Эти неожиданные успехи весьма способствовали возрождению идеи антитурецкой коалиции у христианских держав, что было крайне необходимо, поскольку стоимость войны равнялась 6 млн. форинтов в год. Начиная с 1594 г. римский папа Климент VIII собрал фонд (около 3 млн. форинтов за 10 лет), а несколько позднее организовал еще итальянские вспомогательные войска в поддержку Венгрии. Тонкой дипломатией он также сумел добиться от Франции вынужденного нейтралитета по отношению к Габсбургам. Имперское, австрийское и богемское дворянство и другие сословия также основательно раскошелились на войну, хотя до Венгрии в реальности дошло менее половины суммы в 13 млн. форинтов, утвержденной парламентом империи. Но что было еще важнее, так это выход румынских княжеств и Трансильвании из турецкого лагеря и присоединение их к "Священной лиге". В отсутствие Иштвана Батори Трансильвания сначала управлялась его племянником воеводой Криштофом, а затем советом княжества от имени сына Криштофа - Жигмонда, который после смерти своего отца в 1581 г. был избран князем, еще не достигнув совершеннолетия. Человек несомненных талантов, но при этом очень неуравновешенный, Жигмонд Батори, обретя в 1586 г. все полномочия княжеской власти, установил связь с воеводой Валахии Михаем Витязулом и с воеводой Молдавии Ароном, чтобы свергнуть турецкое господство и разгромить "османскую партию" внутри самой Трансильвании. В январе 1595 г. он также заключил мирный договор с Рудольфом. Помимо военной взаимопомощи по этом договору Батори брал в жены герцогиню Марию Кристину Габсбург и признавал все условия Шпейерского соглашения 1570 г.
Последующие военные события показали, что в результате всех этих действий силы двух империй уравнялись и что турки не имели более подавляющего превосходства. Однако это вовсе не означало, что перевес оказался на другой стороне. Боевые действия велись с переменным успехом, и война становилась затяжной. Летом 1594 г. попытка эрцгерцога Матвея (Матьяша) взять Буду провалилась уже под стенами Эстергома, тогда как Дьёр, который считался ключом к Вене, пал под ударами войск Синана. В 1595 г., когда Порта оказалась вынужденной вести войну на два фронта, королевская армия наконец-то взяла Эстергом. Батори захватил укрепления в долине Марош и, объединившись с силами воеводы Михая, выиграл большое сражение при Джурдже в низовьях Дуная. Кампания 1596 г., которую лично возглавил новый султан Мехмед III, вновь оказалась за турками. Они взяли Эгер и, переломив поначалу неудачно складывавшийся для них ход сражения, разбили войска Батори и эрцгерцога Максимилиана в трехдневной битве при Мезекерестеше, которую можно считать одной из самых великих битв XVI в. В 1597 г. "Священная лига" безуспешно пыталась захватить Темешвар и Дьёр, хотя последний был легко взят в следующем году в результате неожиданной атаки Палфи. Последовавший за этим штурм Буды оказался неудачным, как и новые попытки взять венгерскую столицу в 1602 и 1603 гг. Если не считать нескольких крепостей, захваченных турками на более или менее длительное время, таких, как Эгер (1596) и Канижа (1600), ставшая центром четвертого вилайета на территории Венгрии, успехи обеих сторон в целом ограничивались тем, что одни и те же укрепленные пункты переходили на протяжении войны из рук в руки.
Первоначальное воодушевление сменилось глубоким разочарованием, обостряемым огромными человеческими жертвами и материальными разрушениями, приносимыми войной. На территориях передвижения войск, как, например, Среднедунайская равнина, по которой турецкая армия маршировала всякий раз в очередные свои кампании, в комитатах, по которым проходила задунайская линия обороны, в части земель Верхней Венгрии севернее Дуная и в некоторых районах Трансильвании в податных ведомостях регистрировалось сокращение дворов на 60-70% от того, что было до начала этой войны. Крушение надежд и планов порождало чувство горечи, мешавшее эффективности совместной антитурецкой деятельности как внутри страны, так и за рубежом. Со вздорностью характера Батори, самого слабого звена лиги, связан первый кризис. Отрекшись в 1598 г. от престола в пользу Рудольфа в обмен на герцогские владения в Силезии, он вскоре передумал и вновь занял трон Трансильвании, чтобы снова оставить его в 1599 г. На сей раз под давлением Польши он был заменен его племянником, кардиналом Андрашем Батори, который хотел вновь вернуть Трансильванию Порте. Желая воспрепятствовать этому, валашский воевода Михай, ободряемый Веной, вторгся в Трансильванию, разгромил Батори и был назначен Габсбургами правителем княжества. В 1601 г. Жигмонд Батори в последний раз появляется на политической сцене. Его снова избирают князем, но войска воеводы Михая и габсбургского генерала Джорджо Басты его изгоняют. После битвы наемники-валлоны убили воеводу Михая, и правителем беспокойной Трансильвании стал сам генерал. Он организовал здесь настоящий террор. Голод, охвативший все княжество, сопровождался массовыми преследованиями протестантов, неслыханными грабежами и истреблением местного населения, невообразимыми выкупами, которыми облагались города, все еще сохранявшие какие-то признаки былого процветания.
Временное согласие, к которому пришли дворянство и двор ради мобилизации всех сил королевской Венгрии на войну, также расстроилось из-за безрезультатности усилий. Даже до начала войны отношения между ними были напряженными, потому что Королевский совет стал терять свое значение и на влиятельные посты в венгерскую администрацию все чаще и чаще назначались иностранцы. Теперь, когда иностранные займы доставались со все более возрастающими трудностями, казначейство двора решило покрыть финансовый дефицит за счет дворянства, которое, по мнению чиновников, недостаточно пожертвовало на войну. Против нескольких магнатов были возбуждены уголовные дела с целью востребовать с них недоданные налоги. Те, кто оказал сопротивление, были приговорены к смертной казни и конфискации имущества как виновные в государственной измене. Особенно оскорбительным был процесс против верховного судьи Иштвана Иллешхази, стареющего магната, который (подобно некоторым другим обвиняемым) был твердым сторонником двора. Вместе с указом, добавленным к пакету законов, принятых парламентом в 1604 г., и запрещавшим отныне законодательному собранию обсуждать какие бы то ни было религиозные вопросы, все это казалось скоординированным наступлением на те права, которые дворяне и сословия сумели отвоевать для себя у двора после сражения при Мохаче.
Ситуация взорвалась, когда в октябре 1604 г. Джакомо Бельджойозо, главный капитан Верхней Венгрии, атаковал укрепления магната-кальвиниста Иштвана Бочкаи в комитате Бихар. Бочкаи всегда был одним из самых преданных сторонников прогабсбургской политики в Трансильвании, однако за последнее время его отношения с двором подпортились из-за недоданной им суммы налогов, к тому же его потом обвинили в заигрывании с турками. Оказавшись под силовым давлением, Бочкаи решил оказать сопротивление. Сначала он заручился поддержкой гайдуков - бойцов нерегулярных резервных армейских частей, обычно набиравшихся из погонщиков скота или же из обездоленных войной крестьян. Одержав небольшую победу, Бочкаи обеспечил себе массовую поддержку. Города и крепости открывали перед ним ворота. И хотя его плохо организованные войска без конца терпели поражения, габсбургский военачальник Джорджо Баста, которому было предписано выступить против него, оказавшись во враждебном окружении, смог лишь медленно отходить на запад. 21 февраля 1605 г. Бочкаи был избран князем Трансильвании. Через два месяца сословное собрание Верхней Венгрии провозгласило его также князем Венгрии, и хотя магнаты Задунавья сохранили верность Габсбургам, он даже начал подумывать об объединении под своим скипетром двух доменов и обратился к Порте с ходатайством о короне.
Видимо, захват турками Эстергома осенью 1605 г. обозначил опасность, таившуюся в союзе с Османской империей, а кроме того возымели действие разумные советы Иллешхази и других, осознавших, что Габсбурги все еще совершенно необходимы для поддержания обороны, и предложивших компромиссы. Во всяком случае, Бочкаи изменил свое решение. В ноябре он принял от Порты корону, но лишь как персональный подарок, а не в качестве символа власти, и начал переговоры с королевским двором, а именно с эрцгерцогом Матвеем, которому очень нужна была поддержка венгерского дворянства, чтобы низложить Рудольфа, своего умственно отсталого брата, который к тому времени уже много лет проживал в полном уединении у себя в легендарном Пражском граде, отдаваясь своей страсти к алхимии, оккультным наукам и искусствам. Договор, подписанный в Вене 23 июня 1606 г., потребовал от Габсбургов соблюдения прав протестантов, назначения палатина, пост которого был вакантным в течение нескольких десятилетий, воздержания от назначения иностранцев на важные должности в венгерской администрации и от незаконного привлечения органов правосудия. Бочкаи, который тем временем отплатил гайдукам за помощь, предоставив им почти 10 тыс. земельных наделов с многочисленными привилегиями, был утвержден в качестве князя Трансильвании.