В итоге политика Бориса Годунова не только не облегчила положение бедствующего крестьянства, но и обострила противоречия в среде господствующего класса. Обнищание и потеря свободы крестьянством, недовольство дворянства стали одними их причин конфликта, поразившего российское общество в начале XVII в. Создание государственной системы крепостного права привело к резкому обострению социальных противоречий в городе и деревне. Закрепощение крестьян в конце XVI века вылилось в восстания начала XVII века. Массы разоренных людей были готовы откликнуться на призыв к борьбе за утерянную свободу.
Борис Годунов (1598-1605), избранный на царство Земским собором 1598 г., стал единоличным правителем государства ещё при жизни болезненного и политически недееспособного Фёдора Иоанновича. Борис Годунов продолжал политику утверждения самодержавия и укрепления государства, основанную на укреплении положения дворянства и ослаблении феодальной знати.
Чтобы успешно противостоять родовитому боярству, недовольному новым царем – «выскочкой», Годунов ищет популярности у населения, среднего служилого слоя, давая различные льготы, освобождая на несколько лет от податей целые местности. Одновременно ликвидируются податные привилегии крупных светских и церковных феодалов (например, так называемые тарханы). Для укрепления вооружённых сил Б. Годунов увеличил число стрельцов и других служилых людей.
Попытки навести порядок в финансах (ревизия казны), в городском управлении, устранить разного рода административные злоупотребления успеха не имели.
В 1589 г. в Москве было введено патриаршество, что повысило международный авторитет русской православной церкви. Первым патриархом стал Иов, человек близкий к Годунову.
Борис Годунов несколько упрочил международное положение страны. После войны со Швецией в 1590 г. были возвращены земли в устье Невы, утерянные Россией после Ливонской войны. В 1592 г. был отражен набег крымского хана Казы-Гирея.
В 1600 г., будучи уже царем, Борис Годунов заключил перемирие с Польшей на 20 лет. Однако его положение внутри страны оставалось непрочным. Знать всячески сопротивлялась утверждению самодержавия, стремясь к большей власти.
В 1591 г. в Угличе погиб царевич Дмитрий. Комиссия князя В.И. Шуйского официально объявила, что Дмитрий погиб во время эпилептического припадка. Однако в народе поползли слухи, что Дмитрий убит людьми Годунова, некоторые утверждали, что царевичу удалось спастись, и убит был не он.
Боярство в условиях прекращения законной династии после смерти царя Федора стремилось сохранить и даже расширить свою роль в управлении государством, пыталось использовать недовольство народных масс, направив его против «безродного» царя Б.Ф. Годунова.
В свою очередь Годунов пытался предпринять меры для ослабления недовольства. В 1598 г. он сложил недоимки по налогам и податям, дал некоторые привилегии служилым и посадским людям в выполнении государственных повинностей. Но все это уже не могло снять остроту противоречий. И без того тяжелое положение населения усугубилось голодом 1601-1603 гг.
В обстановке хаоса голодных лет Годунов пытался не допустить народного выступления. Он устанавливал предельную цену на хлеб, в ноябре 1601 г. разрешил переход крестьян, начал раздачу хлеба из государственных амбаров, усилил репрессии по разбойным делам и разрешил уходить холопам от своих хозяев, если те не могли их прокормить.
Однако эти меры успеха не имели. В 1603-1604 гг. вспыхнуло восстание холопов под руководством Хлопка, охватившее все Подмосковье. Восстание было подавлено.
Правительство Годунова предпринимало меры для оживления промышленности и торговли, давая льготы иностранным купцам, приглашая в страну знатоков горного дела и других специалистов, заботилось о безопасности сообщений. Впервые для обучения за границу было отправлено несколько молодых дворян. Отмечалось стремление Годунова к общению с цивилизованным Западом. При Борисе в Москве начали распространяться западные обычаи.
Активно велась политика колонизации Сибири, Среднего Поволжья и южных районов страны, где возникали новые города - Тюмень, Тобольск, Сургут, Уржум, Самара, Саратов, Царицын и др. Широкое распространение крепостного и церковного строительства - отличительная особенность государственной деятельности Б.Годунова.
Борис Годунов стремился найти выход из хозяйственного кризиса на путях дальнейшего закрепощения крестьян. Возможно, в условиях послеопричного кризиса - запустения центральных уездов - это был единственный способ предотвратить хозяйственное разорение страны.
Личность Бориса Годунова трактуется в исторической литературе неоднозначно. Если историки Н. М. Карамзин и Н. И. Костомаров рисовали Годунова безнравственным интриганом, то С. Ф. Платонов характеризовал его положительно. Он считал Годунова талантливым политическим деятелем, которому не посчастливилось стать умиротворителем государства лишь в силу указанных выше обстоятельств. В. О. Ключевский, отмечая опыт и способности Годунова, в то же время подчеркивал его непомерное властолюбие, двуличие и другие негативные качества, которые не позволили ему стать авторитетным правителем.
В обстановке всеобщего недовольства, усиленного голодными годами начавшимися с 1601 г., все более упорными становились слухи о чудесном спасении царевича Дмитрия - младшего сына Ивана Грозного восьми лет от роду, погибшего в Угличе 15 мая 1591 г. при загадочных обстоятельствах.
Тяжелым положением России решили воспользоваться польские магнаты, шляхта и католическая церковь, стремившиеся к расширению своих владений. Магнаты и шляхта жаждали захватить Смоленские и Северские земли, ранее входившие в состав Великого княжества Литовского. Католическая церковь введением в России католичества хотела пополнить источники доходов, уменьшившиеся после Реформации. Прямого повода для открытой интервенции у Речи Посполитой не было. В этих условиях в польских землях объявился человек, выдававший себя за чудесно спасшегося царевича Дмитрия.
Традиционным является предположение, что в роли Лжедмитрия I выступал беглый монах Григорий Отрепьев, среди историков распространена также версия о том, что к роли самозванца готовило его московское боярство, недовольное Годуновым. Современники событий и историки отмечают и то, что Лжедмитрий I искренне верил в свое царственное происхождение.
Лжедмитрий I много обещал полякам и папскому нунцию в Варшаве: помощь Польше в войне со Швецией, Северскую землю, Псков, Новгород, половину Смоленских земель, большие суммы денег – родителям его невесты. Он заверил, что, став царем, распространит католицизм в России.
С небольшим отрядом польских авантюристов в августе 1604 г. Лжедмитрий перешел границу и двинулся к Москве. К нему охотно присоединялись все недовольные правительством Годунова: казаки и посадские, крестьяне и мелкопоместные дворяне, стрельцы и холопы, просто искатели приключений.
В апреле 1605 г. Б. Годунов внезапно умер, и на престол взошел его 16-летний сын Федор. В начале мая царские войска перешли на сторону Лжедмитрия, царь Федор и его мать вскоре были убиты, а 20 июня 1605 г. самозванец торжественно въехал в Москву и венчался на царство в Успенском соборе. Интересы различных слоев общества, поддержавших Лжедмитрия, противоречили друг другу. Поэтому, удовлетворив желания одних, новый царь неизбежно вызывал недовольство у других.
Чтобы заручиться поддержкой дворянства, Лжедмитрий щедро раздавал земли и деньги. Вскоре деньги пришлось занимать у монастырей. Это беспокоило духовенство. К тому же распространился слух о том, что Лжедмитрий тайно принял католичество.
Земельные и денежные пожалования дворянам раздражали боярство. Недовольство вызывало и то, что Лжедмитрий нарушал старые русские обычаи, привычный порядок придворной жизни. Есть все основания предполагать, что с момента смерти Годунова Лжедмитрий боярам стал не нужен.
17 мая 1606 г. бояре-заговорщики убили самозванца, и на престол вступил один из организаторов заговора князь Василий Шуйский. Он не был избран Земским собором, его признали царем его сторонники-бояре, получившие затем одобрение со стороны собравшейся на Красной площади толпы москвичей, симпатизировавших Шуйскому.
При воцарении новый царь сделал так называемую крестоцеловальную запись, обязуясь не судить своих подданных без участия Боярской думы, не подвергать гонениям невинную родню опального и, наконец, тщательно проверять все доносы. С воцарением В. Шуйского закончился первый период Смуты.
В стране поднималось национально-освободительное движение против интервентов. Во главе первого ополчения стал думный дворянин Прокопий Ляпунов, который уже давно воевал против сторонников «Тушинского вора». Ядром ополчения стали рязанские дворяне, к которым присоединялись служилые люди из других уездов страны, а также отряды казаков атамана Ивана Заруцкого и князя Дмитрия Трубецкого.
Весной 1611 г. ополчение подошло к Москве. В городе вспыхнуло народное восстание против интервентов. Все посады оказались в руках восставших. Польский гарнизон укрылся за стенами Китай-города и Кремля. Началась осада.
Однако вскоре между руководителями ополчения (Прокопий Ляпунов, Иван Заруцкий, Дмитрий Трубецкой) начались разногласия и борьба за первенство. Иван Заруцкий и Дмитрий Трубецкой, воспользовавшись тем, что власть в ополчении все больше переходила в руки «дворян добрых», прибывавших из всех уездов страны, что вызывало недовольство казачьих атаманов, организовали убийство Прокопия Ляпунова: он был вызван для объяснений на казачий «круг» и зарублен. После этого дворяне начали покидать лагерь. Первое ополчение фактически распалось.