрийского Франца I, воодушевлённых небольшим численным превосходством над французами, союзные армии перешли в наступление. 20 ноября (2 декабря) 1805 произошло Аустерлицкое сражение. Сражение окончилось полным разгромом русских и австрийцев. Сам Кутузов был легко ранен пулей в лицо, также потерял своего зятя, графа Тизенгаузена. Александр, осознавая свою вину, гласно не винил Кутузова и наградил его в феврале 1806 орденом Св. Владимира 1-й степени, однако никогда ему не простил поражения, полагая, что Кутузов намеренно подставил царя. В письме сестре от 18 сентября 1812 года Александр I высказал свое истинное отношение к полководцу: «по воспоминанию, что произошло при Аустерлице из-за лживого характера Кутузова».
В сентябре 1806 Кутузов назначен военным губернатором Киева. В марте 1808 Кутузов был направлен командиром корпуса в Молдавскую армию, однако ввиду возникших разногласий по вопросам дальнейшего ведения войны с главнокомандующим генерал-фельдмаршалом А. А. Прозоровским в июне 1809 Кутузова назначили литовским военным губернатором.
В 1811 году, когда война с Турцией зашла в тупик, а внешнеполитическая обстановка требовала эффективных действий, Александр I назначил Кутузова главнокомандующим Молдавской армией вместо умершего Каменского. В первых числах апреля 1811 Кутузов прибыл в Бухарест и принял командование армией, ослабленной отзывом дивизий на защиту западной границы. Он нашёл на всем пространстве завоёванных земель менее тридцати тысяч войск, с которыми должен был разбить сто тысяч турок, расположенных в Балканских горах.
В Рущукском сражении 22 июня 1811 года (15-20 тысяч русских войск против 60 тысяч турок) он нанёс противнику сокрушительное поражение, положившее начало разгрому турецкой армии. Затем Кутузов преднамеренно отвёл свою армию на левый берег Дуная, заставив противника в преследовании оторваться от баз. Он блокировал переправившуюся через Дунай под Слободзеей часть турецкой армии, а сам в начале октября послал корпус генерала Маркова через Дунай с тем, чтобы напасть на оставшихся на южном берегу турок. Марков обрушился на неприятельскую базу, овладел ею и взял под обстрел захваченных турецких пушек главный лагерь великого визиря Ахмеда-ага за рекой. Скоро в окружённом лагере начались голод и болезни, Ахмед-ага скрытно покинул армию, оставив вместо себя пашу Чабан-оглу. 23 ноября 1811 Чабан-оглу сдал Кутузову 35-тысячную армию с 56 орудиями. Ещё до капитуляции царь пожаловал Кутузову графское достоинство Российской империи. Турция была вынуждена вступить в переговоры.
Сосредотачивая к русским границам свои корпуса, Наполеон рассчитывал, что союз с султаном, который он заключил весной 1812 года, скуёт силы русских на юге. Но 4 (16) мая 1812 в Бухаресте Кутузов заключил мир, по которому Бессарабия с частью Молдавии переходила к России (Бухарестский мирный договор 1812 года). Это была крупная военная и дипломатическая победа, сместившая в лучшую сторону стратегическую обстановку для России к началу Отечественной войны. По заключении мира Дунайскую армию возглавил адмирал Чичагов, а отозванный в Петербург Кутузов на некоторое время остался не у дел.
В начале Отечественной войны 1812 года генерал Кутузов был избран в июле начальником Петербургского, а затем Московского ополчения. На начальном этапе Отечественной войны 1-я и 2-я Западные русские армии откатывались под натиском превосходящих сил Наполеона. Неудачный ход войны побудил дворянство требовать назначения командующего, который бы пользовался доверием русского общества. Ещё до оставления русскими войсками Смоленска Александр I вынужден был назначить генерала-от-инфантерии Кутузова главнокомандующим всеми русскими армиями и ополчениями. За 10 дней до назначения царь пожаловал (29 июля) Кутузова титулом светлейшего князя (минуя княжеский титул). Назначение Кутузова вызвало патриотический подъем в армии и народе. Сам Кутузов, как и в 1805 году, не был настроен на решительное сражение против Наполеона. По одному из свидетельств он так выразился о методах, которыми будет действовать против французов: «Мы Наполеона не победим. Мы его обманем.» 17 (29) августа Кутузов принял армию от Барклая-де-Толли в селе Царёво-Займище Смоленской губернии.
Большое превосходство противника в силах и отсутствие резервов вынудили Кутузова отступать в глубь страны, следуя стратегии своего предшественника Барклая де Толли. Дальнейший отход подразумевал сдачу Москвы без боя, что было недопустимо как с политической, так и с моральной точки зрения. Получив незначительные подкрепления, Кутузов решился дать Наполеону генеральное сражение, первое и единственное в Отечественной войне 1812 года. Бородинское сражение, одна из крупнейших битв эпохи наполеоновских войн, произошло 26 августа (7 сентября). За день боя русская армия нанесла тяжёлые потери французским войскам, но и сама по предварительным подсчётам к ночи того же дня потеряла почти половину личного состава регулярных войск. Баланс сил очевидно не сместился в пользу Кутузова. Кутузов принял решение отойти с бородинской позиции, а затем, после совещания в Филях (ныне район Москвы), оставил Москву. Тем не менее русская армия показала себя достойно при Бородино, за что Кутузов 30 августа произведён в генерал-фельдмаршалы.
После выхода из Москвы Кутузов скрытно совершил прославленный фланговый Тарутинский манёвр, выведя армию к началу октября к селу Тарутино. Оказавшись южнее и западнее Наполеона, Кутузов перекрыл ему пути движения в южные районы страны.
Потерпев неудачу в своих попытках заключить мир с Россией, Наполеон 7 (19) октября начал отход из Москвы. Он пытался провести армию в Смоленск южным путём через Калугу, где имелись запасы продовольствия и фуража, но 12 (24) октября в сражении за Малоярославец был остановлен Кутузовым и отступил по разорённой Смоленской дороге. Русские войска перешли в контрнаступление, которое Кутузов организовал так, чтобы армия Наполеона находилась под фланговыми ударами регулярных и партизанских отрядов, причем Кутузов избегал фронтального сражения большими массами войск.
Благодаря стратегии Кутузова огромная наполеоновская армия была практически полностью уничтожена. Особо следует отметить, что победа была достигнута ценой умеренных потерь в русской армии. Кутузов в досоветское и послесоветское время подвергался критике за его нежелание действовать более решительно и наступательно, за его предпочтение иметь верную победу в ущерб громкой славе. Князь Кутузов, по отзывам современников и историков, ни с кем не делился своими замыслами, его слова на публику часто расходились с его приказами по армии, так что истинные мотивы действий прославленного полководца дают возможность различных толкований. Но конечный результат его деятельности неоспорим — разгром Наполеона в России, за что Кутузов был удостоен ордена Св. Георгия 1-го кл., став первым в истории ордена полным Георгиевским кавалером.