4 августа Дутов возвратился из Омска и занялся операциями на фронте, а кроме того, был вынужден объясняться с Самарой. Боевые действия в августе—сентябре характеризовались попытками оренбуржцев взять Орск — последний неподконтрольный белым центр на территории Оренбургского казачьего войска. С переменным успехом шли бои и на Ташкентском направлении. По взятии Орска Дутов планировал развить наступление на Актюбинск и ликвидировать весь южный фронт. Однако это могло быть достигнуто лишь в случае полного освобождения от красных всего Туркестана, на что, учитывая его колоссальную территорию, были необходимы весьма значительные силы. Такая задача была для оренбуржцев непосильной, на какую-либо стороннюю помощь, за исключением снабжения, рассчитывать не приходилось. Попытки взять Орск затянулись до конца сентября, а уже в начале октября в связи с крушением Поволжского фронта на севере образовался Бузулукский фронт, ставший для оренбуржцев главным.
По своим политическим симпатиям летом 1918 г. Дутов принадлежал к либеральному лагерю, скорее всего, к сторонникам кадетской партии. Весьма доброжелательно оренбургский атаман отзывался и о Комуче, что позволяет возложить вину за дальнейший конфликт на представителей Самары. Мнимая враждебность до определенного момента была исключительно плодом фантазии деятелей Комуча. 12 августа Дутов на фоне развивавшегося конфликта с Комучем пошел на беспрецедентный шаг — автономизацию территории войска, значительно укреплявшую его позиции как атамана.[71] Автономизация войска формально была проявлением сепаратизма, однако сам Дутов был государственником, а не сепаратистом, просто в тот момент в России не существовало достаточно авторитетной для казаков верховной государственной власти, а указом 12 августа лидеры казачества стремились оградить войско от внешних опасностей и непродуманных решений того или иного правительства (самарского или омского). Автономизация делала Дутова более независимым в конфликте и переговорах с Комучем. Тем не менее, зависимость от Самары в снабжении боеприпасами и продовольствием не позволяла Дутову полностью порвать с Комучем.
Вследствие доклада Брушвита, видимо, уже 13 августа в Оренбург была отправлена телеграмма Самары о лишении Дутова всех полномочий Комуча. В Оренбург был также послан член Комуча В.В. Подвицкий, считавшийся правым эсером,[72] с целью подчинить непокорный регион самарскому правительству. «Эти действия Комитета, — писал Дутов, — носят явно оскорбительный, вызывающий характер, и тем не менее не приходится ставить остро вопроса, ибо как раз в это время большевики перешли в наступление, и опять потребовались патроны и снаряды. Вот в каких условиях приходится работать».[73] Режим, установленный Дутовым на Южном Урале, был относительно мягким и терпимым к различным политическим течениям, вплоть до меньшевистского. Очевидно, Дутов для укрепления своего положения стремился заручиться поддержкой как можно более широкого спектра политических сил.
Между тем положение Дутова не только на политической сцене Белого востока России, но даже и в самом Оренбургском казачьем войске по возвращении из Тургая стало непрочным: в казачьем руководстве у него появились политические противники, стала формироваться оппозиция, наиболее ярко проявившая себя во второй половине 1918 г.
С целью как можно скорее ликвидировать партизанщину в вооруженных формированиях оренбургского казачества, а заодно и ослабить оппозицию бывших повстанцев Дутов предпринял удачную попытку унифицировать казачьи части с целью создания в перспективе собственной казачьей армии, на которую можно было бы всецело положиться (указ войскового правительства № 115 от 31 августа 1918 г.).[74] Спустя полтора месяца после этой реорганизации была создана Юго-Западная армия, основу которой составили оренбургские казачьи части.
Сохранилось расписание ежедневной работы Дутова. Его рабочий день начинался в 8 утра и продолжался не менее 12 часов практически без перерыва. Дутов был совершенно доступен для простых людей — любой человек мог прийти к атаману со своими вопросами или проблемами.
На сентябрьском Государственном совещании в Уфе, целью которого было создание единой государственной власти на неподконтрольной большевикам территории, Дутова избрали членом совета старейшин Совещания и председателем казачьей фракции. Дутов выступил на Совещании лишь один раз, 12 сентября, с секретным сообщением о тяжелом положении на фронте, и в этом докладе подчеркнул необходимость создания единого командования и центральной власти.[75] Основным итогом работы Государственного совещания стало создание Временного всероссийского правительства (Директории). По своей ориентации правительство белого востока России получилось кадетско-эсеровским и не получило признания ни левых, ни правых.[76] Именно поэтому падение Директории и приход к власти адмирала А.В. Колчака прошли сравнительно безболезненно.
28 сентября казаки взяли Орск — последний из городов на территории войска, занятых большевиками. Таким образом, территория войска была на некоторое время полностью очищена от красных. Этот успех во многом обеспечил сам атаман Дутов, который, несмотря на сильную оппозицию своей власти со стороны эсеров из войсковой интеллигенции и части повстанческих вожаков, сумел удержать единоличную власть и подчинить себе прежде независимые повстанческие партизанские отряды, приведя их к традиционному виду казачьих частей. За взятие Орска Дутов по решению Войскового Круга 1 октября был произведен в генерал-лейтенанты, официально производство было осуществлено «за заслуги перед Родиной и Войском» и утверждено Верховным главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооруженными силами России генералом В.Г. Болдыревым.[77]
По освобождении территории войска большинство казаков, считая свою задачу выполненной, стремилось разойтись по станицам и заняться хозяйством. Это, конечно, было на руку большевикам. Отход белых из Поволжья превращал территорию Оренбургского казачьего войска в прифронтовую полосу.
В Ставке было решено преобразовать имевшиеся в этом районе казачьи и армейские формирования в отдельную армию, получившую название Юго-Западной. Название армии объяснялось тем, что это объединение включало в свой состав все антибольшевистские силы юго-западного по отношению к Ставке в Уфе направления. Юго-Западная армия была образована 17 октября главным образом из частей Оренбургского казачьего войска; впрочем, в ее состав вошли также уральские и астраханские казачьи части, однако наряду с Юго-Западной существовала и Уральская армия (известны приказы по армии за 1918 г.), обладавшая, по всей видимости, тактической самостоятельностью. Командующим армией был назначен, естественно, Дутов. Штабу Юго-Западной армии принадлежало лишь общее руководство операциями уральцев, что отражено в приказах по армии.[78] Подчинение их Дутову было чисто формальным (впрочем, таким же, как и их подчинение Колчаку и Деникину), так как долгое время уральцы сражались отдельно от своих союзников по антибольшевистской борьбе. По данным на 28 декабря 1918 г., армия Дутова насчитывала 23 батальона и 230 сотен или 10 892 штыка и 22 449 сабель, причем из этого числа 2158 штыков и 631 сабля находились в резерве Верховного главнокомандующего.[79] Количество сотен в армии в 10 раз превышало количество батальонов!
Во второй половине 1918 — первой половине 1919 г. в ожесточенной борьбе на Урале решалась дальнейшая судьба России. Обстановка на фронте Юго-Западной армии складывалась следующим образом. В состав армии была включена Бузулукская группа полковника Ф.Е. Махина. Сам Махин был назначен командующим войсками Ташкентской группы и командующим Оренбургской казачьей пластунской дивизией и 20 октября выехал в Ак-Булак, а в командование войсками Бузулукской группы вступил начальник 2-й Сызранской стрелковой дивизии полковник А.С. Бакич. Помимо Бузулукской и Ташкентской групп в состав Юго-Западной армии входила и Уральская группа под командованием генерала В.И. Акутина. Задачей армии было сдерживать наступление красных, причем на бузулукском направлении предполагалась держать оборону на якобы укрепленных позициях — до окончания формирования Оренбургской казачьей сводной дивизии, после чего, вероятно, предполагалось наступление. Уральская группа должна была обороняться на саратовском направлении и прикрывать Уральскую область, а также войти в связь с Астраханским казачьим войском и войсками полковника Л.Ф. Бичерахова, действовавшими на западном берегу Каспийского моря. Лишь Ташкентская группа Махина после перегруппировки должна была перейти в решительное наступление и взять Актюбинск, приготовившись «к безостановочному продвижению на Ташкент».[80] Однако боевое счастье изменило Дутову. 29 октября пал Бузулук, а со второй половины ноября красные повели наступление на Оренбург.
18 ноября в результате переворота в Омске к власти пришел Колчак, ставший Верховным правителем и Верховным главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооруженными силами России. Реакция политических и военных деятелей востока России на омские события была далеко не однозначной. Одним из первых среди них 20 ноября 1918 г. признал верховную власть Колчака и вошел в его оперативное подчинение атаман Дутов, что во многом повлияло на выбор остальных лидеров. Были и недовольные переворотом. В частности, после падения Директории ЦК партии эсеров объявил Колчака «врагом народа» и заочно вынес ему смертный приговор.
23 ноября войсковой атаман Забайкальского казачьего войска полковник Г.М. Семенов направил премьер-министру П.В. Вологодскому, верховному уполномоченному Директории на Дальнем Востоке генералу Д.Л. Хорвату и атаману Дутову телеграмму, в которой указал, что протестует против кандидатуры Колчака, а на посту Верховного правителя приемлет только Деникина, Хорвата или Дутова. Выдвижение кандидатуры Дутова было инициативой самого Семенова, Дутов об этом не знал, однако такая инициатива его в какой-то степени компрометировала перед верховной властью, хотя он и не претендовал на нее, вероятно, не желая брать на себя ответственность и не считая себя для этого достаточно способным. 1 декабря Дутов направил Семенову — одному из своих бывших воспитанников — письмо, в котором призвал его признать Колчака.[81]