Панин как на одну из причин крестьянских побегов указывал на страшное неправосудие и нерадение администрации. На это указала и сама Екатерина в своем манифесте от 18 июля 1762 года. Господство лихоимства Екатерина объясняла плохим выбором должностных лиц и тем, что "люди не только с некоторым достатком, но ниже имея дневное пропитание, отсылались, к делам, не получая при том никакого жалованья, и немного лучше, как бы неимущие в богадельне для одного только пропитания, а не для исправления дел". Действительно, после Петра I в России водворилась еще более откровенная система кормлений, чем в былое время в Московской Руси. После Петра люди определялись на должности совершенно без жалованья, с тем, чтобы они кормились от дел.15 декабря 1763 года Екатерина издала манифест о назначении жалованья чиновникам по штату, служащим не только в столице но и в провинции.
Этот манифест явился крупным шагом вперед в деле упорядочения внутреннего управления России. Но нужно было также отнять у чиновников желание копить деньги на черный день. Последовательность требовала назначения пенсий, это и было сделано: за 35 лет службы была назначена пенсия. Вот когда получил начало закон о пенсиях, действующий и поныне.
Также управление в России страдало от страшной пассивности. В 1764 году Екатерина издала инструкцию губернаторам, которая объясняла им их права и обязанности. Екатерина исходит из того положения, что губернатор есть хозяин губернии, который должен заботиться о населении вверенной ему губернии, о процветании в ней земледелия, торговли и промышленности, должен следить за дорогами, ловить воров и разбойников, заботиться о лесосохранении и т.д. Всех чиновников, изобличенных в лихоимстве, он должен отстранять от должностей и предавать суду. Все учреждения, до сих пор не подчиненные губернской канцелярии (таможни, магистраты, ямские правления), переходят в ведение губернатора. Губернатор получает точные рапорты и известия о порядках в губернии, имеет право представлять о пользах и нуждах общественных и должен защищать бедных. Так были выдвинуты идеи, которые нашли точное выражение в "Учреждении об управлении губерниями"; инструкция 1764 года теоретической прелюдией закона 1775 года.
Эти мероприятия не были радикальным решением вопросов, но они показывают, что Екатерина ясно осознавала очередные задачи, видела положение дел в государстве. Желая ближе ознакомиться с положением дел в своей стране, Екатерина предпринимала путешествия, но больше пользы принесла ей созванная ею "Комиссия для составления проекта Нового Уложения".
14 декабря 1766 года Екатерина издала указ, которым предписывала на будущий год прислать в Москву депутатов от Сената, Синода, всех канцелярий, за исключением губернских и провинциальных, и из всех городов и уездов. Их она вызвала чтобы учредить из них "Комиссию для составления проекта нового Уложения".
К манифесту был приложен и порядок производства выборов. Депутаты созывались от дворян, горожан, казаков, свободных крестьян, и от некочующих инородцев, причем дворяне должны были выбираться по депутату от каждого уезда, горожане – по депутату от каждого города, свободные крестьяне – по депутату от каждой провинции и некочующие инородцы – по депутату от каждого народа провинции. Депутаты должны были быть не моложе 25 лет, им назначалось жалованье: дворянам – 400 рублей в год, городским депутатам – 122 руб., а остальным по 37 руб. в год. Депутаты навсегда освобождались от смертной казни, пыток, телесного наказания и конфискации имения, обидевший депутата отвечал вдвое против обычного. Каждый депутат получал от своих избирателей наказ, составленный комиссией пяти избирателей, о нуждах общества и о тех требованиях, которые оно хотело предъявить правительству. Кроме того, дворянство каждого уезда перед выборами депутата должно было выбрать себе на два года предводителя, под его председательством происходили и выборы депутата. Также горожане перед выборами должны были выбрать городского голову, под председательством которого избирались депутаты. Но целые сословия не получили представительства: не были приглашены депутаты от духовенства, от дворцовых, экономических и посессионных крестьян, которых легко можно было приравнять к свободным. Но как бы то ни было, на этот раз общество отозвалось на зов правительства с большей готовностью, чем раньше. Ко дню открытия Комиссии для сочинения проекта нового Уложения в Москву явилось 460 депутатов.
Но слишком трудная задача была возложена Екатериной на Комиссию. Комиссии предстояло составить проект нового Уложения, обнимающий собой все стороны законодательства, все отрасли права и проект должен был явиться новым во всех отношениях. Русское общество рассматривалось Екатериной как находящееся в первобытной стадии развития, в силу чего ему предстояло дать государственный и гражданский быт. Все предыдущее развитие как бы аннулировалось. Источником для почерпания содержания русских законов, по мнению Екатерины, должны были быть непререкаемые правила и истины ее Наказа. Но Наказ императрицы давал не начала законодательства, которые можно было бы развивать, а указывал общие и неопределенные положения или ограничивался простым приведением примеров, не делая никаких выводов. По многим отраслям права Наказ не давал никаких указаний, так что депутатам, в сущности, было предоставлено работать собственными силами. Так "непререкаемые правила" Наказа мало годились для практического законодательства.
Сильно помешало продуктивности работ неудачная организация их в Комиссии и неуменье руководить работами. Легче бы всего правительство достигло своей цели, таким образом, если бы оно само при помощи специалистов заготовило проект нового Уложения, а потом предложило бы его депутатам для обсуждения, исправления и дополнения. Но Екатерина пошла совершенно противоположным, более длинным путем. Она поручила составление Уложения такому учреждению, которое, по настоящему, должно было только слушать его и обсуждать. Но было проведено хотя бы разделение труда, организованны отдельные подкомиссии, но Екатерина очень неудачно пыталась установить это разделение труда, она не освободила от подготовительной, черновой работы общее собрание и делопроизводство Комиссии пришло в полный хаос.
Не наблюдалось никакого плана и в организации частных комиссий, которые возникали по личной инициативе отдельных депутатов, благодаря чему по одному вопросу возникало несколько комиссий. При такой организации дела работы Комиссии затянулись и не привели к желаемым результатам.
Комиссия собралась 30 июля 1767 года в Москве в Грановитой палате. На первом собрании выбрали 3 кандидатов в председатели, из которых императрица утвердила генерал-квартирмейстера Бибикова. В 6 следующих заседаний депутаты читали Наказ императрицы, который произвел на них сильное впечатление, после чего они решили поднести Екатерине титул "премудрой, великой и матери отечества".
В декабре 1768 года, по случаю, войны с Турцией, заседания Большой Комиссии были прерваны, и депутаты, не состоявшие членами частных комиссий, были отпущены по домам. Частные комиссии просуществовали в прежнем составе до конца 1774 года, когда указом от 4 декабря депутаты, входящие в их состав, были распущены, но сами комиссии продолжали существовать в течение всего царствования Екатерины, т. к. взамен депутатов были назначены другие.
Екатерининскую Комиссию постигла та же участь, какая была присуща и всем предыдущим комиссиям. Новое Уложение не было составлено. Единственное, что осталось от комиссии – это проекты частных комиссий, из которых многие не были даже кончены. Но все-таки не смотря на ошибки, результаты деятельности Комиссии были огромны. Екатерина познакомилась с разнообразными нуждами своего народа. Правительство, знакомясь с характером и содержанием прений в Большой Комиссии, читая депутатские наказы и изучая записки частных комиссий, должно было убедиться в необходимости реформ и получило указание, в каких именно реформах чувствовалась особенная нужда. Также комиссии подготовили те законы, которые были потом проведены в жизнь. Городовое положение 1785 года и жалованная грамота дворянству были переделками проектов, выработанных в частных комиссиях. Комиссия 1767-1768 годов вдохновила Екатерину на реформаторскую деятельность в направлении, согласном с нуждами и требованиями общества.
Внешняя политика – самая блестящая сторона государственной деятельности Екатерины, произведшая наиболее сильное впечатление на современников и ближайшее потомство. Перед Россией стояло два важнейших вопроса: турецкий и польский. Руководивший русской внешней политикой Н.И. Панин, решил сконструировать так называемый Северный аккорд-союз государств, находившихся на севере Европы: Дании, Пруссии, Польши и Швеции при участии Англии. План Панина в конечном счете не был реализован. Тем временем конфликты между Россией и Турцией вылились в войну, начавшуюся в 1768 году. В этой войне талантливый русский полководец П.А. Румянцев нанес серьезное поражение туркам при Ларге и Кагуле в 1770г.
5 июля 1770 года русский флот под командованием адмирала Г.А. Спиридова разгромил турецкий флот недалеко от острова Хиоса в бухте Чесме. Однако политика некоторых европейских государств, испугавшихся усиления России, заставила ее пойти на заключение мира, который был подписан в болгарском селении Кючук-Кайнарджи 10 июля 1774года. По этому договору Россия получила от Турции территорию от Буга и крепости Кинбурн до Азова, с частью прикубанских и приазовских земель. Кабарда была включена в государственные границы России. Россия получила также выход из Азовского в Черное море. Крым был объявлен самостоятельным, а с самой Турции Россия получила 4,5 млн. рублей контрибуции.