Профессор В.Я. Бутанаев, специально исследовавший данную тему, предложил гипотезу образования в эпоху позднего средневековья различными племенами Хакасско-Минусинской котловины (видимо, даже более обширного региона) под эгидой кыргызов, оставшихся после монгольского завоевания, единой этносоциальной общности "Хонгор" или "Хонгорай/Хоорай". Если принять, что данные исторического фольклора хакасов действительно донесли до нас этноним, а не топоним или что-то иное, то в дальнейшем поиске участвуют сведения широкого круга письменных источников XVII-XVIII вв. В.Я. Бутанаев полагает, что "хоорайскую" общность можно рассматривать как начальный этап формирования хакасского народа.
Известно, что в XVII в. Хакасия входит раздробленной на четыре княжества-улуса: Алтысарское, Езерское (Исарское), Алтырское и Тубинское. Алтысарский улус получил название от хак. "алтынзархы" - северный или нижний (по течению Енисея). В узком смысле только его население русские называли "Киргизы" или "Большие Киргизы". Улус объединял следующие аймаки: кызыл, шуй, аже, тумат и др. Исарский улус (от хак. "iссархы" - внутренний) находился в центре Хакасско-Минусинской котловины от устья р. Абакан до р. Огур. Основное население - ызыры (езерцы) и кереиты. Алтырский улус (вероятно, от хак. "алдыра" - вперед, передний, верхний). Был самым южным или верхним по течению Енисея с очень пестрым населением: сагай, бельтыр, табан, саян, иргит, чистар и др.
Тубинский улус охватывал правобережье Енисея и объединял собственно туба и модар, которые считались с кыргызами "одни люди и род и племя", а также их кыштымов, включая удаленных друг от друга тофаларов Саян и тубаларов Северного Алтая. Объединенную территорию этих земель под управлением кыргызов в русских документах XVII в. называли "Кыргызской землицей". Представители всех четырех улусов (с решающим влиянием кыргызов) могли собираться на съезд и выбирать "лучшего князя", который выполнял внешнеполитические функции.
Население делилось на "хасха сooк" (белая кость), к которым относились кыргызы, и на "пора сooк" (серая кость) - низшие, кыштымы. Социальная стратификация выражалась и в наличии слоя чайзанов (русск. "лучшие люди") и харачы (чернь). Чайзаны руководили чиновниками. Суд от имени бека вершили яргучи. У бека в мирное время была постоянная дружина до 40 батыров (хак. матыр). Во время войны они становились во главе отрядов, набранных из улусных людей и даже кыштымов.
Среди народов Южной Сибири кыргызы выделялись своей воинственностью и лютым нравом. Русские отмечали, что "всегда опасно от киргизов, которых человек с 1000, только гораздо воисты". У хакасов существует выражение "хыргыстын хыргычы" - кыргызская воинственность, а средневековье называется "хыргыс чаазы" - эпоха кыргызских войн. У многих народов юга Сибири матери пугали детей: "Вот придет кыргыз, тебя поймает и съест".
Тем не менее, кыргызы сами находились в вассальной зависимости у монгольских Алтын-ханов, а позднее - у джунгар.
Первые контакты между кыргызами и русскими начались с постройки в 1604 г. Томского острога на земле эуштинских татар - данников кыргызских беков (хак. пиглер). Затем более ста лет шел очень сложный и болезненный процесс вхождения Хакасии под юрисдикцию Русского государства. Первые русские остроги устанавливались в подтаежной зоне - северной периферии кыргызских земель. Попытки активного вторжения, подогреваемые алчностью сибирских воевод, русских на территорию исторической Хакасии встречали довольно ожесточенное сопротивление, которое поддерживалось Джунгарским ханством. Неравенство сил, усиление русского присутствия в Южной и Западной Сибири, события начала XVIII в., связанные с уводом части хакасского населения в Джунгарию и демаркацией русско-китайской границы, приводят к оформлению присоединения Хакасии к России.
Обычно события 1703 г. трактуют как угон населения Хакасии за Алтай поближе к ставке джунгарских ханов, возможно в сговоре с русскими властями, которые впоследствии стремились не допустить возвращения кыргызов на свои территории. Местное население, уже кыштымское по своему основному составу, разоружалось, объясачивалось и прикреплялось к административным единицам.
В ХIХ в. завершается процесс этнического формирования этнических групп хакасов: качинцев (12 тыс. человек в 1897 г.), сагайцев (13,9 тыс. человек), кызыльцев (8 тыс. человек), в составе кызыльцев ассимилировались группы татар Сибирского ханства и казахов-аргынов, осевших в Алтысарском улусе в ХVI или в начале ХVII в.), койбалов (1 тыс. потомков тюркизированных маторов и байкотовцев, составлявших в ХVIII в. владения "князца" Койбала) и бельтиров (4,8 тыс. потомков выходцев из Тувы, осевших в устье Абакана, отсюда название бельтир - "устьинцы"). Таким образом, хотя основная часть кыргызов была в 1703 г. выведена в пределы Джунгарского ханства, оставшиеся и вернувшиеся во второй половине ХVIII в. кыргызы вошли в состав будущих хакасов. Активная земледельческая колонизация хакасских территорий, сопровождавшаяся установлением имперского администрирования, на двести лет лишила хакасов самостоятельности в управлении. Однако распространение на минусинских инородцев положений реформы Сперанского 1822 г. позволило хакасам сохранить большую часть свой этнической территории, на которой они составляли к началу ХХ в. до 98% населения. Хакасская байская верхушка во взаимодействии с русскими властями сумела сохранить экономическое господство над населением, содействуя взиманию податей, исполнению судебных решений, массовой христианизацией и т.п. С появлением в середине XIX в. в Минусинске, а позже и в хакасских селениях, школ многие дети зажиточных хакасов получали возможность научиться грамоте. Немногочисленным, но очень деятельным был состав лиц, получивших высшее образование. К их числу относятся выдающийся ученый, доктор сравнительного языкознания, профессор Казанского университета Н.Ф. Катанов (учитель тюрколога С.Е. Малова и башкирского просветителя-тюркиста Валидова (Валиди), лингвист М.И. Райков и этнограф С.Д. Майнагашев.
К концу XIX в. увеличилось количество хакасов - рабочих черно-рудных и других промышленных предприятий. Вместе с русскими рабочими они участвовали в политической борьбе.
В годы первой русской революции был создан "союз сибирских инородцев", выступивший с националистической либеральной программой в поддержку Государственной Думы. Бурные годы революции отмечены в Хакасии трагическими событиями, как и по всей России. Гражданская братоубийственная война унесла тысячи жизней жителей юга Сибири. На территории Минусинского уезда действовала армия красных партизан Кравченко и Щетинкина, выбившая белогвардейцев и интервентов. Но раскол в обществе долгие годы усугублялся жестокостью противостоящих сил: Советской власти и крестьян-повстанцев. В крови и муках возрождалось самоуправление хакасского народа. 14 ноября 1923 года Президиум ВЦИК принял постановление о выделении районов с хакасским населением в Хакасский уезд с центром в с. Усть-Абаканское, а 25 мая 1925 года Хакасский уезд был преобразован в Хакасский округ. 20 октября 1930 года Президиум ВЦИК принял решение: "Преобразовать Хакасский округ в существующих его границах в автономную Хакасскую область". Позднее "по хозяйственно-экономическим причинам" ряд северных районов Хакасии был отторгнут, хакасы из-за репрессий красных там проживали уже в абсолютном меньшинстве. После ликвидации Горно-Шорского автономного района его западная часть отошла к Хакасской автономной области.
В годы индустриализации в Хакасии развивались добывающие отрасли промышленности, велось строительство железной дороги. Серьезные изменения произошли в облике сельского хозяйства, обернувшиеся трагедией "раскрестьянивания". Преодолевалась неграмотность, организовывалась национальная система образования. К сожалению, репрессии 20 - 30-х годов затронули и самые широкие слои населения Хакасии, и тонкий слой образованных талантливых сынов хакасского народа. На большие лишения и жертвы обрекла Хакасию Великая Отечественная война. На ее фронтах сражалось 57311 призывников (каждый пятый житель довоенной Хакасии), 18830 воинов пали на поле брани.
В 1944 году был организован Хакасский научно-исследовательский институт языка, литературы и истории, ставший центром развития науки в области. В том же году было принято постановление Правительства РСФСР об открытии хакасской национальной средней школы-интерната; создан Хакасский институт усовершенствования учителей. В послевоенный период область наполнилась современными индустриальными предприятиями. Бурное развитие гигантов промышленной энергетики и цветной металлургии в 70 - 80-х годах изменило демографический состав населения. Время потребовало повышения государственно-правового статуса Хакасии. В 1990 и 1991 гг. шел процесс преобразования Хакасской автономной области в Республику Хакасия, статус которой был подтвержден Конституцией РФ, принятой в 1993 году.
Субэтнонимы этнических групп продолжают бытовать на уровне внутриэтнического самосознания, хотя удельный вес каждой из групп в составе хакасов претерпел значительные изменения за 80 лет: "растворились" в составе сагайцев группа бельтиров, большая часть койбалов и шорские группы, оказавшиеся на территории Хакассии. Таким образом, если в 1897 г. сагайцы составляли 35% численности "минусинских татар" (с 1917 г. - хакасы), то в 1977 г. - 70%, качинцы - 30,2% в 1897 г. и 23% в 1977 г., кызыльцы - 20% и 5% соответственно по годам, койбалы - 2,6% и 2%, а бельтирами (12,2% в 1897г.) в 1977 г. не назывался никто. В настоящее время процесс консолидации хакасского этноса идет по линии ликвидации группового этнического самосознания (т.е. подразделений - качинцев, сагайцев и т.д.), с одной стороны, и возрождения народных традиций, общих для всех хакасов, с другой.