По мнению многих журналистов, назначение Путина было вызвано желанием Ельцина в большей степени опираться на поддержку спецслужб и обещало начало "повсеместного и неприкрытого политического сыска". Официально перед Путиным была поставлена задача усиления борьбы с экономическими преступлениями, но истинной его целью называли обеспечение переизбрания Ельцина на третий срок или, в случае неучастия президента в выборах, благополучную передачу власти его преемнику. Здесь ключевую роль мог сыграть опыт Путина во внутриполитических и экономических вопросах, на который указал в своем выступлении Кириенко.
Путину предстояло реформировать ФСБ, значительно сократив ее центральный аппарат (с 6 до 4 тысяч человек). Сотрудники центрального аппарата ждали грядущих кадровых перемен с обеспокоенностью. Некоторые, не дожидаясь массовых увольнений, сами уходили в отставку. Многие были уверены, что на ключевые места будут назначены выходцы из Санкт-Петербурга. Действительно, должности в коллегии ФСБ получили генералы Виктор Черкесов, Сергей Иванов, Александр Григорьев, бывшие сослуживцы Путина по Ленинграду, а в октябре 1998 года заместителем Путина стал Николай Патрушев.
Вскоре после назначения Путин дал интервью газете "Коммерсант". Он утверждал, что существенных изменений численности ФСБ не будет. В качестве приоритетного направления работы назвал экономическую безопасность, отметив также значение противостояния иностранным разведкам, развития компьютерных разработок и совершенствования антитеррористических спецподразделений. Путин также не одобрил идею министра внутренних дел Сергея Степашина о необходимости слияния МВД и ФСБ. В интервью Путина было упомянуто дело находящегося "в изгнании" во Франции Анатолия Собчака. По мнению директора ФСБ, на тот момент ничто не мешало возвращению Собчака в Россию. Журналисты отмечали, что находившийся под следствием Собчак был единственным, кто публично одобрил назначение Путина главой ФСБ. Вероятно, Собчак и его супруга Людмила Нарусова рассчитывали, что Путин поможет привести дело к благополучному для бывшего мэра исходу. Собчак утверждал, что возбужденное против него дело – возможная провокация против его "ученика". Нарусова же заявила, что участники следственной группы Генпрокуратуры, занимающейся делом ее мужа, связаны с преступным миром и данные об этом ей якобы предоставил сам Путин. Однако Путин сообщил, что никакими подобными сведениями его служба не располагает.[86] Ходили слухи, что отлет Собчака во Францию был организован Путиным, но сам он это отрицал. По мнению журналистов, связи с Собчаком были серьезной угрозой для репутации Путина, и ему приходилось "отбиваться" от неприятных вопросов, связанных с бывшим мэром. В начале 2000 года, незадолго до смерти Собчака, Путин в интервью сообщил, что преследование Собчака было инициировано Александром Коржаковым и Олегом Сосковцом и что против бывшего мэра "играли очень грязно".
В сентябре 1998 года Путин участвовал в заседании совета руководителей органов безопасности и спецслужб стран СНГ в Киргизии. Встреча была посвящена вопросам противостояния терроризму и религиозному экстремизму.
Одним из направлений работы Путина стало противодействие сложившейся тенденции, в рамках которой мэр Москвы Юрий Лужков и губернатор Санкт-Петербурга Яковлев оказывали все большее влияние на региональных руководителей ФСБ.
В ноябре 1998 года, выступая в Государственной Думе, Путин сообщил о фактах коррупции в различных органах власти и принятых по этим фактам мерах: возбуждении дел против сотрудников Госкомстата, Государственной инвестиционной корпорации, Московского инвестиционного банка и других структур. Директор ФСБ заявил: "Мы сделаем все для того, чтобы вернуть в лоно государства те ресурсы, те объекты собственности государственной, которые государству должны принадлежать".[87]
На посту директора ФСБ Путин занимался рядом громких дел. В сфере его деятельности оказался скандал вокруг антисемитских высказываний депутата Госдумы Альберта Макашова. В ноябре 1998 года Путин просил Генпрокуратуру лишить Макашова депутатской неприкосновенности. Путин утверждал, что необходимо не просто привлечь к ответственности Макашова, но и законодательно установить механизм пресечения деятельности экстремистских политических организаций. В декабре 1998 года Путин вошел в состав попечительского совета Международного фонда защиты от дискриминации. Директор ФСБ лично принимал участие в расследовании крупного коррупционного скандала в Свердловской области, разгоревшегося в начале 1999 года вокруг связей между ГУВД Екатеринбурга и организованными преступными группировками. Участвовал в расследовании террористического акта во Владикавказе 19 марта 1999 года. Уделял повышенное внимание ходу дел об убийствах в Санкт-Петербурге Михаила Маневича и Галины Старовойтовой.
В ноябре 1998 года большой резонанс получил скандал, связанный с именем Бориса Березовского. Группа офицеров ФСБ выступила по телевидению и заявила, что руководство службы якобы подстрекало их к убийству исполнительного секретаря СНГ Березовского. 13 ноября в газете "Коммерсант" было опубликовано открытое письмо Березовского, в котором он сообщил о существовании внутри спецслужбы "некоего заговора партноменклатуры, покрывающей преступников", о начале гонений на "людей, не согласных идти в стойло". Хотя эпизод с подстрекательством относился ко времени руководства предшественника Путина, Ковалева, новый директор ФСБ отреагировал на заявление Березовского крайне жестко. Он заявил, что его служба не участвует ни в каких политических играх и, напротив, защищает в рамках закона конституционный строй и безопасность личности, общества и государства. Путин осудил вмешательство любых политических сил в работу ФСБ, которая, по его словам, должна направляться только президентом. Любые попытки подобного вмешательства директор ФСБ расценил как дестабилизирующие обстановку в стране.[88]
Скандал поставил под угрозу репутацию Путина и его ведомства. Свою обеспокоенность сложившейся ситуацией на встрече с Путиным высказал президент. Путин после этого заявил: "В случае подтверждения сведений о преступной деятельности наших сотрудников, независимо от званий и должностей, мы безжалостно избавляемся от них и передаем материалы в прокуратуру".[89]
Скандал вокруг заявления офицеров ФСБ журналисты связывали с подковерными процессами борьбы за власть. Резкое выступление Путина против Березовского объясняли скрытой кампанией по "выдавливанию" исполнительного секретаря СНГ из политики и бизнеса. Березовский со своей стороны, по мнению журналистов, также вел войну за власть, первой жертвой которой должен был стать Путин, а конечной целью – премьер-министр Евгений Примаков.
Таким образом, причиной карьерного роста Путина вновь стали его "чекистская" осторожность и преданность Ельцину. Существовало мнение, что назначением Путина Ельцин пытался уравновесить выдвижение на пост главы администрации Александра Волошина, которого считали человеком Березовского. Многие наблюдатели сходились в том, что с новым назначением Путин ощутимо расширил свое влияние, получив дополнительные рычаги контроля над силовыми ведомствами, и это позволило журналистам говорить о значительном повышении его статуса как самостоятельного политика. [90]
Противостояние Кремля с премьером, коммунистами в парламенте и генеральным прокурором Юрием Скуратовым и, в добавление к этому, ситуация в Чечне, кризис на Балканах и борьба с политическим экстремизмом – вот чем должен был заняться Путин и в чем не достиг успеха его предшественник Бордюжа. Коммунисты в Думе пытались повернуть против Ельцина волну антиамериканских настроений из-за югославского кризиса и вынашивали планы импичмента президента. Позиции коммунистов были усилены тем, что в правительстве Примакова левые получили значительное представительство на ключевых постах. Два преданных Ельцину "силовика" - Путин и Степашин – должны были стать опорой Кремля в противостоянии с Думой и Примаковым.
Во время пребывания Путина на посту секретаря Совета безопасности на заседаниях под его руководством обсуждался ряд тем. Во-первых, ситуация в Северокавказском регионе, в частности в Чечне; в мае 1999 года, уже после утверждения Степашина на посту премьер-министра, Путин стал инициатором президентского указа, который увеличил роль подразделений ФСБ на Северном Кавказе. Во-вторых, рассматривались перспективы российско-белорусского сотрудничества в области безопасности. В-третьих, речь шла о развитии ракетно-ядерного потенциала России перед лицом установившейся в мире гегемонии США, которая была продемонстрирована в ходе югославского кризиса. [91]
Именно ситуация на Балканах стала темой заседания Совбеза в день отставки премьера Примакова 12 мая. Комментарий Путина был достаточно резким: "Россия не удовлетворится ролью технического курьера в югославском кризисе, который будет лишь перевозить предложения из одной страны в другую… Происходит односторонняя попытка слома того миропорядка, который был создан после Второй мировой войны под эгидой ООН. Мы должны отреагировать на этот вызов и в концепции национальной безопасности". Ситуацию на Балканах и вопросы российско-американских отношений в области безопасности Путин неоднократно обсуждал по телефону "горячей линии" с помощником президента США по национальной безопасности Сэмюэлем Бергером. После одного из заседаний Совбеза в июне Путин заявил, что в том, что балканский кризис вступает в фазу политического урегулирования, - неоценимая заслуга России. Путин также занимался вопросами российского участия в миротворческой деятельности в Косово.