Именно осенью 1611 года Нижний Новгород становится организационно-политическим центром борьбы с интервенцией. Причиной тому стали изменения, произошедшие в земском освободительном движении после смерти П.П. Ляпунова и кажущееся бездействие отрядов Трубецкого, Заруцкого и Просовецкого под стенами Москвы. Поэтому ряд поволжских, а затем и многие северорусские города приняли участие в формировании нового ополчения, противопоставив его безуспешно осаждавшим Москву казакам и ополченцам из "таборов". Нижегородский городовой совет отказался от сотрудничества с продолжавшим существовать под Москвой правительственным центром. Различия же между ополчениями предопределены были, прежде всего, неоднородностью самого освободительного движения, распавшегося впоследствии на два самостоятельных течения. Но, одновременно, Нижегородский совет взял курс на создание политической организации, тождественной существовавшей в Первом ополчении и весной-летом, и осенью-зимой 1611 года. В феврале 1612 года в Нижнем Новгороде, при формирующемся новом ополчении уже существовал и действовал свой Нижегородский "Совет всей земли", делопроизводством которого заведовал бывший нижегородский дьяк Василий Юдин.
Первый, подготовительный период в истории Нижегородского ополчения, начало которого совпадает со знаменитой речью-призывом Кузьмы Минина к землякам, закончился в ноябре 1611 года. К этому времени был начат сбор денежных средств с населения, подтвержденный приговором "всего града за руками", было избрано руководство ополчения: "стольник и воевода" князь Д.М. Пожарский, "выборный от всей земли человек" К. Минин (сложивший с себя обязанности нижегородского земского старосты), второй воевода И.И. Биркин, дьяк В. Юдин. Тогда же пришли в Нижний Новгород отряды смолян, дорогобужан и вязмичей - служилых людей из захваченных поляками Смоленска, Дорогобужа и Вязьмы. Именно они вместе с нижегородскими стрельцами и служилыми людьми и составили костяк нового земского ополчения. Около этого времени был произведен заем у иногородних купцов, давший ополченской казне 5206 рублей.
На втором этапе формирования ополчения (ноябрь 1611 - февраль 1612 гг.) в Нижнем Новгороде было проведено "верстание" служилых людей, присоединившихся к земской рати и разделенных воеводами на несколько статей, получавших денежного жалованья соответственно 50, 45 и 40 рублей. Тогда же (к февралю 1612 г.) создан был в Нижнем Новгороде, как отмечалось выше, и свой "Совет всей земли". Заканчивается второй этап организации нового ополчения в феврале 1612 года, когда после получения известия о занятии казачьими отрядами Заруцкого Ярославля, передовые отряды нового ополчения выступили в поход к этому верхневолжскому городу.
К этому времени сфера влияния подмосковного правительства значительно сузилась, к тому же возникла реальная угроза деблокады Москвы поляками. Все это вызвало серьезный социально-политический кризис в той части освободительного движения, которую возглавляли Д.Т. Трубецкой и И.М. Заруцкий. Воспользовавшись благоприятным для них моментом в "таборах" под Москвой активизировали свою деятельность сторонники объявившегося в Пскове нового самозванца - Лжедмитрия III. Во главе заговорщиков встали И.В. Плещеев, князь Г.П. Шаховской и И. Засекин. 2 марта 1612 года они организовали в подмосковном стане присягу псковскому самозванцу, принудив вождей ополчения согласиться с решением казачьего круга. Следствием произошедших в лагере под Москвой в начале марта 1612 года перемен явилось крайнее размежевание сил, как в самих "таборах", так и в стране. Многие служилые люди и даже казаки покинули ополчение, часть из них ушла в Ярославль. Согласно польским источникам после присяги Подмосковного ополчения Лжедмитрию III из-под Москвы со своими "таборами" ушли воеводы Миров, Погожий и Шмаров; по своим поместьям разъехались дворяне и из некоторых других подмосковных полков.
Первоначально руководители формировавшегося в Среднем Поволжье (Нижнем Новгороде) ополчения хотели идти к Москве через Суздаль, где по некоторым данным предполагалось созвать Земский собор для избрания нового царя, однако произошедшие в "таборах" в марте 1612 г. изменения вынудили Пожарского и Минина идти в Ярославль, отрезая отрядам суздальского воеводы Просовецкого дорогу в северорусские города и уезды. Поэтому 5 - 10 марта 1612 года (дата устанавливается лишь приблизительно) к Ярославлю выступили главные силы Нижегородского ополчения.
Ярославль стал местом сосредоточения сил ополчения Пожарского и Минина и временным правительственным центром новой власти. Заняв его, нижегородцы получили доступ к экономическим ресурсам земель, мало или совсем не затронутых военными действиями. Вступление отрядов Нижегородского ополчения Пожарского и Минина в этот регион привело к открытой конфронтации с действовавшими там казаками Трубецкого и Заруцкого. Преодолеть сопротивление сторонников Первого ополчения, старавшихся, по мере возможности, не допустить появления иной, не подконтрольной "таборам" политической организации, чреватой потерей значительной территории, снабжавшей подмосковные полки, нижегородцы могли, лишь опираясь на более авторитетное, чем в "таборах" сословное и земское представительство, подобное существовавшему под Москвой до 22 июля 1611 года. Сразу же после вступления в Ярославль руководители Второго ополчения приступили к реорганизации Нижегородского войскового (ополченского) "Совета всей земли" и учреждению органов центрального государственного управления - приказов. Вскоре после прихода земской рати в Ярославль от имени князя Пожарского по городам, поддержавшим почин Нижнего Новгорода, были разосланы грамоты, призывавшие органы местного самоуправления прислать в этот поволжский город "изо всяких людей человека по два, и с ними совет свой отписать, за своими руками".
В Ярославле при сформированном там "Совете всей земли" (так же, как в свое время и в земском лагере под Москвой) были созданы органы центрального административного управления - приказы. Важнейшими из них были: Разрядный (дьяки А. Вареев и М. Данилов), Поместный (Г. Мартемьянов и Ф. Лихачев), Дворец (С. Головин), Дворцовый (Большой Дворец - Н. Емельянов и П. Насонов), Монастырский (судья Т. Витовтов и дьяк Н. Дмитриев), Галицкая и Новгородская четь (В. Юдин, затем А. Иванов). Учреждением приказного типа был и созданный при ярославских ополченских властях Денежный двор. П.Г. Любомиров высказал в свое время предположение о существовании в Ярославле Посольского приказа, дьяком которого он называет С. Романчукова, возглавившего летом 1612 года переговоры с Я. Шоу (Шавом), предводителем отряда воинов-наемников, просившихся в русскую службу, но конкретного упоминания о существовании такого приказа в Ярославле нет. Тот факт, что позднее (с конца 1612 г.) С. Романчуков числился в общегосударственном Посольском приказе может свидетельствовать лишь об имеющемся у этого дьяка опыте работы в учреждении подобного типа, возможно и функционировавшего при Ярославском "Совете всей земли", но скорее всего все же в составе другого земского приказа.
Тогда же ополченскими властями предпринята была попытка наладить работу органов местного управления. Во время "Ярославского стояния" земского войска назначены были воеводы в Устюжну, Белоозеро, Владимир, Касимов, Клин, Тверь, Кострому, Ростов, Суздаль, Переяславль, Тобольск и другие города Московского государства. С целью восстановления финансовой системы в это же время были проведены новые дозоры и составлены новые платежные книги. П.Г. Любомиров считал проведенные руководством Нижегородского ополчения дозоры событием для того времени исключительным. Однако сохранился источник, свидетельствующий о том, что приблизительно в это же время новые дозоры (правда, далеко не везде) были проведены на территории "Новгородского государства", всецело, подчинившегося шведской короне после оккупации северо-западной части России войсками Я. Делагарди.
В Ярославле возобновлены были и начатые еще П.П. Ляпуновым переговоры о призвании на российский престол брата шведского короля принца Карла-Филиппа, признанного к этому времени государем в Новгородской земле. В июльских грамотах 1612 года руководителей Второго ополчения в Новгород указывалось достаточно категорично: "...И мы того приговору (приговора "Совета всей земли" Первого ополчения об избрании шведского принца на российский престол. - В.В.) держимся…" В самом Ярославле, действуя через Земскую избу, власти ополчения обложили население города чрезвычайным налогом, подобным собранному в Нижнем Новгороде и ряде других поволжских городов. Собирали также продовольствие, фураж и разного рода припасы, потребные для насущных нужд земской рати. В примкнувших к движению уездах формировались и обучались новые отряды и местные ополчения.
Вражда и соперничество двух ополчений, двух правительственных центров особенно обострилась весной-летом 1612 года. Стремясь максимально расширить территорию, подконтрольную ярославскому "Совету всей земли", правительство Пожарского и Минина сделало ставку на военный разгром действовавших в Замосковье отрядов Первого ополчения. Нижегородцы нанесли тяжелые поражения казачьим отрядам Просовецкого и Толстого в Верхнем Поволжье и Замосковье.
Перспектива подчинения подмосковного ополченского правительства воцарившемуся в далеком Пскове новому самозванному государю не устраивала его "начальников", не только из окружения Д.Т. Трубецкого, но и И.М. Заруцкого. Честолюбивые планы Заруцкого связаны были с другим претендентом на вакантный российский престол - Иваном Дмитриевичем, годовалым сыном Лжедмитрия II и Марины Мнишек. Трубецкой и Заруцкий, втайне друг от друга, занялись организацией свержения только что казалось бы восторжествовавшего псковского самозванца. Князь Трубецкой, воспользовавшись посредничеством властей Троице-Сергиева монастыря, пошел на секретные переговоры с ярославским правительством. Послы князя, дворяне братья Пушкины, от имени своего предводителя предложили Пожарскому и Минину объединиться для совместной борьбы с интервентами и с "врагами, которые нынеча завели смуту".