Чрез два дня (23 февраля) собралось во дворец еще гораздо больше народа, чем прежде, и Антония вновь позвали к государю. Антоний был в большом страхе и на всякой случай приобщил даже своих спутников Святых Тайн. Но Иван Васильевич, как только увидел его, пригласил его сесть и громким голосом вслух всех произнес: "Антоний! Если я сказал тебе прошлый раз что-либо неприятное о римском первосвященнике, то прошу меня извинить, и не пиши о том к папе. Мы хотим иметь с ним, несмотря на разности по вере, как и с прочими христианскими государями, дружбу, братство и единение, для чего и пошлем с тобою в Рим нашего посла. А о всем прочем дадут тебе от нашего имени ответ наши бояре". Бояре рассуждали с Антонием о разных политических делах, относительно же веры только просили его именем государя изложить на бумаге, чем разнятся вера русская и латинская, так как в России никто не умеет перевесть с греческого присланную папою книгу о Флорентийском Соборе. Антоний обещал исполнить просьбу.
В последний раз Иван Васильевич имел с Антонием речь о вере 4 марта. То было первое воскресенье Великого поста. Позвав к себе Антония, в присутствии многочисленных сановников и царедворцев государь сказал ему: "Ныне мы идем в соборную церковь, пойди и ты — мне сказали, что ты этого желаешь, — и посмотри, как мы поклоняемся Пресвятой Троице, и Богородице, и всем святым, как чтим нашего отца и богомольца митрополита, но не обожаем его, не носим на престоле, как вы носите своего папу и целуете его в ногу, — то гордость, а не святительское дело. Ты называешь папу наместником апостола Петра, но Петр так не делал, его не носили на престоле, а ходил пеш и бос". Антоний, озадаченный новыми нападками на папу, хотя царь в них уже извинялся, отвечал, что желание идти в русскую церковь никому не выражал, что знает чин ее службы и не может присутствовать при служении митрополита, пока он не утвержден папою, а в защиту папы повторял прежние свои слова и под конец сказал: "Как нам всем не чтить и не величать папы? Он всем отцам отец. А вот и у тебя, государя, митрополит, и ты какую ему честь воздаешь? Умоет он в службе руки свои, и тою водою ты мажешь свои очи". Государь: "Называешься учителем и сказываешь, что пришел нас учить, а и того не знаешь, что говоришь; читал ли ты толковую обеденную службу (толкование на литургию)?" Антоний ответа не дал, и государь продолжал: "Коли не знаешь, я тебе скажу: тою водою, которою митрополит на обедне умывает руки, как он сам, так и мы все просвещаем очи свои: она знаменует Страсти Господни". После того Антоний сказал: "Чтобы не утруждать тебя более, государь, прошу принять вот эту рукопись, которую я написал по твоему приказанию, о различии между католическою Церковию и Греческою. Тут ты найдешь, когда пожелаешь, ответы на все такого рода вопросы о вере". Приняв рукопись, царь велел боярам идти в церковь вместе с Антонием, но Антоний, когда бояре остановились пред церковию в ожидании государя, успел незаметно уйти. Пред отъездом своим из России Антоний снова просил, чтобы позволено было приезжим латинянам иметь в ней свои церкви, и в третий раз получил отказ. Бояре именем государя отвечали: "Приезжие люди римской веры могут невозбранно иметь у нас своих попов, но только б они своего учения русским людям не плодили, а костелов им в нашем государстве не ставить. В нашем государстве много разных вер, и мы у них воли не отнимаем: живут все по своей воле, как кто хочет, а церквей еще по сие время ни которой веры в нашем государстве не ставливали". Отпуская Антония, царь Иван послал с ним в Рим своего гонца и грамоту к папе, в которой извещал, что принял его посла с благодарностию и любовию, выражал свою готовность быть в союзе с христианскими государями против турок, касательно же веры писал: "А что еси прислал к нам с Антонием книгу Собора Флорентийскаго, печатную греческим письмом, и мы тое книгу у посла твоего велели взяти, а что еси писал к нам и речью нам посол твой говорил о вере, и мы о том с Антоньем говорили".
С горькими чувствами должен был Антоний выехать из России. Мало того что он не достиг главнейшей цели своего посольства — не обратил русского государя и его подданных к своей вере, он понял, что эта цель едва ли когда может быть достигнута, что достижение ее, по крайней мере, соединено с величайшими трудностями, которые он и изложил в своем "Комментарии" к папе, указывая вместе и средства к устранению их. Антоний увидел, до какой степени русские убеждены в превосходстве своей веры, считая себя только одних истинными христианами, а всех прочих, в том числе и католиков, заблудшими, еретиками, нечистыми. Увидел и убедился, в частности, до какой степени русские не любят латинской веры и настроены против папства. Кроме этих резких отзывов о папе, не раз произнесенных публично самим царем, которые пришлось выслушать Антонию, он узнал нечто, едва ли еще не более прискорбное. В то самое время, когда он исполнял свое посольство в России, английские купцы доставили царю книгу, в которой доказывалось, что папа есть антихрист, и царь тотчас же велел перевесть ее на русский язык, так что Антоний счел нужным подать царю в опровержение ее свою записку. Такую враждебность русских ко всему латинскому и усиление ее Антоний приписывал преимущественно влиянию на них лютеран и кальвинистов, которые, проникая в Москву из Германии и Англии по делам торговли и другим, распространяли здесь самые нелепые слухи о папе и латинянах, и утверждал даже, что во время самых разговоров его, Антония, с царем о вере какие-то английские еретики и голландский медик-анабаптист возбуждали царя против папы.
Идеи лютеранства, явившегося в первой четверти XVI в. и быстро распространившегося в разных странах Западной Европы и в соседних нам Польше, Литве и Ливонии, начали проникать к нам очень рано и на первый раз могли встретить у нас сочувствие со стороны тех, которые еще продолжали тайно держаться некоторых начал ереси жидовствующих. Еретик Башкин, осужденный Собором в 1553 г. и сознавшийся, что свое злое учение он принял от аптекаря Матфея, родом литвина, да от Андрея Хотеева, которых Курбский справедливо признает лютеранами, сознался вместе, что "утверждали его в том" лжеучении заволжские старцы, издавна известные своею расположенностию к жидовствующим. Максим Грек (1556) увидел нужду написать сочинение и "на люторы", хотя ограничился в нем только защитою православного иконопочитания. Последователи лютеранства и вообще протестантских сект нередко приходили в Россию из Литвы, Ливонии, Германии, Дании, Голландии, Англии в качестве посланников от своих государей, а еще чаще по делам торговли и проживали в Москве, Новгороде, Пскове и других городах; иные вызываемы были из-за границы нашим правительством как искусные мастера и художники; еще иные переселялись к нам сами и занимались разными ремеслами или поступали на государеву службу. Всего же более рассеялось по России немцев (как называли у нас тогда преимущественно лютеран и прочих протестантов) из Ливонии в продолжение счастливой Ливонской войны: их выводили в качестве пленных целыми тысячами и продавали или раздавали даром в Новгороде, Твери, Москве и где приходилось, а в 1565 г. царь вывел из Дерпта даже всех немцев и сослал во Владимир, Углич, Кострому, Нижний Новгород с женами и детьми. В Москве немцы селились в новой немецкой слободе на берегу Яузы. Сначала приняли у нас протестантов довольно благосклонно: в них видели прежде всего рьяных врагов папства и, следовательно, как бы своих союзников против ненавистных латинян. Лютеранам и кальвинистам царь позволил иметь в Москве две церкви; с уважением относился к дерптскому пастору Веттерману, переселившемуся с своими прихожанами в Россию, приказав открыть для него царскую библиотеку; любил слушать проповеди голштинского пастора Христиана Бокгорна и открыто высказывал, что лютеранское учение, повидимому, близко к истине и что его можно было бы терпеть, если бы Лютер, нападая с неудержимою силою красноречия на папское иго, не ниспровергал древнего церковного чина и не помрачил своих познаний в Священном Писании постыдным отступничеством, свергнув с себя монашеские одежды и клобук и женившись на монахине. Некоторые лютеране и кальвинисты, приходившие из Германии и Англии или находившиеся при государе на службе, пользовались особенным его благоволением и доверием. Он часто беседовал с ними о верованиях и обрядах у иностранных народов и с большим вниманием выслушивал то, что сообщали ему о новых христианских сектах, их учении и различии их между собою. Один из этих любимцев царя (Эберфельд) будто бы пытался даже склонить его к принятию Аугсбурского исповедания. Но когда царь близко узнал дух и характер протестантских исповеданий, когда русские увидели и услышали, что протестанты отвергают посты, почитание икон, призывание святых, монашество и пр., тогда взгляд на протестантов у нас совершенно изменился: их начали считать еретиками, злыми еретиками, и царь, опасаясь ли того, чтобы они не заразили своим учением русских и не ввели в России разных сект, или недовольный тщеславием и наглостию протестантов, приказал (в 1579 г.) сжечь обе их церкви в Москве, хотя через пять лет по ходатайству английского посла Горсея, если верить ему, вновь разрешил им построить церковь за городом.