Воскресные школы ориентировались на такое преподавание, которое представляло бы свободное общение между преподавателями и учащимися, не регламентированное узкими формальными рамками. Учащиеся имели право заниматься исключительно одним предметом либо всеми предметами, преподающимися в школе; посещение уроков с их стороны не являлось обязательным. Отметки и экзамены в школе отсутствовали, окончание курса в ней не сопровождалось выдачей аттестата. Отказ от формализации обучения, гуманизация отношений между учителем и учеником, обращение к ученику, стремление сделать его соучастником образовательного процесса - все эти идеи были новыми для русской педагогики середины XIX века. Воскресные школы возникли на фоне общественного подъема тех лет и легче и быстрее других образовательных учреждений впитали в себя гуманистические идеалы эпохи. Одним из ведущих принципов построения воспитательно - образовательного процесса в воскресных школах стал принцип равенства. Преподаватели воскресных школ ввели новый, нехарактерный для традиционной педагогики того времени стиль общения с учениками. Ко всем ученикам воскресной школы было принято обращаться на "Вы". Обращение "ты" считалось грубым и находилось в воскресной школе под запретом. Поощрения и наказания, как средства стимуляции поведения, были признаны малоэффективными. В случае нарушения дисциплины (что, надо отметить, было в воскресных школах крайне редким и даже почти невозможным явлением) личные замечания не использовались, так как считались оскорбительными. Учитель адресовывал замечания всей группе учеников, полагая, что в таком случае сама группа будет выступать регулятором поведения. Детские шалости (в воскресных школах наряду со взрослыми нередко учились и дети) учителя были склонны рассматривать скорее как проявление активности, присущей ребенку от природы, чем как нарушение субординации между педагогом и учеником.
В своей деятельности воскресные школы стремились также осуществить и принцип гласности. Гласность, как известно, занимала не последнее место в иерархии общественных ценностей "шестидесятников". Воскресные школы рассматривались их организаторами как открытые для публики и обсуждения заведения. Любой желающий имел право посетить воскресную школу, высказать свои замечания распорядителю, присутствовать в совете без права голоса. Школами было принято за правило периодически отчитываться на страницах печати о ходе обучения в них.
Принцип сотрудничества и сотворчества, отказ от взгляда на ученика как на пассивного участника процесса обучения также имел своим истоком общественные настроения, представление об активности и деятельности как условии социального прогресса и развития. Преподаватели воскресных школ очень внимательно изучали интересы, запросы, образовательные потребности учеников, реагировали на них расширением учебных программ. Одной из главных тенденций педагогической деятельности воскресных школ являлась гуманизация процесса обучения, в основе которой была установка на ученика как на центр образовательных воздействий. Ученик и организация взаимодействия с ним понимались как цель, а не средство профессиональной самореализации педагогов. Преподаватели воскресных школ принимали за правило "постоянно иметь в виду удовлетворение потребности учащихся знать, а не своей потребности учить" [29]. Учителя считали необходимым все свои объяснения строить на соответствии их степени развития понятий учащихся, невнимательность учеников объяснять не их слабостью, а недостатками преподавания, постоянно наблюдать за уровнем развития учеников и подбирать группу и программу, соответствующие их новому уровню.
Принцип развивающего обучения был признан одним из ведущих в деятельности воскресных школ. Школы ставили своей задачей не просто дать своим ученикам известную сумму знаний, а построить процесс обучения таким образом, чтобы занятия будили мысль учащихся, развивали, расширяли их кругозор. Важным средством, способствующим решению поставленной задачи, преподаватели считали создание особой школьной атмосферы. Ценным признавалось установление личных эмоциональных связей между учителем и учениками, которые помогают снять напряженность в отношениях и способствуют самораскрытию учеников. С этой целью за каждой группой закреплялся один преподаватель, который вел всю классную и внеклассную работу. Преподаватели стремились активизировать мыслительную деятельность учеников, внимательно относились к их вопросам. Совместный поиск ответов на вопросы, порожденные жизнью, преподаватели использовали как средство формирования и развития у учеников интеллектуальных потребностей. Таким образом, общение преподавателя с учениками выполняло активизирующую функцию. Важным средством развития наряду с общением педагоги первых воскресных школ считали книгу. При школах устраивались библиотеки, поощрялось домашнее чтение. Книга, по мнению учителей, развивала, расширяла кругозор, побуждала к самообразованию, способствовала складыванию новых интересов, служила стимулом к продолжению образования. Таким образом, воскресные школы в своей деятельности вплотную подошли к разработке условий и средств педагогики развития, существенно обогатив тем самым традиционную педагогику.
Программа преподавания в первых воскресных школах обязательно включала Закон Божий, чтение и письмо, арифметику. Неграмотных обучали прежде всего чтению. Использовалась звуковая методика А. В. Золотова, которая включала три этапа первоначального обучения чтению: знакомство с гласными звуками, чтение слогов, чтение по таблицам А. В. Золотова. Одновременно с чтением по таблицам и по разрезной азбуке ученикам предлагалось также составлять из разрезных букв слова. Учеников, научившихся читать по таблицам, переводили в среднюю группу (группу малограмотных), где в основе обучения было чтение по "Книге для взрослых" А. В. Золотова. Чтение соединяли с пересказом прочитанного. Условием перевода в высшую группу было сформированное умение правильно и плавно читать. Содержание обучения чтению грамотных учеников включало чтение книг гражданской и церковной печати с кратким объяснением прочитанного. Ставились задачи формирования у учеников орфоэпических норм, умения соблюдать интонационную логику, отработки механизма быстрого чтения. Второй этап обучения чтению в данной группе предполагал введение объяснительного чтения, то есть чтения, соединенного с разбором, выяснением понимания, пересказом содержания прочитанного. Обучение арифметике также начинали с группы неграмотных, с которой проходили счет до 100. С малограмотными изучали 4 арифметических действия, обучали счету до миллиона. В группах грамотных отрабатывали навык четырех арифметических действий с целыми числами и дробями, знакомили с использованием счетов. При обучении арифметике учителя воскресных школ применяли методику Груббе, суть которой заключалась в первоначальном обучении счету на предметах. Основное внимание учителя обращали на развитие сообразительности учащихся. При подборе арифметических задач ориентировались на то, чтобы их содержание имело связь с бытом учащихся.
Обучение письму начиналось в группах малограмотных с развития мелкой моторики кисти и отработки правильных движений. С этой целью ученикам предлагали списывать к себе в тетради буквы, установленные на доске; практиковалось также и письмо с прописей с постепенным переходом на письмо с напечатанного текста. Умение писать буквы и слова на доске и бумаге считалось достаточным условием для перевода ученика в высшую группу. Здесь учеников обучали письму под диктовку и упражняли в изложении на бумаге прочитанного. При этом преследовались две цели: сформировать элементарный навык правописания и умение излагать свои мысли.
К указанным предметам во всех воскресных школах обязательно добавлялось преподавание Закона Божия, на уроках которого объединялись все группы. В центре преподавания находились обучение главным, наиболее употребительным молитвам, объяснение литургии, православного катехизиса, рассказы из Священной истории, преимущественно из жизни Иисуса Христа. Если занятие в школе совпадало с каким-либо большим христианским праздником, то наставники-законоучители кратко объясняли ученикам значение праздника. Система обучения предусматривала следующую последовательность: в несколько уроков кратко излагалась история Ветхого Завета, затем одновременно с историей Нового Завета преподавали катехизис. Достаточно ознакомив с историей Нового Завета, приступали к объяснению литургии. Объяснение молитв сопровождалось переводом их на русский язык; учеников ориентировали на умение читать молитвы одинаково хорошо как на церковнославянском, так и на русском языках. Следует отметить, что введение в программу обучения Закона Божия преследовало не только реализацию государственного заказа, рассматривавшего следование канонам православной веры как одну из главнейших сторон духовной народной жизни, но и задачу культурного развития в целом. Так, история Церкви рассматривалась в связи с историей Отечества и как неотъемлемая часть истории культуры. Важное значение преподаватели придавали Закону Божию и как средству нравственного самосовершенствования учащихся.
Указанные предметы преподавания являлись обязательными и были приняты во всех воскресных школах. Однако эти школы стремились прежде всего развивать учащихся, и поэтому вопреки официальным регламентациям Министерства народного просвещения во многих из них программа обучения была расширена. Так, в харьковских воскресных школах в расписание уроков включались беседы по географии, популярной химии, о полезных животных; по просьбе учащихся в программу преподавания в них были введены французский и немецкий языки; в казанской мужской воскресной школе преподавались иностранные языки, история, география, естественные науки; объяснительное чтение в московских воскресных школах содержало сведения по истории и физике; в самарской воскресной школе сообщались сведения по географии, популярной медицине, а учитель физики демонстрировал ученикам опыты, объяснял устройство телеграфа. Не только губернские, но и уездные воскресные школы вводили расширенную программу обучения. В Елабуге Вятской губернии в воскресной школе преподавались рассказы по истории, географии, сведения по естествоведению [30].