В мирном договоре, которым завершилось первое антигабсбургское движение венгерского дворянства на условиях в высшей степени для него благоприятных, также оговаривалась необходимость окончания войны с турками. Порта под давлением восстания в Анатолии и боевых действий в Персии уже многократно с 1599 г. выражала желание заключить мир. Теперь, когда восстание Бочкаи лишило империю Габсбургов остатка сил, ситуация созрела окончательно. Мирный договор, подписанный 11 ноября 1606 г. в Житватороке, сохранял статус-кво (т.е. Габсбурги оставляли за собой малые территориальные приобретения, завоеванные в самом начале войны, а туркам отдавали Эгер и Канижу). Вместо ежегодной дани император теперь выплачивал только одноразовую компенсацию в размере 200 тыс. форинтов и признавался во всех отношениях равным султану. Кроме того, Порта, согласившись, что венгерские землевладения на границах ее завоеваний освобождены от турецких налогов, не смогла запретить венгерского налогообложения на землях своей провинции. Очевидно, султан отказался от своих претензий на абсолютную власть над всей Венгрией.
Во многих отношениях мирные договоры просто узаконили положение, казавшееся неизменным к концу войны, ужасающие последствия которой для населения и материальной культуры страны трудно преувеличить. Вплоть до конца XVI в. все потери и разрушения, причиняемые турецкой оккупацией, представлялись восстановимыми. К концу долгой войны стало совершенно ясно, что Венгрия никогда не станет тем, чем могла бы стать, при определенных оговорках, по своим потенциальным возможностям. В отличие от прежних кампаний, большие войсковые соединения турецкой армии теперь не возвращались домой, а оставались в стране на период всей войны. Среди них были и вспомогательные татарские части, отличавшиеся особой жестокостью и ко времени подписания мирного договора опустошившие территории своего пребывания. Система прежнего расселения жителей пришла в полный упадок. Разрушенные деревни и села не восстанавливались. Население страны резко уменьшилось, и то, что не смогла сделать война, было довершено повторявшимися эпидемиями чумы, которая, вспыхнув впервые в 1620 г., в течение полувека оставалась эндемической для Венгрии.
Вместе с окончанием аграрного бума и последующим резким падением доходов от основных статей венгерского экспорта, которое и при нормальных условиях могло бы вызвать очень большие трудности, война привела к экономическому упадку и к исчезновению торгово-производственных групп населения, которые столь энергично формировались в течение предшествовавших десятилетий. Теперь они не могли конкурировать не только с компаниями-монополистами, финансируемыми из государственной казны, но и с "греческими" купцами, приезжавшими из Османской империи с куда более скромными капиталами. Таким образом, важный или, пожалуй, самый многообещавший путь модернизации социальной структуры Венгрии оказался в значительной мере заблокированным. Крестьянину, чтобы выбиться в люди, оставался только один путь - войти в привилегированное сословие либо купив за умеренную плату патент на дворянство, либо выслужив его на воинском поприще в гарнизоне или же подразделении гайдуков. Вследствие этого тенденция к излишней многочисленности дворянства при слабой развитости "средних сословий", и прежде наличествовавшая в венгерском обществе, в XVII в. только усилилась, оказав очень глубокое и долговременное воздействие на господствовавшую систему ценностей.
С демографической точки зрения последствия войны оказались необратимыми. Это относилось не только к численности и плотности населения, но и к его этническому составу. Средневековое Венгерское королевство было многонациональной страной, где почти 20% граждан не являлись венграми. Большинство его этнических меньшинств проживало на окраинах государства, тогда как центральные регионы были почти исключительно венгероязычными. Однако именно центральные регионы оказались основным театром военных действий, и, следовательно, этнический баланс начал меняться в пользу других национальностей: словаков на севере, румын на востоке, сербов на юге. Образовалось пестрое смешение культур. Примесь православных элементов к римско-католическим, а также наличие протестантского субстрата имели куда более определяющее воздействие на общий облик венгерской культуры, чем несколько заимствованных турецких слов, какие-то блюда из турецкой кухни, здания бань и мечетей, оставленных турками. Однако все эти приобретения имели следствием такие противоречия, которые оказались неразрешимыми с наступлением Нового времени. Все предпосылки возникновения проблемы национального самосознания в Венгрии в период становления национальных государств в Центральной и Восточной Европе были заложены в столетие распада страны, которое началось с Пятнадцатилетней войны.
Мирные договоры закрепили политическое разделение Венгрии. С этим надо было считаться и по трезвом размышлении признать, что ситуация носит долговременный характер. И следовательно, необходимо было искать положительные стороны даже в этой суровой реальности. Политический опыт, накопленный за годы войны, показал, что у венгерской элиты из различных провинций имелся хоть и труднореализуемый, но все-таки шанс успешно балансировать между двумя великими державами. Габсбурги способны были обеспечить королевской Венгрии необходимую внешнюю поддержку, чтобы сдерживать экспансию Османской империи. В то же время Трансильвания могла, в случае необходимости обратившись за помощью к Порте, помешать Габсбургам проводить в королевской Венгрии политику удушения венгерского дворянства. Такой расклад редко поддерживался осознанно. Мешали различия в политических взглядах, враждебность и взаимная подозрительность обеих сторон, разделенных внутренней границей. В результате венгерские политики часто сбивались с этого очень узкого пути, что имело печальные последствия.
Договоренности 1606 г. поначалу казались непрочными. Император Рудольф все еще мечтал в своем пражском уединении об изгнании турок и наказании зачинщиков восстания Бочкаи. Однако в начале 1608 г., когда уже прошло больше года и гайдуки, не желая сражаться на стороне Рудольфа против венгерского дворянства, стали проявлять недовольство, был созвано государственное собрание. Венский мирный договор на нем был ратифицирован, а религиозные разногласия улажены под председательством эрцгерцога Матвея. Эрцгерцог также нашел у венгерских представителей поддержку своей идее насчет отречения его брата. Рудольф, столкнувшись с единой позицией австрийских, моравских и венгерских сословий, действительно передал Матвею власть над этими землями (сохранив за собой престол Богемии до 1611 г. и титул императора вплоть до своей смерти в 1612 г.). Ценой, которую Матвей заплатил за корону, была реставрация корпоративной системы власти почти в полном объеме, как это было при Ягеллонах сто лет назад. "Предвыборные законы" 1608 г. лишали монарха единоличного права объявлять войну или мир без согласия национальных собраний. Палатин был уполномочен целиком и полностью заменять монарха в его отсутствие. Один из законов увековечил довольно важное завоевание предшествующего века: создание отдельной палаты в парламенте для группы наследственных баронов, появившихся при Фердинанде I (группы, куда входили магнаты с титулами графов и даже герцогов империи, что лишь подчеркивало исключительность их заслуг). На том же заседании парламента короля обязали отвечать за снабжение крепостных гарнизонов, попросив его удалить иностранных наемников и назначать офицерами только венгров. Ему не дозволялось в будущем издавать хартии, гарантирующие самоуправление городам, а законодательство, регулирующее свободную миграцию крестьянства, было отдано на усмотрение администрации комитатов. Однако представительство сословий не было достаточно сильным и не ставило перед собой вполне ясных целей, чтобы на деле иметь возможность ограничивать власть правительственных чиновников.
Ситуация в Трансильвании оставалась в высшей степени нестабильной в течение нескольких лет после подписания мирных договоров. Бочкаи умер в конце 1606 г., а его заместитель и преемник Жигмонд Ракоци был смещен в марте 1608 г. Габором Батори с помощью гайдуков. Привлекательный и эксцентричный гуляка и вольнодумец Габор, по характеру очень похожий на последнего князя из известной династии, за пять лет правления ухитрился растерять почти всех своих сторонников как внутри, так и за пределами Трансильвании. Большинство из его инициатив не были результатом тщательно обдуманных и взвешенных планов. Он начал свое правление, унизив магистраты гордых саксонских городов Надьсебен (Сибиу) и Брашшо (Брашов). В 1611 г. атаковал Валахию, чтобы восстановить трансильванскую гегемонию над румынскими княжествами, чем вызвал приступы гнева как в Порте, так и в Польше. Батори пережил несколько заговоров, часть из которых планировалась в королевской Венгрии, пока, наконец, его бывший советник Габор Бетлен не сменил его при поддержке Османской империи.
Должно было пройти какое-то время, чтобы забылись некоторые подробности восхождения Бетлена на престол, особенно после того, как в 1616 г. ему даже пришлось осаждать своих собственных солдат в крепости Липпа, чтобы передать ее, как он и обещал, туркам за оказанную ими помощь. За год до этой осады он был со скрипом признан Веной, теперь же его сразу объявили там предателем и даже поддержали неудачную попытку одного из претендентов убрать его силой. Тем временем, однако, необычайные организационные способности и политический гений Бетлена стали оказывать свое воздействие на Трансильванию. Его личность и достижения часто сопоставляют с образом Матвея Корвина, и он, несомненно, в чем-то был похож на первого короля Венгерского Ренессанса. В случае с Бетленом вполне уместно говорить о "венгерском Макиавелли", поскольку это не будет анахронизмом с собственно исторической точки зрения. Выходец из дворянской семьи среднего достатка, вынужденной покинуть комитат Темеш из-за прихода турок, Бетлен не приобрел мировоззрения магната даже тогда, когда стал советником князя, а затем сам стал князем. Для этого венгерского государственника parexcellence добродетель как таковая определялась исключительно способностью человека воспользоваться теми благоприятными обстоятельствами, которые предоставляются ему судьбой, во имя осуществления исторической необходимости. Концепция политической мудрости в том виде, как она разрабатывалась Макиавелли, прекрасно согласовывалась у Бетлена с его кальвинистской верой в предопределение.