Осознав прямую связь между гибелью Гритти и захватом Славонии, которую в следующем году безуспешно попытался отбить Фердинанд, Запольяи начал понимать, что его собственная привязанность к трону выгодна туркам, и стал свыкаться с мыслью, что страну после его смерти придется передать Габсбургам, имевшим больше возможностей ее защитить. Длительные переговоры между представителями двух королей завершились мирным договором, подписанным в Надьвараде 24 февраля 1538 г., по условиям которого Фердинанд назывался единственным претендентом на трон, а прямые наследники Запольяи должны были получить щедрое вознаграждение. Тогда у Запольяи вообще не было детей. Но в следующем году он женился на Изабелле, дочери польского короля Сигизмунда I, которая в 1540 г. родила ему сына. Уже умирая, король Иоанн взял клятву со своих баронов, что они откажутся исполнять условия Надьварадского мира. Так и вышло - всемогущий советник и последний казначей покойного короля Дьёрдь Мартинуцци ("брат Дьёрдь", варадский епископ) добился того, что младенец Янош Жигмонд был избран королем Иоанном II и признан в Блистательной Порте. Напрасно Фердинанд, заботясь о соблюдении условий договора, посылал своих представителей в Трансильванию, а в Буду - в 1540 и 1541 гг. - войска, чтобы захватить город.
Армия Фердинанда, осадившая Буду летом 1541 г., была вынуждена отойти при приближении войск султана Сулеймана, намеревавшегося, по его собственным словам, защитить права малютки-короля. И действительно, пока свиту и младенца развлекали в лагере, солдаты без боя вошли в город 29 августа 1541 г. Через два дня королевский двор покинул Буду и направился в земли, лежащие к востоку от реки Тиса и Трансильвании, отданные королеве Изабелле и ее сыну в управление за ежегодную дань султану. Разделение Венгрии на три части, начатое в 1526 г., теперь было полностью завершено. Уже в период между битвой при Мохаче и падением Буды король Иоанн I прочнее всего удерживал власть над Трансильванией и теми несколькими восточными венгерскими комитатами (Парциумом), которые после 1541 г. оказались под общим управлением и образовали новое государство, Трансильванское княжество, имевшее внешнеполитическую зависимость от Османской империи, но автономное во внутренней политике. Вся остальная часть, номинально управлявшаяся Иоанном, уже до 1541 г. фактически была театром военных действий, где разыгрывалось соперничество между двумя великими державами и где венгерские вооруженные силы играли второстепенную роль. К 1541 г. одна из этих держав, Габсбургская, уже создала в северных и восточных частях страны контуры централизованной администрации, руководимой из Вены. Теперь и Османская империя стала обосновываться в центральных районах, превращая их в свою провинцию.
К тому времени, когда Габсбурги укрепились в Венгрии, в Вене уже была создана целая сеть органов управления, совершенно не зависимая от местных сословий и в значительной степени напоминавшая структуру власти Бургундского герцогства. Она увеличила собой число чиновников-профессионалов, живущих в Вене на получаемое жалованье. Поскольку король Венгрии и Богемии Фердинанд руководил также наследственными австрийскими владениями и правил от имени своего брата Карла V "Священной Римской империей", все его государственные занятия и дела не были строго разграничены по территориальному признаку. Главный его административный орган, Тайный совет, состоявший из немецких и австрийских аристократов, а также из юристов-законников, принимал все основные политические решения, утверждаемые также придворным казначейством. Придворная канцелярия оформляла все эти решения в письменном виде. Ей также вменялось в обязанность вести все текущие дипломатические дела. В 1556 г. был учрежден также Военный совет. Этот совет стал единственным австрийским органом власти, сфера деятельности которого непосредственно распространялась и на венгерские территории. Никогда не собиравшийся переезжать в Венгрию Фердинанд, как только его избрали королем Венгрии, сразу создал свое правительство, или губерниум, главой которого был палатин, а в случае если этот пост оказывался вакантным, бразды правления получал один из венгерских архиепископов или епископов. Поэтому губерниум никогда не превращался в простое орудие в руках Габсбургов. Даже венгерские феодалы не считали его органом чужой власти, как и другое ведомство, созданное в 1528 г. в Буде и реорганизованное в 1531 г. в Пожони, - Венгерскую палату. В принципе венгерские учреждения не были напрямую подчинены начальству из Вены. Только палата и канцелярия были в определенной мере зависимы от решений австрийского двора. Система управления оказалась противоречивой: двор был иноземным и находился за границей, венгерские советники и другие консультанты короля по Венгрии часто чувствовали себя в Вене чужими и плохо представляли свои обязанности, поскольку никакой серьезной роли при принятии политических решений не играли.
И все же власть Габсбургов как венгерских королей, которые понимали, что нельзя управлять Венгрией без учета ее ситуации и ее законов, не была абсолютной. Она ограничивалась в связи с двумя весьма существенными обстоятельствами. Первым был политический и экономический вес магнатов. Владения венгерских баронов, образовавшиеся главным образом в результате чрезмерных наград, которыми их осыпали и король Иоанн, и сам Фердинанд, перекупая друг у друга их преданность в период противостояния, подчас достигали размера провинций. Властные полномочия централизованных учреждений практически не пересекали границ этих частных владений. Семьи Баттяни, Батори, Эрдеди, Надашди, Зриньи и им подобные занимали в Пожони высокие официальные должности или же возглавляли комитат и имели под командованием многочисленные группы местного среднего дворянства. Они содержали значительные частные армии и роскошные дворы, специально ориентированные на замещение прежней социальной и культурной роли дворов венгерских королей. Второе обстоятельство заключалось в том, что сословия, считая себя едва ли не на равных с габсбургской администрацией, ревностно отслеживали ее шаги, задевавшие их собственные права. Король не мог игнорировать заседаний венгерского государственного собрания, поскольку по закону не имел права вводить налоги без согласия феодалов, а они обычно голосовали против, пока не получали обещаний исправить допущенные несправедливости. И хотя романтическая историография не склонна называть XVI столетие периодом активных "антигабсбургских сражений", это было время конституционного разграничения властных полномочий между Веной и венгерскими феодалами.
Тем не менее роль венгерского дворянства была сведена исключительно к вопросам внутренней жизни. Оно, конечно, претендовало на участие во внешней и в военной политике, но безуспешно, поскольку в этих сферах безраздельно господствовала Вена. К тому же доля, какую Венгрия могла внести в расходы на оборону, была слишком мала, чтобы страна играла здесь сколь-либо серьезную роль. Ко времени восшествия Габсбургов на венгерский трон примерно сто крепостей в стране не обладали достаточным запасом прочности, чтобы пережить более двух дней артиллерийского обстрела. Их модернизация и содержание требовали огромных средств, и это не считая жалованья для 15-20 тыс. расквартированных там солдат, которым надо было платить даже в мирное время. Общая сумма военных расходов по этим статьям примерно с 800 тыс. форинтов в середине XVI в. поднялась к концу века до миллиона. Доход, поступавший в австрийское казначейство с венгерских владений, не достигал и половины этой суммы. Разницу необходимо было изыскивать, собирая значительные средства по подпискам и субсидиям, которые утверждались начиная с 1530-х гг. на заседаниях немецкого имперского парламента (Turkenhilfe - "помощь против турок"), а также на собраниях австрийского дворянства (проводимых прежде всего в пограничных с Венгрией районах). Дипломатические переговоры, особенно с папской курией, а также личный кредит дома Габсбургов помогали изыскивать дополнительные средства даже в годы войны, когда внутренние ресурсы оказывались недостаточными. Современники не могли не понимать, что, не обладай Габсбурги такой кредитоспособностью, Венгрия пала бы перед турками в течение каких-то месяцев.
Вскоре после того, как семейство Запольяи со свитой и обозом покинуло Буду, турки начали устанавливать свою власть над территориями, захваченными ими шаг за шагом с 1526 по 1541 г. Они превращали эти земли в свои провинции и в плацдарм, необходимый для развертывания дальнейших военных операций. Как и прежде на Балканах, их совершенно не интересовало местное административное деление. Буда стала центром провинции, или вилайета, Венгрия, подразделяемой в свою очередь на санджаки и еще более мелкие единицы. Паша, или бейлербей, Буды был военным, административным и судебным правителем вилайета. Он также мог вызвать войска соседнего, созданного ранее вилайета Босния, и войска другого вилайета, который был основан несколько позднее, после завоеваний Сулеймана к востоку от Тисы, с центром в Темешваре. В распоряжении паши имелось великое множество чиновников и должностных лиц, а совещательным органом был диван - совет высших сановников вилайета. Паши могли действовать в значительной мере по своему собственному усмотрению, и в сферу их деятельности входило практически все, что могло представлять хоть какой-то политический или военный интерес для Блистательной Порты. Но при этом они не могли подбирать себе подчиненных - их назначали непосредственно в Стамбуле, да и самих пашей Порта могла снять произвольно в любой момент: за 145 лет в Буде их сменилось 99. Военное и гражданское управление санджаками находилось в руках беев, хотя кади, или судьи, их власти не подчинялись и даже, напротив, осуществляли над ними своего рода прокурорский надзор. В Венгрии, в отличие от Балкан, институты местного самоуправления сохранялись до тех пор, пока они не начинали мешать туркам и были способны исполнять хоть какие-то административные функции. Например, в торговых поселках Среднедунайской равнины сборы с продаж и налоги, а также судебные разбирательства производились самими венгерскими властями. Не были завоеватели заинтересованы и в обращении местного населения в ислам. Как и на Балканах, где греческие и южнославянские православные церкви оказались интегрированными в систему власти Османской империи, в Венгрии они также терпели и католические, и протестантские конфессии, покуда это соответствовало их основным целям - стабильности в империи и регулярности получения доходов.