После тяжелых боев на улицах городах и поспешного отступления за его пределы войск В.И. Бутурлина, местные власти в лице митрополита Исидора и воеводы И.Н Одоевского пошли на заключение сепаратного договора с Делагарди. Соглашение предусматривало сдачу крепости и признание права на русский престол одного из шведских принцев. В текст договора была включена следующая запись: "Этот договор и вышеупомянутые пункты будут нерушимо, с полной верностью и безо всякого злого умысла и обмана вечно соблюдаться могущественным моим королем, Карлом IX, королем Швеции и прочее, его наследниками и преемниками мужского пола, Короной Шведской и светлейшим сыном Его королевского величества, будущим государем и царем здешней области, и его наследниками мужского пола, по отношению к городу и княжеству Новгородскому, даже если владимирское и московское правительства, вопреки ожиданиям, не пожелают с ними согласиться". Это свидетельствовало о намерении шведской стороны, в случае отказа всероссийских властей призвать на московский престол шведского королевича, приступить к созданию особого "Новгородского государства", находящегося под шведским протекторатом. Так была создана реальная угроза отделения от Московского государства всей его северо-западной области.