Японцы вынуждены были начать осадные работы. Началась и бомбардировка города и крепости 11-дюймовыми снарядами. Активизировалась минная подземная война. Наконец, еще через месяц 13–18 октября пошли на третий штурм. Против оборонявшихся русских генерал Ноги бросил в бой 70-тысячную армию с 400 орудиями. На направлении главного удара японцы превосходили защитников крепости по личному составу в шесть раз. И что же? Вновь, как и месяц назад, осадная армия не выполнила своей задачи. Ни одно долговременное укрепление не перешло в руки японцев. Штурм обошелся барону Ноги в 20 тысяч человек убитыми и ранеными, русские потеряли 5 тысяч. Но Кондратенко впервые почувствовал приближение критического момента. Именно тогда он и обратился к государю с письмом, о котором мы уже говорили. Именно тогда он понял, что придется уходить на укрепления господствующей горы Ляотешаня и там принять смерть в последнем бою. При этом он собирался еще не один месяц держать японцев на крепостных укреплениях.
Господь распорядился иначе. Усилив осадную армию до 100 тысяч человек, Ноги начал четвертый штурм крепости 13 ноября. Только через неделю ожесточенных боев, неся огромные потери, японцы пробились таки на гору Высокую, откуда можно было легко обстреливать эскадру и порт. Но крепость еще далеко не исчерпала возможности обороны, еще билось сердце Кондратенко. 2 декабря 1904 года в контр-эскарповом каземате форта №2 разорвался 11-дюймовый снаряд. В это время там находилось 15 офицеров, с которыми генерал Кондратенко проводил летучку и награждал отличившихся зауряд-прапорщика Смолянинова и фельдфебеля запасной роты Иванова знаками отличия Военного Ордена Св. Георгия. Взрывом был ранено 7 человек, 9 убито. Среди них генерал Кондратенко. Выживший прапорщик Квантунской саперной роты О.Берг впоследствии напишет: «Он лежал, пораженный посреди каземата у стола, за которым раньше сидел. Рядом с ним лежали трупы офицеров: подполковника Рашевского, полковника Науменко (начальника этого участка), штабс-капитана 28-го Восточно-Сибирского стрелкового полка Кавецкого, штабс-капитана Синкевича, награжденных генералом зауряд-прапорщика и фельдфебеля».
Вот и все. Кондратенко похоронят вместе с боевыми товарищами тут же в Порт-Артуре. Несколько месяцев спустя, прах его перевезут в Петербург и перезахоронят с высочайшими почестями. Посмертно ему присвоят звание генерал-лейтенанта. Наградами наш герой тоже не будет обделен. Ордена Св. Георгия 3-й и 4-й степени, Св. Владимира 3-й и 4-й степени, Св. Анны 2-й и 3-й степени, Св. Станислава 2-й и 3-й степени, не считая других многочисленных знаков отличия. Но лучшей наградой ему станет вечная память благодарных потомков. Могилу его и памятник на кладбище Александро-Невской лавры сразу после Великой Отечественной войны по указанию вождя привели в порядок. Гранитная колонна, увенчанная георгиевским крестом в лавровом венке, ухожена и сейчас. Жаль, не сохранилась в первоначальном виде часовня с иконой Порт-Артурской Божией Матери, но помолиться памяти славного полководца земли русской это не мешает.