Тем временем до комиссаров дошли известия из других департаментов: в Вандее вспыхнул контрреволюционный мятеж, в Маникуле были зверски замучены 500 национальных гвардейцев и мирных жителей, сочувствующих революции. В Страсбурге ассигнаты упали почти до половины нарицательной стоимости. В Лионе открыто готовилась гражданская война: был закрыт местный якобинский клуб, разрушена статуя и сожжено "дерево свободы". 20 марта комиссары прибыли в Гранпре. Там их миссия оказалась неожиданно прервана. От толп беженцев они узнали о поражении республиканской армии 18 марта под Кирвенденом. 1 марта австрийский главнокомандующий герцог Кобурский нанес неожиданный удар по французам в районе Рура. И республиканская армия стала отступать по всему фронту. В короткий срок была оставлена Голландия и значительная часть Бельгии. Война стремительно возвращалась к рубежам Франции. Сен-Жюст и Девиль решают прервать миссию и вернуться в Конвент.
Возникает вопрос: почему тот, кого историки окрестили "человеком действия" не провел в Арденнах почти никаких мероприятий, за исключением разрешения на продажу неиспользованного зерна из хранилищ эмигрантов? Но надо учесть, что правительство жирондистов, державшее в своих руках Комитет обороны, отправило его с миссией, скорее всего только потому, что за предыдущие месяцы он стал видным политическим деятелем и пренебречь этим не было возможности. И хотя у Сен-Жюста в руках были большие полномочия, любой неосторожный шаг, смещение с должности, арест будут инкриминированы ему как проявление анархии, самоуправства и диктатуры. Именно в таких тенденциях жирондисты уже обвинили Робеспьера и Марата. Пока же Сен-Жюст мог только накапливать факты и впечатления для будущих решительных действий.
Поражение французских войск в Бельгии и на Рейне сильно скомпрометировали жирондистов, которые больше всех шумели о "революционной войне", а на деле оказались совершенно неспособными ее вести. Позиции Жиронды и в Конвенте, и в стране пошатнулись.
Из миссии Сен-Жюст с Девилем вернулись 31 марта, а 4 апреля Конвент принял на себя управление армиями и послал на фронт 8 комиссаров с широкими полномочиями: они были обязаны подготовить крепости к обороне и установить контроль над генералами. Дюмурье, после того, как выяснилось, что он вел тайные переговоры с австрийцами о сдаче, бежал и остаток жизни вынужден был скитаться. Бернонвиль на посту военного министра был заменен Бушоттом, человеком трудолюбивым и преданным революции.
А тем временем все больше разрастался роялистский мятеж в западных департаментах, делая и без того тяжелое положение республики еще более затруднительным. Убийство Марата 13 июля 1793 года стало сигналом к общей атаке на врагов. Судьба республики решалась в Военной секции, куда был включен и Сен-Жюст. В тот день, когда в Париже хоронили Друга Народа, в мятежном Лионе жирондисты казнили вождя местных санкюлотов Ж. Шалье. Роялисты Вандеи одержали победу у Вье и угрожали Анжеру. Англичане готовились к осаде Дюнкерка. Австрийцы взяли Конде и рвались к Валансьену. В районе Альп завершилась оккупация Савойи. На Пиренейском фронте испанцы приближались к Байоньи и Пертеньяку. Угроза внешнего удушения становилась реальной.
Когда Сен-Жюст был включен в состав членов Военной секции, он не обладал специальными военными знаниями. Служба в Национальной гвардии Блеранкура, постоянное общение с волонтерами, кратковременное сотрудничество с Комитетом общей защиты, миссия в Арденны хотя и многому научили, но специалистом сделать его не могли. Теперь, нуждаясь в подробных и точных сведениях, Сен-Жюст занялся сбором и изучением самых различных материалов, имеющих отношение к войне. Дельма и Делакруа оставили дела в запущенном состоянии. Сен-Жюсту пришлось работать вместе с Гаспареном, профессиональным солдатом старой армии, генералом Кюстином, Эро де Сешеллем, Р.Ленде, Бушоттом, человеком простым, дельным и решительным, Ж.Гато, с которым вместе учился в Реймсе и В. Добиньи. А Лазар Карно направлял действия Комитета и не раз потом они столкнутся с Сен-Жюстом(11).
Дело на фронтах летом 1793 года обстояло следующим образом: вдоль северной границы силам австрийцев, ганноверцев и гессенцев (118 тыс.) противостояли республиканские Северная и Арденнская армии. После измены Дюмурье, вместе взятые, они насчитывали 22 тыс. человек. Весенний и летний наборы увеличили их до 108 человек. Оюнако, исключив больных, штрафников, отпускников и занятых на вспомогательных работах, можно было располагать всего 50 тысячами. При этом необходимо было учитывать значительную протяженность фронта. На востоке положение было другим. Здесь 84 тыс. прусских и австрийских войск имели против себя Рейнскую и Мозельскую армии в количестве 183 тыс. человек. Вызывало удивление, что в марте генерал Кюстин, командующий Восточным фронтом, хотя его силы по численности не уступали врагу, вдруг бросил склады в Рингене, Кренцнахе и Вормсе, быстро отступил к Ландау, предоставив врагам возможность осадить Майнц. После этого провала Кюстина перевели на Северный фронт и он попытался спасти Майнц, оголив границу, после чего Сен-Жюст поставил вопрос о Кюстине на первом же пленарном заседании. Дело было вынесено в Конвент и 22 июля Кюстин был арестован(12). Это стало первой победой Сен-Жюста в Комитете общественного спасения (КОС) , годе он показал незаурядную эрудицию, умение выделить главное, способность четко аргументировать свою мысль. А 23 июля пал Майнц, 28 - враг овладел Валансьеном. Гаспарен подал в отставку, на его место в КОС был назначен Максимилиан Робеспьер.
В конце июля - начале августа 1793 года внимание Конвента было приковано к Северному фронту. Именно через Валансьен герцог Кобургский мог осуществить прорыв фронта и выйти на самую короткую дорогу к Парижу. Еще раз пересмотрев все планы и карты, Сен-Жюст пришел к выводу о необходимости перевода сил с Восточного фронта на Северный. Конвент одобрил это решение(13). Переброску осуществили 9 августа, увеличив армию на 20 тыс. человек.
Сен-Жюст пришел в военную секцию в период отсутствия необходимых контингентов в армии, кризиса командования и хронической нехватки продовольствия. "Человек дела", он старался вести и соответствующую политику: смелость и осмотрительность, решительность в нанесении удара при полном учете ресурсов. "Только дерзость в сочетании с мудростью создают искусство побеждать", - говорил он(14).
25 сентября член Комитета военный инженер Карно отправился в длительную миссию на Северный фронт. Руководство военной секцией перешло к Сен-Жюсту. Меры, проведенные им, приостановили наступление Кобурга и герцога Йоркского, а Карно начал успешно закреплять первые достижения новой военной стратегии КОС. Мятеж в Кольвадосе был подавлен еще в конце лета, тогда же революционные войска вступили в Авиньон и Марсель. 16 сентября был взят Бадо. Но Лион продолжал сопротивляться, Тулон сдался англичанам, а потом прошли сентябрьские волнения.