Відразу ж після відступу Червоної армії за Дністер в селах була проголошена влада Самостійної Соборної Української Держави. В Чернівцях владу до своїх рук перебрала Українська Національна Рада, до якої входили Іларій Карбулицький, Юрій Дідів, Роман Шавло, Василь Шерей та Петро Войновський. У Вижниці теж був створений Тимчасовий Український Комітет під керівництвом Мирослава Мичківського, який намагався поширити свій вплив на всі села району.Однак українська влада проіснувала лише тиждень. 11 липня румунські жандарми і військові підрозділи познімали із сільських рад українські національні прапори, двірників замінили своїми примарями. До збройного конфлікту не дійшло. 7 липня 1941 р. в готелі “Чорний орел” у присутності представника німецького командування відбулися переговори членів Національної Ради з представникам румунської окупаційної влади, де було складено угоду про те, що українці припиняють підготовку збройних акцій проти румунської адміністрації; їм дозволяється вивести учасників підпілля за межі краю під виглядом робочої колони; всі, хто залишав Буковину, позбавлялися румунського громадянства.
Так Румунія одним махом застраховувала себе від збройного українського опору, без використання репресій позбувалася активнодіючого революційного елементу, без будь-яких зусиль забороняла цьому елементу повертатися в рідні краї.
2–3 серпня з Чернівців і Вижниці вийшли дві групи націоналістів, які рушили в Галичину, щоб присвятити себе розбудові Української держави. В Городенці вони сформувалися в так званий Буковинський курінь, який 14 серпня рушив на Схід.
Відхід двох націоналістичних груп на Україну значно зменшив лави ОУН Буковини, але румунській окупаційній владі остаточно позбутися цього “зубного болю” не вдалося. В районах ще залишалося близько 1100 активних борців за ССУД, які не збиралися сидіти склавши руки. І вони діяли. Одні зверталися із заявами до німецького уряду і вимагали прилучення Буковини до України, інші вели підпільну агітаційну та пропагандистську роботу за ССУД, збирали зброю, готуючись до збройної боротьби.
Існують думкам, що Радянський Союз не був готовий до війни та насправді він досить активно готувався до неї, але прорахувався з намірами Гітлера. До західного кордону підтягувалися дивізії, корпуси й армії. Чернівецька область була буквально захаращена військовими з’єднаннями. На її території знаходився 17-й стрілецький корпус у складі трьох дивізій і 16-й механізований корпус, до якого входили 2 танкові і одна механізована дивізія. На 22 червня в ньому нараховувалося 492 танки. Крім цих двох з’єднань у Чернівцях і районних центрах області були розміщені 194-й авіаційно-винищувальний полк, 119-й окремий мотоциклетний полк, формувались 25-й шляхово-експлуатаційний полк, 3 понтонно-мостові батальйони та ряд інших військових частин.Подібна ситуація була і в інших областях України. Штабелями боєприпасів, нафтобазами, складами провіанту були заповнені двори і лісові галявини в багатьох місцях Чернівецької області.
Аналіз архівних матеріалів показує, що посилання на значні переваги німецької армії та її сателітів над Червоною армією в людській силі і озброєнні немає підстав. У зоні Київського особливого військового округу співвідношення у живій силі було 1,6:1. Радянські війська мали 58 дивізій, німецькі 36,5. Особовий склад відповідно 867,7 тис. і 730 тис. – 1,2:1, гармати і міномети – 13634 і 9700 – 1,4:1, танки середні (Т 31 і важкі КВ) – 761 – 210 – 3,5:1; танки легкі (Т–26, БТ–7) 3440 і 540 – 5:1; літаки 2256 і 800 – 2,5:12. Отже, як бачимо, значна перевага в живій силі і озброєній була на боці Червоної армії. Дехто із науковців і воєначальників стверджує, що це озброєння значно поступалося якістю перед німецьким . Було краще, було й гірше. Німецька армія на початку війни зовсім не мала важких танків, та й пізніше, протягом всього воєнного періоду німецькі танки не могли зрівнятися з радянськими.
Чернівецька область однією із перших була піддана жорстокому бомбардуванню і артилерійському обстрілу, хоча на кордоні сильного натиску німецько-румунських військ не було. Тут тривали бої місцевого значення, бо командування 11-ої німецької і 3-ї румунської армії очікувало моменту. коли німецькі війська зможуть приступити до операції “Мюнхен” (прорив оборони на р. Прут) і “Нахштос” (перехід до переслідування). Вони планували не випустити 17-й стрілецький та 16-механізований корпуси з межиріччя Прута й Дністра, у взаємодії із 17-ою німецькою армією замкнути їх там і знищити чи взяти в полон. Тому вони до 2 липня лише сковували тут радянські війська. Окремі населені пункти по кілька разів переходили із рук в руки.
Несподіваний напад, хід бойових дій на кордоні, щоденні бомбардування і артилерійсько-минометні обстріли призводили до паніки і хаосу. Саме в такий нестійкий і непевний час доводилося проводити мобілізацію чоловіків 1905–1922 рр.н. і направляти на пункти збору. Окремі частини формувалися безпосередньо на території області. Але багато мобілізованих було направлено в Проскурів, Житомир, Кам’янець-Подільський, Станіслав, Жмеринку та інші міста.
Швидке просування німецьких військ на Київ, Проскурів, Вінницю змусило Ставку видати 30 червня наказ військам Південно-Західного і Південного фронтів до 9 липня відійти на рубіж укріпрайонів старого кордону. В ніч на 1 липня в Проскурівський укріпрайон почали відходити війська 12-ї армії, а 3 липня Військова рада Південного фронту прийняла рішення про відведення 17-го стрілецького корпусу та інших частин правого флангу 18-ї армії на рубіж річок Збруч–Дністер. Командуючий армією генерал А.К. Смирнов наказав командуючому 17-м ск генерал-майору І.В. Галаніну організувати оборону на рубежі Смотрич–Гуков–Хотин–Липкани, підпорядкувавши йому 189-у сд і Кам’янець-Подільський (10-й) укріпрайон. 164-а сд, яка знаходилась на лівому фланзі 17-го ск, 4 липня почала і 7 завершила відступ за Дністер.
Відступ 17-го стрілецького корпусу супроводжувався багатьма випадками дезертирства, як з бойових частин, так і з господарських та допоміжних. Бойові ж людські втрати Червоної армії на території Чернівецької області були невеликими – 196 воїнів, із яких 89 відомі і 107 невідомі. Кількість полеглих буковинців була незначною.
Затримка на нових оборонних рубежах була недовгою. Уже 8-12 липня 17-й ск за рішенням командуючого Південним фронтом генерала І.В. Тюленєва, погодженого зі Ставкою, був відведений з ріки Збруч на рубіж Снітков – Яришев, тобто на одну лінію з 12-ю армією. Особливий склад 10 УР увійшов до складу корпусу. Зброя була демонтована.
Відступаючи на схід, з’єднання 18-ї армії вели жорстокі бої з противником в основному на водних рубежах. На Дністрі в районі Хотина і Мельниці-Подільської, Нової Ушиці, Тростянця, Копайгорода, Мурафи, старого Могилів-Подільського укріпрайону та Вінниці, Гайсина, Ладижина, Колодистого і Берестя.
Значно трагічніша ситуація склалася на р. Південний Буг у районі Первомайська, Сарвані, Вільшанки 30 липня – 8 серпня. Танкові дивізії фельдмаршала Клейста на цей час захопили Шполу і через Новоархангельськ рвалися до Первомайська, де 2 серпня з’єдналися з 17-ю польовою армією вермахту. 74 тисячі солдатів та офіцерів 6-ї 12-ї армій, опинилися в полоні, а разом із воїнами 18-ї армії 103 тисячі солдатів та офіцерів опинилися в концтаборах Умані, Білої Церкви, Вінниці, Бердичева, Ковеля, Львова, Рави Руської, Любліна, Холма, Замостя та інших міст Польщі й Німеччини.
Відступаючи з боями на схід, частини 9-ї та 18-ї армії 7–10 жовтня північніше м.Осипенко (нині Бердянськ) знову потрапили в оточення. За свідченням фельдмаршала Е. Манштейна німці тут захопили 65 тисяч полонених, 125 танків і понад 500 гармат. Це були останні бої і останнє оточення, в яке потрапляли разом з іншими воїнами буковинці і бессарабці. Ті ж, кому вдалося вирватися з оточення, були зняті з фронту і направлені в так звану трудармію, де вони й перебували, хто вижив у тих жахливих умовах, до весни 1946-го, а хто й 1947 р.
В 1941 – 1944 рр Чернівецька область підверглася окупації румунськими військами. Загарбавши українські й молдавські території, румунська окупаційна влада поставила перед собою кілька важливих з її погляду завдань:
1. Розширити територіальні володіння держави і перетворити її у “Велику Румунію”. Взяти максимум матеріальних багатств із зайнятих територій і дати змогу збагатитись за цей рахунок усім державним і військовим чиновникам.
2. Провести політичну та етнічну чистку окупованих територій шляхом фізичного винищення прорадянського елементу та нерумунського, в першу чергу, єврейського населення за будь-які провини, а то й без провин, ув’язнення його в табори і гетто, депортації на колишні території СРСР та в Німеччину, де його морили голодом, а потім спалювати в печах крематоріїв.
3. Примусово румунізувати економіку і населення захоплених територій, заборонивши йому здобуття освіти на рідній мові, видання національних газет і журналів, розвиток національної культури та мистецтва.
4. Максимально дешево, а то й зовсім безплатно, якнайповніше використати людські резерви окупованих територій для розвитку промисловості, транспорту і сільського господарства, для зміцнення обороноздатності Румунії.
5. Використати чоловіків мобілізаційного віку для поповнення фронтових втрат своєї і німецької армій та колабораціоністських з’єднань, сформованих гітлерівським командуванням у час війни.
6. Не допустити будь-якого збройного опору нерумунського населення шляхом його фізичного винищення, залякування, асиміляції і депортації за межі Румунії.
Здійснення окупантами цієї грабіжницької політики призвеладо великих збитків які були завдалі народному господарству окремих районів, м. Чернівці і області вцілому.
Більшість робіт, що писалися в радянські часи страждала однобокістю, певною ідеологічною упередженістю, нерідко несла в собі елементи безпідставних політичних звинувачень і незаслуженого звеличення окремих осіб. Опираючись на нові документальні свідчення і статистичні підрахунки, показує справжнє обличчя фашистського окупанта, який проявляв злочинну жорстокість, вдавався до геноциду і етноциду зокрема єврейського населення, безмежного пограбування промислових та сільськогосподарських підприємств і населення, знищення культурних набутків українського нарду та інших етнічних груп, експлуатації і фізичного винищення громадян окупованого регіону.